С другой стороны подобно польско-литовским и московские окраины выделяли группу недовольных элементов, искавших в степях приключений и легкой наживы и одинаково опасных соседей как для татар, так и для мирных подданных Московского государства. В 1538 г. ногайский мирза Кельмагмед жаловался Ивану Грозному на их грабежи, в ответе на что царь отвечал:
«казанцы, азовцы, крымцы и иные — баловни казаки, а и наших украин казаки, с ними смешавшись, ходят, и те люди — как вам тати, так и нам тати и разбойники».
К середине XVI в. эти выходцы в нижнем течении Дона уже окончательно сформировали своеобразную общину, о деятельности которой князь ногайский Юсуф писал царю: «холопи твои, некто Сарыазман словет на Дону, в трех и четырех местах городы поделали». Иван Грозный однако еще мог отвечать с полным правом: «те разбойники живут на Дону без нашего ведома и от нас бегают». Это и понятно, так как московская правительственная колонизация находилась еще слишком далеко в то время, именно близ Тульской укрепленной черты, и открыто принимать сторону таких отдаленных вольных колонистов было еще преждевременно. Затем в 1551 г. турецкий султан просил ногайского князя унять донских казаков, которые «с Азова оброк емлют и воды на Дону пить не дают».
Первые поселения казаков, о которых упоминалось в приведенных жалобах, были сосредоточены по низовьям Дона между Черкасской и Цымлянской станицами, т. е. были отделены большими промежутками от непосредственных московских владений, так как вольное казачество пока еще опасалось преследований со стороны московского правительства, действуя исключительно на свой страх и риск; но уже в конце XVI в. казачьи городки и зимовища были рассеяны сплошной лентой на протяжении 800 верст, от устья р. Хопра до р. Аксая, и несколько городков встречалось по р. Донцу.
По мере усиления налогового гнета и ухудшения положения крестьян, а также после разорения русской земли во время смут междуцарствия прилив на Дон беглецов из пределов Московского государства чрезвычайно усилился, отчасти пополняясь и выходцами из Малороссии. Наконец в 1667 г. сюда бежали раскольники, основавшие свои скиты по верховьям Дона, Хопру, Медведице, Бузулуку и Донцу.
О необыкновенном росте казачьего населения в течение XVII в. можно судить по тому, что в середине этого столетия по Донцу, Хопру, Медведице и Жеребцу насчитывалось около 30 городков, а к концу столетия — до 125, причем они составляли 11 станиц. Все казачье население распадалось на две группы — верховых и низовых казаков, границею обитания которых служил Цымлянский городок.
С ростом казачьего населения принимала законченные формы донская казачья община, в силу этнографических особенностей великорусов значительно отличавшаяся от Запорожской Сечи малорусов. Управление и суд были сосредоточены в войсковом круге, в состав которого входило все казачье взрослое мужское население, находившееся в данный момент в главном казачьем городке — «Главном войске». Для разрешения же особенно важных дел ожидали обыкновенно прибытия казаков и из других мест. С умножением населения и отдельные городки получили свои станичные круги, где решались местные дела. Главными городками войска донского в течение XVI в. были Раздоры (станица Раздорская), а с 1622 г. — Монастырский городок (в 6 верстах ниже Черкасска на Дону); с 1636 по 1643 г. управление сосредотачивалось в Азове, который казаки отняли на время у турок; а с 1643 по 1645 г. — на Махином острове (на левом берегу Дона в 5 верстах от Ольгинской станицы) и наконец, с 1645 г. — в Черкасском городке или Черкасске (ныне станица Старо-Черкасская).
Исполнительными органами были атаман и войсковой есаул, избираемые ежегодно; делопроизводством заведовал войсковой дьяк. В походах избирали особого походного атамана. Войско делилось на сотни и полусотни и находилось под начальством полковников, хорунжих, сотников и пятидесятников. Духовенство у казаков сначала было выборное, но с 1689 г., после раскольничьего восстания было заменено назначаемым, подчиненным воронежскому епископу.
Главным своим занятием казаки считали походы. Низовые казаки на своих легких ладьях обыкновенно спускались но Дону, нападали на турецкую крепость в его устье Азов, затем опустошали Крым и турецкие города по берегам Черного моря. Верховые казаки предпочитали совершать свои разъезды по Волге, нередко разбивали торговые караваны, не разбирая своих и чужих, затем по Каспийскому морю добирались до берегов Персии, которые и грабили. По возвращении из походов казаки «дуванили» весь «дуван» (т. е. делили добычу) поровну.
В мирное время главным занятием казаков были рыбная ловля и охота; хлебопашества сначала не было; когда же оно стало развиваться преимущественно среди верхового казачества, оно было строго запрещено. Так, грамота войскового круга, посланная к хоперским и усть-медведицким городкам, запрещала пахать землю и сеять хлеб, за что «бить до смерти и грабить». Это было вызвано вероятно теми соображениями, что верховые казаки, как более защищенные от нападений кочевников, занявшись земледелием, легко расказачатся, подпадут окончательно под московскую власть и уменьшат таким образом численность казачьего войска. В низовьях Дона не было надобности в таком запрещении, так как здесь казачье население само традиционно гнушалось земледелием и землю сдавало для обработки беглым крепостным, которых сманивали особые промышленники и которые поступали таким образом в батраки к казакам. Зато здесь довольно значительные успехи делала торговля рыбой, турецкими и татарскими товарами, как скупленными, так и наичаще награбленными. Насколько казаки дорожили торговыми рынками, видно из челобитной к царю Михаилу Федоровичу на право свободной и беспошлинной торговли во всех украинских городах.
При обилии земель во время образования казачьей общины ими пользовались на правах первого захвата, заимки огромных «юртов», но вследствие сильного прилива населения уже к концу XVII в. казакам показалось тесно, и начались земельные споры. Войско принуждено было выдавать разводные грамоты, разверстывая леса, луга и озера, остальные земли оставляло в общем пользовании. Описанная организация казачества вначале обеспечивала равенство среди казаков. С усилением же прилива нового, свежего элемента все более резко вырисовывались два типа казаков — домовитых, старых насельников Дона, успевших обзавестись своим хозяйством и потому представлявших опору порядка, и голутвенных (голытьбы), прибывавших на Дон с верховьев позднее, когда условия для расселения были уже менее благоприятными. Из голытьбы вербовались так называемые воровские казаки, — беспокойный элемент, разбивавший караваны на Волге и легко примыкавший ко всяким восстаниям в поисках богатства и удачи. Так, в смутное время они приставали ко всем самозванцам, а позднее поддерживали Стеньку Разина. Впрочем при удачном направлении этих сил и они оказывались полезными; так, напр., воровские казаки покорили Ивану Грозному Сибирское царство. Среди голутвенных же казаков имел особенный успех с XVII в. план восстановления старой веры. С этой целью казаки со старейшинами Самойлой Лаврентьевым и Киреем Матвеевым вели переговоры с яицкими казаками. Восстание, однако, не успевшее принять слишком значительных размеров благодаря доносу другой части казаков, было подавлено царскими войсками, взявшими городок на Медведице, в котором заперлись раскольники. После усмирения мятежа часть недовольных казаков бежала на Куму, откуда перебралась на Кубань и Терек.
Московское правительство, вполне оценив пользу казачества как живой стены, защищавшей его владения от татарских набегов, с начала XVII в., после смутного времени совершенно открыто и весьма охотно поддерживало их, посылая им жалование и сплавляя по Дону для них ежегодно массу хлеба, различные припасы и порох. Правительственная колонизация была теперь уже у Белгородской укрепленной черты, и передерживать казаков в качестве степных аванпостов было весьма своевременно и удобно. На ряд настоятельных требований со стороны турецкого султана и крымского хана — «унять казаков», свести казаков с Дона, Москва отговаривалась обыкновенно самовольством и непокорностью казаков, невозможностью унять их за дальностью расстояния (хотя это расстояние и быстро уменьшалось). В некоторых однако случаях, когда грабежи казаков слишком мешали договорным соглашениям Москвы с турецким султаном, правительство посылало к казакам запрещение грабить Азов и Крым, а в 1630 г. даже, произошел разрыв на два года между Москвой и Доном. Казаки убили московского посла Ивана Карамышева, вследствие чего царь прислал им опальную грамоту и патриаршее отлучение от церкви.
По мере подчинения казаков Москве сношения между обеими сторонами делались более постоянными и правильными. Казаки считались как бы на службе у Московского государства, обязывались оборонять границы и главное — наблюдать за передвижениями татар и своевременно извещать об этом. В посольский приказ, в ведение которого с 1623 г. были переданы казачьи дела, посылали легкие станицы из атамана, есаула и десяти рядовых казаков с «войсковыми отписями о разных пограничных вестях». С 1672 г. отправлялись только два казака, доезжавшие летом до Воронежа, а зимой до Валуек. Раз в году в Москву посылалась станица зимовая с войсковой челобитной, чтобы царь пожаловал «своих холопей царским великим жалованьем денежным и сукны и селитры и свинцом и запасом». Весною из московских владений спускали по Дону барки с просимыми припасами, которые делились поровну.
