Поели гибели М. Скуратова иерархию дворовых чинов возглавил В. И. Умного-Колычев, ставший «дворовым» боярином. Первое послеопричное правительство просуществовало около трех лет. Борьба в недрах «дворовой» думы разрешилась кровью. Одержав верх, Б. Бельский, Нагие и Годуновы послали на эшафот В. И. Умного. Розыск о «заговоре» дворовых чинов вылился во второе «новгородское дело». В измене были заподозрены лица из ближайшего окружения наследника царевича Ивана. Как правитель Новгорода царевич был тесно связан с высшими должностными лицами города. В конце опричнины в Новгород был прислан архиепископ Леонид, а опричную администрацию Новгорода возглавил А. Старого-Милюков. В 1575 г. Леонид был арестован и умер в заточении, а Милюков казнен. Несколько позже царь приказал убить П. В. Юрьева-Захарьина, брата и придворного наследника престола.
Страх перед множившейся изменой преследовал царя, как кошмар. «Двор» утратил в глазах мнительного самодержца значение надежной военной силы. Б. Бельский и другие ближние люди настаивали на возрождении опричнины. Но Иван IV не мог учредить опричнину без санкции Боярской думы. Чтобы сохранить видимость законности в Русском государстве, царь прибегнул к мистификации. Он отрекся от трона в пользу служилого татарского «царя» Симеона Бекбулатовича. Однако вместо царского титула хан получил лишь титул великого князя. Вслед за тем князь «Иванец Московский» обратился к Симеону со смиренной просьбой разрешить ему выкроить себе «удел» и «перебрать людишек». Переход в удел сопровождался введением в государстве чрезвычайного положения. Санкция на это была получена не от Боярской думы, а от «великого князя», фиктивно возглавившего земщину. В удел попали древний Ростов, Псков, Дмитров, Старица, Зубцов, Ржев. Большая часть удельных владений не была в опричнине. Отбор земель в удел выразил недоверие царя к бывшим опричникам.
Сформировав удельное войско, Иван IV произвел аресты и казни в земщине. Репрессии вновь обрушились на высший орган монархии — Боярскую думу. Казни подверглись старейший член думы князь А. П. Куракин, боярин И. А. Бутурлин, окольничие Д. А. Бутурлин и Н. В. Борисов, трое высших чинов из приказов. Отрубленные головы были подброшены на двор к митрополиту Антонию, подворья Мстиславского и Шереметева. На Романовых-Юрьевых был наложен огромный штраф. Большинство казненных ранее успешно служили в опричнине.
Вторая опричнина просуществовала год, после чего самодержец «свел» Симеона из Москвы на великое княжество Тверское. Учреждение удела не привело к массовой резне и погромам. Трагедия обернулась фарсом. Опасаясь остаться без преторианцев, самодержец сохранил реорганизованный «двор» до последних дней жизни.
Массовые конфискации поместий и перемещения помещиков из уезда в уезд при «удельном» правительстве дали дворянам-землевладельцам новые доказательства того, что казна не намерена поступиться своими правами в качестве реального собственника всего фонда государственных поместных земель. Организация поместной системы помогла преодолеть кризис боярского сословия в XV в. Но процесс дробления имений, породивший этот кризис, не прекратился в последующее время. Данные новгородских писцовых книг показывают, сколь быстро дробились и мельчали поместья в 1500— 1540-х годах. Кризис поместной системы был усугублен «великим разорением» 1570— 1580-х годов, вызванным крупными стихийными бедствиями, военным поражением и другими причинами. Разорение не только приостановило рост поместных земель, но и привело к резкому сокращению поместного фонда. Между тем биологический процесс размножения дворянских семей оставался во второй половине XVI в. столь же интенсивным, как и в первой половине. Число мелких поместий в Новгороде, почти удвоившееся в первой половине столетия, должно было удвоиться во второй половине. Но этого не произошло. Массовое разорение измельчавших поместий привело к тому, что к началу 1580-х годов в Новгороде запустело около 43 % всего поместного фонда, а из списков помещиков, известных по писцовым книгам 1540-х годов, исчезло около 220 фамилий (63 %). (Эти данные приведены в «Аграрной истории Северо-Запада России»). Некоторые помещичьи семьи стали жертвами опричных казней и выселении. Но репрессии затронули прежде всего знатных помещиков, численность которых была сравнительно невелика. Многочисленное мелкопоместное дворянство Новгорода пострадало не столько от террора, сколько от экономических бед.
Превращение государственной (поместной) собственности в ведущую форму землевладения изменило систему налогообложения в стране. Казна реализовала право собственника земли через высокие платежи и повинности. Чрезмерный рост податей стал одной из главных причин упадка деревни во второй половине XVI в. Судя по новгородским материалам, крестьяне в последней трети столетия резко сократили свои пашенные наделы, не имея средств для уплаты податей. В старину единицей обложения было одно крестьянское хозяйство (обжа). Теперь в обжу клали 2, 3, 5 и более крестьянских хозяйств. Собрать деньги с карликовых наделов было практически невозможно. Казна повышала поборы, а крестьяне сокращали запашку. В итоге и государство, и подданные несли огромные убытки. После ста лет московского владычества Новгородская земля превратилась в огромный пустырь.
Царь Иван был одним из первых правителей, стремившихся всемерно развивать торговые связи со странами Западной Европы через Белое и Балтийское моря. В ходе Ливонской войны 1558–1583 гг. Россия предприняла попытку завоевать земли Ливонского ордена в Прибалтике. Однако в конфликт были вовлечены Литва и Польша, Швеция и Дания. Польский король Стефан Баторий в ходе трех военных кампаний нанес поражение России. Оставшись без союзников, царь не смог вести одновременную войну с Речью Посполитой, Швецией и степными Ордами.
Поражение в Ливонской войне и изгнание русских из Прибалтики положили начало крушению империи. Лишь на Востоке Россия добилась ряда успехов.
В середине XVI в. сибирский хан Едигер признал себя вассалом царя, завоевавшего Казань. Благодаря этому обстоятельству богатые купцы-солепромышленники Строгановы, не встречая сопротивления со стороны сибирского хана, утвердились в Приуралье, построив там укрепленные городки. Сибирь порвала вассальные отношения с Россией после того, как Едигер был изгнан из своей столицы ханом Кучумом из Бухары. Воспользовавшись катастрофическим поражение России в конце Ливонской войны, Кучум попытался изгнать русских с Урала. Войска Кучума пришли на помощь местным племенам, восставшим против власти русских. Строгановы послали гонцов на Волгу и наняли на службу атамана Ермака Тимофеевича с отрядом вольных казаков. Получив отпор со стороны казаков, сибирские татары покинули владения Строгановых и устремились на север, где приступили к осаде города Чердынь. В Сибири не осталось крупных воинских сил, и Ермак поспешил использовать это обстоятельство. Бросив Строгановых на произвол судьбы, он отправился за Урал, рассчитывая захватить там богатую добычу. Согласно летописям XVII в., Ермак покорил Сибирь в 1581 г. Со времен Н. М. Карамзина эта дата приобрела значение аксиомы. Критический анализ писем Грозного к Строгановым за 1581–1582 гг. позволяет выяснить происхождение ошибки Н. М. Карамзина. Ермак отправился в поход на легких речных судах. Поход начался 1 сентября 1582 г., а уже 26 октября казаки захватили Кашлык. Ермак не был послан в Сибирь ни царем, ни Строгановыми. Ввиду неудач на западных границах Иван IV пытался избежать войны с Кучумом и послал вслед Ермаку приказ прекратить поход за Урал. Однако приказ запоздал. Пять казачьих сотен нанесли поражение Сибирской орде, так как Кучум не имел сил для обороны. Вся его армия в момент нападения Ермака была занята осадой Чердыни. Захватив Кашлык, казаки не имели возможности покинуть Сибирь с добычей, так как наступила зима и реки покрылись льдом. После зимовки казаки объявили Сибирь владениями царской короны и обложили местные племена данью. Завоевание Сибири положило начало продвижению русских в глубь великого Азиатского континента.
Влияние личности Ивана Грозного на события его времени было неодинаковым в разные периоды. Будучи человеком душевно неуравновешенным, легко поддающимся внушениям, царь постоянно подчинялся влиянию фаворитов. Без их совета он не мог обойтись при решении как политических, так и личных дел. Сильвестр был первым учителем жизни Ивана. Адашев увлек его замыслом обширных реформ. Алексей Басманов, один из лучших воевод XVI в., внушил ему мысль об опричнине — правлении, основанном на неограниченном насилии. Но сколь бы долго ни подчинялся Грозный влиянию временщиков, он в конце концов безжалостно уничтожал их.
Предки Грозного принадлежали к древним аристократическим фамилиям. Среди них были варяжский конунг Игорь, византийская императорская династия Палеолог, ордынские «цари» Чингизиды, литовские князья и сербские владетели. К XVI веку четко обозначились признаки вырождения московской династии. Брат Ивана IV был глухонемым от рождения идиотом, его старший сын страдал сильной неврастенией, средний — слабоумием, младший — эпилепсией.
