Восстановленная Смоленская крепость преобразилась. В ней разместился большой военный гарнизон. В 1686 году был заключен «вечный мир» с Польшей. Однако русское правительство по-прежнему старалось поддерживать Смоленскую крепостную стену в состоянии боевой готовности. И, как оказалось, не зря. Назревала война со Швецией. Летом 1708 года шведская армия под предводительством короля Карла XII вторглась в пределы России, намериваясь через Смоленск достигнуть Москвы. Завоеватели ставили своей целью также захватить Псков и Новгород. Смоленщину, Украину и Беларусь они планировали отдать своему ставленнику поляку Станиславу Лещинскому, а остальную Россию расчленить на отдельные княжества и сделать их зависимыми от Швеции.
Понимая важное стратегическое значение Смоленска, Петр I еще до начала войны позаботился об его укреплении. Первый раз он побывал в городе в августе 1698 года. Осмотрев крепостную стену, Петр I распорядился ускорить ее ремонт. Во второй приезд весной 1706 царь отдал распоряжение о сооружении вокруг крепостных стен земляных укреплений и строительстве на правом берегу Днепра новой земляной крепости для прикрытия днепровского моста. Под прибрежными башнями старой крепости были оборудованы пороховые погреба.
Начав военные действия, шведы были уверены в быстрой победе. Однако Смоленская крепость, как и в прошлые времена, встала на их пути непреодолимой преградой. В период вторжения шведов в Смоленске располагалась главная квартира Петра I. Отсюда он поддерживал связь с армией и Москвой. Здесь размещались военные склады. До Смоленска шведам дойти не удалось. После стремительной атаки русских войск и жестокой схватки, во время которой под королем была ранена лошадь, и он едва не попал в плен, Карл XII отказался от своего первоначального плана идти на Москву через Смоленск, и решил пробиться к столице через Брянск. Однако под деревней Лесной (Могилевская область) русские войска наголову разбили шведские войска.
Осенью 1708 года в Смоленске на параде войск Петр I принимал поздравления смолян по случаю победы над шведами под Лесной. Почти через год жители Смоленска устроили ему торжественную встречу, когда он возвращался через Смоленск в Москву, после победы в Полтавском сражении.
После окончания Северной войны смоляне многое сделали для восстановления и преобразования города. На строительных лесах Смоленска в конце XVII – начале XVIII века работали известные русские зодчие. В 1740 году завершилось строительство нового Успенского собора. Этот храм, имеющий высоту почти 70 метров, ширину около 43 метров и длину 52 метра, и сейчас восхищает людей своим величественным видом. Рядом с Успенским собором была воздвигнута колокольня и сделана соборная лестница. В 70-е годы построено гульбище, новая каменная ограда и ворота Успенского собора. Над въездом на Соборный холм сооружен Богоявленский собор, а на южной стороне Соборного холма – двухэтажное здание консистории.
В 1780 году Смоленск посетила Екатерина II. С пребыванием в городе императрицы связывают реконструкцию Блонье – так называлась окраина города, расположенная за древним земляным валом и использовавшаяся как пастбище. В XV веке Блонье вошло в городскую черту и начало застраиваться. Предание гласит, что Екатерина II останавливалась в специальном царском дворце, который находился тогда в этом районе. Вид из окна дворца открывался на небольшие пригородные дома. Императрице такое соседство не понравилось, о чем она заметила смоленскому градоначальнику.
Градоначальник быстро составил проект реконструкции центра города, который Екатерина одобрила. Согласно плану жилые дома с Блонье были перенесены за крепостную стену, а на их месте разбили площадь в виде четырехугольника, которая впоследствии служила местом развода и учения войск, была обнесена перилами и обсажена рядами берез. Вокруг площади построили административные здания и жилые дома для городского начальства.
В 1787 году Екатерина II вновь побывала в Смоленске. Приезжал в Смоленск и царь Александр I, также некоторые высокопоставленные чиновники. Но вряд ли кто-нибудь из них предполагал, что Смоленская крепость еще не раз сослужит добрую службу и защитит Россию от недругов, преграждая дорогу вражеским войскам, как это случилось в августе 1812 года во время войны с Наполеоном.
У Смоленска Наполеон предполагал перехватить далеко выдвинувшиеся на запад русские армии, отрезать им путь на Москву и разгромить их. Генералы Барклай-де-Толли и Багратион попали в тяжелейшее положение. На возвращение их к Смоленску необходимо было не менее одного дня. Наполеоновская армия стремительно продвигалась к городу. До подхода основных сил русских армий Смоленск надо было удержать хотя бы на сутки. Казалось, что это невозможно. Но древняя Смоленская крепость выручила и в тот тяжелый час. Генерал Н.Н. Раевский умело использовал свой пятнадцатитысячный корпус для ее обороны и защиты предместий.
4 августа было днем рождения Наполеона. Французам очень хотелось преподнести императору подарок и взять в этот день Смоленск, который считался у иностранцев самой непреступной крепостью Русского государства. Но подарка не получилось. 4-го Смоленск не взяли, не взяли его и на следующий день. Крепость осаду выдержала. Ничто не в силах было сломить сопротивление защитников Смоленска: ни мощный артиллерийский обстрел, ни атака конницы, ни штурм пехоты, ни вновь открытый шквал артиллерийского огня, ни пожар…
5 августа к Смоленску подошли русские войска. Этот день оказался самым кровавым в истории города. В одной из схваток погиб генерал А.А. Скалон, подоспевший со своим полком на поддержку защитников Молоховских ворот. На другой день Наполеон, отдавая дань уважения отважному русскому генералу, приказал похоронить его у Королевского бастиона со всеми воинскими почестями и сам присутствовал на похоронах. Могила генерала Скалона сохранилась до наших дней.
На всю жизнь запомнил Наполеон невиданную стойкость защитников Смоленска. О ней он думал, даже находясь в ссылке на острове Святой Елены. Смоленское сражение не принесло ему ожидаемого результата. Расчеты добиться быстрой победы потерпели крах.
Однако, учитывая невыгодное соотношение сил и возможность обхода Смоленска французами, Барклай-де-Толли решил оставить город и отойти на восток. Вместе с армией ушло и население. Французы вступили в горящий, безлюдный город. Сразу же после вторжения французских войск на территории Смоленщины началась партизанская война.
После поражения в Бородинском сражении, после бегства из Москвы, после отступления по разоренному смоленскому тракту, после крупного поражения под Вязьмой, Наполеон отступил к Смоленску. Если в августе он в город въехал на белом коне, то в конце октября вошел пешком. Плохо подкованные лошади не смогли везти по обледенелой, круто поднимающейся на смоленские холмы дороге карету императора.
Отступая из Смоленска, бессильный в своем бешенстве, Наполеон отдал своим подчиненным приказ поджечь город и взорвать крепостную стену. Под башни подложили порох и девять из них были взорваны.
Вскоре в результате непрерывных боев считавшаяся непобедимой французская армия была истреблена. Из России Наполеон вывел ее жалкие остатки. Фельдмаршалу М.И. Кутузову за выдающиеся заслуги в разгроме неприятеля был присвоен почетный титул князя Смоленского.
Долгие годы Смоленск носил глубокие раны вражеского нашествия. Но русский народ не оставил город в беде. В Петербурге, Нижнем Новгороде, Калуге и других городах начался сбор пожертвований в его пользу. Кроме того, были получены и некоторые субсидии от правительства. Постепенно Смоленск стал возрождаться. Были построены новые храмы, административные здания, каменные и деревянные жилые дома, новый мост через Днепр, сооружено красивое здание Дворянского собрания, приступили к ремонту крепостной стены, на новой площади стали проводиться Никольские ярмарки.
У Королевского бастиона по проекту архитектора Антони Адамини был воздвигнут памятник героическим защитникам Смоленска от наполеоновских полчищ в сражении 4 – 5 августа 1812 года. Чугунный памятник имеет высоту 26 метров. Корпус его отлит на Литейном заводе в Петербурге. На круглом ступенчатом пьедестале диаметром 5 метров высится восьмигранная пирамида с цилиндрическим цоколем. Она оканчивается шарообразной главой с позолоченным крестом. На цоколе установлены восемь пар колонн, увенчанных шаровидными главками, над которыми парят позолоченные двуглавые орлы. Вверху между колоннами находятся художественные изображения медалей 1812 года, а под одним из них, с восточной стороны помещено изображение старейшей иконы Смоленской Богоматери, которую, отступая из Смоленска, русская армия забрала с собой. На цоколе памятника расположены рельефный план Смоленского сражения, восемь изображений мечей, а между ними надписи, в которых рассказано о том, что на город противник наступал силою 111 батальонов и 28 эскадронов с 300 орудиями, а Смоленск обороняли только 62 батальона и 8 эскадронов русских с 144 орудиями и что в этом сражении выбыло из строя 20 тысяч французов и до 9600 русских. Золотыми буквами начертаны имена главнокомандующих русскими армиями Барклая-де-Толли и Багратиона, а также героев Смоленского сражения генералов Раевского и Дохтурова.