Тем временем первый эшелон десанта высадился на берег, не встретив противодействия, если не считать огня батарей противника, расположенных на высотах на северном фланге плацдарма. Интенсивная и продолжительная бомбардировка с кораблей адмирала Олдендорфа оказалась ненужной, так как японцы применили новую тактику - удерживать позиции на побережье лишь сдерживающими действиями войск. Генерал Яма-сита с основными силами своей армии уже отходил на север, на оборонительный рубеж в горах. К исходу дня 9 января силы вторжения расширили занятый плацдарм на глубину трех миль.
В ночь на 10 января адмирал Хэлси продолжал вести 3-й флот через Лусонский пролив и проник глубоко в Южно-Китайское море. Так как авианосная авиация адмирала Маккейна не нейтрализовала аэродромы в северной части Лусона, отдельные японские самолеты-смертники начали во все возрастающем количестве появляться над заливом Лингаен, нанося удары по прибывающим и уходящим конвоям союзников.
10 января они повредили два корабля, 12-го - девять, а 13-го - три, С 3 по 13 января японские самолеты, большей частью пилотируемые самоубийцами, повредили 43 корабля союзников (из них 18 - серьезно) и 4 потопили; в результате этих атак союзные силы потеряли 738 человек убитыми и около 1400 ранеными.
Силы адмирала Хэлси вошли в Южно-Китайское море для прикрытия линии снабжения Миндоро -Лингаен от ударов японского флота, в том числе линейных кораблей "Исе" и "Хюга", которые находились предположительно в заливе Камаран. 12 января авианосная авиация адмирала Маккейна совершила около 1500 самолето-вылетов над побережьем Индокитая, не обнаружив никаких признаков японских военных кораблей. Однако в этом районе было довольно оживленное движение судов, и самолеты 38-го оперативного соединения потопили 44 судна, в том числе более десятка танкеров. Они уничтожили также более сотни самолетов противника. 15 января эскадрильи авианосной авиации нанесли удар по Такао на юго-западном побережье Формозы. Действия авиации затруднялись здесь низкой облачностью, но все же ей удалось уничтожить эсминец и транспорт, вывести из строя танкер и сбить 34 самолета противника. На следующий день самолеты нанесли удар по китайскому побережью, главным образом по объектам в районе Гонконга. 17 января корабли 38-го оперативного соединения приняли топливо с группы быстроходных танкеров, а затем, пока токийское радио возвещало миру, что 3-й американский флот оказался закупоренным в Южно-Китайском море, силы адмирала Хэлси, пользуясь темнотой и плохой погодой, проскользнули обратно через Лусонский пролив и вновь вышли на просторы Тихого океана.
Прежде чем повернуть к островам Улити, чтобы в соответствии с планом реорганизации командования передать свой флот адмиралу Спрюэнсу, Хэлси нанес еще один удар по Формозе, потопил пять танкеров и пять грузовых судов и уничтожил по меньшей мере 60 самолетов на аэродромах. На этот раз японской авиации удалось нанести ответный удар. Одна бомба попала в легкий авианосец "Лэнгли", а самолеты таранили тяжелый крейсер "Тикондерога" и эсминец "Мэддокс". Авианосец "Лэнгли" получил небольшое повреждение и остался в строю, а корабли, подвергшиеся ударам самолетов, пришлось под прикрытием эскорта отвести к островам Улити. Оставшиеся силы 38-го оперативного соединения двинулись на северо-восток для фоторазведки в районе Окинавы в порядке подготовки к предстоящей здесь десантной операции. 25 января 3-й флот, выполнив задачу поддержки сил Макартура, осуществлявших вторжение на Филиппины, направился к островам Улити.
С возвращением 3-го флота на Улити направление наступления сил центрального и юго-западного районов Тихоокеанского театра разделилось. Большинство кораблей, временно переданных 7-му флоту, возвратилось обратно под командование адмирала Нимица для участия в операциях на севере, в направлении Японии. В то же время Макартур планировал наступление в южном направлении для захвата союзниками остальной части Филиппин и овладения Голландской Индией.
Пока 1-й корпус сковывал силы генерала Ямасита на высотах северо-восточнее залива Лингаен, 14-й корпус наступал на Манилу. 29 января 1945 года 7-е соединение амфибийных сил, не встречая сопротивления, высадило на западное побережье Лусона близ бухты Субик войска численностью 30000 человек, имея целью не допустить отхода японцев на полуостров Батаан и обеспечить еще одно направление для наступления на Манилу с севера. Спустя два дня американские войска численностью 8000 человек высадились южнее Манильской бухты для наступления на Манилу с юго-запада.
Завершающее наступление 14-го корпуса с севера поддерживалось и обеспечивалось двумя группами авиации морской пехоты, которые рассеяли скептицизм армейского командования успешным осуществлением непосредственной авиационной поддержки наземных войск, 4 февраля 14-й корпус вышел к Маниле, которую обороняли 16000 человек морской пехоты и сухопутные войска противника численностью 5000 человек. За этим последовали упорные уличные бои, длившиеся в течение месяца, до тех пор, пока японский гарнизон не был полностью разгромлен и город не превратился в сплошные руины.
За три недели до падения Манилы начались боевые действия с целью захватить бухту и порт. 15 февраля полковая боевая группа сошла на берег на оконечности полуострова Батаан, встретив лишь незначительное сопротивление. На следующий день крепость Коррехидор была атакована с воздуха парашютной полковой боевой группой и десантным батальоном с моря. Захват Коррехидора вопреки всем ожиданиям оказался дорогостоящей и затяжной операцией отчасти потому, что разведка определила силы вражеского гарнизона в 850 человек, в то время как в действительности на острове Коррехидор японцев было почти в шесть раз больше. В начале марта крепость была наконец захвачена. Захват других островов, расположенных у входа в бухту, затянулся до апреля.
Пока 6-я американская армия оттесняла в горы Лусона сохранившиеся у генерала Ямасита силы численностью 170000 человек, 7-й флот адмирала Кинкейда взаимодействовал с 8-й американской армией в операции по изгнанию противника с остальной части Филиппинских островов. Эта операция шла вразрез с намерениями комитета начальников штабов, который считал, что филиппинцы сами завершат работу по освобождению. Но поскольку войска генерала Макартура в это время не были нужны для использования на других направлениях, возражений со стороны комитета начальников штабов не последовало.
В период между концом февраля и серединой апреля 1945 года 7-е соединение десантных сил провело не менее 38 операций по высадке десанта на побережье центральной и южной частей Филиппин. По сравнению с высадками на острова Лейте и Лусон это были операции небольшого масштаба. Хотя некоторые острова оборонялись весьма сильными гарнизонами, японское командование считало Филиппины уже потерянными, поэтому обороняющиеся почти не имели поддержки авиации и морских сил. Японские войска, как правило, не оказывали серьезного противодействия высадке. Они удерживали крупные города по возможности дольше, разрушали их подрывными средствами, когда были вынуждены отступать, затем отходили в горы, где от голода и болезней умирало больше людей, чем в результате боевых действий. Обычно к моменту общей капитуляции в конце войны выживала лишь небольшая часть первоначального состава гарнизона.
Первые высадки новой серии были проведены 28 февраля на острове Палаван и 10 марта в районе Замбоанга, на западной оконечности острова Минданао. Авиация союзников, действуя из этого района, могла препятствовать подходу морских сил противника к Филиппинам из Целебесского и Южно-Китайского морей. Затем американцы вторглись на острова Панай, Негрос, Себу, Бохоль и ряд других, более мелких островов центральной части Филиппинского архипелага. Одновременно они продвинулись на юго-запад от Замбоанга, высадившись без сопротивления на островах Басилан, Тавитави и Джоло архипелага Сулу. Эти острова, так же как и остров Палаван, имели аэродромы, обеспечивавшие возможность непосредственной авиационной поддержки запланированной Макартуром морской десантной операции на острове Борнео. Наконец, американцы осуществили серию высадок на побережье острова Минданао. С плацдармов на западном, северном и южном побережье вторгшиеся войска продвигались вперед, дробя японские силы и не позволяя им образовать единый фронт. Затем американцы вытеснили противника из городов в глубь острова, где филиппинские партизаны держали его под ударами до конца войны.
В конце ноября 1944 года базировавшиеся на Сайпан самолеты В-29 21-го бомбардировочного авиационного командования начали совершать налеты на район Токио. Результаты этих налетов не вполне удовлетворяли союзников. Тяжелые бомбардировщики действовали в чрезвычайно трудных условиях. Так как общая дальность полета туда и обратно достигала 3000 миль, бомбовую нагрузку пришлось сократить с 10 до 3 т. Из-за отсутствия истребительного прикрытия бомбардировщики вынуждены были вести неприцельное бомбометание с высоты 8-9 км. Базы противника на островах Волкано и Бонин, находящиеся на полпути между южной группой Марианских островов и Японией, снижали эффективность бомбардировок, так как предупреждали Токио о приближении бомбардировщиков и высылали истребители для атаки их на перелете. Захват какого-нибудь острова в группе Волкано - Бонин не только дал бы возможность положить конец этим помехам, но и предоставил бы достаточно близкую для налетов на Японию базу для истребителей и средних бомбардировщиков. Для достижения этих очевидных выгод комитет стратегического планирования в Вашингтоне почти сразу после принятия решения о вторжении на Марианские острова приступил к разработке планов захвата острова Иводзима. В начале октября 1944 года комитет начальников штабов дал указание адмиралу Нимицу, чтобы после выполнения флотом задачи по прикрытию и поддержке сил Макартура при вторжении на остров Лусон приступить (в начале 1945 года) к проведению операции по захвату островов Иводзима и Окинава.