Мануйлов и его агентура установили пути транспортировки в Россию нелегальной литературы и попытались организовать ее перехват. Однако неожиданно в конце 1904 г. из Петербурга последовало распоряжение прекратить разработку Деканози на том основании, что якобы не была установлена его причастность к «военно-политической деятельности», а Мануйлову было рекомендовано сосредоточиться на организации безопасности российского флота, следующего с Балтики на Дальний Восток.
Однако случай помог Мануйлову убедить руководство Департамента полиции дать санкцию на установление наблюдения за парижскими связями Акаси. Уже давно было установлено, что японский странствующий атташе систематически наезжал из Стокгольма во французскую столицу. Как правило, он любил останавливаться в одной и той же гостинице «Интернациональ», расположенной по адресу Авеню Иен, д. 60. В феврале 1905 г. горничная этой гостиницы направила письмо российскому послу Нелидову с предложением своих услуг по негласному наблюдению за японским разведчиком за материальное вознаграждение.
Она помогла Мануйлову организовать слуховой контроль комнаты Акаси, а также проводить негласный досмотр багажа, просматривать его переписку и получать дополнительные сведения в отношении японской агентуры. В частности, это позволило установить роль Зиллиакуса, который активно занимался организацией доставки оружия в Россию. Весной 1905 г. внутриполитическая ситуация в Российской империи накалилась и радикально настроенные революционеры-эмигранты активизировали закупку оружия. При этом Акаси оставался в тени, а на политической сцене активно действовали только Деканози и Зиллиакус.
В 20-х числах апреля 1905 г. Мануйлов получил сообщение, что в конце месяца Акаси прибудет в Париж для встречи со своей агентурой. С этой целью в гостинице для него была забронирована комната № 20. Сразу же Мануйлов дал соответствующие распоряжения своей агентурной сети, и наблюдательные агенты заняли соответствующие места внутри гостиницы и снаружи. 30 апреля они заняли комнату № 19, которая примыкала к номеру 20, в которой 1 мая поселился Мотодзиро Акаси. Эти две комнаты были отделены друг от друга толстой стеной, в которой имелись две двойные двери. Каждая из двух дверей имела две дверцы, одну из которых, открывавшуюся в № 19, раскрыли. Таким образом, от комнаты Акаси российских контрразведчиков отделяла лишь простая дверь, из которой во избежание неожиданностей со стороны соседа предварительно был вынут ключ. Рабочий стол полковника Акаси, за которым он обычно беседовал со своим посетителем, стоял как раз у этой двери. Все это позволило Мануйлову во вторник 2 мая 1905 г. лично полностью прослушать трехчасовой разговор Мотодзиро Акаси с Георгием Деканозовым.
Уже 3 мая 1905 г. Мануйлов докладывал директору Департамента полиции следующее: «…Акаси встретил его как старого знакомого, и разговор сейчас же коснулся революционного движения в России. Акаси заметил, что его не удовлетворяет настоящая форма революционного движения, так как она совершенно расходится с теми планами, которые намечены были ими в предыдущих свиданиях как с Деканози, так и с другими единомышленниками. На это Деканози возразил, что местные условия весьма часто, в силу вещей, видоизменяют заранее намеченные планы и что с этим обстоятельством волей-неволей приходится считаться. Главной помехой, по словам Деканози, является войско, которое самым слепым образом исполняет приказы правительства. Акаси заметил на это, что по тем сведениям, которые были получены через посредство Деканози от офицера, в данное время в России всего от 400 до 500 тыс. войска, и, по его мнению, если бы суметь организовать стотысячную вооруженную толпу, то с уверенностью можно бы сказать, что при содействии общества эта вооруженная сила одержала бы победу над деморализованными солдатами».
«Мы готовы, как вы знаете, — сказал Акаси, — помогать вам материально на приобретение оружия, но самое главное, чтобы движению этому не давать остыть и вносить, таким образом, в русское общество элемент постоянного возбуждения и протеста против правительства».
Разговор вновь переходит на революционное брожение, и Деканози самым подробным образом рассказывает своему собеседнику о многих событиях, происходящих на Кавказе, утверждая при этом, что к осени можно ожидать весьма крупных беспорядков в Тифлисе, Баку и Батуме, куда уже доставлено весьма значительное количество оружия. Акаси развивает ту мысль, что во всем этом движении необходимо по возможности не трогать частной собственности, дабы не раздражать общество, но направить все против самодержавного правительства. «Нужно, — сказал Акаси, — чтобы движение это носило характер антицарский, а потому, по моему мнению, следовало бы громить имущество, принадлежащее Удельному ведомству. В этом направлении, — ответил Деканози, — кое-что уже начато в Таврической губернии».
Сотрудники Мануйлова сумели провести нелегальный досмотр багажа Акаси и просмотреть переписку. В середине мая 1905 г. из его чемодана была изъята и перефотографирована записка Зиллиакуса с полной калькуляцией расходов, произведенных для закупки оружия. В информационном письме руководству Департамента полиции Мануйлов так пояснял ее содержание: «Японское правительство при помощи своего агента Акаси дало на приобретение 14 500 ружей различным революционным группам 15 300 фунтов стерлингов, т. е. 382 300 франков. Кроме того, им было выдано 4000 фунтов (100 000 франков)». Кроме эсеров в качестве получателей крупных сумм в перехваченном документе значились Грузинская партия социалистов-федералистов (революционеров), Польская партия социалистов и Финляндская партия активного сопротивления.
Оружие было закуплено в столь большом количестве, что стала очевидной невозможность обеспечить его транспортировку ранее купленными яхтами «Сесил» и «Сизи». Революционеры начали переговоры о покупке целого парохода. Российские контрразведчики понимали, что операция по перехвату каналов транспортировки оружия в Россию потребует принятия масштабных мер. Мануйлов предложил руководству Департамента полиции учредить специальные резидентуры внешней контрразведки в семи крупнейших портовых городах Европы: Гамбурге, Кенигсберге, Лондоне, Ливерпуле, Гавре, Марселе и Шербуре. Эту идею активно поддерживал российский посол во Франции А. И. Нелидов, заручившийся в свою очередь поддержкой министра иностранных дел В. Н. Ламсдорфа. После доклада царю этот вопрос был направлен для выработки конкретных практических мероприятий новому министру внутренних дел А. Г. Булыгину. Однако руководство МВД и Департамента полиции подготовили успокоительный ответ, в котором фактически дезавуировали предложения Мануйлова и Нелидова.
В чем же была причина столь неожиданного решения руководства основного силового ведомства Российской империи? Так получилось, что в дело вмешалась сложная политическая и служебная интрига. После убийства членом Боевой эсеровской организации И. Каляевым московского генерал-губернатора и командующего военным округом великого князя Сергея Александровича произошла смена руководства спецслужб. 20 января 1905 г. вместо П. Д. Святополк-Мирского министром внутренних дел был назначен А. Г. Булыгин. Создатель Секретного отделения, командировавший в свое время И. Ф. Мануйлова в Париж, директор Департамента полиции А. А. Лопухин 4 марта 1905 г. получил новое назначение на пост Эстляндского губернатора, а 27 октября и вовсе был уволен в отставку. Новым директором Департамента полиции был назначен С. Г. Ковалевский. Одновременно петербургским генерал-губернатором был назначен Д. Ф. Трепов, получивший диктаторские полномочия для подавления революции. Фактически ему были переданы из ведения Булыгина все полицейские вопросы. Он настоял на возвращении в МВД и назначении на должность вице-директора Департамента полиции по политическим вопросам (с 4 июля 1905 по 11 января 1906 г.) действительного тайного советника П. И. Рачковского.
Петр Иванович Рачковский был ветераном российского политического розыска. Долгое время, с 1885 по 1902 г., он возглавлял Заграничную агентуру Департамента полиции и сумел добиться видного положения в аристократических кругах французского общества. Это был, безусловно, очень талантливый человек, усилиями которого была создана служба Заграничной агентуры Департамента полиции практически во всех европейских странах. Он сыграл большую роль при заключении франко-русского военного союза. Рачковский поддерживал дружеские отношения с крупными политическими деятелями Франции, в частности с президентом Э. Лубэ и наиболее влиятельными кардиналами католической церкви. В 1901 г. он получил аудиенцию у Папы Римского Льва XIII. «Это был прирожденный сыщик, комбинатор и авантюрист», — писал о нем один из первых историков российских спецслужб В. К. Агафонов. В начале XX в. П. И. Рачковский стал активно втягиваться во внешнюю политику и интриги, занимаясь вопросами, которые не входили в его компетенцию. Это стало отрицательно сказываться на его прямых обязанностях и в итоге привело его к отставке в 1902 г.
