По мере того как углублялся раскол между опричниной и земщиной, опричная дума с растущим беспокойством следила за настроениями новгородской «кованой рати» — поместного ополчения, по численности вдвое превосходившего всю опричную армию. Политическое влияние новгородского дворянства было столь значительным, что при любом кризисе боровшиеся за власть группировки старались добиться его поддержки.
В годы боярского правления новгородцы в массе не поддержали Старицкого, и его мятеж был подавлен. Несколько лет спустя новгородцы «всем городом» выступили на стороне бояр Шуйских, которые смогли осуществить переворот и захватить в свои руки бразды правления. Царь закрыл новгородцам доступ на опричную службу, и они испытали на себе произвол опричнины. Неудивительно, что уже в первых опричных процессах замелькали имена новгородцев.
Одной из причин антиновгородских мероприятий опричнины было давнее торговое и культурное соперничество между Москвой и Новгородом. Но несравненно более важное значение имело обострение социальных противоречий в Новгородской земле, связанное с экономическим упадком конца 60-х гг. В жизни некогда независимых феодальных «республик» Новгорода и Пскова социальные контрасты проявлялись в особенно резкой форме. Московские выселения конца XV в. вовсе не затронули основной толщи местного посадского населения, «меньших» людей, оставшихся живыми носителями демократических традиций новгородской старины. В этой среде сохранился изрядный запас антимосковских настроений, питаемых и поддерживаемых злоупотреблениями власть имущих. «Сказание о градех», известный памятник новгородского происхождения XV в., сообщает о всевозможных непорядках, самый большой их коих — непослушание и буйство «меньших» людей: бояре в Новгороде «меньшими людми наряжати не могут, а меньшие их не слушают, а люди сквернословы, плохы, а пьют много и лихо, только их бог блюдет за их глупость». Подобные обличения не утратили актуальности и ко времени опричнины. Голод, охвативший Новгородскую землю накануне опричного нашествия, усилил повсюду элементы недовольства. Опричные власти, сознавая опасность положения, обрушили на низы террор.
В дни новгородского разгрома Грозный уведомил митрополита Кирилла об «измене» новгородского архиепископа. Митрополит и епископы поспешили публично осудить жертву опричнины. Они отправили царю сообщение, что приговорили «на соборе новгородцкому архиепископу Пимену против государевы грамоты за его бесчинье священная не действовати». Пимен был выдан опричнине головой. Но высшее духовенство переусердствовало, угождая светским властям. В новом послании Кириллу царь предложил не лишать Пимена архиепископского сана «до подлинного сыску и до соборного уложения».
Хотя Иван IV и не ждал противодействия со стороны напуганного духовенства, все же накануне суда он предпринял шаги, которые послужили предостережением для недовольных церковников. Опричники обезглавили рязанского архимандрита и взяли под стражу еще несколько членов священного собора. Всем памятно было, что Пимен председательствовал на соборе, осудившем Филиппа. Теперь он разделил участь своей жертвы. Покорно следуя воле царя, высшие иерархи церкви лишили новгородского архиепископа сана и заточили в небольшом монастыре под Тулой, где он вскоре же умер.
Арестованные в Новгороде «сообщники» Пимена в течение нескольких месяцев томились в Александровской слободе. Розыск шел полным ходом. Царь делил труды с Малютой Скуратовым, проводя дни и ночи в тюремных застенках. Опальные подвергались мучительным пыткам и признавались в любых преступлениях. Как значилось в следственных материалах, «в том деле с пыток (!) многие (опальные) про ту измену на новгородского архиепископа Пимена и на его советников и на себя говорили».
Кровавый погром Новгорода усилил раздор между царем и верхами земщины. По возвращении из новгородского похода Грозный имел длительное объяснение с государственным печатником Иваном Висковатым. Выходец из низов, Висковатый сделал блестящую карьеру благодаря редкому уму и выдающимся способностям. С первых лет казанской войны дьяк возглавлял Посольский приказ. Иван IV, как говорили в Москве, любил старого советника, как самого себя. Печатник отважился на объяснение с Грозным после того, как опричники арестовали и после жестоких пыток казнили его родного брата. Он горячо убеждал царя прекратить кровопролитие, не уничтожать своих бояр. В ответ царь разразился угрозами по адресу боярства. «Я вас еще не истребил, а едва только начал, — заявил он, — но я постараюсь всех вас искоренить, чтобы и памяти вашей не осталось!».
Дьяк выразил вслух настроения земщины, и это встревожило Грозного, Оппозиция со стороны высших приказных чинов, входивших в Боярскую думу, явилась неприятным сюрпризом для царских приспешников. Чтобы пресечь недовольство в корне, они арестовали Висковатого и нескольких других земских дьяков, объявив их «советниками» Пимена. Так новгородский процесс перерос в «московское дело». Суд над московской верхушкой завершился в течение нескольких недель. 25 июля 1570 г. осужденные были выведены на рыночную площадь, прозывавшуюся в народе Поганой лужей. Царь Иван явился к месту казни в окружении конных стрельцов. Приготовления к экзекуции и появление царя с опричниками вызвали панику среди столичного населения. Люди разбегались по домам. Такой оборот дела озадачил Грозного, и он принялся увещевать народ «подойти посмотреть поближе». Паника понемногу улеглась, и толпа заполнила рыночную площадь. Обращаясь к толпе, царь громко спросил: «Правильно ли я делаю, что хочу покарать своих изменников». В ответ послышались громкие крики: «Живи, преблагой царь! Ты хорошо делаешь, что наказуешь изменников по делам их!». «Всенародное одобрение» опричной расправы было, конечно, фикцией.
Стража вывела на площадь примерно 300 опальных людей, разделенных на две группы. Около 180 человек были отведены в сторону и выданы на поруки земцам. Царь «великодушно» объявил народу об их помиловании. Вслед за тем дьяк стал громко «вычитывать вины» прочим осужденным, и начались казни. Печатника Висковатого привязали к бревнам, составленным наподобие креста. Распятому дьяку предложили повиниться и просить царя о помиловании. Но гордый земец ответил отказом. «Будьте прокляты, кровопийцы, вместе с вашим царем!» — таковы были его последние слова. Печатника разрезали на части живьем. Государственный казначей Никита Фуников также отказался признать себя виновным и был заживо сварен в кипятке. Затем палачи казнили главных дьяков московских земских приказов, бояр архиепископа Пимена, новгородских дьяков и более 100 человек новгородских дворян и дворцовых слуг.
Казнь московских дьяков была лишь первым актом «московского дела». За спиной приказных людей маячила боярская знать. Висковатый и Фуников получили свои чины благодаря покровительству бояр Захарьиных, сосредоточивших в своих руках управление земщиной и распоряжавшихся при дворе наследника царевича Ивана, их родственника по материнской линии.
Опричники готовились учинить в Москве такой же погром, как и в Новгороде. В день казни Висковатого царь объявил народу с Лобного места, что в мыслях у него было намерение погубить всех жителей города, но он сложил уже с них гнев. Перспектива повторения в столице новгородских событий пугала руководителей земщины. Возможно, Захарьины пытались использовать свое влияние на наследника, чтобы образумить царя и положить предел чудовищному опричному террору.
Отношения между царем и наследником были натянутыми. Вспыльчивый и деспотичный отец нередко поколачивал сына. Между тем царевичу исполнилось семнадцать лет, и он обладал нравом не менее крутым, чем отец. Грозный давно не доверял Захарьиным и боялся, как бы они не впутали его сына в придворные распри.
Подозрения царя насчет тайных интриг окружавшего царевича боярства зашли столь далеко, что за месяц до московских казней он публично объявил о намерении лишить сына прав на престол и сделать своим наследником «ливонского короля» Магнуса. Достаточно проницательные современники отметили, что царь хотел лишь нагнать страху на земских бояр и припугнуть строптивого сына. Однако его опрометчивые заявления, сделанные в присутствии бояр и послов, вызвали сильное раздражение в окружении наследника.
В памяти народа сохранилось предание о том, как и почему грозный царь разгневался на сына. Из уст в уста передавали народные сказители историю о том, как царь Иван Васильевич вывел измену из Пскова и из Новгорода и призадумался над тем, как бы вывести измену из каменной Москвы! Малюта — злодей Скуратов сказал тогда царю, что не вывести ему изменушку до веку, пока сидит супротивник (сын) супротив него. Поверив Малюте, Грозный велел казнить наследника, но за него вступился боярин Никита Романович: «Ты, Малюта, Малюта Скурлатович! Не за свой ты кус примаешься, ты етим кусом подавишься!». Благодаря заступничеству дяди царский сын был спасен.
