Это настораживало Японию куда больше лесных концессий Безобразова на корейской границе. Японский посланник в России Курино Синьитиро передал российскому министру иностранных дел В. Н. Ламсдорфу предложения о размежевании в Корее и Маньчжурии на основе «преимущественных прав». Японский премьер-министр Комура считал эти предложения реальной основой для переговоров. Сторонники «жесткой» линии думали иначе.
К этому времени руководители российской военной разведки в Корее и Японии были заменены. Вместо Б. П. Ванновского в Японии военным агентом стал подполковник В. К. Самойлов, а вместо А. И. Стрельбицкого в Корею был командирован подполковник Л. Р. фон Раабен. Они работали значительно активнее. Фон Раабен в предельно короткий срок с февраля по июнь 1903 г. создал негласную агентурную сеть из числа иностранцев. Его информаторами были высокопоставленные военнослужащие: начальник юнкерского училища, дворцовый адъютант, начальник военной канцелярии. Блестящий аналитик В. К. Самойлов установил широкий круг знакомств среди японцев и иностранных военных агентов, среди которых особо ценным источником был французский военный атташе барон Корвизар.
В их донесениях в Военное ведомство содержалась более взвешенная и трезвая оценка военно-политических усилий Японии. Так, Самойлов обращал внимание на такие качества японской армии, как выносливость и подвижность, а также способность учиться. В декабре 1903 г. он докладывал о размещении японских военных заказов в Германии. Речь шла об увеличении артиллерийского парка осадных и полевых орудий.
Военно-морским агентом Росси в Японии с 1899 г. был капитан 2 ранга Александр Иванович Русин. Это был кадровый морской офицер, который, в отличие от Б. П. Ванновского и А. И. Стрельбицкого, смог хорошо разобраться в ситуации и наладить достаточно эффективную разведывательную работу. Вместе с российским посланником бароном Розеном он систематически доносил о верных признаках подготовки Японии к войне. Так, они доносили своему руководству, что в Японии началась мобилизация, реквизиция и вооружение судов торгового флота, была организована Квартира верховного командования, закладывались новые корабли и производились служебные перемещения морских офицеров.
Они весьма скептически оценивали перспективы российско-японских переговоров. 20 августа 1903 г. А. И. Русин докладывал, что «переговоры (России и Японии. — Б. С.) едва ли приведут к соглашению: ненормально приподнятое самомнение японцев, при нравственной поддержке Англии и Америки, не позволит кабинету графа Кацура принять условия, сколько-нибудь допустимые для интересов государства Российского, разграничения сфер влияния на Дальнем Востоке. Враждебная против России агитация, производившаяся почти без перерыва в течение последних лет японскими политическими деятелями и прессой, вместе со льстивыми заискиваниями Англии, Америки и даже Германии не могли не создать в конце концов серьезного препятствия к прочному соглашению между Россией и Японией. Тем более что даже грандиозные уступки с нашей стороны, скажу для примера, создающие отношения Кореи и Японии вроде вассальных и предоставляющие японцам многие права на Маньчжурию, не обеспечат надолго мира на Дальнем Востоке, так как и эти условия покажутся японцам недостаточными и Япония начнет домогаться новых уступок. Отрезвит Японию лишь твердый отпор с нашей стороны, отпор, основанный на наличии такой русской военной силы на Дальнем Востоке, которая делала бы проблематичным даже в глазах японцев их успех, хотя бы на первое время, на поле военных действий. Японцы, зная наличие наших военных сил и их распределение на Дальнем Востоке, сильно рассчитывают и даже, можно сказать, уверены в своем успехе в первый период войны. Этими первыми успехами японцы ожидают утвердить свой политический и военный престиж, благодаря которому мечтают заключить скорый, выгодный и почетный для себя мир». Время подтвердило, что прогноз профессионального российского разведчика оказался верным.
Однако военное ведомство не приняло во внимание ни прогнозы, ни сведения российского разведчика. В итоговых штабных документах, основными из которых были «План стратегического развертывания войск Дальнего Востока» и «Сборник новейших сведений о вооруженных силах иностранных государств», не рассматривались возможности наращивания численности японской армии за счет последующих мобилизаций. В Главном штабе категорически утверждали, что Япония ни в коем случае не может выставить в Маньчжурии более 150 тыс. человек.
Между тем оценка мобилизационных возможностей Японии, сделанная А. И. Русиным, была гораздо ближе к истине, чем оценки других источников. В 1903 г. он сообщал в Главный морской штаб, что Япония будет иметь в своем составе 633 415 человек, когда «новые законы войдут в силу». В марте 1903 г. он передал в Главный морской штаб основные данные по японскому плану войны с Россией. Опытный разведчик указал, что Япония будет стремиться: «1) занять Корею; 2) не дать России окончательно утвердиться в Маньчжурии; 3) попытаться сделать демонстративную высадку близ Приамурской области; 4) такую же высадку осуществить на Квантуне и 5) при удаче этих двух операций попытаться овладеть вышеуказанными областями».
Однако не следует забывать, что донесения военно-морских агентов попадали в военное ведомство очень редко и только после предварительного отбора в Главном морском штабе. Это отрицательно сказывалось на осведомленности Военного министерства о военно-морских аспектах угрозы России. Российская военно-морская агентура в Японии была совершенно изолирована и поэтому для армии практического значения не имела. Однако война должна была начаться с морских операций и десантов, поэтому военно-морские сведения имели для сухопутных штабов на Дальнем Востоке самый живой интерес.
В конце XIX—начале XX в. не менее острыми для России оказались проблемы обеспечения внутренней стабильности. На политической карте мира Россия оставалась абсолютной монархией с самодержавной формой правления. Самодержавие и его институты были наследием феодальной эпохи. В России не было законодательных органов, а имелся только законосовещательный Государственный Совет. Исполнительную власть осуществляли 11 министерств. Каждый руководитель ведомства сохранял полную самостоятельность и докладывал о своих делах непосредственно царю. Административный аппарат постоянно увеличивался, и к началу XX в. в России насчитывалось 436 тыс. чиновников. По тем временам это была самая большая бюрократическая прослойка во всем мире. В государственном аппарате шло постоянное тайное и явное ведомственное соперничество бюрократических структур.
К началу XX в. в России сложилась система спецслужб, обеспечивающих внутреннюю государственную безопасность российской империи. Становым хребтом этой системы было Министерство внутренних дел, важнейшей функцией которого была борьба с революционным движением и либеральной оппозицией. Специально этим занимался Департамент полиции, являвшийся «наследником» III отделения Собственной Его Императорского Величества канцелярии. Пятьдесят девять штатских чиновников Особого отдела департамента осуществляли общее руководство политическим розыском. Непосредственными исполнителями их указаний были около 16 тыс. офицеров и нижних чинов Отдельного корпуса жандармов. Министр внутренних дел был шефом корпуса. Корпус жандармов делился на три части. Первая состояла из имевшихся в каждой губернии жандармских управлений, которые следили за политическим порядком на территории своих губерний, вели дознания и расследования.
Вторая часть корпуса была сведена в жандармские управления и несла службу в полосе железных дорог, выполняя функции общей и политической полиции. Третья часть, жандармские дивизионы, существовали во всех губерниях. Отдельному корпусу жандармов помогали Отделения по охране общественной безопасности и порядка — охранные отделения. В начале XX в. их было 3 — в Петербурге, Москве и Варшаве, но уже через несколько лет их число достигло 27.
Однако к концу XIX в. жандармские управления были совершенно не в состоянии противостоять нарастающей волне революционного и либерально-освободительного движения и обеспечить государственную безопасность Российской империи от внутреннего врага. Сказывалось, прежде всего, то, что во главе управлений, как правило, стояли заслуженные полковника и генералы, воспитанные в старинных традициях корпуса жандармов. Они были совершенно не знакомы с современными требованиями и методами политического розыска. Дело нередко доходило до курьезов. Л. П. Ратаев писал, например, что жандармские унтер-офицеры, осуществлявшие наружное наблюдение, переодеваясь в штатское платье, «иногда забывали снять шпоры».
Генерал А. И. Спиридович, проводивший ревизию Тифлисского жандармского управления, писал в своем отчете следующее: «В качественном отношении агентура не может быть названа хорошей. Действительно, помимо недостатков в доставляемых сведениях, на основании которых дан подобный отзыв, пришлось узнать следующие характерные факты, едва ли известные заведующему: один сотрудник, работая на управление, дает в то же время сведения железнодорожным жандармам. Другой ведет себя крайне неосторожно, одевается слишком хорошо для рабочего и считает возможным раскланиваться на гулянии в саду с жандармскими офицерами».