Америке, был возмущён Боливар, было отказано даже в праве иметь свою собственную тиранию. Тиранию, оказалось, выгоднее было насаждать воспитанием, чем силой. «Рабство — дитя мрака, невежественный народ — слепое орудие собственной погибели, властолюбие и интриганство во вред используют легковерие и неискушенность, а также легко овладевают людьми, не имеющими никаких политических, экономических или юридических знаний». Мало уметь сказать «нет» тирании, нужно уметь обращаться со свободой. Иначе человек, воспитанный в тирании, поспешит заменить её новой тиранией. «Если испорченный народ добьется свободы, он очень скоро опять её потеряет, ибо напрасны старания убедить его в том, что …господство законов гораздо сильнее, чем господство тиранов…» Боливар предупреждал о том, что нельзя быть уверенным, что «народ, сбросивший, наконец, цепи рабства, не поддастся всем соблазнам приобретений свободы и, подобно Икару не лишится своих крыльев и не упадет в пропасть». Народы сами возрождают тиранию. Народам Латинской Америки надлежит, прежде всего, воспринять, усвоить сам дух свободы и привить его, сообразуясь с собственной реальностью.
5 февраля 1819 г. Национальный конгресс провозгласил Боливара Президентом и Главнокомандующим. Переход через Анды, битва при Бояка и вступление в Боготу. Провозглашение республики Колумбия, взятие Каракаса. В ноябре 1821 г. к федерации присоединилась Панама и затем Санто — Доминго. Но в 1822 г. новый гаитянский правитель Хуан Педро Байерс аннексировал Санто — Доминго (вторая половина острова). В мае 1821 г. Боливар направил Антонио Хосе де Сукре на помощь восставшим в Гуайякиле, которые одерживали победу над роялистами и присоединили свою провинцию к Колумбии. 2 мая 1822 г. Боливар сформировал свои политические принципы: абсолютизм, республика и самоопределение, — отметив, что Испания не смогла объединить покоренные ею народы. В 1822 г. Боливар подписал Договор о Союзе и Конфедерации с Перу (Сан — Мартин) и Чили (О`Хиггинс), в 1823 г. — с Мексикой. В 1823 г. войска Антонио де Сукре (посланные Боливаром) подавили мятеж в Перу самопровозглашенного президента Хосе де ла Рива — Агуэро, вступившего в сговор с роялистами. 1 сентября 1823 г. Боливар вступил в Лиму и принял все полномочия власти. В 1824 г. войска маршала Сукре нанесли поражение испанским войскам. После битвы при Айякучо 9 декабря 1824 г. была провозглашена Республика Боливия (бывшее Горное Перу). 7 декабря 1824 г. Симон Боливар в качестве Президента Перу был приглашен на Панамский Конгресс с целью создания Конфедерации (Колумбии, Чили, Мексики, Рио де ла Платы, Гватемалы). Но в 1825 г. в своей «Инструкции Панамскому конгрессу» он выступил против участия США в этом Конгрессе и отстаивал идею военного союза (против США, которые в 1813 г. предприняли попытку военного захвата территории Мексики и оккупировали полуостров Флорида). «Я думаю, что Америке лучше объявить о своей приверженности Корану, чем принять устройство, существующее в Соединенных Штатах, будь оно даже лучшим в мире», — писал он тогда в одном из своих писем. «Соединенные штаты, кажется, назначены провидением, чтобы насадить в Латинской Америке нищету во имя свободы. …Заключив однажды союз с сильным, слабый тем самым навсегда делается его должником. Нельзя забывать о том, что наши опекуны в юности делаются нашими хозяевами по достижении зрелости…» Еще в своей «Речи в Ангостуре» он предупреждал: «Поскольку мы народ не европейский и не североамериканский, то я весьма далек от мысли сочетать положение и природу обоих государств, столь отличающихся друг от друга, — англо — американского и американо–испанского».
В своих размышлениях по поводу Панамского конгресса» в 1824 г. Боливар писал: «Теперь, по прошествии 15 лет борьбы, полной жертв и лишений во имя свободы Америки, настала пора для того чтобы те взаимные интересы и отношения, которые связывают между собой американские республики, бывшие испанскими колониями, создали прочную основу, которая бы увековечила, если такое возможно, пребывание у власти этих правительств. Учредить подобную систему и укрепить мощь этого политического органа должна такая высшая власть, которая бы направляла единообразие их принципов и, более того, именем своим могла бы усмирить наши волнения и бури. Наиболее достойным воплощением столь авторитетной власти может стать лишь ассамблея полномочных представителей от каждой из наших республик, объединившихся под знаменем победы, которую мы с оружием в руках одержали в борьбе против испанского владычества». В «Пожизненной Конституции Боливара» (для Боливии) была заложена идея Андской Федерации: Боливия, Перу, Колумбия.
В свое время Боливар мечтал: «Может быть, в один прекрасный день мы созовём там державный конгресс представителей республик, королевств и империй, чтобы обсуждать важнейшие вопросы войны и мира с нациями трех других частей света. Такого рода объединение, возможно, будет создано когда–нибудь, в счастливую эпоху нашего возрождения».
«Свобода Нового Света есть надежда всего человечества», — сказал он в июне 1824 г.
Исходным плацдармом для всемирного объединения Боливар видел Великую Колумбию: «Я думаю о будущих поколениях, и моё воображение переносится в грядущие века…Я вижу нашу Родину на троне Свободы со скипетром Справедливости, увенчанную Славой и представляющую старому миру величие нового». «Но великий день Америки еще не настал. Мы изгнали наших угнетателей, мы разбили скрижали с их тираническими заповедями и установили действительно справедливые законы; но нам предстоит еще заложить основу общественного устройства, которое позволило бы сделать Новый свет нацией республик…»
15 июля 1826 г. Ассамблея Конфедерации в Панаме подписала текст о Союзе, Лиге и Постоянной Конфедерации. Боливар выразил свое несогласие с решениями Конгресса и тогда написал: «Панамский конгресс, который мог бы оказаться превосходным органом, будь он более действенным, напоминает мне теперь того безумного грека, который, стоя на скале, пытался управлять проплывавшими мимо кораблями. Власть конгресса окажется не более чем тенью, а его декреты — простыми рекомендациями».
В 1826 г. колумбийские войска вынуждены были покинуть Перу. В 1828 г. перуанская армия вторглась в Боливию. Сукре отрекся от власти и покинул страну. Этому последовали выступления против Боливара в Колумбии и Венесуэле. В апреле–июне 1828 г. Учредительное собрание Боливии отменило «Пожизненную Конституцию». В сентябре произошло покушение на Боливара. В январе 1829 г. перуанская армия атаковала Гуаякиль с моря. Из федерации вышла Великая Колумбия, и затем Эквадор. Боливар тогда заметил: «…Ничто не может быть отвратительнее, чем поведение наших граждан нашего континента. И очень горько, ибо никто не в состоянии излечить сразу целый мир». «Я не надеюсь на оздоровление моей родины. …Для меня все потеряно навсегда, а моя родина и мои друзья исчезли во мраке бедствий». Осознав свое поражение от бывших сподвижников по борьбе, он писал в письме маршалу Сукре: «…Много новых тиранов вознесётся над моей могилой, это будут новые Суллы и новые Марии, которые развяжут кровавые гражданские войны». Маршал Сукре был предательски убит в горах Колумбии в 1830 г. «Убийство Сукре, — написал Боливар, — кладет самое черное и несмываемое пятно на всю историю Нового Света…»
Симон Боливар отрекся от власти 17 декабря 1830 г. «Во–первых, нам не дано управлять Америкой; во–вторых, тот, кто служит революции, пашет море; в-третьих, единственное, что можно сделать по отношению к Америке, — это эмигрировать из неё; в-четвертых, эта страна неизбежно попадёт в руки разнузданных толп, которые незаметно для себя передадут её во власть разномастных тиранов; в-пятых, когда мы будем сгорать в огне собственных жестокостей и преступлений, европейцы не удостоят нас чести нового завоевания; в-шестых, если возможно допустить, чтобы какая–то часть света вновь впала в первобытный хаос, то это будет Америка на последнем этапе её истории».
Симон Боливар умер нищим и больным, раздав все свое имущество соратникам. «Я пожертвовал собственным здоровьем и благополучием для того, чтобы завоевать свободу и счастье для моей родины. Я сделал ради неё всё, что мог, но не добился цели», — сказал он перед смертью.
Доминго Фаустино Сармьенто в свое время считал, что «Боливар — это всё ещё легенда, сочинённая на основе достоверных фактов, подлинный Боливар остаётся пока неизвестным миру, и вполне возможно, когда эту легенду переведут на родной язык героя, он предстанет ещё более необыкновенным и величественным».
Более чем через полвека после смерти Боливара кубинец Хосе Марти скажет: «Боливар вечно пребывает в небе нашей Америки, …он еще не снял своих походных сапог, ибо не все дела ещё завершены и Америка ждёт его». «Из поколения в поколение, пока жива Америка, имя Боливара будет находить отклик в самых честных и мужественных сердцах».