При обер-прокуроре Протасове в связи с общим изменением церковно-политического курса поставлен был вопрос о пересмотре уставов 1814 года. Но комиссия Духовных училищ не захотела поддержать замысел обер-прокурора. Тогда Протасов пошел на роспуск комиссии, вместо которой в 1839 году было учреждено Духовно-учебное управление, действовавшее не как авторитетная коллегия, а как служебное подразделение, подчиненное обер-прокурору. Замысел Протасова клонился к тому, чтобы понизить образовательно-культурный уровень Духовных школ, который казался ему не соответствующим потребностям церковной жизни.
Протасов крепко бранил «мертвящую ученость», особенно доставалось от него «нечестивой и безбожной науке» философии. В Семинариях, считал он, курс наук необходимо приспособить к условиям сельской жизни: «Из Семинарий поступают в священники по селам. Им надобно знать сельский быт и уметь быть полезными крестьянину даже в его делах житейских. И так, на что такая огромная богословия сельскому священнику? К чему нужна ему философия, наука вольномыслия, вздоров, эгоизма, фанфаронства? На что ему тригонометрия, дифференциалы, интегралы? Пусть лучше затвердит хорошенько катехизисы, церковный устав, нотное пение. И довольно. Высокие науки пусть останутся в Академиях», ― так передавал наставления Протасова ректор Вятской Семинарии архимандрит Никодим (Казанцев). Всему духовному образованию Протасов предлагал придать направление, «сообразное с нуждами сельских прихожан».
Проведению Протасовской реформы решительно воспротивился митрополит Московский Филарет. И поэтому свой план крайнего «опрощения» среднего духовного образования Протасову не удалось осуществить вполне. Тем не менее, правила, введенные в 1840 году, значительно сокращали число общеобразовательных предметов в семинариях. Оставлены были только логика и психология (вместо философии), российская словесность, история, физика, геометрия и классические языки. Вместо упраздненных общеобразовательных дисциплин вводились, основы медицины, сельское хозяйство, в отдельных семинариях ― иконописание и инородческие языки. В учебные планы по богословию были включены библейская история и историческое учение об отцах Церкви; усиливалось изучение русской церковной истории. Вводились катехизические беседы с воспитанниками, которые должны были служить образцом для бесед священника с прихожанами. В академическом образовании больше внимания стали уделять истории Русской Церкви; вводились новые курсы ― патристика, логика с психологией и педагогика. Новыми правилами приходские училища соединялись с уездными. Курс обучения в них разделялся на 3 двухлетних отделения.
В конце 40-х годов из-за быстрого роста числа учащихся недостаточность средств довела Духовные школы до нестерпимой бедности. Как и в XIII веке, казеннокоштные бурсаки голодали, здания школ годами стояли без ремонта. Переполнение Духовных школ воспитанниками заставило Святейший Синод в 1850 году отменить обязательное обучение детей клириков в Духовных училищах.
В царствование Александра II, когда глубоким преобразованиям подверглись все стороны национальной жизни, в церковной печати открыто стал обсуждаться вопрос о новой реформе Духовной школы. От архиереев, от ректоров Академий и Семинарий Синод затребовал их мнения и предложения, а в 1860 году под председательством архиепископа Херсонского Дмитрия (Муретова) был составлен особый комитет, который за 4 года разработал план новых преобразований. Архиепископ Дмитрий предложил радикальные меры. Он хотел перестроить существовавшие семинарии в общеобразовательные школы для детей духовенства, а богословские классы Семинарий преобразовать в закрытые пастырские школы с полу монастырским уставом, и принимать в них сложившихся, зрелых людей, искренне стремившихся послужить Церкви, причём не только из духовного чина, но из всех сословий. Комитет, однако, не пошёл на столь решительную ломку существовавшей системы. Часть его членов считала более целесообразным попросту вернуться к уставам 1814 года. В итоге решили в общих чертах сохранить сложившиеся типы Духовных школ, с той только переменной, чтобы в Семинариях богословские предметы были выделены в особый курс и сосредоточены в последних классах.
Разработанный прежде проект был передан на рассмотрение епархиальный архиереев, ректоров и академических конференций, и в 1866 году составился новый Комитет во главе с митрополитом Киевским Арсением (Москвиным). Через год были утверждены разработанные этим комитетом уставы Семинарий и Духовных училищ, в 1869 году ― устав Духовных Академий.
Эти уставы предусматривали новое устройство управления Духовными школами. Оно сосредотачивалось в Учебном комитете при Святейшем Синоде, вместо прежнего Духовно-учебного управления, подчиненного непосредственно обер-прокурору. Упразднялись академические учебные округа, и Академии в связи с этим освобождались от управления Семинариями. Из ведения Академий изымались возложенная на них старым уставом духовная цензура.
Внутренняя администрация Духовных школ строилась на началах широкой коллегиальности и самоуправления. Вводились академические советы, а также семинарские и училищные правления из преподавателей и выборных представителей местного духовенства. Педагогическим корпорациям предоставлялось право выбора ректоров и инспекторов, ректоры Академий назначались Синодом.
Новый устав ставил перед Академией двойную задачу: быть не только высшей богословской школой, но и своего рода педагогическим институтом духовного ведомства. В связи с этим учебные планы подвергались существенным изменениям. Круг наук сокращался, из учебных планов полностью устранялись физико-математические дисциплины, что позволяло сосредоточиться на богословских предметах и преподаванию их придать более научный характер. Общеобязательных дисциплин оставалось немного. Остальные предметы распределялись по трем отделениям, своего рода факультетам; богословскому, церковно-историческому и церковно-практическому; 2 двухгодичных курса заменялись четырьмя одногодичными. Лишь лучшие студенты оставлялись на четвертом курсе для работы над кандидатской или магистерской диссертацией ― остальные выпускались после третьего курса со званием «действительного студента». Магистерские диссертации, как и в университетах, подавались в печатном виде и подлежали публичной защите.
Главным достоинством академического устава было требование научного характера высшей богословской школы. Но «жертвой» научности порой становилась церковность академического богословия. Стремясь придать своим академическим лекциям, диссертациям и монографиям научный характер, ученые богословы силились во что бы то ни стало догнать западноевропейскую науку, и часто совсем не критично заимствовали ее выводы, в эту эпоху опасные уже не столько своим инославием, сколько рационалистическим направлением.
В Духовных семинариях вместо прежних 3 двухгодичных классов риторики, философии и богословия вводилось два курса: общеобразова-тельный (1-4 классы) и богословский (5-6 классы). Из прежней многопредметной программы исключались сельское хозяйство, основы медицины, катехизаторское обучение, библейская история, патрология, полемическое богословие, учение о богослужебных книгах, церковная археология, в общем, предметы, введенные при Протасове. Вместо них вводились основное богословие и педагогика, усиленно было изучение Священного Писания, философии, математики, классических языков. Один из новых языков признан обязательным предметом.
В уездных Духовных училищах шестилетний курс заменялся четырех годичным с приготовительным классом. Из училищ одни выпускники шли в семинарии, другие ― псаломщиками на приходское послушание.
Во все Духовные школы, которые до тех пор сохраняли сословный характер, открыт был доступ выходцам из всякого чина, а выпускники семинарий получали право поступать в светские высшие школы. Значительно повышено было материальное обеспечение Духовных школ, содержание учащихся, оклады преподавателей. Немалые суммы стали отпускаться на ремонт и строительство учебных корпусов и общежитий.
В 70-х годах происходил быстрый рост числа Духовно-учебных заведений. К 1881 году в России насчитывалось уже 4 Академии, 53 семинарии и 183 Духовных училища, а к концу века в дополнение к ним открыто еще 5 новых семинарий и 2 училища.
Однако ревизии, проведенные в 70-е годы, обнаружили серьезные недостатки в постановке учебно-воспитательной работы, снижение церковности учащихся и падение дисциплины. Уход выпускников Семинарий на светскую службу и в университеты был непомерно велик.
В 1881 году при Святейшем Синоде была образована комиссия для пересмотра учебных уставов во главе с епископом Сергием (Ляпидевским), впоследствии митрополитом Московским. Новые уставы были разработаны в 1884 году. На характер нововведений большое влияние оказали мнения обер-прокурора К. П. Победоносцева. Во всех Духовных школах была усилена власть епархиальных архиереев и ректоров. В Академиях отменялась специализация студентов по отделениям. Все богословские и философские дисциплины стали общеобразовательными, и лишь второстепенные исторические и филологические предметы подразделялись на два отдела и предлагались студентам на выбор. Отменялась публичность академических диспутов при защите диссертаций. Докторская степень присваивалась без защиты, по отзыву рецензентов. Вводилось также различение докторской степени: богословия, церковной истории и канонического права. Магистерские диссертации защищались на расширенном академическом совете.
