Отношения с Мануйловым у Рачковского не сложились еще в то время, когда тот прибыл по заданию охранного отделения в Париж в 1895 г. Желая произвести впечатление на служащих парижской префектуры, Мануйлов рекомендовал себя как представителя российского МВД, командированного якобы для негласной проверки деятельности заграничной агентуры, и предложил за вознаграждение помочь французским спецслужбам разоблачить Рачковского.
Однако об этой интриге узнал сам Рачковский и вызвал Мануйлова для выяснения отношений. Тот оказался основательно напуган и поспешил признаться, что действовал по заданию начальника Петербургского охранного отделения Секеринского и других, по мнению Рачковского, «охраненских тунеядцев». После беседы с Рачковским Мануйлов попросту бежал из Парижа и позднее появился уже в Риме. На этот раз он был аккредитован Святейшим Синодом в качестве сотрудника российского представительства при Ватикане.
Деятельность Мануйлова в Риме и особенно его конфиденциальная информация для деятелей святейшего Синода о ситуации в Ватикане во многом подорвали престиж Рачковского в Санкт-Петербурге и за границей. Это в известной степени способствовало его увольнению в отставку 15 октября 1902 г. Поэтому, вернувшись в Департамент полиции в качестве вице-директора по политической части, Рачковский не без внутреннего злорадства дезавуировал все предложения восходящей звезды политического сыска России. Большую роль в дискредитации И. Ф. Мануйлова сыграл протеже Рачковского А. М. Гартинг, возглавлявший при Ратаеве берлинскую агентуру Департамента полиции. Именно его Рачковский в августе 1905 г. назначил руководителем Заграничной агентуры Департамента полиции. «Подхалимство, интриги, подкупы и провокации, царившие в министерствах и департаментах, приводили к тому, что против министров, директоров департаментов и других крупных чиновников создавались группы недовольных, старавшихся всякими путями навредить своим противникам», — писал о нравах, царивших в правящих кругах Российской империи, и в частности в Министерстве внутренних дел того времени, видный общественно-политический деятель, профессор права Петербургского университета С. Г. Сватиков.
Убийство Плеве и генерал-губернатора Москвы великого князя Сергея Александровича, отставка Лопухина изменили соотношение сил в Департаменте полиции, и дни пребывания Мануйлова в Париже были сочтены. Успехи, достигнутые его агентурой, вскружили ему голову и пробудили жажду сделать карьеру любой ценой. Постепенно он растерял такие качества, необходимые сотруднику спецслужбы, как скромность, самокритичность, порядочность.
Его обвинили в растрате на собственные нужды казенных денег и срочно отзывали в Петербург. Другое обвинение касалось несоразмерности качества представленной информации с размером выплаченного содержания. С октября 1904 по июль 1905 г. ему выплатили 52,6 тыс. руб. Осенью 1905 г. И. Ф. Манасевич-Мануйлов был прикомандирован к Председателю совета министров С. Ю. Витте. По его поручению он установил связь последнего с Георгием Гапоном. В это время Мануйлов уже располагал информацией, что японцы дали деньги на восстание в Москве, а революционеры снаряжают целый пароход с оружием в Финляндию. Очевидно, он сумел разгадать планы Акаси и японского Генштаба об организации «взрыва Российской империи изнутри».
Шло лето 1905 г. Пароход «Джон Графтон» водоизмещением 315 тонн, построенный в 1881 г., был куплен организаторами акции летом 1905 г. через посредника, а затем, чтобы окончательно запутать следы и сбить со следа Заграничную агентуру Департамента полиции, перепродан английскому виноторговцу Ричарду Дикенсону, который переименовал его в «Луну» и передал в аренду американцу Мортону. Старая команда была списана на берег в голландском порту Флиссенгене и заменена новой, состоящей в основном из финнов и латышей. Во главе ее стал член ЦК Латышской социал-демократической рабочей партии Янис Страутманис. Груз, по различным данным, содержал около 16 тыс. винтовок «Веттерли», 3 млн. патронов к ним, около 3 тыс. револьверов, 3 тонны взрывчатых веществ. Все это было загружено на борт «Джона Графтона» с парохода «Фульхам» («Ункай мару») у острова Герней в открытом море, и в конце августа 1905 г. корабль взял курс на Балтийское море. 18 августа часть оружия была выгружена на берег к северу от Виндавы. Однако главный прием оружия, запланированный на острове близ Выборга, не состоялся. «Джон Граф-тон» вернулся за новыми инструкциями в Копенгаген, где новым капитаном был назначен бывший старший помощник, финский морской офицер Эрик Саксен.
К этому времени стало ясно, что прием оружия вблизи Петербурга невозможен, и поэтому было предписано двигаться в Ботнический залив. Вторая часть оружия была выгружена 4 сентября в районе города Кеми группой финнов во главе с Джоном Нюландером, который взял на себя командование судном. Вечером 6 сентября началась разгрузка очередной партии груза около г. Якобстадт, однако на рассвете следующего дня, 7 сентября, корабль налетел на риф в районе г. Пиетарсаари. В течение всего дня 7 сентября и части 8 сентября команда безуспешно пыталась сначала снять корабль с каменистой отмели, а затем перегрузить часть опасного груза на соседний остров. Сделать это в полной мере не удалось, поскольку корабль был обнаружен властями. 8 сентября его посетили российские таможенники, которых задержали, превратив в заложников. 8 сентября в 4 часа дня корабль с поднятым красным флагом на мачте был взорван. Команда во главе с Нюландером бежала в Швецию на яхтах, предоставленных местными жителями.
21 октября 1905 г. начальник Финляндского жандармского управления генерал Фрейберг доносил командиру Отдельного корпуса жандармов об окончании «разгрузки» полузатопленного остова парохода, а также тайников, наспех оборудованных на близлежащих островах и побережье Финляндии. Всего было найдено 9670 винтовок системы «Веттерлей», около 4 тыс. штыков к ним, 720 револьверов «Веблей», 400 тыс. винтовочных и 122 тыс. револьверных патронов, около 192 пудов (3 тонн) взрывчатки, 2 тыс. детонаторов и 13 фунтов бикфордова шнура.
Фактически при участии российских контрразведчиков была сорвана попытка японской разведки организовать крупномасштабное восстание в европейской части Российской империи. Финляндская партия активного сопротивления получила всего лишь 300 винтовок. Они использовались еще в 1917-1918 гг. для вооружения отрядов финляндской Белой гвардии.
Эту попытку ввоза оружия один из сообщников Зиллиакуса Герман Гуммерус назовет впоследствии «глупейшей и фантастической». Так или иначе, но эти действия заметно снизили потенциал терроризма в отношении государственной власти и правопорядка. По воспоминаниям С. Гопнер, «весть о том, что пароход "Джон Графтон", шедший с оружием, взорвался и затонул в Ботническом заливе, разрушила надежды боевой группы на получение большого количества оружия». Это сорвало план вооруженного восстания в Санкт-Петербурге. Позднее было отмечено, что в ходе декабрьского вооруженного восстания в Москве защитники баррикад на Пресне были вооружены винтовками «Веттерлей», бывшими на вооружении в швейцарской армии. После этого Министерство иностранных дел Российской империи предписало послам в ряде стран «войти в сношения с соответствующими правительствами на предмет принятия сими последних мер для предупреждения вывоза оружия в империю».
Следствием этого стало усиление морской пограничной стражи. Теперь государственную границу на Балтике стала охранять пограничная флотилия из одиннадцати больших и двух малых кораблей под командованием жандармского подполковника Н. И. Балабина. Ее главной задачей была борьба с контрабандой оружия и взрывчатых веществ через Прибалтийское побережье и Финляндию. Информация о выходе судов из иностранных портов с оружием для революционных организаций шла от заведующего Заграничной агентурой Департамента полиции.
Одновременно с организацией транспорта с оружием на Балтике Мотодзиро Акаси и Зиллиакус предприняли попытку ввоза большой партии оружия через Черное море на Кавказ. Эта акция была более тщательно продумана и детально спланирована. Здесь основная ставка делалась на революционную деятельность грузинских и армянских националистов. К этому времени в Грузии на фоне крестьянских волнений были созданы боевые дружины и «красные сотни». В значительной степени обострились межнациональные отношения между азербайджанской и армянской диаспорами в Нагорном Карабахе и городе Баку. Однако главным противником всех кавказских революционеров неизменно оставался царизм. Поэтому Кавказ неизменно оставался «горячей точкой» Российской империи и был готов получать большие партии оружия.
Для этой цели на японские деньги был закуплен пароход «Сириус» общим водоизмещением 597 тонн. Его формальным хозяином и капитаном числился голландский анархист Корнелиссен. В начале сентября он принял на борт 8,5 тыс. винтовок «Веттерлей» и 2 млн. патронов к ним и в конце сентября взял курс к черноморским берегам России из Амстердама, якобы по своим торговым делам. Длинный путь в Черное море через Атлантику и Средиземное море экипаж проделал беспрепятственно.
