Архимандрит Филарет (Гумилевский) был инициатором предпринятого при Московской Академии издания творений святых отцов в русском переводе. На этом издании сосредоточены были главные научно-богословские силы академической профессуры. Специально созданный печатный орган Академии, выходивши с 1843 года, назывался «Прибавления к творениям святых отцов». В Академии были переведены и изданы творения святых Афанасия Великого, Василия Великого, Григория Богослова, Григория Нисского, Кирилла Александрийского, Макария Египетского, Кирилла Иерусалимского, Ефрема Сирина, Исаака Сирина, Иоанна Лествичника. Этой переводческой и издательской деятельностью Академия по существу обессмертила свое имя в истории Русской Церкви. Московская Духовная Академия участвовала также в переводе Библии на русский язык.
Целую эпоху в истории Академии составили 60-70-е годы, когда ее ректором был протоиерей Александр Васильевич Горский (1812-1875), ученик и друг архиепископа Филарета (Гумилевского). Горский поступил в Академию в 16 лет из философского класса Костромской семинарии. В студенческие годы его необычайная любознательность и даровитость сочетались с благочестием и аскетической направленностью души. Лишь родительский запрет удержал его от принятия иночества. Оставленный в Академии преподавателем, он занял вскоре церковно-историческую кафедру. В лекциях он стремился показать не столько внешнюю последовательность исторических фактов, сколько их внутреннюю связь. Профессор-протоиерей А. В. Горский составил замечательные жизнеописания святых Афанасия Великого, Василия Великого, Епифания Кирпского и блаженного Феодорита. Это не просто биографии, а глубокие патрологические монографии. Но главным предметом его научных интересов была история Русской Церкви и русская духовная литература. Вместе с К. И. Невоструевым он составил 6-томное «Описание славянских рукописей Московской Патриаршей (синодальной) библиотеки», ценнейшее историческое, текстологическое и палеографическое исследование.
Вклад протоиерея А. В. Горского в науку не исчерпывается его собственными трудами. Он помогал своему другу архиепископу Филарету (Гумилевскому) в его изысканиях; он давал глубоко продуманные церковно-исторические и канонические консультации митрополиту Московскому Филарету, он помог епископу Владимирскому Сергию (Спасскому) в составлении фундаментально агиологического труда «Полный месяцеслов Востока».
Протоиерей А. В. Горским был несравненным ректором и учителем. Он учил воспитанников и лекциями, и беседами, и примером своей жизни. Его научный подвиг и энтузиазм благотворно воздействовали на студентов. В Московской Духовной Академии он сумел создать школу историков, из которой вышли академик Е. Е. Голубинский, профессор Н. Ф. Каптерев.
После издания устава 1884 года ректорами Академии назначались архимандриты и еще чаще архиереи. С 1890 по 1895 годы во главе Академии стоял архимандрит Антоний (Храповицкий). Многих воспитанников Академии он убедил выбрать иноческий путь служения Церкви. На рубеже веков ректором Академии был епископ Арсений (Стадницкий), а с 1910 года Академию возглавлял епископ Волоколамский Феодор (Поздеевский).
В начале XX столетия в Академии преподавали выдающиеся ученые: историки В. О. Ключевский, Е. Е. Голубинский, Н. Ф. Каптерев, богословы архимандрит Иларион (Троицкий), И. В. Попов, М. Д. Муретов, М. М.Тареев, религиозный философ священник П. А. Флоренский.
Одним из лучших церковных периодических изданий начала XX столетия был выходивший при Московской Духовной Академии «Богословский вестник», преемственно заменивший «Прибавления к творениям святых отцов».
Из стен Московской Академии на пастырское служение вышло множество замечательных деятелей, и среди них Святейший Патриарх Алексий I (Симанский).
У истоков Петербургской Академии стоит «Славянская школа», устроенная в 1721 году при Александро-Невском монастыре. Через 4 года она была переименована в Славяно-греко-латинскую семинарию. Расположенная в столице семинария стала образцовой Духовной школой. К концу века уровень преподавания в ней сравнялся с Киевской и Московской Академиями, и в 1788 году по проекту митрополита Петербургского Гавриила она была преобразована в Главную Семинарию. В нее присылали лучших учеников из провинциальных семинарий, и здесь из них готовили семинарских учителей.
В 1797 году Петербургскую Семинарию переименовали в Академию, но поскольку в ту эпоху между учебными штанами семинарий и академий существенной разницы не было, переименование не повлекло за собой почти никаких перемен ни в составе изучавшихся дисциплин, ни в методике преподавания.
Важной вехой в истории Академии стал 1809 год, когда она была открыта как первая в России высшая богословская школа нового типа. Ректором преобразованной Академии стал архимандрит Евграф. Его преемником был архимандрит Филарет (Дроздов), которого пригласили в Петербург из подмосковной Троицкой Семинарии как одного из самых талантливых молодых богословов и педагогов. Это был блестящий, вдохновенный профессор. Его ученик архимандрит Фотий, относившийся к нему далеко не благожелательно, писал о нем: «Говорил остро, высоко, премудро, но все более к уму, менее же к сердцу. Свободно делал изъяснения Священного Писания, как бы все лилось из уст его. Привлекал учеников так к слушанию себя, что когда часы кончались ему преподавать, всегда оставалось великое усердие слушать его еще более без ястия и пития. Оставлял он сильные впечатления в уме от учений своих».
В 1814 году состоялся первый выпуск реформированной Академии. Ректор ее был тогда впервые в России удостоен ученой степени доктора богословия. После архиерейской хиротонии архимандрита Филарета ректором назначили апологета Православия и бесстрашного борца с Библейским обществом архимандрита Иннокентия (Смирнова).
В 20-е годы Петербургскую Академию возглавлял ученик и друг митрополита Филарета, выпускник ее первого курса архимандрит Григорий (Постников). Вслед за своим учителем он преподавал богословие на русском языке. Даже Священное Писание он разбирал на лекциях и цитировал в русском переводе. Особой заслугой будущего митрополита явилось основание при Академии богословского журнала «Христианское чтение», который начал выходить в 1821 году. На страницах журнала публиковались богословские, канонические, церковно-исторические события и статьи. Редакция журнала с самого начала стала помещать в нем переводы избранных творений святых отцов.
С 1848 г. трудами преподавателей и студентов Петербургской Академии начали в непрерывном порядке издаваться сочинения отцов Церкви. На русский язык были переведены творения святых Дионисия Ареопагита, Софрония Иерусалимского, Максима Исповедника, Иоанна Дамаскина, Симеона Солунского, а также церковно-исторические труды Евсевия, Сократа, Созомена, блаженного Феодорита и сочинения византийских историков.
Совершенно исключительное значение имело участие Петербургской Академии в переводе Библии на русский язык, который выполнен был в 60-70-е годы. В сущности, Петербургская Академия была в это время средоточием всего дела библейского перевода.
При обер-прокуроре Протасове в 1842 году во главе Академии был поставлен архимандрит Афанасий (Дроздов), впоследствии архиепископ Астраханский, ученый редкой эрудиции и любознательности, вместо с тем он проявлял крайнее недоверие к богословской науке, к богословской мысли. По свидетельству епископа Филарета (Гумилевского), он говорил: «Для меня Исповедание Могилы и Кормчая все ― и более ничего». Митрополит Московский Филарет, относившийся с тревогой к тому направлению, которое, по подсказке Протасова, старался придать академической науке новый ректор, считал, что тот «веровал в церковные книги более, нежели в слово Божие».
С 1851 по 1857 годы Академию возглавлял архимандрит Макарий (Булгаков), незаурядный церковный историк и догматист, впоследствии митрополит Московский. Его преемником стал знаменитый впоследствии Вышенский затворник епископ Феофан (Говоров). Новый период в истории Академии начался с введения академического устава 1869 года, когда существенно расширилось коллегиальное начало в управлении Духовной школой и введен был конкурсный порядок замещения вакантных преподавательских мест. В 70-х годах ректором Академии состоял протоиерей И. Л. Янышев, позже протопресвитер, читавший весьма популярные в то время лекции по Нравственному богословию.
По уставу 1884 года в Академиях усилена была власть ректора. Во главе Петербургской Академии с этих пор, как правило, ставили архиереев. В 80-е годы Академию возглавлял епископ Антоний (Вадковский), впоследствии митрополит Петербургский. Он пользовался необычайной любовью у преподавателей и студентов. В начале XX века ректором Академии был епископ Гдовский Сергий (Страгородский), будущий Патриарх.
