Эти предосторожности оказались совершенно не напрасными, так как три месяца спустя после нахождения в Куско «чилийцы» успешно отразили на перевале попытку отряда губернатора пройти к городу, а затем совершали вылазки против поднявшего голову войска Манко. Сейчас верховный руководитель перуанцев занимал скорее выжидательную позицию, ожидая, когда испанцы ослабят друг друга в междоусобных кровопролитиях. У Франсиско Писарро по-прежнему не хватало людей, чтобы предпринять успешное нападение на Куско, и он терзался от невозможности помочь своим братьям.
Время шло, но тупиковая ситуация в Перу продолжала сохраняться без перемен. Альмагро приступил к созданию собственного порта на побережье для связи своей столицы с внешним миром и для этого переехал в замечательное индейское поселение в южной части Перу, которое он переименовал в «Альмагро». За эти месяцы его верный сторонник и ветеран многих войн в Европе жестокий вояка Ор- гоньес несколько раз уговаривал Альмагро отрубить головы двум пленным братьям Писарро, убеждая его, что пока они остаются в живых, его собственная жизнь будет находиться в постоянной опасности. Хозяин Куско не соглашался, и оба брата продолжали оставаться в тюрьме. Затянувшийся и чреватый опасными последствиями для всех испанцев тупик в восставшей стране инков заставил более трезвые среди них головы подвигнуть соперников к перемирию и нахождению мирного решения их конфликту.
Им удалось организовать встречу руководителей двух кланов 13 ноября 1537 года в небольшом городке Мала. Первым условием для встречи со стороны Писарро было освобождение его братьев, которых Альмагро отпустил на свободу, несмотря на решительные протесты своих офицеров. Дом, где происходила встреча, находился прямо на берегу реки, в камышах которой освобожденные братья с ведома или без ведома губернатора подготовили засаду для Альмагро. Соперники начали беседу при посредничестве назначенного для этого монаха, но скоро она перешла в громкие взаимные обвинения, которые были прерваны условным сигналом об опасности солдата Альмагро, поставленного на улице для наблюдения. Услышав сигнал, Альмагро мгновенно выскочил в окно со второго этажа дома и, обманув засаду, умчался со своими сопровождающими в сторону строившегося порта, а затем вернулся в Куско. С этого момента судьба вождя «чилийцев» стала складываться чрезвычайно неблагоприятно.
Вне Перу союзников у него не было, да даже если бы они оказались и готовы были предоставить ему помощь, ее направить было практически невозможно из-за отсутствия коммуникаций, так как Писарро плотно перекрыли ему проход через перевалы в Андах. Куско был отрезан от внешнего мира, а 6 апреля 1538 года Фернандо Писарро занял боевые позиции на подступах к этой старой столице. Альмагро был слишком болен, чтобы участвовать в сражении, и был вынесен на поле боя на носилках. Начавшаяся битва продолжалась всего два часа и закончилась полным разгромом отряда «чилийцев», оставив на земле почти двести убитых и много раненых, которые были жестоко уничтожены индейцами. Сам Альмагро был взят в плен Фернандо Писарро, которого он освободил из заключения и который 8 июля 1538 года приговорил его к смерти и казнил. Диего Альмагро — одному из главных организаторов завоевания империи инков — было 63 года.
Теперь братья Писарро избавились от своего главного соперника в претензиях на земли империи инков, но они знали, что ее огромные и трудно контролируемые пространства, особенно на далеких окраинах, служили большим соблазном для немалого числа авантюристов установить в них собственную власть и отделиться в самостоятельные провинции. В то время никто еще не знал о точных размерах Южной Америки или о том, что находилось за пределами известных границ владений инков, и эти неведомые края продолжали манить к себе первооткрывателей и конкистадоров. Такие новые авантюристы и ветераны перуанских экспедиций ждали только удобных обстоятельств, чтобы заявить о себе: они уже тогда вынашивали планы открытий и завоеваний, как мы увидим ниже.
В стремлении предотвратить подобные попытки на их территории братья Писарро от имени губернатора начали избавляться от возможных соперников из числа активных военачальников, посылая их в опасные экспедиции в еще не открытые или малоисследованные земли, но пытаясь сохранять над ними контроль. К их числу относились Педро Вальдивиа, Алонсо де Альварадо, Педро Ансурес, Педро де Кандиа, Гонсало Диас де Пинеда и Алонсо де Меркадильо. За исключением Вальдивиа почти все такие походы отправлялись за восточную гряду Анд в тропические джунгли, куда редко отваживались выступать даже крупные армии инков и о которых почти ничего не было известно.
Наиболее умело проведенной и результативной экспедицией на восток оказалась авантюра Алонсо де Альварадо, который пересек Кордильеры к востоку от Кахамарки, основал в пограничной области с границей империи инков город Чачапойяс и спустился через девственные леса к берегам реки Уальага — главным притоком Мараньон-Амазонки. Он был первым, кто установил, что немалое число рек, стекающих с обильных снегами Анд, несли свои воды на восток и предположительно впадали в Атлантический океан. Это было важное открытие для последующего исследования центральных и восточных районов обширного бассейна Амазонки с запада. Алонсо Альварадо вернулся из похода в Чачапойяс, где вскоре был назначен губернатором открытых им земель под контролем Лимы.
Опытный и способный Педро де Вальдивиа был отослан в отдаленные и, как тогда еще считалось, бесплодные земли Чили с их воинственными арауканос для продолжения исследования, начатого Альмагро. Этот упорный конкистадор вступил в чилийские земли в 1540 году, где через год основал форт Сантьяго, но вынужден был задержаться в своем продвижении на юг перед лицом ожесточенного сопротивления арауканос на рубеже реки Био-Био. В течение последующих 10 лет Вальдивиа даже не решался продолжать свои завоевания, и лишь после 1550 года ему с большим трудом и ценой немалых потерь удалось основать несколько изолированных фортов, в том числе Консепсьон. Но уже в 1553 году непокорные арауканос во главе со своим блестящим военным вождем Лаутаром снова поднялись против испанцев.
Эта воина была очень подробно и поэтично описана в большом классическом произведении испанской литературы эпохи Ренессанса «Араукана», автор которого Хуан дель Энсина, хотя и был ее непосредственным участником на стороне завоевателей, со всей силой своего огромного таланта воспел в стихах благородство и бесстрашие арауканос В ходе войны смелые местные воины смогли захватить и разрушить несколько испанских поселений, а в 1553 году им удалось взять в плен, а затем казнить самого Вальдивиа, который стал одним из немногих испанских конкистадоров высокого ранга, погибших от рук индейцев. Завоевание Чили удалось несколько закрепить к концу 1550-х годов лишь новому губернатору маркизу Гарсиа де Мендоса. Впоследствии Мендоса был назначен вице-королем Перу, а его аристократический титул дал название целой группе островов Тихого океана—Маркизам, случайно открытым тогда же отважным испанским мореплавателем Менданья на пути из Перу в поисках легендарного и еще не найденного тогда европейцами Южного континента—Новой Голландии, переименованной впоследствии в звучную Австралию. Умело приспосабливаясь к изменяющимся обстоятельствам и меняя военную тактику, арауканос продолжали свою вооруженную борьбу до 1880-х годов—уникальное явление в истории колонизации Америанского континента.