Поскольку Филипп прислушался к ее советам, представители арагонской инквизиции потеряли многие привилегии, что особенно сказалось в деле об убийстве инквизитора Ласатеи. У него была любовная связь с одной замужней женщиной, о чем узнал ее муж, некий Ковед. Однажды вечером он, неожиданно вернувшись домой, убил Ласатею. После убийства и муж и жена исчезли, но их слуга был арестован инквизицией как соучастник. Однако в это дело вмешался высший суд Арагона. И возник конфликт между светским и церковным судами. Высший совет Испании провозгласил, что лучше было бы удалить трибунал инквизиции из Арагона, чем подвергать его подобному унижению. Эта история ясно указывает, насколько была тогда ограничена власть инквизиции в Арагоне.
В октябре 1644 г. королева скончалась, по-видимому от холеры. Король искренне горевал о ней (несмотря на свою неверность, он был к ней привязан). Филипп продолжал писать Сор Марии, прося ее о заступничестве перед святыми, о том, чтобы они, по ее молитвам, помогли ему одолеть свои беды, и спрашивал ее советов.
На этот раз Мария посоветовала ему очистить Мадрид от греха. По ее сведениям, поведение и пристрастие к роскоши жителей и жительниц столицы не соответствовали нравам добрых католиков. Подчиняясь ее влиянию, Филипп приказал закрыть театры (к огорчению и изумлению жителей столицы, поскольку он сам прежде был театралом).
Справедливости ради следует сказать, что Мария также посоветовала ему присмотреться к незаконным действиям вербовщиков, которые, стараясь захватить побольше людей на военную службу, причиняли немалые лишения их семьям и ущерб хозяйству страны. Этому совету король также последовал, что принесло пользу Испании.
В 1646 г. наследник престола Бальтазар-Карлос скончался от лихорадки, и король, убитый горем, отошел от государственных дел, поручив их фаворитам. Это обстоятельство очень огорчило Сор Марию, которая написала Филиппу, что у нее было видение: перед нею предстала тень Бальтазара-Карлоса, который сказал, что очень горюет, видя, как его отец окружен людьми, пекущимися о собственной выгоде больше, чем о деле.
Король отвечал, что он не может обходиться без помощи министров, но сам вовсе не пренебрегает своими обязанностями.
Сор Мария ответила королю, что следует продолжать войну с французами после их поражения при Лериде.
После кончины Бальтазара-Карлоса снова встал вопрос о престолонаследии, и король Филипп, по настоянию министров, в конце концов женился на своей племяннице Мариане, которой в то время было всего пятнадцать лет. Сначала Филипп был очень предан своей жене и писал Сор Марии, что молится о рождении наследника. Вскоре, однако, общество слишком юной жены наскучило королю. Правда, в 1651 г. у них родилась дочь, Маргарита-Мария. Но и после этого Мариана чувствовала, что король охладел к ней, и тяготилась своим положением.
Потом появились новые дети, также девочки, которые умирали вскоре после рождения. Король, как и весь народ, уже отчаялись, ожидая наследника. Однако в 1657 г. у короля и королевы, наконец, родился сын, которого назвали Филипп-Просперо.
Через три года дочь Филиппа от первого брака Мария-Тереза была выдана замуж за Людовика XIV, с которым они давно были помолвлены (это стало следствием долгожданного мира между двумя странами), Филипп же по-прежнему пребывал в тревоге, так как маленький наследник оказался очень болезненным, и было мало надежды, что он доживет до совершеннолетия. В 1661 г. мальчик скончался, и король писал аббатисе, что Бог наказывает его за грехи. Его собственное здоровье было сильно подорвано, но на просьбы Сор Марии позаботиться о нем король отвечал, что на все — воля Божия.
Мариана между тем уже подумывала, что, когда не станет короля, власть в стране может перейти к ней. Она родила еще одного сына, очень слабого мальчика, с дефектом речи и признаками умственной отсталости; и все же он являлся наследником трона, а его мать, в случае смерти Филиппа, могла стать регентшей. Филипп догадывался обо всем этом. Аббатисы Сор Марии к этому времени уже не было в живых, и он остался без надежного советчика.
В 1665 г. Испания потерпела поражение от португальцев, которым помогали их новые союзники, англичане. У короля уже не было денег на снаряжение нового войска. В конце своей жизни Филипп не мог не видеть упадка, сменившего времена величия Испанской империи при его деде и прадеде, Филиппе II и Карле. Филипп IV считал, что это — наказание Божие за его неправедную жизнь. Король впал в такую депрессию, что появились слухи, будто его сглазили или околдовали. Новый Великий инквизитор даже осмотрел королевское собрание реликвий из опасения, что они могли быть подвержены злым чарам. В доминиканском монастыре в Атохе сожгли книгу по ведовству, вместе с портретами короля, которые были утыканы булавками. Но ни эти средства, ни лекарства врачей не помогли, и 17 сентября 1665 г. король скончался.
Именно в его царствование инквизиция, пожалуй, достигла наибольшего влияния в Испании, чему причиной были настроения короля и двора, что не могло не влиять на общую обстановку в стране. Король был слабым человеком, который уступал своим страстям, но хотел быть хорошим католиком и выполнять свой религиозный долг, как он его понимал. Поэтому он поддерживал инквизицию, которая превратилась в опору слабого монарха. Его держава потеряла былое могущество, но Филипп пытался выполнить хотя бы один завет своего деда — сохранить единую веру.
Было, правда, у этого короля и еще одно достоинство, не вполне оцененное при его жизни, — склонность к изящному. Он превратил Мадрид в центр искусств, окружив себя писателями и художниками, среди которых был и великий Веласкес.
В Испании начинался век Просвещения, и в этих условиях инквизиции было существовать гораздо труднее, чем прежде.
В истории инквизиции было немало случаев, вызывавших трения между государями и папами. Один из таких примеров — случай с Иеронимо Вильянуэвой, маркизом Вилялба, который произошел при Филиппе IV.
Вильянуэва оказался замешанным в деле аббатисы Терезы и монахинь монастыря Сан Пласидо.
Тогда появились слухи, будто многие монахини и сама настоятельница одержимы бесами. Между тем Вильянуэва снабжал деньгами этот монастырь и назначил туда духовника, священника Франциско де Кальдерона. Кальдерон был арестован инквизицией, монахини также были задержаны инквизиторами, и их заставили покаяться. В итоге Кальдерона приговорили к пожизненному заключению, Терезу — к четырехлетнему заточению в монастыре, а монахинь отправили в разные обители.
Вильянуэва не мог быть не замешанным в этом деле, тем более что жил по соседству, и нашлись свидетели, утверждавшие, будто он часто навещал Терезу и клал голову ей на колени. Утверждали также, будто у нее и других монахинь были видения, что Кальдерону суждено стать папой римским и переделать весь мир с помощью Вильянуэвы.
Несмотря на то что Вильянуэва пользовался покровительством Оливареса, а тот был фаворитом короля, маркиз, помня о приверженности короля к инквизиции, решил все же с ней не ссориться. Он явился к одному из старших инквизиторов, Сотомайору (который вскоре стал Великим инквизитором), и заявил, что по ошибке доверился Кальдерону и если в чем согрешил против церкви, то готов покаяться. Маркиз не хотел ссориться с инквизицией, но и она не хотела ссориться с ним, помня о его высоких покровителях. Он был оправдан и получил соответствующее удостоверение. Заручившись оправданием, Вильянуэва решил хлопотать о возвращении монахинь в свой монастырь, утверждая, что они невиновны, поскольку всего лишь выполняли волю Кальдерона, своего духовника. Девять судей, назначенные по этому делу, под давлениям маркиза и, возможно, Оливареса признали все же монахинь невиновными, хотя, чтобы не конфликтовать с инквизицией, добавили формулировку: если бы они, судьи, выносили приговор на основе свидетельств, которые были ранее представлены трибуналу, то они бы сочли монахинь виновными. В итоге Кальдерой превратился в козла отпущения, а монахини вернулись в свою обитель. Однако инквизиция не могла быть довольной поведением Вильянуэвы и не склонна была легко забывать подобные вещи. Если бы высокие покровители маркиза лишились власти, инквизиция вполне могла бы возобновить дело против него.
Папа Пий V в свое время издал указ о том, что оправдания по делам о ереси не могли иметь постоянной силы, что благоприятствовало возобновлению подобных дел при удобном случае. Инквизиция ждала такого случая, тем более что Вильянуэва был связан с таким ее противником, как Оливарес, и арест маркиза мог бы помочь сбору материалов против королевского фаворита. Вскоре произошел скандал, в который оказались вовлеченными Вильянуэва, король Испании и монахини той же обители Сан Пласидо. Маркиз, как и Оливарес, не раз содействовал королю в его любовных интригах и однажды, увидев в соседнем монастыре молодую красивую монахиню, рассказал о ней королю. Филипп проявил к девушке живой интерес, и Вильянуэва даже упрашивал ее отказаться от сана, хотя и безуспешно. Король, однако, не оставил намерения сблизиться с девушкой, хотя настоятельница Тереза (которой монахиня рассказала Обо всем) была против. Вильянуэва нанял рабочих, которые прорыли подземный ход, ведший из его подвалов в обитель. По замыслу маркиза, девушка должна была ожидать короля в келье в определенное время.