Командный состав представляли преимущественно бывшие офицеры и унтер-офицеры, перешедшие на сторону советской власти, и командиры из большевиков. В офицерской среде преобладали фронтовики, непосредственно участвовавшие в боях Первой мировой войны, главным образом прапорщики («прапорщик» — первое офицерское звание в русской армии). В войсках высшие командные и штабные должности занимали офицеры. Должности командиров батальонов в большинстве случаев занимали офицеры, командиров рот, взводов — офицеры, выдвиженцы из унтер-офицеров и солдат.
4 (17) марта 1918 г. для централизованного руководства боевыми действиями на фронтах Гражданской войны был образован Высший военный совет (ВВС). Его кадровый состав формировался из личного состава бывшей Ставки Верховного главнокомандующего на добровольных началах. В управление ВВС вошли военный руководитель (бывший царский генерал М.Д. Бонч-Бруевич), его помощник, два политических комиссара: К.И. Шутко, П.П. Прошьян, начальник связи, начальник военных сообщений, полевой инспектор артиллерии, генерал-квартирмейстер, которому были подчинены помощник по оперативной части — начальник Оперативного управления и помощник по разведке и др. Генерал-квартирмейстер непосредственно руководил разведкой через своего помощника по разведке — начальника разведывательного отделения (отделение называлось Отделом 2-го генерал-квартирмейстера; наименование сохранилось и после ухода из него в марте — апреле 1918 г. специалистов-общевойсковиков и кадровых сотрудников оперативной агентурной разведки в соответствующие структуры Высшего военного совета) и через штаб партизанских формирований и отрядов ВВС (структурная единица оперативного управления, имевшая в своем составе разведывательный отдел). Разведывательным отделением (Отделом 2-го генерал-квартирмейстера) командовали: с апреля по май 1918 г. — полковник ГШ А.Н. Ковалевский, с мая по сентябрь 1918 г. — полковник ГШБ.М. Шапошников, будущий начальник Генштаба Красной армии). Оно осуществляло общее руководство разведотделениями штабов военных округов. На него же возлагалась вся ответственность за организацию взаимодействия между всеми подразделениями разведки войсковых частей, подчиненных ВВС. Разведывательное отделение достигло слаженности в работе лишь к июлю 1918 г.
Разведывательному отделу штаба партизанских отрядов подчинялись разведывательные отделения штабов западной и северной «завес», отдельных районов и отрядов. Отдел был усилен общевойсковыми специалистами из оперативного отдела Народного комиссариата по военным делам. Начали поступать сведения, появились первые сводки.
Все без исключения указанные выше структурные единицы разведки занимались агентурной работой, организовывая ее преимущественно на базе партизанского движения. Для утоления «голода» в кадрах специалистов по агентурной деятельности системы ВВС было расформировано подразделение оперативной агентурной разведки разведотделения оперативного отдела Народного комиссариата по военным делам. В оккупированных областях и прифронтовой полосе создавалась действующая агентурная сеть. Одновременно на своей территории готовилась агентура запасной агентурной сети, которая должна приступать к работе в случае дальнейшего продвижения немецких и австро-венгерских войск. Основу вербовочной базы составляли местные жители и партизаны.
14 марта 1918 г. Л. Д. Троцкий возглавил Народный комиссариат по военным делам и Реввоенсовет Республики. Чтобы знать положение дел в армии, он 24 марта вводит в войсках должности военных комиссаров.
14-16 марта 1918 г. на IV Чрезвычайном съезде Советов левые эсеры выступили против ратификации Брестского мира. Они выходят из Совнаркома и объявляют о расторжении соглашения с большевиками. До этого они совместно с ними участвовали в создании Красной армии, в работе Всероссийской чрезвычайной комиссии (ВЧК).
19 марта 1918 г. постановлением Совнаркома вводятся должности председателя ВВС (им стал нарком по военным делам Лев Троцкий), двух его заместителей и членов Совета. Членом Совета стал и упоминавшийся выше генерал Н.М. Потапов.
25 марта СНК утвердил создание 6 военных округов: Московского, Ярославского, Беломорского, Орловского, Приуральского и Приволжского.
Упразднен Революционный полевой штаб, созданный при Ставке Верховного главнокомандующего в Могилеве в ноябре 1917 г.
На 1 апреля 1918 г. в системе военной агентурной разведки было зарегистрировано 164 агента.
Появилась проблема с укомплектованием Красной армии. Ее основную солдатскую массу представляли крестьяне, пришедшие служить за паек, одежду и обувь, так как в деревне становилось жить невыносимо. С началом полевых работ они стали возвращаться к покинутым хозяйствам.
В апреле 1918 г. ГУГШ, входящее в состав Оперативного управления ВВС, переведено из Петрограда в Москву. Отдел 2-го генерал-квартирмейстера размещался по улице Большая Молчановка, дом 20 (в особняке Глебовых). Перед ним были поставлены следующие задачи:
— объединение всей военной заграничной разведки и руководство ею, направление деятельности военных агентов;
— руководство военно-разведывательной работой военных округов.
Советское руководство запретило празднование Первого мая из-за нестабильности в государстве.
Из доклада А.В. Станиславского от 3 мая 1918 г. на имя Н.М. Потапова: «Согласно утвержденного Вами плану по организации разведки на текущий период времени, ближайшей целью является регистрация и учет неприятельских сил, находящихся на территории Государства Российского, и ориентировка Г.У.Г.Ш. в настроениях и стремлениях общественных и политических кругов населения этих районов».
На базе оперативного отдела штаба Московского военного округа создается Оперативный отдел Народного комиссариата по военным делам (Оперод Наркомвоена) — начальник С. Аралов (помощники начальника отдела: Г. Теодори, В. Павулан). Свою деятельность он строил в тесном взаимодействии с Оперативным управлением Высшего военного совета, но при этом старался подмять его под себя. Такое же положение дел создалось и в системе разведки. Взаимодействие разведывательного отделения Оперод Наркомвоена (начальник Б.И. Кузнецов (1889–1957; выпускник Николаевской военной академии 1916 г.; с 1940 г. — генерал-майор) с коллегами из Высшего военного совета носило характер отношений начальника с подчиненным и выливалось в стремление первого объединить под своим крылом всю войсковую и военную агентурную разведку на территории Советской России. Кроме того, разведотдел выполнял отдельные задания Совета народных комиссаров — Совнаркома.
Таким образом, после внутриведомственных перетасовок по состоянию на 4 мая 1918 г. Народный комиссариат по военным делам среди прочих штатных единиц включал в себя:
— Оперод Наркомвоена с органом управления войсковой и оперативной агентурной разведкой и Центральным штабом партизанского движения, со своими подразделениями, ведающими ОАР, с Отделом военного контроля (контрразведка, начальник М.Г. Тракман, позже — В. Штейнгарт);
— Главное управление Г енерального штаба (ГУГШ) — начальник управления Н.М. Потапов, в составе
— Отдел 1-го генерал-квартирмейстера;
— Отдел 2-го генерал-квартирмейстера (руководитель П.Ф. Рябиков; исполняющий должность 3-го обер-квартирмейстера — А.В. Станиславский.
Отдел 2-го генерал-квартирмейстера включал в себя:
— добывающее (разведывательное) отделение;
— обрабатывающие (региональные) отделения.
Опероду Наркомвоена подчинялись штабы военных руководителей районов (бывших военных округов).
После 5 мая 1918 г. началась новая реорганизация Наркомвоена. На базе части его подразделений создается ВсероссийскийГлавный штаб (ВГШ, Всероглавштаб). Он ведал формированием, устройством и обучением Красной армии, а также разработкой всех вопросов, связанных с обороной республики. Во главе Всероглавштаба стоял совет в составе начальника штаба и двух комиссаров при нем. Начальниками штаба были генерал-майоры Николай Николаевич Стогов (май — август 1918 г., впоследствии перешел на сторону белых), Александр Андреевич Свечин (август — октябрь 1918 г.), Александр Александрович Самойло (июнь 1920 г. — февраль 1921 г.) — все они до революции служили в военной разведке. При этом Оперод и ВГШ существовали как отдельные составные части Наркомвоена.
Вместо 6 создается 11 военных округов.
По новому штату Отдел 2-го генерал-квартирмейстера преобразован в Военностатистический отдел (ВСО; врид начальника А.В. Станиславский; бывший начальник отдела П.Ф. Рябиков переведен на преподавательскую работу в АГШ, после чего перешел на сторону Колчака; в последующем до ноября 1918 г. отдел возглавляли А.Л. Нолькен,
