В старейшем военно-морском учебном заведении России, переименованном в Морской корпус, спешно проводились коренные преобразования, в большинстве из них учитывались ошибки и печальный опыт отечественного флота в русско-японской войне. Курс трех общих классов приравняли, по своему объему, к программам реальных училищ. Минимальный возраст воспитанников при поступлении в общие классы теперь составлял 14 лет. Гардемаринов трех специальных классов распоряжением морского министра приравняли к учащимся военных юнкерских училищ.
На долю нового директора Морского корпуса капитана I ранга С А. Воеводского выпало проведение ответственных преобразований, намеченных морским министром адмиралом А.А. Бирилевым. По свидетельству современников, опытному моряку удалось успешно справиться с этой огромной работой. При нем воспитанники трех старших гардемаринских рот впервые стали приводиться к присяге. Ответственный воинский ритуал оказал на гардемаринов огромное психологическое воздействие, настолько значимое, что некоторые из них, предвидя последствия суровой ответственности за свои будущие проступки, поспешили уйти из корпуса с аттестатом об окончании среднего учебного заведения.
6 ноября 1906 года, в день традиционного корпусного праздника, все гардемаринские роты впервые принимали присягу. Это был очень торжественный праздник, навсегда запомнившийся каждому из выпускников.
В этот день в столовом зале, перед огромным царским портретом, были построены гардемарины трех рот Морского корпуса. Директор, капитан I ранга С.А. Воеводский, громким четким голосом медленно читал текст присяги, а гардемарины, подняв три пальца правой руки (за Веру, Царя и Отечество), внятно повторяли за ним слова воинской клятвы. В зале стоял нестройный гул голосов, который перекатывался по рядам воспитанников нараставшей волной.
Вечером того же дня по случаю традиционного корпусного праздника и дня принятия воинской присяги устроили роскошный бал В корпус съехалось множество гостей. Залы учебного заведения художники-декораторы оформили под морское дно. С высоких потолков по стенам свешивались огромные полотнища зеленоватого тюля. Пол покрывал желтый песок с лежавшими на нем большими океанскими раковинами. Между «водорослями» (слоями тюля) были закреплены сделанные из папье-маше фигуры морских рыб, медуз и огромных осьминогов. Искусная подсветка создавала иллюзию движения воды и колебания морских водорослей.
Среди воспитанников Морского корпуса новый директор пользовался уважением и популярностью. По их мнению, «он сумел возродить былое почтение к старейшему военно-морскому учебному заведению и его старым стенам». Заслуживают внимания свидетельства очевидцев и современников о деятельности капитана I ранга Воеводского на посту руководителя Морского корпуса: «Он возглавил учебное заведение в критический момент его существования. В Корпусе он сумел поставить себя на пьедестал некоей морской романтики. Своей представительной фигурой, манерой говорить – медленно, важно и без жестов – он представлялся нам большим барином, джентльменом. В своем отношении к нам он не проявлял ни мелочности педагогически-полицейской, ни придирчивости. Обращаясь к нам, он как бы приглашал нас рассматривать себя, будущих морских офицеров, как „наследников былого рыцарства“. Это был тон, который он как бы задавал Корпусу. И это был тон и верный, и нужный, хотя наша школа, в целом своем виде, была, конечно, очень хороша».
Сам же С.А. Воеводский так писал о своем директорстве: «Имея пример моего бывшего директора, адмирала А.П. Епанчина, я старался относиться к воспитанникам, хотя и строго, но с любовью, как к своим сыновьям, быть их руководителем и защитником, заботиться о них. Поднимая дисциплину, я требовал, чтобы наказания за проступки налагались, хотя и строго, но однообразно и справедливо… Для этого был учрежден дисциплинарный комитет, состоявший из директора, инспектора классов, шести ротных командиров и тех воспитателей, которые были докладчиками проступков воспитанников. Комитет собирался по субботам. Я старался, чтобы воспитанники видели во мне не пугало, а их защитника…»
В первую очередь директор укрепил преподавательский состав Морского корпуса. Воспитанники рассказывали, с каким увлечением и интересом слушали они лекции по военно-морскому искусству лейтенантов Доливо-Добровольского, Бубнова, Немитца. Новый директор уверенно, без каких-либо угроз и приказов укреплял дисциплину в учебном заведении. Степан Аркадьевич всегда поддерживал воспитанников, высказывавших свои собственные соображения о реформировании учебного заведения и отечественного флота. Он даже добился разрешения морского министра издавать и печатать в корпусной типографии молодежный журнал «Якорь», в котором регулярно публиковались статьи воспитанников и морских офицеров корпуса. За двухлетний период руководства учебным заведением Воеводскому удалось значительно улучшить дело организации питания кадетов и гардемаринов.
5 апреля 1907 года царь Николай II произвел смотр батальону Морского корпуса в Царском Селе. За «блестящее состояние и военную выправку» воспитанники удостоились высочайшей благодарности, а С.А. Воеводского царь произвел в контр-адмиралы. Вечером того же дня император записал в свой дневник: «Целый день шел дождь, но было тепло. В 10 1/2 поехали в экзерциргауз на смотр Морскому корпусу. Смотрел поочередно учения каждой роты, затем общий церемониальный марш. Остался очень доволен общим видом гардемарин и кадет. Были на их обеде во дворце. После нашего завтрака они прошли мимо нас на пути к станции. Гулял и колол лед. Читал до 8 часов. Обедал Чагин (деж.). Играл с ним на бильярде».
Стараниями контр-адмирала Воеводского Учебный отряд судов Морского корпуса пополнился новыми кораблями. Теперь кроме учебных судов «Минин», «Рында», «Верный», «Воин» и шхун «Моряк» и «Забава» в отряд передали крейсера I ранга «Аврора» и «Диана».
Гардемарин Георгий Четверухин впоследствии вспоминал: «Летом 1907 года я совершил свое третье практическое плавание. Наша группа была направлена на крейсер 1 ранга „Аврора“. Практика на боевом корабле ознакомила нас с современными для того времени артиллерийскими орудиями и порядком проведения стрельб, судовыми машинами большой мощности, котельной установкой. Мы начали осваивать практическую навигацию. 24 июня нас перевели на уже знакомый „Воин“, на котором под руководством вахтенного начальника нам доверили командовать небольшими маневрами судна».
Выпуск корабельных гардемаринов, состоявшийся весной 1907 года, находился в годичном плавании на судах гардемаринского отряда под флагом контр-адмирала А.А. Эбергарда. Лето прошло в плавании и маневрах флота на Балтике, а с осени и до начала марта – за границей. Кроме обычных стоянок в портах иностранных государств отряд несколько недель простоял в глухом порту на малоазиатском побережье Мармариса, где проходили морские учения. На рождественских праздниках Гардемаринский отряд кораблей находился в Пирее, неподалеку от Афин. Греческая королева, русская великая княгиня (дочь покойного генерал-адмирала Константина Николаевича) Ольга Константиновна, неоднократно посещала русские военные корабли и встречалась с офицерами и матросами. Ее секретарь капитан I ранга М.Ю. Гаршин, получивший тяжелое ранение в Порт-Артуре, писал в своей книге «Любя Русский флот» о великой княжне: «Королева прежде всего любила его личный состав. Матросы были предметом ее особого попечения и не только потому, что они были матросами, а главным образом потому, что это были русские крестьяне, простые люди, которых королева знала и любила с детства. Посещая русские суда, она на них чувствовала себя как бы в России, как бы общалась с Родиной».
На свои средства королева построила и оборудовала в Пирее небольшой госпиталь с русским персоналом, где могли лечиться русские офицеры и матросы. При госпитале специально обустроили небольшую русскую церковь и матросскую чайную.
Гардемарины осмотрели Афины, Акрополь и столичные музеи. На второй день Рождества для команд русских судов устроили елку, причем подарки каждому раздавала сама греческая королева. Затем именитым гостям показали спектакль «Женитьба» Н.В. Гоголя, в котором участвовали гардемарины и матросы.
В начале мая 1908 года отряд корабельных гардемаринов благополучно возвратился на Родину.
В четверг, 10 мая, Николай II сделал очередную запись в дневник: «Встали в 7 1/2 и через час отправились в Петергоф на моторах. Погода была серая, шквалистая и холодная. На новой „Александрии“ пошли в Кронштадт. Посетили Гардемаринский отряд, недавно возвратившийся из заграничного плавания: броненосцы „Слава“, „Цесаревич“ и крейсер „Богатырь“. Последним посетили учебное судно „Герцог Эдинбургский“, к которому очень трудно было приставать из-за зыби. Остался очень доволен всем виденным… Вечером принимал Столыпина».
