По уставу 1884 года в Академиях усилена была власть ректора. Во главе Петербургской Академии с этих пор, как правило, ставили архиереев. В 80-е годы Академию возглавлял епископ Антоний (Вадковский), впоследствии митрополит Петербургский. Он пользовался необычайной любовью у преподавателей и студентов. В начале XX века ректором Академии был епископ Гдовский Сергий (Страгородский), будущий Патриарх.
Среди преподавателей Академии много было незаурядных богословов, канонистов, историков: иеромонах Никанор (Бровкович), позже архиепископ; профессора А. Л. Катанский, В. В. Болотов, Н. Н. Глубоковский, И. М. Певницкий, С. И. Красноцветов. Из стен Академии вышли святитель Мелетий Харьковский и святой равноапостольный Николай, архиепископ Японский, Кронштадский протоиерей Иоанн (Сергиев), миссионер-подвижник архимандрит Макарий (Глухарев). В Петербургской Академии получили образование выдающиеся церковные деятели XX века: Патриархи Тихон и Сергий, митрополиты Антоний (Храповицкий), Николай (Ярушевич), Григорий (Чуков).
История Киевской Академии восходит к 1615 году, когда в Киеве открылась Братская школа, устроенная по образцу греческих училищ и ставшая одним из очагов Православия в Речи Посполитой. В 1633 году, при митрополите Петре Могиле Братская школа была преобразована в училище латинского типа и получила название коллегии. Это была скорее общеобразовательная, чем специально богословская школа, ибо в Польше в православных школах не дозволялось открывать высшие богословские классы. Языком обучения в Могилянской коллегии служила латынь. Распорядок школьной жизни, методы преподавания, учебники были такими же, как и в западных коллегиях и академиях. Как и в иезуитских коллегиях, классы именовались фара, инсрима, грамматика, синтаксима, пиитика, риторика, философия. Богословский класс открылся уже во второй половине ХVII века, после воссоединения Левобережной Украины с Россией.
Среди первых ректоров коллегии были известные церковные деятели и духовные писатели Западной Руси ― Иннокентий (Гизель), Лазарь (Баранович), впоследствии Черниговский архиепископ, Иоанникий (Голятовский). В смутные 50-е годы коллегия пришла в запустение. Восстановлена она была в 70-х годах при ректорстве архимандрита Варлаама (Ясинского), позже Киевского митрополита. В 1701 году Киевская коллегия получила права академии. По ее образцу стали устраиваться Семинарии в малороссийских и великорусских кафедральных городах. Киевская Академия стояла тогда на самом высоком научном и образовательном уровне среди Духовных школ России. Поэтому из числа её выпускников восполнялся российский епископат, ученые киевские монахи назначались архимандритами самых крупных монастырей, ректорами семинарий. В Киеве получили образование святители Феодосий Черниговский, Димитрий Ростовский, Иоанн Тобольский, Иннокентий и Софроний Иркутские, Иоасаф Белгородский; Местоблюститель, митрополит Стефан (Яворский), митрополиты Арсений (Мацеевич) и Павел (Конюскевич), архиепископы Феофилакт (Лопатинский) и Феофан (Прокопович).
Даже в середине столетия Киевская Академия значительно опережала другие Духовные школы и по уровню научной подготовки и по числу студентов: в Московской Академии тогда обучалось около 500 воспитанников, а в Киевской ― 1200.
В связи с реформой духовного образования в 1817 году Академию временно переименовали в Семинарию, но через два года, в сентябре 1819 года состоялось торжественное открытие новой Академии, устроенной в соответствии с уставом 1814 года как четырех годичная высшая школа. Первым ректором преобразованной Академии стал архимандрит Моисей (Антипов-Гайтанников), позже экзарх Грузии.
В 20-30-е годы большое влияние на учебный процесс в Академии оказывал митрополит Киевский Евгений (Болховитинов), крупный ученый, церковный историк. Он содействовал развитию в Академии церковно-исторической науки. Под его руководством были написаны серьезные труды по истории Русской Церкви. В 30-40-е годы особое покровительство Академии оказывал преемник митрополита Евгения митрополит Филарет (Амфитеатров), богослов глубокой учености и инок высокого христианского благочестия.
В 20-е годы во главе Академии стоял святой Мелетий (Леонтович), впоследствии архиепископ Харьковский. Среди ректоров Академии были замечательные духовные писатели, ставшие впоследствии известными иерархами: архиепископы Иннокентий (Борисов), Антоний (Амфитеатров), Дмитрий (Муретов). В 80-90-е годы Академию возглавлял известный ученый догматист епископ Сильвестр (Малеванский).
В 1837 году в ректорство архимандрита Иннокентия (Борисова), при Академии стал выходить журнал «Воскресное чтение», а в 1860 году началось издание «Трудов Киевской Духовной Академии», на страницах которых публиковались богословские, церковно-исторические и канонические исследования. В этом издании помещались выполненные силами Академии переводы творений Апостольских мужей, святого Иринея, епископа Лионского, и западных отцов: Тертуллиана, святого Ипполита, святого Киприана Карфагенского, блаженного Августина, блаженного Иеронима. В XIX веке Академия взрастила епископа-аскета Феофана Затворника, митрополитов Леонтия (Лебединского), Иоанникия (Руднева), Владимира (Богоявленского).
Киевская Академия всегда особое внимание уделяла церковному пению. Её студенческий хор пользовался большим уважением любителей духовного пения. Академия располагала на редкость богатой церковно-археологической и художественной коллекцией, которая принадлежала к числу лучших музейных собраний России.
Предшественницей Казанской Духовной Академии была Семинария, открытая в 1723 году. В 1797 году вместе с Петербургской Семинарией её переименовали в Академию, но после издания нового академического устава, в 1818 году, Казанская Академия вновь стала называться Семинарией, и только в 1842 году состоялось открытие преобразованной Академии.
Важнейшую особенность Казанской Академии, которая находилась в центре области с инородческим населением, составляло её Миссионерское отделение, открытое в 1854 году. Здесь преподавались арабский, турецкий, татарский, монгольский и калмыцкий языки, этнография, история и обличение ислама и ламаизма, история распространения христианства среди народов Востока, миссионерская педагогика. Выдающимся тружеником Миссионерского отделения был профессор И. И. Ильминский.
С середины 50-х годов профессора и студенты Казанской Академии проявляли особый интерес к церковно-исторической науке. Этому способствовала передача рукописного собрания Соловецкого Преображенского монастыря в Казанскую Академию. Студенты описывали рукописные книги, а также и акты. Соприкосновение с редкими археологическими и архивными материалами возбудило у них живой интерес к историческим исследованиям. Особое внимание в Академии уделялось истории раскола.
Среди профессоров Академии немало было крупных деятелей церковной науки, и среди них архимандрит Иоанн (Соколов) (1818-1860), впоследствии епископ Смоленский, который в 50-е годы возглавлял Академию. Это был незаурядный канонист, автор «Опыта курса церковного законоведения», в котором впервые на русском языке были излажены святые каноны с обстоятельными историческими комментариями. Человек необычно сильного и смелого ума, он был блестящим, остроумным лектором и вдохновенным проповедником, затрагивавшим в своих проповедях актуальные вопросы церковной и общественной жизни. В эпоху реформ он смело, открыто заговорил о житейской и социальной неправде. С 1868 по 1871 годы ректором Казанской Академии состоял архимандрит Никанор (Бровкович), впоследствии архиепископ Херсонский, крупный и оригинальный богослов-апологет и религиозный философ, автор замечательных «Воспоминаний». Большой вклад в церковно-историческую науку внесли казанские профессора А. Шапов, И. Добротворский, П. С.Знаменский, Ф. Курганов. Профессор Академии В. И. Несмелов написал фундаментальную монографию по христианской антропологии «Наука о человеке».
Учёная и литературная деятельность Казанской Академии сосредотачивалась на страницах «Православного собеседника», выходившего с 1855 году. Кроме оригинальных трудов, в нем печатались переводы святых отцов: святого Игнатия Богоносца, блаженного Феофилакта, архиепископа Болгарского, сочинения Оригена, Деяния Семи Вселенских и Девяти Поместных Соборов. В «Православном собеседнике» впервые опубликован «Просветитель» преподобного Максима Грека, «Стоглав». Преподаватели и студенты Казанской Духовной Академии переводили на языки восточных пародов Священные книги, молитвы, катехизис.
Из стен Академии вышло много выдающихся церковных деятелей, и среди них митрополиты Петербургские Палладий (Раев) и Антоний (Вадковский).
