Об избрании и интронизации Сергия было сообщено другим православным патриархам, и они прислали свои поздравления по этому поводу. В октябре 1943 г. был учрежден совет по делам Русской православной Церкви при Совнаркоме. Новая политика государства по отношению к Церкви получила название конкордата, хотя никакого равенства и независимости сторон, что предполагает этот термин, разумеется, не было. Но свои обещания Сергию Сталин выполнял: патриарх направил на имя председателя нового совета Карпова просьбу об амнистии находившихся в заключении церковных иерархов. Оказалось, что из длинного списка к тому времени в живых оставался лишь один епископ, которого и освободили в 1945 г. В ноябре Совнарком принял решение «О порядке открытия церквей», согласно которому для открытия верующие должны были обратиться с ходатайством к местным органам власти, которое затем направлялось в совет по делам Церкви; окончательное решение принимал Совнарком. Таким многоступенчатым способом все же удалось вернуть верующим значительное число церквей, в которых власти обычно размещали хозяйственные склады. В 1943 г. после перерыва вышли первые 4 номера «Журнала московской патриархии», а в 1944 г. – уже 12; был опубликован сборник документов «Русская православная Церковь и Великая Отечественная война». Понемногу начали налаживаться, несмотря на трудности военного времени, контакты Русской Церкви с другими Церквами, православными и инославными. Конец 1943 г. и начало 1944 г. были временем освобождения от немецко-фашистских оккупантов Украины, Белоруссии и Молдавии. При отступлении немцев из этих областей с ними уехали практически все иерархи автокефальной Церкви и некоторые представители автономной. Немногие оставшиеся, как правило, арестовывались за сотрудничество с врагом и отправлялись в лагеря. Тем не менее, открытые при немцах церкви и монастыри продолжали работать.
В мае 1944 г. в результате кровоизлияния в мозг скоропостижно скончался патриарх Сергий. В связи с его смертью замечательный православный богослов Вл. Лосский писал из Парижа: «До конца времен Церковь сохранит память великого святителя наряду с другими именами, которые знает каждый христианин… Старый мир, мир русской империи, мир византийских традиций, восходивший к Константину Великому, который казался многим миром самого христианства, внезапно рушился до основания, и на его месте возникал новый мир вне христианства, но не вне Божественной воли, определяющей исторические судьбы. Чтобы руководить церковной жизнью в столь исключительных условиях, в Москве – столице нового государства, в центре строящегося нового мира надо было обладать непоколебимой верой в богоустановленность Церкви». С этим восторженным панегириком согласны далеко не все православные верующие в России и за ее пределами, но воздать должное первосвятителю, мужественно управлявшему Церковью в тяжелейшие годы кровавых гонений, несомненно, следует.
В завещании патриарха Сергия, составленном еще в конце 1941 г., в качестве предлагаемого им местоблюстителя патриаршего престола был назван ленинградский митрополит Алексий. В день кончины Сергия Священный синод это завещание утвердил. Началась подготовка поместного собора, которому предстояло избрать нового патриарха. Для обсуждения состава и программы поместного собора в ноябре 1944 г. состоялся архиерейский собор, в котором участвовало 50 епископов, многие из которых были поставлены на кафедры в течение последнего года. Иерархи решили пригласить на предстоящий собор патриархов константинопольского, александрийского, антиохийского, иерусалимского и грузинского. Поместный собор открылся в январе 1945 г. в храме Воскресения в Сокольниках; в нем участвовало более 200 священнослужителей и мирян.
Новодевичий монастырь в Москве. Конец XVII – начало XVIII в.
На собор приехали патриархи александрийский, антиохийский и грузинский, представители вселенского патриарха и патриарха иерусалимского, делегации Сербской и Румынской православных Церквей. На открытии местоблюститель Сергий назвал две основные задачи, которые стояли перед собором: избрание патриарха и утверждение нового «Положения об управлении Русской православной Церковью». В речи, открывавшей первую сессию собора, первосвятитель сказал, что деятельность Церкви во время войны не сводилась к сбору пожертвований, она, прежде всего, «проникала в самую душу народную, поднимая дух любви к Родине, волю к победе, давала утешение страждущим, скорбящим и унывающим». Во время избрания патриарха епископы, облаченные в мантии, единодушно заявили: «Избираем патриархом московским и всея Руси высокопреосвященнейшего Алексия, митрополита ленинградского и новгородского»; сам Алексий в голосовании не участвовал. Интронизация патриарха состоялась 4 февраля 1945 г. в Богоявленском кафедральном соборе Москвы; на торжество собралось более пяти тысяч богомольцев. Народ увидел, что, несмотря на кровавые гонения, Русская православная Церковь Христова жива, что Промысел Божий не оставил Россию вовсе. Присутствовавший на соборе митрополит алеутский и североамериканский Вениамин писал: «Как говорили многие из нас, это был почти Вселенский Собор. Невольно напрашивалась мысль: не перенес ли Глава Церкви, Господь Иисус Христос, центр ее в Москву? Не суждено ли первопрестольной исполнить давнее пророчество инока Филофея: “Москва – третий Рим”?» Перенесшие ужасы сталинского ада русские священники не могли воспринимать эти слова иначе как утопию.
10 апреля 1945 г. Сталин пригласил патриарха в Кремль для беседы о патриотической деятельности Церкви на завершающем этапе Отечественной войны; со стороны правительства на встрече присутствовал Молотов, с церковной – митрополит Николай и управляющий делами патриархии протопресвитер Николай Колчицкий. Сталин говорил, что Церкви предстоит внести важный вклад в дело укрепления международных связей СССР. Кроме этого главного вопроса, ради которого встреча была организована, обсуждалась актуальная для жизни Церкви возможность расширения сети духовных учебных заведений и создания новых полиграфических мощностей для печатания церковной литературы.
В июне 1944 г. после двухлетних проволочек союзники решили, наконец, открыть второй фронт; их войска высадились на побережье Франции и начали двигаться на восток. Первые обещания открыть второй фронт были сделаны в 1942 г., но союзники Советского Союза были одновременно врагами большевизма, и поэтому кроме разгрома фашистской Германии стремились по возможности ослабить военную мощь СССР. За два года оправданий и откровенного обмана со стороны союзников Красная армия потеряла около пяти миллионов человек; своевременное открытие второго фронта значительно уменьшило бы это число. В последние годы был рассекречен план, составленный Черчиллем перед окончанием войны, цель которого – отбросить советские войска после победы над Германией до предвоенной границы СССР, спасая тем самым Европу от большевистской угрозы. Реально оценив свои силы, союзники от этой идеи отказались.
9 мая 1945 г. был подписан акт о безоговорочной капитуляции Германии, что означало окончание Великой Отечественной войны. 24 июня в Москве на Красной площади состоялся Парад Победы, во время которого к подножию мавзолея Ленина были брошены около 200 знамен разгромленных Красной армией немецких дивизий. По случаю победы Сталин обратился 9 мая к советскому народу, обращение он закончил словами: «Великая Отечественная война завершилась нашей полной победой. Период войны в Европе кончился. С победой вас, мои дорогие соотечественники и соотечественницы! Слава нашей героической Красной армии, отстоявшей независимость нашей Родины и завоевавшей победу над врагом! Слава нашему великому народу, народу-победителю! Вечная слава героям, павшим в боях с врагом и отдавшим свою жизнь за свободу и счастье нашего народа». Это – речь правителя, уверенного в себе и в своей власти, здесь уже нет обращения «Братья и сестры!», произнесенного им в первые дни войны, в минуты слабости и растерянности. Однако церковная жизнь страны в послевоенное время заметно оживилась, хотя на большинство ходатайств, поступивших от верующих в разного рода советы по поводу открытия новых храмов, были получены отказы, многие церкви и монастыри все же начали свою работу. Резко выросло число прихожан за счет тех, кто не мог креститься в предвоенные годы. Правда, наиболее знаменитые и ценные в историческом и архитектурном отношении храмы, такие как поставленные в честь Софии Премудрости Божией соборы в Киеве и Новгороде, соборы московского Кремля, Казанский и Исаакиевский соборы Ленинграда, Церкви переданы не были – они по-прежнему оставались музеями. Наибольшее число действующих церквей было в областях, оккупированных фашистами во время войны, – их после освобождения не стали закрывать в соответствии с новой политикой по отношению к религии.