Так, в Одесском охранном отделении основное внимание было сосредоточено на деятельности японского консульства. Видимо, сказывались печальные итоги Русско-японской войны, и на южных верфях шло строительство новых кораблей военно-морского флота. Кроме этого, по заявке Одесского военного округа было организовано систематическое наблюдение за приезжими иностранцами. Стратегически важное Киевское охранное отделение вело работу достаточно пассивно, выполняя аналогичные поручения военного командования Киевского военного округа. Возглавляющий его подполковник Н. Н. Кулябко докладывал: «…Специально же дела военной разведки и контрразведки отделение не вело и с приемами иностранных государств по делу военной разведки… не знакомо». Как показывала практика, попытки противодействия разведорганам вероятного противника со стороны начальников жандармских управлений и охранных отделений не были скоординированы с соответствующими подразделениями других заинтересованных министерств — пограничной и корчемной стражи. Слабой была координация с отделами военной разведки.
М. И. Трусевичу предстояло лично возглавить специальную межведомственную комиссию по контрразведке и организовать ее работу. Поэтому он внимательно знакомился с докладами и наиболее интересные места в них отмечал резолюцией «Подлежит обсуждению в комиссии по контрразведке». К этому времени он уже реформировал структуру политического розыска и развил активную организационную деятельность по подбору способных кадров, сосредоточивая в Департаменте полиции всех, кто имел склонность к работе по политическому розыску или мог руководить его учреждениями. Он смело выдвигал на руководящие посты молодых офицеров. «Существеннейшие интересы России вызывают необходимость принимать к руководству указания служебного опыта лиц, хотя и ниже стоящих в чинах, но специально подготовленных в данном деле. Рутина и споры из-за формальных условий дела ныне неуместны и должны уступить место живой работе, простору для способностей и энергии», — писал он в записке П. А. Столыпину.
В декабре 1908 г. 1-я Межведомственная комиссия по контрразведке была, наконец, созвана. Председателем ее, как и предполагалось, был назначен М. И. Трусевич. В нее вошли вице-директор Департамента полиции коллежский советник С. В. Виссарионов, заведующий Особым отделом Департамента полиции полковник Е. К. Климович, состоящий при Особом отделе подполковник В. А. Беклемишев. От военного ведомства были представлены делопроизводитель разведывательного отделения Генерального штаба полковник Н. А. Монкевиц, его помощник капитан С. Л. Марков, старший адъютант разведывательного отделения, отвечающий за разведывательную работу в штабе Киевского военного округа, Генерального штаба полковник А. А. Самойло, а также начальник Иностранной части Морского генерального штаба капитан 2 ранга Б. И. Доливо-Добровольский.
Материалы, находившиеся в распоряжении комиссии М. И. Трусевича, свидетельствовали о необходимости создания новой специальной службы в виде особых контрразведывательных органов, специализирующихся на борьбе с разведкой иностранных государств. Разрозненные действия различных ведомств в силовых структурах Российской империи не могли надежно обеспечить государственную безопасность от разведывательного натиска и были далеко не адекватны масштабам военного шпионажа противостоящих России государств. Отрицательным образом сказывалось фактически полное отсутствие денежных средств, недостаток знания и опыта у случайно назначаемых и постоянно меняющихся руководителей контрразведки, отсутствие инструкций и правил, а также пригодных агентов всех степеней. Все это не способствовало успешной деятельности контрразведки.
По мнению комиссии, заметно активизировалась деятельность иностранных военных атташе. Практически за всеми из них «необходимо периодическое наружное наблюдение». В материалах комиссии особо подчеркивалось, что «агентов же германских, австрийских, английских, японских, шведских, турецких, североамериканских, итальянских и специального германского офицера, состоящего при особе его величества, необходимо обеспечивать также и внутренним наблюдением».
Предполагалось, что при получении оперативных данных надлежало брать под наблюдение дипломатический и консульский персонал, иностранных граждан и выявлять их связи среди русских подданных. Важное значение имел вывод в отношении особых мер по обеспечению сохранения государственной и военной тайны. Особое внимание предлагалось обратить на военных секретоносителей, живущих не по средствам. Кроме чиновников секретного делопроизводства к этой категории также относились подрядчики военного ведомства, комиссионеры, служащие и мастеровые военных и морских заводов, мастерских и т. д.
Особое внимание в итоговом протоколе комиссии было уделено наиболее рациональным мероприятиям в организации контрразведки. В частности, речь шла об организации правильной и широко поставленной секретной агентурной службы, которая имела бы «достаточно сильные оперативные позиции в зарубежных центрах шпионажа, а также среди иностранных разведчиков, действующих в России». На основе этих выводов впоследствии была разработана первая специальная инструкция по ведению негласного расследования дел по шпионажу.
Межведомственная комиссия одобрила разработанный Главным управлением Генерального штаба понятийный аппарат контрразведывательной деятельности. Так, военным шпионством назывался «сбор всякого рода сведений о вооруженных силах (сухопутных и морских) и об укрепленных пунктах государства, а также имеющих военное значение географических, топографических и статистических данных о стране и путях сообщения, проводимый с целью передачи их иностранной державе». Контрразведкой называлась деятельность, заключавшаяся «в своевременном обнаружении лиц, занимающихся разведкой для иностранных государств, и в принятии мер по воспрепятствованию разведывательной работе этих государств в России». Конечной целью являлось привлечение к судебной ответственности лиц, уличенных в военном шпионаже, на основании ст. 108-119 Уголовного уложения 1903 г. или прекращение «вредной деятельности» названных лиц хотя бы административными мерами.
Особое внимание в работе комиссии занимали вопросы организации структуры контрразведывательных органов. Разногласия возникли по вопросам подчиненности контрразведки — Главному управлению Генерального штаба Военного министерства или Департаменту полиции Министерства внутренних дел. Здесь мнения представителей различных ведомств разделились, но в конечном итоге все пришли к выводу о необходимости учреждения в структуре тайной полиции специальных контрразведочных органов, так называемых «военно-розыскных бюро», входящих в соответствующие районные охранные отделения. Для этого необходимо было использовать как сотрудников охранных отделений, обладавших опытом в розыске преступников, так и сотрудников разведывательных отделений военных округов, ввиду их компетентности в военных вопросах и сосредоточения у них данных по разведке за рубежом. Руководство ими предлагалось возложить на офицеров-жандармов. По мнению членов комиссии, полагалось возможным направлять на должности помощников начальников военно-розыскных бюро, строевых обер-офицеров по распоряжению начальников штабов военных округов, но с предварительного согласия директора Департамента полиции.
Такая структура органов контрразведки позволяла Департаменту полиции осуществлять маневр наличными силами и средствами розыскных учреждений. По сути, это являлось реальным воплощением идеи Столыпина о неразрывности борьбы со шпионажем с деятельностью подразделений, обеспечивающих внутреннюю безопасность государства. Оперативный опыт являлся важнейшей составляющей для успешного решения задач по пресечению иностранного шпионажа в общегосударственном масштабе, а недостаток штатного личного состава Отдельного корпуса жандармов восполнялся кадрами армейских офицеров.
Первые военно-розыскные бюро предполагалось сформировать в семи крупнейших стратегически важных центрах империи — в Санкт-Петербурге, Варшаве, Киеве, Вильно, Одессе, Иркутске и Владивостоке. Общая численность в каждом предполагалась до 25 человек, включая офицеров-агентуристов, агентов наружного наблюдения и чиновников канцелярии. На эти расходы предполагалось затратить денежные средства в сумме 251 тыс. 520 руб. Предполагаемые расходы значительно превысили аналогичные затраты предыдущих лет. Однако по сравнению с растущим финансированием разведки: в 1908 г. – 585 130 руб., 1909 г. – 675 130 руб., 1910 г. – 875 130 руб., ассигнования на борьбу со шпионажем были явно недостаточными и носили остаточный характер. Создание контрразведывательных органов предполагалось завершить к 1 июля 1909 г.
