Когда же король и Вильянуэва вошли в келью, то увидели, что монахиня лежит в гробу, держа в руках распятие. Девушка была жива, но аббатиса задумала этот драматический эффект, чтобы показать, что монахиня скорее расстанется с жизнью, чем станет королевской любовницей. Суеверный Филипп ретировался обратно, в дом Вильянуэвы. Но все же, как гласит предание, его страсть к девушке в конце концов пересилила страх и угрызения совести, и в дальнейшем они стали встречаться при более обычных обстоятельствах.
Инквизиции вскоре стало известно об этой связи короля, а также о роли в этом деле Вильянуэвы, которому покровительствовал Оливарес. Великий инквизитор Сотомайор, в то время бывший духовником короля, вынужден был обратиться к нему с увещеваниями, с тем, чтобы Филипп оставил монахиню в покое (в этом случае инквизиция могла бы начать дело против Вильянуэвы и Оливареса). Оливарес узнал об этом и воспользовался ближайшим удобным случаем, чтобы отделаться от королевского духовника.
В то время арагонцы потребовали, чтобы на должности главных инквизиторов в их крае назначали уроженцев Арагона, и король вынужден был выполнить их требование, что вызвало сопротивление Великого инквизитора. Тогда Сотомайору сделали предложение на выбор: добровольно уйти в отставку и получать пенсию 12 000 дукатов в год или же быть уволенным и изгнанным из Испании. Тот, конечно, предпочел первое.
В это время папа римский заинтересовался делом Вильянуэвы, и инквизиция подготовила для него необходимые бумаги и отправила с ними в Рим своего посланника, некоего Паредеса. Однако Оливарес и король приняли меры, чтобы эти документы не попали в Рим. Уже в Генуе посланник был похищен королевскими агентами и отправлен в испанские владения, в Неаполь, где он был заключен в тюремный замог. Документы же попали к Оливаресу, который их уничтожил в королевских покоях.
Вскоре, однако, последовало падение Оливареса. Король к этому времени уже оставил монахиню и впал в меланхолию, мучимый чувством раскаяния. К тому же страна пережила три неудачных войны, что еще ухудшило ее положение, и душевное состояние короля стало еще более тяжелым. Новый Великий инквизитор де Арсе решил, что настал момент заняться делом Вильянуэвы. Инквизиторы вспомнили, что многие из монахинь в Сан Пласидо были одержимы бесом, и дали Филиппу на подпись письмо, в котором говорилось, что он очень обеспокоен делом об этом монастыре и требует расследования. Король подписал письмо, и инквизиторы провели дознание, собирая материал на Вильянуэву. Им удалось получить свидетельства, будто маркиз тщательно записывал слова бесов, говоривших устами монахинь, и все принимал на веру, а также занимался чернокнижием и астрологией. Это уже давало основания для обвинения его в ереси. Вильянуэва был арестован и доставлен в тюрьму в Толедо. Когда король узнал об этом, ему сказали, что это было сделано ради чистоты веры, и Филипп, боявшийся Божией кары и искренне желавший отстоять католицизм, ничего не сделал, чтобы помочь узнику. Не помогли даже ходатайства знатных людей, недовольных действиями инквизиции, которые просили заменить для Вильянуэвы заключение в тюрьме домашним арестом.
Сам же арестованный, переживший нервное потрясение, заболел, и к нему допустили одного из его слуг, который стал ухаживать за ним. Как это часто бывало в инквизиции, дело Вильянуэвы тянулось года-два, пока в 1647 г. не был вынесен приговор. Вильянуэву обязали никогда не посещать обители Сан Пласидо и не жить с ней по соседству и на три года изгнали из Мадрида и Толедо. Сравнительная мягкость наказания объяснялась его знатностью и связями. Однако маркиз, услышав приговор, пришел в ярость и стал оскорблять судей, вследствие чего его увели в одну из тайных камер. Братья Вильянуэвы, занимавшие высокое положение в стране, обратились в Рим к папе с просьбой вмешаться в это дело, и, несмотря на сопротивление Филиппа, поддерживавшего инквизицию, папа Римский принял ходатайство к рассмотрению.
Это едва не привело к конфликту между королем и папой Иннокентием X. Великий инквизитор даже отказался принять папское послание. Однако совет, состоящий из шести знатнейших людей Испании, подготовил записку, в которой доказал, что, принимая во внимание усиление сепаратизма в Неаполе, продолжение конфликта могло бы угрожать потерей испанских владений в Италии.
Иннокентий, возмущенный поведением Великого инквизитора, пригрозил ему отлучением от церкви. Тот написал папе письмо, в котором стал оправдываться, объясняя, что с Вильянуэвой обошлись еще мягко, принимая во внимание опасное распространение ереси в стране. Папа, однако, решил добиться от испанских инквизиторов повиновения и назначил одного из епископов для рассмотрения этого дела. Началась переписка между Мадридом и Римом, а Вильянуэва мечтал уже только о том, чтобы его оставили в покое. Но сам он мало интересовал обе конфликтующие стороны, так как Рим боролся за власть в Европе, а Великий инквизитор и король боролись за самостоятельность. Папа даже угрожал вовсе ликвидировать испанскую инквизицию. Филипп, будучи слабым королем, не склонен был продолжать сопротивление, считая его опасным. Он решил принять рекомендации совета знати. Король вынужден был выслать папе требуемые документы по делу маркиза.
Но и после этого дело продолжало тянуться, вплоть до кончины Вильянуэвы в 1653 г. Однако конфликт между королевской властью и папским престолом имел более глубокие корни, а дело это было только предлогом. Поэтому вражда между папой римским и Испанией продолжалась и в царствование следующих монархов.
Когда близкий к слабоумию сын Филиппа, Карл II, взошел на престол, в Испании все, кроме инквизиции, пришло в упадок. Через пятнадцать лет после кончины Филиппа состоялось одно из самых многолюдных аутодафе, которое почтили своим присутствием Карл и королева. Были оглашены приговоры в отношении ста пяти человек. Между тем страна находилась в очень тяжелом положении, страдая от бремени налогов, нищеты и депопуляции.
Король так и не смог дать стране наследника. Его мать Мариана стала регентшей, когда сыну было четыре года. Это была властная женщина, австрийка по происхождению, которая хотела прежде всего укрепить в Испании власть своей династии. Хотя она объявила, что решительно против фаворитизма, ее собственный духовник отец Хуан Нитард вскоре стал ее фаворитом. И был назначен Великим инквизитором.
Ситуация в стране осложнялась еще и тем, что королева была иностранкой и покровительствовала иностранцам, таким, как Нитард. Поэтому дон Хуан Австрийский, незаконный сын короля, снова стал популярен. В ответ на это королева и ее советники инициировали арест Маллядоса, одного их друзей дона Хуана (никаких видимых оснований для таких действий не было). За этим последовали новые аресты его друзей.
Сам он, не дожидаясь, пока и его арестуют, уехал в Барселону, где был принят с восторгом.
Это привело к фактическому расколу в стране. Фаворит королевы был немцем, а незаконный сын короля — испанцем, и при этом человеком сильным и мужественным, что лежало в основе роста его популярности.
Королева пыталась найти компромисс со своим противником, но он требовал отставки Нитарда, что для нее тогда было неприемлемо.
Кончилось тем, что дон Хуан собрал войско и отправился в поход на Мадрид. После этого королева, зная, что народ поддерживает дона Хуана, вынуждена была удалить от себя фаворита. Нитард отправился в Рим, где и оставался до конца своих дней, а дон Хуан стал вице-королем Арагона.
Однако вскоре у королевы появился новый фаворит, некий Валенсуэла, который сделался ее любовником. Воспитанием юного Карла при этом никто не занимался, править он сам не мог и целиком находился под влиянием матери, хотя уже достиг пятнадцати лет, когда, по завещанию Филиппа, должен был быть признан совершеннолетним. Дон Хуан и его сторонники попытались добиться от короля разрешения для побочного сына Филиппа вернуться в Мадрид. Они хотели также, чтобы он был приближен ко двору, но этому решительно воспротивились королева и Валенсуэла. Затея дона Хуана не удалась, а Валенсуэла был назначен премьер-министром.
Между тем положение в Мадриде и во всей Испании стало еще хуже. В письмах того времени есть сообщения, что на улицах можно было видеть людей, умирающих от голода. По сравнению с эпохой Филиппа II население столицы уменьшилось с 400 000 до 200 000 человек, и положение в Мадриде отражало положение во всей стране. Во всем этом обвиняли Валенсуэлу. Врагам фаворита и королевы удалось уговорить безвольного короля на время покинуть свою резиденцию, после чего от него добились указа, запрещающего его матери, Мариане, покидать дворец. При этих обстоятельствах дон Хуан организовал новый поход на столицу, где его встретили с радостью. Он потребовал, чтобы королева удалилась в Толедо, а Валенсуэла был арестован и выслан из страны. Эти условия были выполнены.
