После разгрома князей Пожарского и Львова под Конотопом и вынужденного отступления Трубецкого в Путивль, в Малороссии не осталось больше царских войск, за исключением ратников Шереметева в Киеве. Однако Шереметев каких-либо кардинальных действий против Выговского предпринять был не в силах и ограничился лишь тем, что выжег несколько сел и местечек вблизи Киева, не щадя ни старого, ни малого. К середине лета Выговский оказался полновластным хозяином Малороссии, не встретив нигде серьезного сопротивления за исключением одного Гадяча, который он так и не смог взять.
Внешнеполитическая ситуация также весьма благоприятствовала Выговскому: Москвы он мог не опасаться, пока его поддерживала мощь татарской орды, поляки окончательно стали его союзниками, а серьезных внутренних врагов у него практически не осталось. Однако гетман не учел того обстоятельства, что для малороссийского народа возвращение под власть польских панов было категорически не приемлемо. Не только весь посполитый народ и простые казаки, но и часть старшины не верили в долговечность гадячских статей, резонно полагая, что как только паны укрепятся на Украйне, они о них забудут. Эти опасения были вполне обоснованы, достаточно вспомнить речь Беневского на заседании сейма. Опора Выговского на генеральную старшину и значных казаков сослужила ему плохую службу. Народ в своей массе не разделял его идей и убеждений, предпочитая идти в русле московской политики, и считал гетмана изменником, предавшимся ляхам. Напрасно было искать в этих настроениях «руку Москвы» или объяснять их происками царских воевод — сам народ Малороссии отказал ему в доверии.
Не учел Выговский и того, что Запорожская Сечь за прошедший год пополнилась значительным количеством недовольных его деятельностью казаков. В 1658 году на Сечь ушел и Юрий Хмельницкий, которому все более не по душе становилась политика Выговского, направленная на конфронтацию с Москвой и тяготением к Речи Посполитой. Тогда же туда сбежали генеральный есаул Иван Ковалевский, генеральный судья Иван Беспалый и ряд старшин. В самом Запорожье в это время находился Иван Дмитриевич Серко, бывший полковник Богдана Хмельницкого, который в 1654 году отказался принести присягу московскому государю и удалился на Сечь, где стал одним из влиятельных атаманов. За последние годы его взгляды несколько изменились, и он все более тяготел к Москве. По предложению Серко и Юрия Хмельницкого, несмотря на молодость, также произвели в запорожские атаманы.
Воспользовавшись тем, что крымский хан Магомет Гирей с ордой ушел в Малороссию на помощь Выговскому, запорожцы во главе с Юрием Хмельницким весной 1659 года вторглись в его владения, захватив много пленных и разгромив четыре ногайских улуса. Когда находившийся в это время под Гадячем хан получил об этом известие, он впал в ярость и вместе с Выговским послал к Хмельницкому послов с требованием освободить пленных. Однако запорожцы и молодой Хмельницкий ответили, что пусть хан сам вначале отдаст свой прежний полон, а если вздумает двинуться в московские пределы, то они вновь нападут на крымские поселения.
От запорожцев не отставали и донские казаки. Во время отсутствия хана в Крыму они вышли в море и высадились под Кафой, Балаклавой, Керчью углубившись внутрь полуострова на полсотни верст. Там же они взяли в плен около 2000 татар, освободили 150 ранее захваченных татарами донцов, а затем переплыли на турецкую сторону, погромили Синоп и дошли почти до самого Константинополя.
Магомет Гирей не стал испытывать судьбу и, обвинив в происшедшем Выговского, увел орду в Крым, оставив все же гетману около 15 тысяч татар. Этих сил Выговскому явно было недостаточно, тем более, что король смог прислать ему в помощь только 1500 человек.
Не имея возможности продолжать военные действия на Левобережье, Выговский вынужден был возвратиться в Чигирин, откуда в последний раз попытался повести наступление на Киев. Однако, высланное им под командованием брата Данилы войско из татар и казаков было 22 августа наголову разбито выступившим ему навстречу Шереметевым.
Это послужило сигналом для всеобщего восстания против гетманской власти. С этого момента так ярко вспыхнувшая было звезда Выговского, стала стремительно гаснуть.
Командовавший в то время приданным Выговскому контингентом польских войск коронный обозный Анджей Потоцкий доносил королю Яну Казимиру: «Не изволь ваша королевская милость ожидать для себя ничего доброго от здешнего края! Все здешние жители (западной стороны, то есть Приднепровья-прим автора) скоро будут московскими, ибо перетянет их к себе Заднепровье, а они того и хотят и только ищут случая, чтоб благовиднее достичь желаемого. Они послали к Шереметеву копию привилегий вашей королевской милости, спрашивая: согласится ли царь заключить с ними такие же условия? Одно местечко воюет против другого, сын грабит отца, отец — сына. Благоразумнейшие из старшин козацких молят бога, чтоб кто-нибудь: ваша королевская милость или царь взял их в крепкие руки и не допускал грубую чернь до такого своеволия».
Но как раз эта «грубая чернь» и не желала, возвращаться под польское владычество и следовать за Выговским. Такого же мнения придерживалась и часть старшины. Одним из первых поднял восстание в Нежине пожалованный королем в дворяне «Рыцарь войска Запорожского» Василий Никифорович Золотаренко, он же «шляхтич Золотаревский» и брат Ганны, вдовы Богдана Хмельницкого. Вскоре после возвращения Выговского в Чигирин, в Переяславле Тимофей Цецура заявил, что он со своим полком выходит из подчинения Выговскому и переходит в московское подданство. Он перебил немногих гетманских сторонников и направил своих посланников в Путивль к Трубецкому. Его поддержал и шурин Богдана Хмельницкого по первой жене Яков Сомко, дядя Юрия Хмельницкого, возвратившийся с Дона. К ним примкнули казаки Черниговского, Киевского и Лубенского полков. Поднялась и Сечь, запорожцы выбрали кошевым атаманом Юрия Хмельницкого, который выступил из Запорожья в Заднепровье. В распоряжении гетмана оставались еще наемники из поляков, сербов, немцев, а также часть верных ему казаков. Командование над ними принял Юрий Немирич, однако при попытке выступить против восставших, собственные же подчиненные и убили его. Так бесславно закончил счеты с жизнь человек, посвятивший себя всего идее объединения славянских народов в единую федерацию.
Совсем неуютно почувствовал себя Иван Евстафьевич, когда восстание вспыхнуло и в самом Чигирине. Гетману пришлось укрыться в обозе Анджея Потоцкого под Белой Церковью с малым числом своих сторонников. Тем временем Тимофей Цецура выступил в поход на правый берег Днепра и казаки из западных полков стали переходить на сторону восставших. В конечном итоге, с Выговским не осталось почти никого, даже его брат Данила, он же шурин Юрия Хмельницкого, присоединился к своему свояку.
По требованию казацкой старшины Выговский вынужден был прибыть на раду, назначенную им по требованию восставших на 11 сентября 1659 года под местечком Германовкой.
Открыв раду, он приказал двум своим сторонникам читать статьи гадячского договора, но собравшиеся не стали их слушать. Они подняли шум и крик, выхватили сабли и порубили чтецов. Те из старшины, кто еще стоял за гетмана, немедленно его покинули, а самому Выговскому чудом удалось убежать и схорониться в обозе Потоцкого.
Гетманом рада единогласно выбрала Юрия Богдановича Зиновьевича Хмельницкого, а, спустя несколько дней и Выговский, под давлением Потоцкого, вынужден был передать гетманскую булаву прибывшим к нему брату своему Даниле, а также Лесницкому и каневскому полковнику Лизогубу для вручения ее Юрию Хмельницкому.
Так в апогее своего расцвета закончилась гетманская карьера Ивана Евстафьевича Выговского, человека незаурядного ума, хитрости и смелости, обладавшего и хорошим полководческим талантом, однако в отличие от своего предшественника, не сумевшего лучшие качества своего характера использовать во благо, и ввергнувшего народ Малороссии в братоубийственную войну. Вместе с гетманством Выговского кануло в Лету и Великое Русское Княжество, просуществовав чуть более трех месяца на бумаге.
В дальнейшем за преданность интересам Польши король пожаловал Выговского званием сенатора польской Короны и воеводы киевского, и приблизил к себе. Однако позднее, после отречения Юрия Хмельницкого от гетманства, когда были избраны одновременно два гетмана — на правом берегу Тетеря, а на Левобережье Брюховецкий, на Выговского пало подозрение, что он возбуждает казаков выбрать гетманом его. По требованию самозваного гетмана правобережной Украины, бывшего его шурина Павла Тетери, с которым король не хотел портить отношения, Выговский был предан военно-полевому суду и по его приговору расстрелян 16 марта 1664 года под Ольховцем.
