Поэтому, по выражению С.М. Соловьева «чтоб разузнать, в каком действительно состоянии находятся дела в Малороссии, кто верен, а кто нет, кто кому дядя и кто кому зять, и как это родство мешает верности», 29 декабря 1660 года в Нежин прибыл стрелецкий голова Иван Полтев. Он встретился здесь с воеводой князем Семеном Шаховским и нежинским полковником Василием Золотаренко. После ознакомления с обстановкой у Полтева сложилось в целом правильное представление о реальном положении дел в крае и он намеревался собрать раду с участием Сомко, Золотаренко и примкнувших к ним казаков. Но рада не состоялась, так как в это время поляки во главе с Чарнецким и Хмельницким при помощи татар попытались захватить Нежин. В ходе ожесточенных боев, продолжавшихся весь январь и февраль, Золотаренко, Сомко и царским воеводам, удалось очистить Заднепровье от противника. К концу марта на сторону Москвы перешли Полтавский, Прилуцкий и Миргородский полки, лишь Остер продолжал оказывать сопротивление. В Приднепровье также поляков практически не осталось, все ушли в коронные города. В Москве, где реально опасались, что после победы над Шереметевым польские полководцы вторгнутся в московские пределы, вначале не могли понять, что заставило их уйти из Малороссии. Некоторые даже думали, что шведы вновь вступили с Польшей в войну. Однако все объяснялось проще — у Речи Посполитой не оказалось денег для выплаты жалованья солдатам, которые в связи с этим отказались продолжать воевать.
Однако, если польская казна оказалась пустой, то и в Московском государстве состояние финансов выглядело не лучшим образом. Денег на нужды войска катастрофически не хватало, тем более, что, если на юге Москва получила временную передышку, то на границах с Литвой война была в полном разгаре. Тем временем, началась смута и в Заднепровье. В апреле под Нежином все-таки состоялась рада, на которой часть казаков хотели избрать гетманом Сомко, а другая половина выступала за Золотаренко. Запорожцы и Серко, также находившийся за днепровскими порогами, сохраняли нейтралитет, полагаясь на решение царя.
Между тем, в Москве колебались с окончательным решением кому отдать предпочтение, так как возникла реальная возможность снова без кровопролития подчинить себе и западную сторону Днепра. Дело в том, что у Юрия Хмельницкого практически не осталось войска — не было чем платить жалованья казакам. Сам он находился в Чигирине только с генеральным писарем Тетерей и судьей Григорием Лесницким. Король, которому самому нечем было платить войску, помощи ему не оказал. Татары также оставили его и ушли в Крым.
В это время произошли изменения и в киевской митрополии. Дионисий Балабан примкнул к Выговскому и должность киевского митрополита оставалась вакантной. Избрать же нового не позволяла политическая ситуация в Малороссии. Временным местоблюстителем митрополии Киевской являлся Лазарь Баранович, но он не пользовался доверием Москвы. В конце концов, летом 1661 года на его место решили поставить упоминавшегося выше протопопа Максима Филимонова, который в срочном порядке был произведен в епископы мстиславские и оршанские под именем Мефодия.
Покинутый своими союзниками Юрий Хмельницкий обратился к царю с посланием, в котором оправдывался в своей измене, тем, что вынужден был поступить так по принуждению полковников, а лично сам он готов и впредь верно служить великому государю. В Москву и ранее доходили сведения, будто он посылал к константинопольскому патриарху монаха Шафранского с просьбой освободить его от присяги королю. Было известно, что Юрий также договаривался с Брюховецким и Сомко, чтобы они напали на него и тогда, он, как будто поневоле, сдался бы им. Эти слухи были широко распространены в Польше, где также поговаривали, что Хмельницкий хочет остаться гетманом, но под покровительством Турции.
Как бы то ни было, но не воспользоваться шансом снова объединить Малороссию, в царском окружении не могли. В конце июня в Переяславль был направлен посланник Протасьев, через которого царь Алексей Михайлович предложил наказному гетману Сомко обратиться к племяннику и убедить его возвратиться в московское подданство, обещая, что ему будет пожалован город Гадяч, как прежде его отцу, а все вины его будут прощены.
Сомко согласился с этим, однако реально ничего предпринять не успел, так как в октябре к Хмельницкому прибыл хан с татарами и гетман вынужден был идти вместе с ним за Днепр, где они осадили Переяславль.
Тем не менее, до конца 1661 года обстановка в Малороссии оставалась стабильной. Золотаренко и Сомко, хотя и враждовали между собой, однако их преданность Москве сомнения не вызывала. Запорожье, ставшее после подавления восстания Пушкаря приютом для бедных казаков и поспольства, усиливало свое влияние среди простого народа Малороссии. Кошевой гетман Брюховецкий рассылал по всему краю своих агентов, которые распространяли слухи, что он стоит за простой народ и, если его изберут гетманом Войска Запорожского, то все станут казаками.
Хмельницкий больше не предпринимал попыток вторгнуться в Заднепровье, но и Москва утратила к нему интерес, понимая, что он слишком ничтожен и ничего не решает, а делами в Приднепровье заправляют Носач, Лесницкий да Гуляницкий. Обнищавшая Польша также не представляла непосредственной опасности для Малороссии, однако татарская угроза сохранялась. В январе 1662 года крымская орда ворвалась в московские земли на севском направлении, где татары захватили в плен больше 20 000 человек, однако, воеводе Григорию Федоровичу Бутурлину удалось нанести им серьезное поражение и освободить пленных. Одновременно и сам хан, двигавшийся с другой стороны на Путивль, был отражен князем Иваном Ивановичем Лобановым-Ростовским и вынужден был возвратиться в Крым.
Весной в Козельце была проведена новая рада без царского указа, на которой в гетманы был выбран Сомко, однако Золотаренко это решение не признал, в виду того, что чернь на ней отсутствовала. Епископ Мефодий, ранее друживший с Золотаренко, поддержал вначале Сомко, а позднее стал склоняться в пользу Брюховецкого.
Между тем, король подкрепил Хмельницкого своими войсками, а хан — татарами, что позволило гетману западной стороны перейти Днепр и совершить нападение на Сомко, стоявшего лагерем вблизи Переяславля. Сомко мужественно оборонялся, имея в своем распоряжении только несколько сотен казаков. Взять город с ходу Хмельницкому не удалось и он приступил к его осаде. Узнав об этом, князь Григорий Ромодановский со своими ратными людьми и Нежинским полком Василия Золотаренко поспешил на помощь наказному гетману. Хмельницкому пришлось снять осаду и отступить к Днепру, где, не доходя Канева, он разбил свой лагерь. Ромодановский, Сомко и Золотаренко настигли его там и приступили к штурму. Вначале Хмельницкий оборонялся мужественно, но, когда татары обратились в бегство, войско Ромодановского ворвалось в табор. Немецкая пехота, засевшая в окопах, оказала отчаянное сопротивление и была вся уничтожена: тела их, как сообщает летописец, лежали друг на друге. Хмельницкому с небольшим отрядом удалось скрыться.
Тем временем, кременчугские казаки, ранее перешедшие на сторону Хмельницкого, осадили стоявший в городе московский гарнизон, который сдаться отказался и укрылся в замке. Князь Ромодановский направил часть своих войск на помощь осажденным в Кременчуге и вскоре город был освобожден. Сам же он вместе с Золотаренко соединился в Переяславле с Сомко и они 16 июля в сражении с Хмельницким захватили у него обоз, а затем, перейдя Днепр, заняли Канев и Черкассы. Однако военное счастье изменчиво, и в следующих двух сражениях под Крылевым и Бужиным царские воеводы потерпели поражение, потеряв соответственно 3 и 10 тысяч человек, а также 7 пушек. Князь Ромодановский начал отступление за Днепр к Лубнам, но Магомет Гирей, обошел его возле реки Сулы и наголову разбил, захватив весь обоз и 18 пушек.
Но разгром правобережного гетмана не привел к единству среди казаков на левом берегу Днепра. Если раньше только Сомко и Золотаренко писали друг на друга доносы, то после осады Переяславля на Сомко направил жалобу царю и воевода Чаадаев, писавший, что во время обороны Переяславля Сомко пьянствовал, активности не проявлял и даже сговаривался с Хмельницким соединиться с ханом.
В это же время к борьбе за гетманскую булаву присоединился и третий соперник Сомко и Золотаренко — кошевой гетман Сечи Иван Брюховецкий. Эта должность была введена запорожцами, у которых он пользовался небывалой популярностью, специально для него. Брюховецкий с большим отрядом запорожцев был отправлен Сечью на раду, но узнав о походе Хмелньницкого, прибыл в помощь Ромодановскому. К тому времени, правда, тот уже бежал за Днепр, а Брюховецкий остался при Ромоданоском, которому пришелся по душе. Здесь запорожский гетман близко сошелся и с протопопом Филимоновым (епископом Мефодием), с которым в переписке состоял еще с весны. Хитрый и предприимчивый бывший «старший слуга» Богдана Хмельницкого быстро разобрался в ситуации и включился в борьбу за гетманскую булаву, с помощью, как тогда было модно, тривиальных доносов. В сентябре Брюховецкий направил донос Григорию Косагову, прямо обвиняя Сомко в измене. Одновременно упоминавшийся выше протопоп Филимонов (епископ Мефодий) доносил в Москву, что Сомко и Золотаренко соперничают друг с другом и в должности гетмана нельзя утверждать никого из них, иначе произойдет смута.
