Но если козаки так сильно желали смерти Ляпунова, то не меньше желал этого Гонсевский в Москве: козаки с Трубецким и Заруцким не были ему страшны, страшно ему было ополчение земских людей, когда оно имело такого деятельного и талантливого предводителя, как Ляпунов. На одной из стычек поляки взяли в плен донского козака, который был побратимом атамана Исидора Заварзина, этот Заварзин начал стараться, как бы освободить товарища, и выпросил у Гонсевского позволение повидаться с ним и поговорить, дав заклад. Гонсевский воспользовался этим случаем, велел написать грамоты от имени Ляпунова, в которых тот писал во все города: «Где поймают козака – бить и топить, а когда, даст бог, государство Московское успокоится, то мы весь этот злой народ истребим». Под руку Ляпунова искусно было подписано на грамоте. Пленный козак отдал эту грамоту Заварзину: «Вот, брат, смотри, какую измену над нашею братьею, козаками, Ляпунов делает! Вот грамоты, которые литва перехватила». Взяв грамоту, Заварзин отвечал: «Теперь мы его, б… сына, убьем». Когда Заварзин пришел в стан и показал грамоту, то козаки собрали круг; Трубецкой и Заруцкий в круг не поехали; посылали за Ляпуновым два раза, он не поехал, в третий раз пришли к нему некозаки, Сильвестр Толстой, Юрий Потемкин, и поручились, что ему ничего не будет; Ляпунов вошел в круг: атаман Карамышев стал кричать, что он изменник, и показал грамоту, подписанную его рукою, Ляпунов посмотрел на грамоту и сказал: «Рука похожа на мою, только я не писал». Начался спор и кончился тем, что Ляпунов лежал мертвый под козацкими саблями; с ним вместе убили Ивана Никитича Ржевского: Ржевский был Ляпунову большой недруг, но тут, видя его правду, за него стал и умер с ним вместе. По некоторым известиям, Ржевский говорил козакам: «За посмех вы Прокофья убили, Прокофьевой вины нет».
Со смертию Ляпунова дворяне и дети боярские остались без вождя, во власти козацких предводителей. Летописец рассказывает, что вскоре по смерти Ляпунова принесен был в стан из Казани список с иконы казанской богородицы; духовенство и все служилые люди пошли пешком навстречу иконе, а Заруцкий с козаками выехали верхом. Козакам не понравилось, зачем служилые люди захотели отличиться перед ними благочестием, и начали ругать их. Летописец прибавляет, что дворяне и стольники искали себе смерти от насилия и позора, многие из них были побиты, многие изувечены; другие разъехались по городам своим и по домам, боясь убийства от Заруцкого и козаков. Нашлись из них и такие, которые купили у Заруцкого воеводства и разные должности и отправились по городам наверстывать заплаченные деньги; остались под Москвою большею частию те, которые привыкли жить вместе с козаками в Тушине и Калуге. Стан наполнялся также москвичами, торговыми, промышленными и всякими черными людьми, которые кормились тем, что держали всякие съестные харчи; в стане же были приказы, сидели в них дьяки и подьячие, с городов и волостей на козаков кормы сбирали и под Москву привозили, но козаки от воровства своего не отстали, ездили по дорогам станицами, грабили и побивали.
В то время когда козаки убийством Ляпунова и разогнанием лучших служилых людей остановили ход земского дела под Москвою, на северо-западе Новгород Великий достался в руки шведам. Мы видели, что последние имели мало успеха: им удалось овладеть только Корелою; Ладогу они потеряли, и вторичный приступ к ней был неудачен, равно как и приступ к Орешку. В марте месяце Делагарди приблизился к Новгороду, стал в семи верстах от него у Хутынского монастыря и послал спросить у новгородцев, друзья они или враги шведам и хотят ли соблюдать Выборгский договор? Разумеется, новгородцы отвечали, что это не их дело, что все зависит от будущего государя московского. Узнав, что земля встала против Владислава, Москва выжжена поляками, которые осаждены земским ополчением, Карл IX писал к его начальникам, чтоб вперед не выбирали чужих государей, а выбрали бы кого-нибудь из своих. В ответ на это приехавший в Новгород от Ляпунова воевода Василий Иванович Бутурлин предложил Делагарди съезд, на котором объявил, что вся земля просит короля дать на Московское государство одного из сыновей. Начались переговоры и затянулись, ибо и шведы, подобно полякам, требовали прежде всего денег и городов, а между тем в Новгороде, происходили явления, которые подавали Делагарди надежду легко овладеть им. По шведским известиям, сам Бутурлин, ненавидевший поляков и подружившийся с Делагарди еще в Москве, дал ему теперь совет овладеть Новгородом. По русским известиям, между Бутурлиным и старым воеводою, князем Иваном Никитичем Одоевским Большим, было несогласие, мешавшее последнему принять деятельные меры для безопасности города; Бутурлин ссылался со шведами, торговые люди возили к ним всякие товары, и когда Делагарди перешел Волхов и стал у Колмовского монастыря, то Бутурлин продолжал съезжаться с ним и здесь; к довершению беды, между ратными и посадскими людьми не было совета. Посадские люди взволновались и перебрались с имением в город; и действительно, 8 июля Делагарди повел приступ, но после жестокой сечи ему не удалось вломиться в город; посады были сожжены по приказанию Бутурлина. Семь дней после того шведы стояли в бездействии. Это ободрило новгородцев: в то время как некоторые из них молились день и ночь, другие стали пить, ободряя друг друга: «Не бойтесь немецкого нашествия, нашего города им не взять, людей в нем множество». Пьяные лазили на стены, бесстыдно ругались над шведами. У последних в плену был Иван Шваль, холоп Лутохина. Шваль, зная, как плохо стерегут город, обещал шведам ввести их в него. 15 июля (как рассказывал потом сам Делагарди) приехал в шведский стан дьяк Анфиноген Голенищев от Бутурлина, который велел сказать Делагарди, чтоб шел прочь от Новгорода, а не пойдет, так его проводят, Делагарди велел отвечать: «Бутурлин меня все обманывает, присылает с угрозами, хочет меня от Новгорода проводить, так пусть же знает, что я за такие речи буду у него в Новгороде». И действительно, ночью на 16 июля Шваль ввел шведов в Чудинцовские вороты так, что никто не видал; жители только тогда узнали, что неприятель в городе, когда шведы начали бить сторожей по стенам и по дворам. Первое сопротивление встретили шведы на площади, где расположился Бутурлин с своим отрядом, но это сопротивление было непродолжительно: Бутурлин вышел из города, и при отступлении козаки и стрельцы ограбили лавки и дворы под тем предлогом, что шведы отнимут же все. Было еще сильное, по бесполезное сопротивление в двух местах: стрелецкий голова Василий Гаютин, дьяк Анфиноген Голенищев, Василий Орлов да козачий атаман Тимофей Шаров с сорока козаками решились защищаться до последней крайности; много уговаривали их шведы к сдаче, они не сдались и умерли все вместе за православную веру. Софийский протопоп Аммос заперся на своем дворе с несколькими новгородцами, долго бился против шведов и много перебил их; Аммос был в это время под запрещением у митрополита Исидора; митрополит служил молебен на городской стене, видел подвиг Аммоса, заочно простил и благословил его. Шведы, озлобленные сопротивлением, зажгли наконец двор протопопа, и он погиб в пламени со всеми товарищами: ни один не отдался живой в руки шведам.
Это были последние защитники Великого Новгорода. Исидор и Одоевский, видя, что нет никого ратных людей в городе, послали договариваться с Делагарди. Первым условием была присяга новгородцев королевичу шведскому; Делагарди с своей стороны обязался не разорять Новгорода и был впущен в кремль; подробности договора были следующие: 1) Между Новгородом и Швецией будет искренняя дружба и вечный мир на основании договоров Теузинского и заключенных при царе Василии; новгородцы обязываются прервать всякие сношения с Польшею, в покровители и защитники принять короля шведского, его преемников мужеского пола и королевство Шведское, без ведома которого не будут заключать ни с кем ни мира, ни союза. 2) Новгородцы избирают и просят в царя которого-нибудь из сыновей короля Карла и утверждают это избрание присягою, вследствие чего и государство Московское должно признать короля Карла покровителем, а одного из сыновей его – царем своим. 3) До прибытия королевича новгородцы будут повиноваться Делагарди, обязываются вместе с ним приводить к присяге королю ближайшие города, не щадя при этом жизни своей; обязываются не скрывать ничего от Делагарди, заблаговременно уведомлять его обо всех вестях из Москвы или откуда бы то ни было, не предпринимать никаких важных дел без его ведома и согласия, тем более не умышлять против него ничего враждебного; обещаются объявить без утайки о всех доходах Новгорода с областями и о всех деньгах, находящихся налицо в казне. 4) Делагарди обязуется: если Новгородское и Московское государства признают короля Карла и наследников его своими покровителями, то король отпустит на царство которого-нибудь из сыновей своих, как скоро оба государства через своих полномочных послов будут просить о том его величество; Делагарди обязывается как после воцарения королевича, так и теперь, до его прихода, не делать никакого притеснения православной вере, не трогать церквей и монастырей, уважать духовенство и не касаться его доходов. 5) Из городов и уездов новгородских не присоединять ничего к Швеции, исключая Корелы с уездом; что же касается до вознаграждения за издержки на вспомогательные войска для Шуйского, то об этом король постановит с боярами и народом русским по отпуске сына своего на царство. 6) Запрещается вывозить из России в Швецию деньги, колокола, воинские снаряды без ведома и согласия русских; русских людей не выводить в Швецию, а шведов не задерживать в России. Всяких чинов люди сохраняют старые права; имения их остаются неприкосновенными; суд совершается по-прежнему; для суда беспристрастного в судебных местах должны заседать по ровному числу русские и шведские чиновники. За обиды, нанесенные русским шведами и наоборот, должно наказывать без всякого потворства. 7) Беглецов выдавать. 8) Шведские ратные люди, оказавшие услуги России с согласия вельмож русских, получают награды в виде имений (отчин?), жалованья, поместий. Между обоими государствами будет свободная торговля с узаконенными пошлинами. 9) Козаки могут переходить, по их желанию, за границы; но слуги боярские останутся по-прежнему в крепости у своих владельцев; пленники будут возвращены без окупа. 10) Все эти условия будут всегда сохраняемы ненарушимо не только в отношении к Новгородскому, но и Владимирскому и Московскому государствам, если жители их вместе с новгородцами признают короля покровителем, а королевича – государем. 11) Войско шведское не будет помещено в отдаленной части города, где бы оно могло быть в тягость жителям, но последние должны помогать деньгами для его продовольствия. Никто из жителей не может выезжать из города для жительства в деревнях или вывозить свое имение без ведома и согласия Делагарди. Последний присягнул в соблюдении договора; новгородцы также поклялись исполнять условия, если б даже Владимирское и Московское государства на то не согласились. Этою статьею, следовательно, Новгород отделял свое дело от дела Московского государства. Из договора ясно видно также, что он был написан победителем; Московское государство не могло принять его в этом виде, ибо с избранием королевича в цари соединялась обязанность признать короля отца и всех его наследников покровителями Русского царства, притом самое главное условие для русских, именно принятие православной веры королевичем, было опущено в договоре.