В 1881 году при Святейшем Синоде была образована комиссия для пересмотра учебных уставов во главе с епископом Сергием (Ляпидевским), впоследствии митрополитом Московским. Новые уставы были разработаны в 1884 году. На характер нововведений большое влияние оказали мнения обер-прокурора К. П. Победоносцева. Во всех Духовных школах была усилена власть епархиальных архиереев и ректоров. В Академиях отменялась специализация студентов по отделениям. Все богословские и философские дисциплины стали общеобразовательными, и лишь второстепенные исторические и филологические предметы подразделялись на два отдела и предлагались студентам на выбор. Отменялась публичность академических диспутов при защите диссертаций. Докторская степень присваивалась без защиты, по отзыву рецензентов. Вводилось также различение докторской степени: богословия, церковной истории и канонического права. Магистерские диссертации защищались на расширенном академическом совете.
В семинариях совершенно отменялось выборное начало. Богословские предметы распределялись по всем классам. Увеличилось количество отводившихся для них учебных часов. Восстановлено было преподавание библейской истории, сравнительного богословия. Вводился новый предмет под названием «история и обличение раскола». Церковное пение из факультативного сделано было обязательным. Сокращались программы по математике, философии, педагогике. Новые языки стали факультативными, а программы по классическим языкам, занимавшие прежде более трети всего учебного времени, были значительно сокращены. Для улучшения религиозно-нравственного воспитания учащихся вводилась должность духовника семинарии.
В уездных Духовных училищах усилено было изучение русского и церковнославянского языка, а также церковного пения.
В 1889 году были изданы особые «Правила для рассмотрения сочинений, представленных на соискание ученых богословских степеней». Правила требовали, «чтобы сочинения заключали в себе такую полноту и определенность изложения…, при которой не оставалось бы сомнения в истинности православного учения, а также такую точность выражений, которые устраняли бы всякий повод к ложным вопросам… Не могут быть признаны соответствующими требованию ученого богословского сочинения такие труды, в которых отрицается, хотя бы и с видимостью научных оснований, достоверность таких событий, к которым церковное предание и народное верование привыкли относиться как к достоверным событиям».
Церковно-охранителъный характер этих правил, составленных по указанию Победоносцева, очевиден. Но запретительная политика Победоносцева оказалась не особенно плодотворной. Она не смогла искоренить в академической сфере либеральных настроений, которые в конце столетия приобрели тревожный характер.
В XIX веке появился новый тип школ, принадлежавших Духовному ведомству. В 1843 году в Царском Селе под покровительством императрицы было открыто первое училище для девиц духовного звания. Вскоре появились такие же школы в Ярославле, Казани, Иркутске, Вильне, Пензе, Киеве. Целью этих школ было приготовление достойных жен для священнослужителей. В них преподавали закон Божий, церковное право, русскую грамматику, арифметику, чистописание, рукоделие и домашнее хозяйство.
В 1860 году на средства духовенства открылись епархиальные женские училища. По уставу 1868 года учебные программы училищ рассчитаны на 6 лет. Кроме дочерей духовных лиц, в них за особую плату принимались и девицы других сословий. В конце XIX века в России было уже более 50 женских Духовных училищ.
§ 9. История Духовных Академий
Высшая богословская школа в Москве при Богоявленском монастыре открыта в 1685 году по благословению Патриарха Иоакима при содействии ученых мужей из Греции братьев иеромонахов Иоанникия и Софрония Лихудов. Она получила наименование Славяно-греко-латинской Академии. Сами Лихуды преподавали в ней все науки на греческом языке. Академия должна была стать очагом православной учёности для России и всего христианского Востока. После удаления братьев Лихудов из Академии их место заняли иеромонах Карион (Истомин), Николай Семенов и Феодор Поликарпов.
При Местоблюстителе Патриаршего Престола митрополите Стефане (Яворском) ректором Академии был назначен выходец из Малороссии архимандрит Палладий (Реговский), получивший образование на Западе. Учебные планы, методика преподавания, разделение на классы весь строй академической жизни при нем перестраивались по киевскому образцу. Обучение стало вестись на латинском языка. Система преподавания приобрела латино-польский формальный и схоластический характер. Из ректоров Академии Петровской эпохи особенно знаменит архимандрит Феофилакт (Лопатинский), близкий по духу и взглядам Местоблюстителю. Он возглавлял Академию с 1706 по 1722 годы профессора и студенты Академии внесли решающий вклад в осуществление нового исправленного издания текста славянской Библии.
В XVIII веке из стен Академии вышли выдающиеся церковные деятели, и среди них митрополиты Гавриил (Петров) и Платон (Левшин). Академия была первой высшей школой в Москве, и пока на ее базе не был основан университет, она сама заменяла для русской науки университет. Многие из ее учеников посвятили себя впоследствии светским наукам. Из числа воспитанников Академии известно немало выдающихся деятелей русской культуры дипломат и поэт князь А. Д. Кантемир, выдающийся ученый М. В. Ломоносов, архитектор В. И. Баженов.
Во второй половине XVIII века, особенно при митрополите Платоне, которого называли «Петром Могилой» Московской Академии, и ректоре архимандрите Дамаскине (Семенове-Рудневе) в Академии происходили важные перемены. Расширился круг преподаваемых наук, вводились церковная и гражданская история, церковное право, пасхалия, физика, медицина, новые языки. Составлялись конспекты по богословским предметам, более свободные от схоластического формализма. В преподавании философии происходил поворот от Аристотеля к новейшим немецким мыслителям: Вольфу и Лейбницу. Смягчались нравы, гуманнее становились отношения между ректором, преподавателями и студентами. В эти годы Московская Академия опережала Киевскую своим научно-образовательным уровнем и становилась главным рассадником российского епископата.
После реформы духовного образования в 1814 году Академия была преобразована в четырех годичную высшую школу и переведена в стены древней обители Живоначальной Троицы. Пребывание в Лавре, у гробницы с мощами преподобного Сергия, оказывает благодатное воздействие на жизнь Духовной школы. Лаврские святыни напоминали профессорам и студентам о неразрывном единстве православного богословия с живым духовным опытом, отвращали их от богословского рационализма и схоластики.
В первые два года после реформы ректором Академии был архимандрит Симеон (Крылов-Платонов), а с 1816 по 1819 годы знаменитый впоследствии митрополит Киевский Филарет (Амфитеатров), инок святой жизни. Сам он преподавал догматику, и читал ее по-старинному на латинском языке. Слушатели его лекций говорили о необычайной сжатости, лаконизме и «математической точности» его изложения догматов. В то же время его лекции были исполнены живой проповеднической теплоты.
Большое влияние на жизнь Академии в течение полувека оказывал митрополит Московский Филарет (Дроздов). С 1819 по 1824 годы Академию возглавлял архимандрит Кирилл (Богословский Платонов). Он первым в Москве стал преподавать богословие по-русски. Лекции он читал в строго православном, аскетическое духе. Архимандрит Кирилл был близок к ученикам старца Паисия (Величковского). Он говорил. «Свойство Евангельского учения состоит в утешении сердец, поражаемых скорбью и ужасом правосудия небесного, при воззрении в глубину духовного своего состояния. Но как может тот постигнуть и другим изъяснить силу и утешение Евангельского учения, кто не испытал в себе крестной любви, чье сердце не проникнуто печалью по Боге, ведущей к спасению!»
Одним из самых замечательных профессоров и ректоров Московской Духовной Академии был архимандрит Филарет (Гумилевский), скончавшийся в сане архиепископа Черниговского. Он возглавлял Академию с 1835 по 1841 годы.
Историк Московской Академии писал: о нем; «Он выступил на поприще учения с новыми приемами, с критикою источников, с филологическими соображениями, с историею догматов, с резким опровержением мнений, порожденных рационализмом в протестантском Западе, что было занимательною новостью для его слушателей». Строгая: верность православному Преданию, освобождение из плена инословных догматических схем сочетались в его лекциях с научной критикой источников, с тонким анализом текстов.