В это же время была сделана попытка присоединить Боснию к истинной вере. В 1432 г. в Славонию с неограниченными полномочиями для проведения там реформы францисканского ордена и для обращения братьев к миссионерской деятельности был послан обсервантинский монах Джакомо делла Марка, бывший до того инквизитором среди итальянских фратичелли. Ему удалось провести многочисленные обращения от Боснии до Валахии. Но в 1434 г. Джакомо был изгнан доминиканцами; посланный снова в следующем году он проявил удвоенную энергию в своей деятельности, увенчавшейся огромными успехами. Но инквизитор поссорился с белым духовенством, завидовавшим ему, и, отлученный им от Церкви, должен был просить у папы снятия отлучения. Его блестящая деятельность была прервана императором Сигизмундом, вызвавшим его к себе на помощь против гуситов. Но он не забывал о своих противниках в Боснии: «Несомненно, – говорил он, – король Стефан – еретик, который, не получив сам крещения, не позволяет крестить и своих подданных, между тем императорский указ (Сигизмунда) заставит его уступить». Джакомо удалось добиться, что Сигизмунд заставил Твертко II принять крещение и в январе 1346 г. издать указ, ставивший францисканцев под покровительство короля и предоставлявший им право распространять католичество по всей Боснии. Взамен этого Сигизмунд помог Твертко вступить в его королевство, разделенное в то время между Сербией и Турцией и совершенно опустошенное. Твертко должен был ежегодно платить Мураду II двадцать пять тысяч дукатов дани. Как ни было слабо это подобие королевства, однако оно отказалось оказать католической Церкви обещанное покровительство. В это время Южная Босния была независима под владычеством Стефана Вукшича, племянника и наследника Сандаля; на него, как на катара, вся Босния смотрела как на защитника веры. Вступив в союз с Мурадом II, он снова лишил Твертко престола.
В 1444 г. был избран новый король, Стефан Томаш Остоя. Одним из первых вопросов, потребовавших от короля разрешения, был вопрос – стать ли ему на сторону ереси или католичества. Церковь продолжала стараться обратить в католичество раздробленные остатки Боснии, не думая о том, что, увеличивая таким путем беспорядки и междоусобия, она действовала в интересах турок. Вступление нового короля требовало со стороны Церкви новых усилий. Папа Евгений немедленно дал викарному генералу францисканцев-обсерватинов Боснии, Фабиану де Бач, и его преемникам титул пожизненных инквизиторов в славянских землях. Он поручил лесинскому епископу обещать Стефану Томашу признание его избрания, если он согласится перейти в католичество. Положение Стефана было затруднительное. Все его вельможи, за исключением Петра Войшалича, были катарами; оскорбить их значило вызвать турецкое вмешательство; не принять католичества значило потерять всякую надежду на возможность помощи с запада. В конце концов он решил перейти на сторону католичества; но, боясь возбудить недовольство своих подданных катаров, отказался от короны, предложенной папой. Он разрешил устройство двух новых епископий, принял крещение и старался убедить своих подданных последовать своему примеру. Почти все вельможи обратились. Одним из наиболее упрямых был Стефан Вукшич, а также и масса населения нелегко поддавалась убеждению. Сам король не решался запрещать совершенным еретикам исповедовать их веру, что заставило инквизитора отлучить его от Церкви; но папа знал, как трудно было положение короля, и разрешил ему сохранять сношения с еретиками. Несмотря на то, что было выстроено много католических церквей, страна оставалась еретической. Будучи в Риме, легат заявил, что единственным средством против ереси был меч.
Положение короля было чересчур непрочно, так что он не мог начать преследования, которое неизбежно вызвало бы мятеж. Давая в 1446 г. несколько городов Павлу Драгишичу и его братьям, которые все были убежденными катарами, король должен был сделать оговорку, что, в случае измены, этот дар будет отнят у них только после расследования, произведенного «господином Дедом, боснийской Церковью и добрыми боснийцами». Францисканцы жаловались папе Николаю V на равнодушное отношение короля к ереси, но король говорил, что настанет день, когда он предложит своим подданным обращение или смерть, но в настоящее время его положение очень непрочно, так как еретики многочисленны и могущественны. Николай успокоил нетерпеливых францисканцев.
В 1448 г. был разбит после трехдневной битвы Ян Гуниади (Янош Хуньяди) на знаменитом Косовом поле. В 1449 г. он заключил с Мурадом II мир, длившийся семь лет. Босния была включена в мирный договор, а затем его подписала и Сербия. Избавленному теперь от опасности иноземного вторжения Стефану Томашу было предложено торжественно в присутствии представителей папы обещать Яну Гуниади окончательно уничтожить ересь. Николай V приказал лесинскому епископу – легату в Боснии проповедовать крестовый поход. В начале 1451 г. лесинский епископ сообщал, что много вельмож выразило желание обратиться; король помогал францисканцам, которым дал много монастырей. Но один доминиканец из Рагузы утверждал, что в Боснии и Сербии так мало монахов и священников что население совершенно не знает Истинной веры. Николай послал этого доминиканца и несколько других его братьев миссионерами в Боснию в то самое время, когда отправлял в Албанию, Болгарию и Сербию францисканца с двойным титулом нунция и инквизитора.
Лишь только инквизиторы начали преследование, сорок вождей катарской Церкви со множеством людей бежали к Стесрану Вукшичу, который начал помышлять о нападении на католиков Рагузы; много других еретиков бежало в Сербию и к туркам, которых они умоляли о помощи, а оставшиеся дома готовились к упорному сопротивлению. Вспыхнула кровопролитная религиозная война, и Юрий Бранкович воспользовался обстоятельствами, чтобы возобновить воину, прерванную в 1449 г. Стефан Томаш должен был отказаться от преследования и просить помощи. Раздраженный слабостью Стефана, Ян Гуниади приказал ему заключить мир с Сербией. Гуниади обвинял Стефана в том, что он не держит слова и вместо того, чтобы уничтожить еретиков,, к великому соблазну христиан оказывает им поддержку.
Когда в мае 1453 г. Константинополь перешел в руки турок, Стефан Томаш поспешил послать посольство к Мухаммеду II с изъявлением покорности. Ввиду все более и более грозившего вторжения турок невозможно было вести преследования; тем не менее папы дали Стефану Томашу часть денег, собранных на крестовый поход. Катары были унижены и наказаны, насколько это было возможно при данных обстоятельствах; вскоре они образовали в стране опасную партию недовольных. В 1459 г. король подтверждает Пию II, что он энергично преследует еретиков, и просит прислать новых епископов. Одним из последних актов его царствования была отправка к папе епископа Ноны с тремя вельможами катарами – Юрием Кучиничем, Стойсавом Твертковичем и Радованом Виенценичем, выразившими желание обратиться. В 1461г., во время войны с хорватскими вельможами, Стефан был убит своим сыном Стефаном Томашевичем и своим братом Радивоем. Это отцеубийство дало Стефану Томашевичу терновую корону. На севере он имел врага в лице Матвея Корвина; на западе вел войну с Хорватией; на юге у него был врагом Стефан Вукшич; на востоке в Сербии, обращенной в турецкий пашалык, Мухаммед II только ждал удобного случая, чтобы подчинить себе и Боснию. Окруженная со всех сторон врагами, страна и внутри была беспокойна; она была полна явных и тайных катаров, исполненных жажды мщения и готовых позвать на помощь первого встречного. Единственная надежда нового короля была на помощь христианского мира. Чтобы заслужить ее, он деятельно старался укрепить в своих владениях католическую Церковь; но это только ускорило его падение. От Пия II он добился только того, что легату – аббату из Спалатро были даны инструкции собирать деньги и набирать крестоносцев. Он заключил союз с Матвеем Корвином, уплатив ему крупную сумму денег, отдал ему несколько замков, порвал все отношения с турками и прекратил уплату дани Мухаммеду II. Всеми этими поступками он отдалил от себя своих подданных катаров и навлек на себя гнев султана. Много изгнанных из Боснии катаров нашли убежище в землях, занятых мусульманами; другие, особенно вельможи, вынужденные притворяться обращенными, поддерживали постоянные сношения с турками, сообщали им все, что делалось, и готовы были во всякое время оказать им помощь. О заключении договора с Матвеем Корвином было немедленно сообщено Мухаммеду, который, чтобы проверить это известие, отправил посла потребовать дани. Король Стефан свел турецкого посла в свое казнохранилище, показал ему деньги и заявил, что не желает платить требуемой с него суммы, потому что она нужна ему для защиты против врагов или для жизни в изгнании, если судьба лишит его королевства.