Но в 1351 г. два Стефана заключили мир, а в 1353 г., незадолго до своей смерти, Стефан выдал свою единственную дочь Елизавету за короля-католика Людовика Венгерского, наследовавшего своему отцу Карлу-Роберту. Наследником Стефана Костроманича был его малолетний племянник Стефан Твертко, а регентшей стала мать, молодого бана Елена. При таких условиях недовольные и буйные вельможи-катары подняли волнения; этим воспользовался Людовик Венгерский, когда в 1355 г. смерть Душана Великого освободила его от опасного соперника. В 1350 г. доминиканцы получили от Иннокентия VI подтверждение грамот, которыми в 1327 г. Иоанн XXII уполномочивал их проповедовать крестовый поход против еретиков. Людовик захватил Герцеговину, как наследство своей жены Елизаветы, а затем низвел Стефана Твертко до роли вассала и заставил его принести присягу, что он уничтожит катаров. В 1360 г. Иннокентий VI предоставил епископу Боснии все права папского инквизитора и приказал поднять новый крестовый поход, который послужил для Людовика поводом к новому вторжению. Но в 1365 г. катары, выведенные из себя стараниями Твертко уничтожить их, изгнали из Боснии бана и его мать. Людовик дал изгнаннику войско. После упорной борьбы Твертко вернул себе власть, а его брат, Стефан Вук, стоявший на стороне мятежников, бежал в Рагузу и перешел в католичество. Позднее в 1368 г. этот же самый Вук просил покровительства у Урбана V, утверждая, что брат-еретик лишил его наследства за то, что он преследовал еретиков. Папа просил Людовика поддержать католика Вука и заставить Твертко отказаться от заблуждений. В 1368 г. Людовик Венгерский оружием при помощи монахов вернул в лоно Церкви тысячи еретиков и схизматиков. Но сам Людовик признал в 1372 г., что католицизм упрочился только в немногих местностях; в других местностях он существовал рядом с катаризмом, но большинство жителей были катары. Боснийцы упорно держались своей веры. Твертко подчинил себе большую часть Сербии, Хорватию и Далмацию, в 1376 г. принял титул короля. Он умер в 1391 г., и вельможи стали вполне независимыми при таких бессильных королях, как малолетней сын покойного Стефан Дабиша, а затем Стефан Остоя. Воевода Хрвое Вукшич, правивший северной частью Боснии, и его родственник Сандаль Гранич, повелитель южной части, оба были еретиками; король Стефан Остоя и вся его семья также исповедовали еретическую религию. Катаризм сделался государственной религией. Во главе еретиков стояли Дед и двенадцать Учителей; первый из них. Гость, обыкновенно был представителем и преемником Деда, порой назывался Старцем. Эти лица считались сановниками государства и иногда выступали в качестве официальных представителей власти; так, например, в 1404 г. Дед Радомир послал в Рагузу уполномоченных привести изгнанного воеводу Павла Клесича, катара; многие другие катары, также изгнанные, жили в Рагузе: даже на Адриатическом побережье преследование уже прекратилось. Несмотря на катаризм Хрвоя Вукшича, Владислав Неапольский назначил его герцогом Спалатро и повелителем нескольких далматских островов; благодаря этому катаризм стал господствовать на всем побережье. Во время беспорядков, вызвавших низложение Стефана Остои и избрание Стефана Твертко II, в 1404 г. состоялось «Собрание боснийских вельмож»; среди членов этого собрания упоминаются Дед и несколько Учителей, но не упоминается ни об одном католическом епископе. Отныне в Боснии установилась веротерпимость.
Во время Великого Раскола не было попыток разоблачить миссионерскую деятельность катаров до тех пор, пока император Сигизмунд в качестве короля Венгрии не предъявил своих прав на Боснию. Две армии, посланные в 1405 г., потерпели поражение. Но в 1407 г. Григорий XII издал буллу, призывавшую весь христианский мир к крестовому походу против турок, ариан и манихеев (катаров). С его благословения император вступил в Боснию во главе шестидесяти тысяч венгров и поляков, разбил и взял в плен Твертко II и вернул Хорватию и Далмацию; но боснийцы продолжали упорствовать и восстановили на престоле Стефана Остою. Другой поход был предпринят в 1410-1411 гг. Остоя был отброшен к югу, и Сигизмунд на короткое время стал повелителем Боснии. Но когда в 1415 г. он освободил Твертко II и послал его царствовать в Боснию, вспыхнула междоусобная война. Твертко, которого поддерживала огромная венгерская армия, сначала имел перевес, но затем Остоя призвал на помощь турок, и в решающем сражении венгры были разбиты. Турки проникли в Штирию, всюду опустошая и грабя, и вернулись домой, ведя тысячи христианских пленников.
Таким образом, в это и без того сложное дело вмешался новый фактор. В 1389 г. победа на Косовом поле отдала в руки турок весь Балканский полуостров. С этого времени мусульмане безостановочно прокладывали себе дорогу вглубь страны. В 1392 г. они впервые вторглись в Южную Боснию и с этого времени уже постоянно вмешивались в дела Баната. В стране происходили постоянные междоусобные войны, и не было королевской власти, способной поддержать порядок; вельможи вечно ссорились между собою и приглашали неверных себе на помощь, приносили им присягу на верность и подкупали их, чтобы помешать им стать на сторону противника. Подобные нравы были свойственны и католикам, и православным, и катарам. Сознание постоянно грозившей опасности не могло заставить их прекратить эти вечные раздоры; они привлекали турок, лишь бы на время стать выше других; может удивлять только то, что турецкое завоевание так медленно подвигалось вперед. Несомненно, соединенные силы христиан могли бы остановить движение ислама. Но, во всяком случае, господство неверных было лучше полной анархии, место которой оно мало-помалу занимало. Сельскому населению турки до известной степени приносили облегчение. Когда в 1461 г. Стефан Томашевич вступил на престол, то он писал папе Пию II, что турки привлекают крестьян на свою сторону кротким обращением и обещанием свободы, и добавлял при этом, что вельможи, оставленные своими рабами, не могут больше защищать своих замков.
В отношении катаров турецкое нашествие имело два противоположных действия. С одной стороны, преследование заставляло еретиков искать защиты у неверных; с другой стороны, страна безусловно нуждалась в помощи христианского мира, а получить ее она могла, только подчинившись Риму и выполнив приказ пап, требовавших уничтожения еретиков. Эти два условия вызвали гибель Боснии. Когда там царила веротерпимость, то католической мир отказывал ей в своей помощи; когда же из политических соображений там начинали преследование, то катары становились на сторону неверных и помогали покорению государства.
В 1424 г. сыновья Остои попытались с помощью турок вернуть отцовский престол. Единственным результатом этой попытки была война, окончившаяся подчинением части Боснии Мураду II. В другой раз, в 1433 г., когда Твертко II боролся на востоке против сербского деспота Юрия Бранковича, он неожиданно должен был на юге остановить турецкое нашествие, вызванное Радивоем, одним из сыновей Остои. Вскоре после этого поднялся могущественный герцеговинский вельможа Сандаль Гранич и заставил Твертко II бежать к Сигизмунду. Во время трехлетнего отсутствия бана в Боснии происходили страшные волнения, в которые постоянно вмешивались турки, призываемые то одной, то другой партией.
В это же время была сделана попытка присоединить Боснию к истинной вере. В 1432 г. в Славонию с неограниченными полномочиями для проведения там реформы францисканского ордена и для обращения братьев к миссионерской деятельности был послан обсервантинский монах Джакомо делла Марка, бывший до того инквизитором среди итальянских фратичелли. Ему удалось провести многочисленные обращения от Боснии до Валахии. Но в 1434 г. Джакомо был изгнан доминиканцами; посланный снова в следующем году он проявил удвоенную энергию в своей деятельности, увенчавшейся огромными успехами. Но инквизитор поссорился с белым духовенством, завидовавшим ему, и, отлученный им от Церкви, должен был просить у папы снятия отлучения. Его блестящая деятельность была прервана императором Сигизмундом, вызвавшим его к себе на помощь против гуситов. Но он не забывал о своих противниках в Боснии: «Несомненно, – говорил он, – король Стефан – еретик, который, не получив сам крещения, не позволяет крестить и своих подданных, между тем императорский указ (Сигизмунда) заставит его уступить». Джакомо удалось добиться, что Сигизмунд заставил Твертко II принять крещение и в январе 1346 г. издать указ, ставивший францисканцев под покровительство короля и предоставлявший им право распространять католичество по всей Боснии. Взамен этого Сигизмунд помог Твертко вступить в его королевство, разделенное в то время между Сербией и Турцией и совершенно опустошенное. Твертко должен был ежегодно платить Мураду II двадцать пять тысяч дукатов дани. Как ни было слабо это подобие королевства, однако оно отказалось оказать католической Церкви обещанное покровительство. В это время Южная Босния была независима под владычеством Стефана Вукшича, племянника и наследника Сандаля; на него, как на катара, вся Босния смотрела как на защитника веры. Вступив в союз с Мурадом II, он снова лишил Твертко престола.