В памяти народа сохранилось предание о том, как и почему грозный царь разгневался на сына. Из уст в уста передавали народные сказители историю о том, как царь Иван Васильевич вывел измену из Пскова и из Новгорода и призадумался над тем, как бы вывести измену из каменной Москвы! Малюта — злодей Скуратов сказал тогда царю, что не вывести ему изменушку до веку, пока сидит супротивник (сын) супротив него. Поверив Малюте, Грозный велел казнить наследника, но за него вступился боярин Никита Романович: «Ты, Малюта, Малюта Скурлатович! Не за свой ты кус примаешься, ты етим кусом подавишься!». Благодаря заступничеству дяди царский сын был спасен.
В основе «сказов» лежали реальные факты. Бежавший в Польшу слуга царского лейб-медика, осведомленный обо всех дворцовых тайнах, сообщил полякам, что после новгородского похода в царской семье начался глубокий раздор: «Между отцом и старшим сыном возникло величайшее разногласие и разрыв, и многие пользующиеся авторитетом знатные люди с благосклонностью относятся к отцу, а многие к сыну, и сила в оружии!». Так как сила была на стороне царя, он подверг сторонников сына жестоким гонениям. Боярин С. В. Яковлев-Захарьин состоял в родстве с наследником. Опричники убили его вместе с малолетним сыном Никитой. Московское дело скомпрометировало земского боярина В. М. Юрьева-Захарьина. Сам Юрьев несколько лет как умер, но царь выместил гнев на членах его семьи. Он велел убить дочь Юрьева и его внука и не позволил похоронить их тела по христианскому обычаю. Для царевича Ивана казнь троюродной сестры должна была послужить уроком.
На рубеже 1560— 1570-х годов в России воцарилась разруха. Причиной ее были стихийные бедствия, приведшие к двухлетнему неурожаю. Голодная смерть, а затем эпидемия чумы косили население городов и деревень.
Соседи использовали ослабление России. В 1571 г. крымский хан со своей ордой вторгся в русские пределы и сжег дотла Москву, В следующем году татары попытались захватить русскую столицу, но были наголову разгромлены объединенным земским и опричным войском в многодневном сражении на подступах к Москве.
Стихийные бедствия и татарские набеги приносили неописуемые бедствия. Но опричники были в глазах народа страшнее татар. Царь оправдывал введение опричнины необходимостью искоренить «неправду» бояр-правителей. Как говорят очевидцы, земские суды получили от царя распоряжение, которое дало новое направление всему правосудию. Распоряжение гласило: «Судите праведно, наши виноваты не были бы». Следуя таким указаниям, судьи перестали преследовать грабителей и воров из числа опричников. В годы опричнины процветали, как никогда, политические доносы. Опричник мог подать жалобу на земца, будто тот позорит его и всю опричнину. Земца в этом случае ждала тюрьма, а его имущество доставалось доносчику. В разоренной чумой и голодом стране, где по дорогам бродили нищие и бродяги, а в городах не успевали хоронить мертвых, опричники безнаказанно грабили и убивали людей. Разумеется, царь Иван и его приспешники не поощряли прямой разбой, но они создали опричные привилегии и подчинили им право и суд, возвели кровавые погромы в ранг государственной политики. Следовательно, на них лежала главная вина за беззакония опричнины.
Историческое значение опричнины определялось тем, что она ускорила становление самодержавных порядков в России. Ее террор нанес большой ущерб экономике и культуре страны. От казней Грозного пострадали прежде всего города, являвшиеся центрами средневековой цивилизации. Кровавый кошмар наложил печать на все стороны политической жизни русского общества.
Существенным следствием опричной политики было расширение фонда государственной земельной собственности в России. Важное значение имели также массовые выселения помещиков из опричных уездов.
Вотчина существовала на Руси в течение столетий. Традиции и правовые нормы вотчинной земельной собственности, разработанные значительно лучше, чем нормы поместного права, оказывали прямое воздействие на поместную практику. Помещики стремились превратить поместье в традиционную наследственную форму собственности. Однако преодолеть сопротивление государства им не удалось. Опричнина с ее насильственными массовыми переселениями помещиков из одних уездов в другие стала важнейшим этапом истории формирования государственной земельной собственности в России. Опричные насилия явились веским доказательством того, что после столетнего существования поместной системы казна сохранила реальное право собственности на все поместные земли и распоряжалась ими, нисколько не считаясь с правами временных держателей земли — помещиков. В поместной практике уже в XVI в. появились черты, сближавшие ее с вотчинной формой землевладения. Но процесс сближения поместной и вотчинной собственности резко усилился лишь в XVII в.
Нарастание самодержавных тенденций в XVI в. было неразрывно связано с образованием и расширением колоссального фонда государственной земельной собственности.
Новгородское дело вызвало страх и замешательство среди вождей опричнины, сохранивших способность сообразовывать свои действия со здравым смыслом. Афанасий Вяземский тайно предупредил новгородского архиепископа Пимена о грозившей ему опасности. Открыто возражать против планов царя Вяземский не решился. Только поэтому он и смог сопровождать Грозного в новгородском походе. Но в опричном правительстве были люди, значительно более независимые в своих суждениях и поступках, чье влияние основывалось на подлинных заслугах. К их числу принадлежал выдающийся воевода боярин А. Д. Басманов, не участвовавший в карательном походе. Когда царь дознался, что Вяземский поддерживал тайные сношения с Пименом, он окончательно убедился, что измена проникла в его ближайшее опричное окружение. Воображение рисовало Грозному картину грандиозного заговора, объединившего против него всех руководителей земщины и опричнины.
Падение старого опричного руководства, несомненно, было следствием интриг со стороны руководства сыскного ведомства опричнины — Малюты Скуратова-Бельского и Василия Грязнова. Эти люди были типичными представителями низшего дворянства, выдвинувшегося в годы опричнины. В отличие от Басмановых и Вяземского они не играли никакой роли при учреждении опричнины. Лишь разоблачение новгородской «измены» позволило им получить низшие думные чины, а затем устранить старых и наиболее авторитетных вождей опричнины и захватить руководство опричным правительством.
Те, кто затеял опричный террор, сами стали его жертвами. Боярин А. Д. Басманов был умерщвлен собственным сыном, послушно выполнившим царский приказ. Оружничий Вяземский умер в тюрьме, ясельничий Зайцев был повешен на воротах собственного дома. Среди высших дворцовых чинов уцелел один постельничий Дмитрий Годунов. Его выручил свояк Малюта Скуратов.
Падение старого опричного руководства разрушило круговую поруку, связывавшую членов опричной думы. Состав думы пополнился земцами, многие их которых испытали злоупотребления опричнины. Члены новой опричной думы, по-видимому, стали сознавать опасность деморализации охранного корпуса. Опричники, повествует Штаден, творили в земщине такие беззакония, что сам великий князь объявил наконец: «Довольно!». Казнь Басманова ознаменовала конец целой полосы в истории опричнины. Подвергнув опале тех, кто создал опричнину, царь велел подобрать жалобы земских дворян и расследовать самые вопиющие преступления опричников.
Московские князья пролили немало крови, чтобы сокрушить великокняжеские столицы и Новгородскую «республику». К 1569 г. Иван IV собрал в опричнине почти все великокняжеские столицы Владимиро-Суздальской земли — Суздаль, Ярославль, Ростов. Осенью 1571 г. в опричнину была зачислена половина Новгорода Великого. Опричнина все более напоминала некую антимосковскую коалицию, противостоящую оплоту боярской крамолы — столице.
Царь отменил опричнину в конце лета 1572 г. При этом он сохранил «двор», включавший «дворовую думу» и реорганизованный охранный корпус. Желая предотвратить критику сумасбродной затеи, самодержец запретил подданным упоминать самое имя опричнины.
Отмена опричнины означала прекращение чрезвычайного положения. Чтобы сохранить неограниченную власть и помешать московской Боярской думе вернуть себе прежнее влияние, царь сделал новый неожиданный ход. Он решил противопоставить боярской Москве поместный Новгород и тем самым ограничить влияние «царствующего града». Виднейшие руководители «двора» и многие «дворовые» дети боярские отказались от поместий в опричных уездах и получили обширные поместья в земских пятинах Новгорода. В начале 1574 г. в Литве стало известно, что Иван IV посадил наследника «на царство на Новгороде Великом». Пожалование носило скорее всего формальный характер, но оно возвело царевича Ивана в ранг соправителя отца. Грозный не забыл, что его отец Василий III получил сначала новгородский, а затем московский трон.