Все контрразведывательные отделения были учреждены в крупных городах и состояли при штабах военных округов. Петербургское городское отделение находилось на особом положении и состояло при Отделе генерал-квартирмейстера ГУ ГШ. Во главе каждого контрразведывательного отделения стоял офицер Отдельного корпуса жандармов. Он был непосредственно подчинен генерал-квартирмейстеру ГУ ГШ (как это было в Петербурге) или генерал-квартирмейстеру штаба соответствующего Военного округа. Вся делопроизводственная переписка, доклады и соображения на имя генерал-квартирмейстера шли через делопроизводителя Особого делопроизводства Отдела генерал-квартирмейстера (Огенквар) ГУ ГШ в Петербургском городском отделении и соответственно старших адъютантов разведывательных или отчетных отделений окружных штабов. Все делопроизводство по контрразведывательному отделению и переписка по вопросам борьбы с военным шпионством возлагались на помощника делопроизводителя из числа прикомандированных офицеров Отдельного корпуса жандармов.
Инструкция начальникам контрразведывательных отделений определяла задачи борьбы как с военным шпионством, так и с прочими видами деятельности иностранных государств, угрожающей внешней безопасности Российской империи. Она состояла из 22 статей и регламентировала деятельность вновь созданных органов государственной безопасности. В частности, ставила задачу выявления заграничных разведывательных центров, которые, с одной стороны, являлись первоисточниками организованного шпионства в России, а с другой — средоточием добываемых иностранными шпионами сведений. В дальнейшем было признано необходимым заведение «в означенных центрах постоянной агентуры, а равно путем устройства на службу к ним в качестве агентов-разведчиков возможно большего числа подставных лиц» для всестороннего выяснения «всей организации иностранного шпионства и преследуемых последним задач». Инструкция особо предостерегала, что использование двойных агентов для контрразведывательных целей «должно быть крайне осторожно и лишь в исключительных случаях».
В условиях мирного времени вся агентура подразделялась на категории: консульскую и штабную. В ведении первой находились иностранные консульства и агентства, находящиеся на территории Российской империи. Вторая агентура занималась высшими учреждениями военного и морского ведомств, которые являлись главными секретоносителями и соответственно сферой деятельности шпионов по добыванию секретных документов.
Инструкция четко определяла 22 категории лиц, подлежащих особенному вниманию контрразведывательных отделений. Кроме граждан иностранных государств здесь значились как реальные, так и потенциальные секретоносители из числа подданных Российской империи. В инструкции подробно определялась техника контрразведывательной деятельности: места деятельности внутренней агентуры, способы контактов и конспирации с лицами, могущими оказать услуги. Большое внимание уделялось вопросам координации деятельности внутренней и наружной агентуры, а также вопросам участия контрразведывательных органов в предварительном следствии и судебном разбирательстве.
Специальный раздел инструкции был посвящен борьбе с деятельностью иностранных государств по следующим направлениям:
а) создание внутренних осложнений в империи, способных нарушить успешное осуществление мобилизации в случае войны с упомянутым государством;
б) приращение вооруженных сил иностранных государств за счет инородного населения Российской империи.
Особое внимание инструкция уделяла таким подрывным мероприятиям, как подготовка в России вооруженного восстания, подготовка вооруженных формирований из числа инородческого населения (личного состава, складов оружия, взрывчатых средств), подготовка к осуществлению возможной диверсионно-подрывной деятельности, сбор денежных средств в пользу потенциального противника среди инородческого и неблагонадежного населения, подготовка забастовок и стачек на государственных и частных заводах, изготовляющих предметы сухопутного и морского вооружения и снабжения, порча оборудования и сооружений на заводах, железных дорогах и судах морского флота, устройство и несанкционированное содержание частными лицами средств связи — голубиных станций, радиотелеграфного и телефонного сообщения, а также дрессировка голубей и собак для связи.
Конечно, эта инструкция была далека от совершенства. Так, оставалась неизменной ситуация с деятельностью штабной агентуры. Кадровое российское офицерство в массе своей всегда негативно относилось к любым попыткам оперативного поиска шпионов и вредителей в своей среде. Инструкцией строго запрещалось вербовать агентуру среди военнослужащих, а устанавливать наблюдение за офицерами разрешалось лишь с санкции генерал-квартирмейстера, да и то лишь в исключительных случаях. Все это в значительной степени осложняло работу молодой российской контрразведки. Однако в ее деятельности за сравнительно короткий срок обозначились явные успехи.
Материальное положение сотрудников контрразведки зависело от занимаемой должности. Так, жалованье начальника отделения включало выплаты по чину, квартирные деньги, деньги на наем прислуги, а также установленное «добавочное содержание» 3600 руб. В общей сумме это достигало 5800 руб. в год. Его доход можно сравнить с зарплатой начальника сыскной полиции Санкт-Петербурга (4 тыс. руб. в год) или генерал-квартирмейстера ГУ ГШ (6 тыс. руб. год). Помощник начальника получал все льготы, распространяемые на жандармов, и «добавочное содержание» в сумме 1500 руб. Остальные служащие согласно положению имели фиксированное годовое содержание: чины для поручений - 1800 руб., старшие и младшие наблюдательные агенты - по 1200 и 780 руб. каждый. Доход последних из них, составляющий 65 руб. в месяц, считался крайне низким. Розничные цены на продукты питания и одежду в Санкт-Петербурге накануне Первой мировой войны были следующими: овощи - от 10 до 70 коп. за кг, водка - 1 руб. 65 коп., коньяк - 10 руб. за бутылку, ботинки мужские - от 2 руб. 50 коп. до 6 руб., брюки - от 4 до 18 руб., пальто мужское демисезонное - от 10 до 55 руб. При этом заметим, что средняя заработная плата рабочих на Адмиралтейском судостроительном заводе равнялась к тому времени 55 руб.
На особом положении находилось городское контрразведывательное отделение столицы. Его начальник подчинялся непосредственно генерал-квартирмейстеру ГУ ГШ либо его ближайшему помощнику. Он оставался в списках офицеров Отдельного корпуса жандармов и числился в командировке.
Первым начальником столичной контрразведки после ее организации стал полковник В. А. Ерандаков, прибывший из Нижегородского ГЖУ. Выбор на него пал не случайно, ибо он был личностью весьма незаурядной. Василий Андреевич происходил из потомственных казаков. В 1894 г. закончил Новочеркасское юнкерское училище по первому разряду и был произведен в подхорунжие 8-го Донского казачьего полка. Через три года назначен командиром конно-саперного взвода 2-го Семиреченского полка. В составе русских казачьих частей принимал участие в подавлении восстания ихетуаней в Китае.
В 1901 г. сотник В. А. Ерандаков был прикомандирован к штабу Отдельного корпуса жандармов «для испытания по службе и перевода впоследствии в корпус». 13 января 1902 г. высочайшим приказом переведен в Отдельный корпус жандармов «с переименованием в поручики». Он проходил службу на руководящих должностях в Тульском, Киевском, Нижегородском и Петербургском ГЖУ. В 1911 г. за отличия по службе Ерандаков был произведен в чин подполковника и откомандирован в распоряжение начальника Главного штаба «с зачислением по армейской кавалерии». С одной стороны, он был высококвалифицированным «розыскником» с большим практическим опытом. К моменту назначения на должность начальника столичного КРО он имел десятилетний стаж службы на руководящих должностях. С другой стороны, являясь потомственным военным, В. А. Ерандаков обладал лучшими профессиональными и личностными качествами русского армейского офицера, приобретенными во время девятилетней службы в казачьих частях: незаурядный человек, добропорядочный семьянин, требовательный и энергичный офицер, государственник по своим убеждениям.
Помощником В. А. Ерандакова был назначен ротмистр Альвиан Александрович Немыский, занимавший до этого должность помощника начальника Финляндского жандармского управления по Улеаборгскому пограничному району. Он происходил из потомственного дворянского рода Полтавской губернии. После окончания Петровского Полтавского кадетского корпуса поступил в Павловское военное училище, которое окончил в 1897 г. по первому разряду и в звании подпоручика был назначен для прохождения воинской службы адъютантом 1-го батальона 350-го Брянского полка.
