Опытный и способный Педро де Вальдивиа был отослан в отдаленные и, как тогда еще считалось, бесплодные земли Чили с их воинственными арауканос для продолжения исследования, начатого Альмагро. Этот упорный конкистадор вступил в чилийские земли в 1540 году, где через год основал форт Сантьяго, но вынужден был задержаться в своем продвижении на юг перед лицом ожесточенного сопротивления арауканос на рубеже реки Био-Био. В течение последующих 10 лет Вальдивиа даже не решался продолжать свои завоевания, и лишь после 1550 года ему с большим трудом и ценой немалых потерь удалось основать несколько изолированных фортов, в том числе Консепсьон. Но уже в 1553 году непокорные арауканос во главе со своим блестящим военным вождем Лаутаром снова поднялись против испанцев.
Эта воина была очень подробно и поэтично описана в большом классическом произведении испанской литературы эпохи Ренессанса «Араукана», автор которого Хуан дель Энсина, хотя и был ее непосредственным участником на стороне завоевателей, со всей силой своего огромного таланта воспел в стихах благородство и бесстрашие арауканос В ходе войны смелые местные воины смогли захватить и разрушить несколько испанских поселений, а в 1553 году им удалось взять в плен, а затем казнить самого Вальдивиа, который стал одним из немногих испанских конкистадоров высокого ранга, погибших от рук индейцев. Завоевание Чили удалось несколько закрепить к концу 1550-х годов лишь новому губернатору маркизу Гарсиа де Мендоса. Впоследствии Мендоса был назначен вице-королем Перу, а его аристократический титул дал название целой группе островов Тихого океана—Маркизам, случайно открытым тогда же отважным испанским мореплавателем Менданья на пути из Перу в поисках легендарного и еще не найденного тогда европейцами Южного континента—Новой Голландии, переименованной впоследствии в звучную Австралию. Умело приспосабливаясь к изменяющимся обстоятельствам и меняя военную тактику, арауканос продолжали свою вооруженную борьбу до 1880-х годов—уникальное явление в истории колонизации Америанского континента.
Педро де Кандиа — первый человек из экспедиции Писарро, который в 1527 году имел смелость высадиться один в Тумбесе среди индейцев империи инков и проложить путь для входа в Перу всей экспедиции, получил разрешение на совершение похода в неизведанные земли к востоку от андийского хребта и известных границ Перу. Талантливый военачальник с разносторонними способностями, честолюбивый грек де Кандиа закончил этот тяжелейший поход полным провалом, но сумел вывести обратно почти всех испанцев живыми, что не помешало Фернандо Писарро обвинить старого надежного соратника в заговоре против него и отстранить от важных дел. Меркадильо вернулся из экспедиции узником своих собственных людей, которые восстали против его настойчивых попыток продолжать труднейший переход и посадили под арест, чтобы направиться обратно. В авнтюре Педро Ансуреса погибло 143 испанца и 4000 индейцев, а голод заставил выживших убить для пропитания 220лошадей. Все вернувшиеся участники упомянутых походов на восток рассказывали о непроходимых джунглях, обширнейших болотах, широких и глубоких реках, бесконечных скользких впадинах и оврагах, а также о постоянных потоках дождей, диких зверях и тучах насекомых, которые так затрудняли их продвижение. Они не находилили там каких-либо ценностей, но приносили с собой рассказы индейцев об очень богатых золотом, серебром и драгоценными камнями землях в нескольких днях или неделях пути от их мест. Люди хотели верить в такие рассказы, и не только верили в них, но и вдохновлялись ими для все новых и новых авантюр.
Воинственный и непоседливый Беналькасар, присоединившийся к Писарро со своим отрядом из Гватемалы еще на самом начальном этапе перуанской экспедиции и внесший немалую долю в ее успешное проведение, сейчас по поручению Писарро управлял северной провинцией из Кито. Здесь он активно занялся организацией управления вверенной ему территорией и создал в ней собственный прекрасный порт в городе Гуаякиль. Вслед за этим он начал постепенное продвижение на север в надежде открыть и покорить новые земли, а одновременно и избавиться от угнетавшей его самостоятельность власти Писарро. Уже в конце 1537 года у Франсиско Писарро возникли, и не без основания, подозрения, что Беналькасар зашел слишком далеко в своей автономии и вел дело к отделению от его владений. Не теряя времени, он посылает на север капитана Лоренсо де Алдана с солидным отрядом конницы с приказом догнать и арестовать ушедшего в далекий поход Беналькасара, а затем привести его в Лиму.
Однако продвижение Алдана сильно сдерживалось отсутствием провианта, который он рассчитывал получать у населения по пути следования, но шедший впереди него Беналькасар своими грабежами и боевыми действиями против сопротивлявшихся индейцев ничего не оставлял преследователям. Кроме того, чтобы обеспечить свое войско пропитанием, он гнал перед собой стадо в 2000 свиней, которые сметали на своем пути буквально все живое. Экспедиция Беналькасара продвигалась все дальше вперед и дошла до высокогорных земель старой, но исчезнувшей цивилизации в районе Попаян, а затем оказалась в плодородной долине Нейва, находящейся в верховьях могучей реки Магдалены, устье которой находилось на карибском побережье и было уже хорошо знакомо испанцам.
После длительного отдыха в этих краях Беналькасар двинулся на северо-восток, где вышел на великолепное и просторное горное плоскогорье, которое настолько ему понравилось, что он пожелал в нем обосноваться как в центре открытых им земель. Но, к своему невероятному удивлению, он вскоре обнаружил, что в этом его опередили соотечественники во главе с капитаном Гонсало Кесади- льей, которые совершили чрезвычайно трудный переход через болота и джунгли вверх вдоль долины Магдалены от побережья Карибского моря. Эта новая территория стала вотчиной Кесадильи, который основал в долине встречи с Беналькасаром столицу Новой Гренады и будущей Колумбии Боготу. Усилия Беналькасара найти собственную колонию не оправдались, и он вынужден был вернуться в Кито, откуда за проявление самоуправства он был наказан Писарро и назначен на более скромный пост управляющего тогда еще совсем небольшого Гуаякиля. Вместо него на пост губернатора Кито был назначен Гонсало Писарро, который вскоре тоже приступил к поиску и открытиям новых земель, что он считал для себя гораздо более важным и перспектвным делом, чем управление провинцией.
