По мере подчинения казаков Москве сношения между обеими сторонами делались более постоянными и правильными. Казаки считались как бы на службе у Московского государства, обязывались оборонять границы и главное — наблюдать за передвижениями татар и своевременно извещать об этом. В посольский приказ, в ведение которого с 1623 г. были переданы казачьи дела, посылали легкие станицы из атамана, есаула и десяти рядовых казаков с «войсковыми отписями о разных пограничных вестях». С 1672 г. отправлялись только два казака, доезжавшие летом до Воронежа, а зимой до Валуек. Раз в году в Москву посылалась станица зимовая с войсковой челобитной, чтобы царь пожаловал «своих холопей царским великим жалованьем денежным и сукны и селитры и свинцом и запасом». Весною из московских владений спускали по Дону барки с просимыми припасами, которые делились поровну.
Пользуясь прикрытием как донских, так и малорусских казаков, правительство успешно проводило свои линии укреплений, посылало на границы со степью полки, благодаря чему край делался безопаснее и колонизовался сначала принудительно, а потом и добровольно, по мере его замирения. Вольная колонизация особенно двинулась при Алексее Михайловиче благодаря массовому переселению в пределы нынешних Полтавской и Харьковской губерний малороссов, сбежавших из Польской Украины. Процесс этот завершился присоединением Малороссии в 1653 г.; вместе с тем к России переходили верховные права на земли, которые малороссийские казаки считали своими, опираясь как на давность захвата, так и на санкцию его жалованной грамотой Стефана Батория. Пределы же своих владений они считали доходящими на восток до устья Дона и на запад до р. Синюхи, притока Буга.
Сильные успехи колонизации и укрепление границ хотя и делали московские владения более безопасными от татарских набегов, все-же не позволяли еще начинать активную, наступательную войну с крымцами. Не рискуя вести свои недостаточно подготовленные для степной борьбы войска через безводные пространства, правительство лишь в исключительных случаях посылало свои отряды на помощь казакам. К таким случаям, например, относится поход в 1556 г. дьяка Ржевского с запорожцами, когда русские взяли Очаков и отбились от татар;
затем в 1558 г. они вновь опустошили окрестности Очакова и захватили два турецких корабля. Для успешной борьбы с татарами правительство имело в своем распоряжении настоящих детей степи — казаков, которые, живя бок о бок с кочевниками, прекрасно изучили все их слабые стороны и потому успешно несли сторожевую службу и нередко привлекались для отвлечения крымцев во время войны России с Турцией. Вообще же, получая от Москвы только материальную поддержку в виде жалованья, боевых и съестных припасов, казаки во всем пользовались почти полной свободой действий и действовали обыкновенно на свой риск и страх. В 1636 г. они взяли Азов и, утвердившись в нем, владели им до 1643 г. Недостаток в людях заставил их обратиться к Москве с просьбой взять Азов под свое покровительство. Не считая себя в силах удержать эту крепость, земский собор в Москве отклонил это предложение, и Азов был возвращен. Турки воспользовались сильным истощением и обезлюдением донских казаков, укрепили Азов, сожгли казачьи городки Маныч, Яр, Черкасск, оттеснив казаков в Раздоры, и построили посты под Азовом — две башни, перегородив реку цепями. Казаки вскоре восстановили разрушенные города и прокопали обходный «ерик», которым по прежнему спускались для разбоев в море. Однако недостаток в ратных людях заставил их просить помощи у Москвы. Им были посланы в помощь стрельцы и вольные люди, и это позволило московскому правительству утвердить здесь окончательно свою власть и вскоре начать активную борьбу с татарами, чему с другой стороны способствовали усобицы в Крымском ханстве и сильное ослабление Оттоманской Порты, с трудом отстаивавшей тогда свое положение в Европе.
Первая, хотя и неудачная попытка наступления была сделана при правительнице Софии Алексеевне во время войны с Турцией в союзе с Австрией, Польшей и Венецией. А именно князь Голицин с гетманом Самойловичем, а в другой раз с гетманом Мазепой предпринял два похода в Крым, окончившихся полной неудачей вследствие трудности перехода через безводные степи, к тому же выжженные перед тем татарами.
Война с большим успехом продолжалась Петром Великим, который вел наступление с двух сторон. В 1695 г. боярин Б. П. Шереметьев с гетманом Мазепой взяли Кизикермен и Туган, после чего татары добровольно покинули еще две крепости, больше не возобновлявшиеся. С другой стороны в 1695-96 г. Петр Великий с донскими казаками осаждал Азов и взял его при помощи флота, спешно выстроенного в Воронеже. Гаванью для 52 построенных кораблей была избрана заложенная Петром крепость Троицкая, что на Тагань-Роге (рог значит мыс) на Азовском море, за которой сохранилось название Таганрог. Кроме нее была построена еще крепость Павловск на р. Миус.
В виду необходимости вести войну со Швецией Петру Великому не удалось довести дело до конца и пришлось согласиться на перемирие, заключенное в 1700 г., на основании которого прибрежья Азовского моря с Азовом и Таганрогом, так называемая «барьерная земля», остались за Россией. Обеим сторонам запрещалось строить крепости от р. Миуса до Перекопа и по Днепру от Очакова до Запорожской сечи, бывшей тогда на устье р. Чертомлыка. Петр Великий ограничился постройкой выше Сечи крепости Каменного Затона и укреплением городов в «барьерной земле». Важным результатов войны было также окончательное прекращение ежегодных «поминок» т е. откупов крымскому хану. В 1705 г. был размежеван «старый казачий рубеж с турецким государством, от короля польского учиненный». Согласно межевой записи «початок границы от польских концов» определен от впадения р. Коды в Буг, где сходились владения Турции, Польши и России. Отсюда граница шла «вниз рекой Бугом до р. Ташлыка (Черный Ташлык), полем поперек реки Мертвой (Мертвые Воды), через Еланец, через Великий Ингул, полем до р. Исуни (Висунь), через нее до р. Малого Пегульца через него по Бекеневскому броду, который от Кизикерменных пустых мест в 10 часах, от брода до устья р. Каменки, где она впадает в Днепр. От Кизикерменских пустых мест до того места 4 мили и там кончается граница». За Россией таким образом утверждались нынешние уезды Елисаветградский, Александровский и значительная часть Херсонского.
Расширение пределов государства шло об руку с сплошным заселением окраин. От невыносимых налогов и крепостной зависимости беглецы толпами уходили в сравнительно слабо заселенный земли, занятые донскими казаками, владения которых к началу XVIII в. захватывали пределы, соответствующие Воронежской губернии по Дону, Харьковской и Екатеринославской — по Донцу с притоками. Казаки оказались окруженными и с северо-запада, откуда широкой волной приливали беглецы из Московского государства, и с запада — соседними «слободскими» (т. е. малорусскими) полками — Острогожским, Бахмутским и Изюмским. Беглецы приносили с собою более интенсивную земледельческую культуру, с которой нелегко могли сжиться привыкшие к простору донские казаки; слободские же полки сталкивались с ними на р. Бахмутка из-за соляных варниц. Все это в достаточной степени вызывало брожение и недовольство казаков и подготовляло благодарную почву для восстания. Ближайшим же поводом для него было издание в 1682 г. указа, запрещавшего (подобно тому, как было и при Иване III) принимать беглецов на Дон, устройство на границе нынешних Воронежской губернии и области войска Донского заставы и присылка на Дон чиновников для переписи населения в казачьих городках и высылки бежавших туда после указа. В 1708 г. вспыхнуло восстание под предводительством атамана Кондратия Булавина, принявшее небывалые размеры после первых успехов восставших. Подавить этот бунт удалось лишь с большим трудом, несмотря на весьма крутые меры, принятые правительством. Кн. Долгоруков, усмирявший восстание, получил приказание «взять Черкасск, казачьи городки, лежащие на Дону, но Донецкого не трогать, остальные по Медведице, Хопру, Бузулуку и Иловле сжечь и разорить до основания, людей рубить, а заводчиков (зачинщиков) сажать на кол и колесовать». После подавления восстания часть мятежников — казаков с Игнатом Некрасовым во главе ушла под покровительство крымского хана на р. Куму, откуда вместе с кубанцами производила набеги на Дон. После же взятия русскими Анапы, при имп. Анне Ивановне, некрасовцы переселились в Турцию, в устья Дуная. Часть земель по Донцу, принадлежавших донским казакам, вошла в состав вновь образованной Бахмутской провинции. Затем земли по р. Айдару (восточная часть Старобельского уезда) были отданы Острогожскому слободскому полку, а верховья Хопра отошли к Воронежской губернии. Правительство не упустило случая наложить свою руку и на внутреннюю жизнь казачества. Начиная с Петра Великого принимались меры для создания среди казачьего населения, еще сохранившего однородность состава, особого привилегированного слоя, и с этой целью возвышалось значение старшины. Из советников атамана, облеченных только исполнительною властью и выбираемых из всех слоев населения, члены старшины с половины XVIII в. превращались в особое сословие, сначала чиновников, а позднее уравнивались с дворянами.
