Горожане поняли, что, помимо оружия, марокканцы заберут все, что хоть в малой мере их заинтересует. Поэтому в следующую ночь они снесли все ценные вещи в дома потомков Сиди Махмуда, полагая, что там они будут в безопасности. На самом деле они облегчили Махмуду грабеж, так как он арестовал всех потомков кади и забрал из их домов богатства, копившиеся столетиями в Томбукту. Марокканскому султану он отложил на 100 тысяч мискалей ценной добычи, а оставшееся взял себе или роздал своим людям.
Деспотизм и жестокость Махмуда, раздражавшие жителей Томбукту, привели к тому, что они послали жалобу ко двору султана Марокко. Но, несмотря на обещания султана, положение не улучшилось. Только когда ал-Мансур узнал, что большую часть награбленной добычи Махмуд оставил себе, он отстранил его от власти, назначив новым наместником Томбукту Мансура бен Абдеррахмана, которому велел убить Махмуда.
Махмуд в то время вновь решил преследовать аскию Нуха, который ушел из Денди в Хомбори. Когда он узнал от вестника, посланного ему Абу Фарисом, сыном султана Марокко, о судьбе, которая ждет его, едва новый начальник прибудет в Томбукту, он предпринял яростное нападение на войска аскии Нуха, очевидно, имея целью погибнуть в сражении. Махмуду повезло и в этом: он погиб от сонгайской стрелы. Голову его послали аскии Нуху, тот переслал ее далее царю Кебби, который в свою очередь выставил ее на шесте на базарной площади.
Смерть Махмуда-паши относят к началу 1595 г. Новый паша — Мансур — прибыл в Томбукту в марте того же года и через три месяца занялся преследованием аскии Нуха. С помощью своей армии в 3000 человек он сумел разбить Нуха и взять множество пленных. Сам Нух погиб в сражении. Его смерть можно рассматривать как конец активного сопротивления Сонгай. Брат аскии Нуха, Мустафа, принял власть в Денди, когда брат его сражался в Хомбори. Но, хотя Денди и представляло собой обломок прежней Сонгайской державы, оно имело уже очень малое значение в позднейшей истории Западного Судана.
После смерти Махмуда и аскии Нуха в Западном Судане наступил период последних лет Сонгай, полный интриг, грабительских набегов, борьбы за власть. После этого печального конца старое Сонгай прекратило свое существование.
После сражения при Тондиби государство распалось на две части. На севере правили назначаемые марокканцами марионетки, власть которых не простиралась за пределы Томбукту, Гао и Дженне. Южнее, в Денди, власть принадлежала династии, начатой аскией Нухом, корни которой восходили к аскии Дауду. Но и это было карликовое государство.
Марокканцы просчитались в своих важнейших стремлениях — в желании овладеть золотоносными землями. Даже в северных городах они не пытались создать настоящего правительства, а внутренние распри уничтожили остатки их владычества. Паша Мансур умер в ноябре 1596 г., через полтора года после победы над аскией Нухом. Он был на пути в Денди, когда заболел, и едва успел перед смертью вернуться в Томбукту. Его смерть считается тайным убийством. За этим, вероятно, стоял Джудар, который открыто соперничал с ним за власть. Марокканский султан пытался утишить борьбу за власть своих подчиненных, назначив Джудара правителем Западного Судана, а Мансура — командующим армией, но распри между ними не прекращались, пока Джудар не разрешил их по-своему, отравив соперника.
После смерти Мансура султан Марокко назначил в Томбукту нового пашу — Мухаммеда-Таба. Тот прибыл к месту службы в декабре 1597 г., а в мае следующего года пришел и его черед умереть от яда Джудара. Когда затем Джудар велел задушить последнего своего марокканского соперника в Томбукту — Мустафу ат-Турки — в июле 1598 г., султан Марокко начал понимать, кто представляет в Западном Судане действительную власть.
Желая помешать Джудару чересчур укрепиться в Судане, султан отозвал его в Марокко, но Джудар отказался повиноваться, пока не будет прислан достойный преемник. Джудар ссылался при этом на крайнюю необходимость этого, так как Томбукту якобы угрожали цари Мали и Масины. В скором времени султан прислал в Томбукту двух государственных мужей: Мустафу ал-Филя и Абд ал-Малика-«Португальца». Джудар, однако, отказался передать им власть, поскольку они были людьми штатскими и, по его мнению, непригодными для командования войсками. Не желая создавать из этого проблемы, султан Марокко послал в Томбукту пашу Аммара, которому Джудар наконец сдал власть в феврале-марте 1599 г., после чего сам двинулся в Марокко.
Прибытие Джудара в Марокко описал один английский купец — Джаспер Томсон — в письме друзьям от июля 1599 г. По его словам, с марокканским военачальником прибыло 30 верблюдов, нагруженных золотом, 50 лошадей, большое число евнухов, карликов, рабов обоего пола и 15 девственниц, дочерей царя Гао, которых Джудар отдал султану Марокко в наложницы. Томсон оценивал привезенное Джударом количество золота в 604 800 фунтов того времени, что составляет 30 млн марок в наши дни. Очевидно, Джудар привез с собой большую часть богатств Томбукту, и огромная часть их была предназначена султану.
После ухода Джудара Томбукту опять стал страдать от набегов соседних племен, но марокканцы, так или иначе, удерживали свои позиции. Однако положение оккупационной армии из года в год становилось все тяжелее, и властителю Марокко становится ясным, что Западный Судан совсем не такая золотоносная жила, как это представлялось поначалу. После смерти ал-Мансура на престол Марокко взошел его сын Зейдан, который приказал марокканцам покинуть Западный Судан.
Приказ, однако, пришел слишком поздно: военные части в Томбукту за прошедшие годы завоевали себе столь независимые позиции, что больше не подчинялись приказам властителя. Уже с 1612 г. они самостоятельно избирали пашу Томбукту и высших чиновников и управляли оккупированной территорией по собственному разумению. Правители все время менялись, и связи с Марокко сохранялись только в виде формального признания султана. Паша, ставший у власти в Томбукту в 1660 г. — 27-й преемник Джудара, — перестал наконец признавать султана Марокко даже номинальным властителем страны.
Наследники Сонгайской державы были теперь не в Томбукту, а южнее, в Денди, где аския Нух и его брат Мустафа основали центр для остатков нации. Первым царем Сонгайского государства в Денди был, таким образом, аския Нух, который посвятил себя борьбе с марокканцами. Незадолго до его гибели власть в Денди перешла его брату Мустафе, которого несколько позже отстранил Мухаммед-Сорко. Четвертым правителем Денди был Харун-Денгатайя, который, как и его предшественники, был сыном аскии Дауда. В 1608 г. этот царь напал на вассалов Томбукту, живущих в излучине Нигера, а в 1609 г. — на Дженне, который входил также во владения Томбукту, а затем стал теснить марокканских правителей города Дебо.
Пятый царь Денди, эл-Амин, правивший в 1612–1619 гг., был также сыном Дауда. Его помнят как «хорошего и человечного» властелина. Во время его правления Денди пережило шестимесячный голод, и царь, по преданию, раздавал тогда бедным ежедневно «мясо 8 волов, молоко от тысячи коров и 200 тысяч раковин каури».
По рассказам, эль-Амин посылал свою армию против паши Томбукту, но, хотя армии и встретились около Тирко-Тирко, битва не состоялась. Военачальник марокканцев, каид Амин, как говорят, спас свою шкуру, дав командующему воинами Сонгай золота. Последний был арестован сразу по возвращении домой, когда золото было найдено в его одеждах. После аль-Амина к власти в Денди пришел Дауд. Он правил дольше, чем его предшественники, — с 1619 по 1635 г. В 1630 г. паша Томбукту Али бен Абд-ал-Кадер послал к Дауду предложение о заключении мира и даже просил руки его дочери. По-видимому, это было признаком того, что государство в Денди достигло независимости. По Делафоссу, Дауд принял предложение о мире, но вместо своей дочери отдал в жены Абд эль-Кадеру дочь одного из своих придворных.
Царство Денди терзали те же внутренние распри, что и державу Сонгай в период ее заката. Так, брат Дауда — Исмаил — пошел в 1635 г. в Томбукту и просил марокканского пашу и марионеточного аскию севера, Мухаммеда-Бенкан, помочь свергнуть Дауда. Одной из причин заговора был характер Дауда: «Тарих ас-Судан» рисует его «тираном, развратником и кровопийцей». Но следует напомнить, что арабские хроники далеко не всегда дают достаточно объективную характеристику властителям, хотя и отца Дауда, Мухаммеда Бани, помнят также жестоким тираном.
Во всяком случае, Исмаилу удалось устранить Дауда с помощью северных союзников. Однако большой пользы от этого марокканскому паше Томбукту не принесло, так как сразу, как только Исмаил пришел к власти, он отправил своему пособнику оскорбительное письмо. Оно заставило пашу Масуда бен-Мансура в 1639 г. выступить в поход против Денди. Масуд прибыл в Дулами по воде, через Бамбу, Гао и Кукуйю, изгнал Исмаила и совместно с марионеточным властителем Томбукту Мухаммедом-Бенкан захватил Дулами — столицу Денди. Сонгайское население присягнуло на верность Масуд у, который назначил царем Денди сына Дауда-Мухаммеда, после чего Масуд возвратился в Томбукту, захватив детей Исмаила в качестве заложников. Сразу после его ухода сонгаи все же свергли Мухаммеда и выбрали новым царем сына Мухаммеда Сорко — Дауда II.