Все же после избрания его кошевым атаманом Брюховецкий вскоре вернулся к гетману Юрию и некоторое время находился при нем. После перехода Хмельницкого на сторону поляков, Брюховецкий сбежал из Чигирина в Лохвицу. Здесь, узнав о борьбе за гетманскую булаву Сомко и Золотаренко, он тоже решил включиться в нее.
Однако стать кошевым атаманом или даже гетманом на Сечи еще не означало, получить гетманскую булаву в Войске Запорожском. Помимо поддержки низовиков надо было решить, как минимум, две задачи: приобрести влияние хотя бы у части реестрового войска, а главное — заручиться поддержкой Москвы. Осуществление второй задачи имело первостепенное значение, поэтому воспользовавшись каким-то поручением одного из царских воевод, Брюховецкий лично отправился к царю. В Москве к нему отнеслись благосклонно, но он вскоре понял, что поддержку следует искать на месте у царских представителей в Малороссии и, в первую очередь, необходимо склонить на свою сторону местоблюстителя Киевской митрополии епископа Мефодия, чей авторитет в царском окружении был высок. Однако в это время Мефодий в борьбе за гетманскую булаву поддерживал Василия Золотаренко, который пользовался авторитетом и у царских воевод Шаховского, Чаадаева и других. За Сомко стояла большая часть Войска, однако, в Москве его недолюбливали из-за постоянных жалоб на царских ратных людей и требование помощи, в то время, когда у царского правительства и без того не хватало войск и денег.
Установить контакт с Мефодием оказалось не таким уж сложным делом (позднее они даже стали сватами). Новоиспеченный епископ был честолюбив не менее Брюховецкого и мечтал о скипетре митрополита, должность которого оставалась вакантной уже на протяжении шести лет, поскольку провести выборы нового главы Киевской митрополии не позволяла неустойчивая политическая обстановка в Малороссии. Для осуществления своих планов Мефодию был необходим сильный гетман, способный стабилизировать ситуацию, хотя бы в Заднепровье. Вначале епископ делал ставку на Золотаренко, но их распри с Сомко неминуемо привели бы к новому расколу в случае избрания гетманом любого из них. Поэтому к началу 1663 года Мефодий стал отдавать предпочтение кандидатуре Брюховецкого.
Сам кошевой гетман также не сидел сложа руки. В январе того года Сечь избрала Брюховецкого своим гетманом. Такой должности прежде на Запорожье никогда не было и ввели ее специально для Брюховецкого в противовес Сомко. Его агенты по всей Малороссии агитировали казаков отдать свои голоса и на выборах левобережного гетмана, а посполитым людям и голытьбе обещали, что в случае избрания его гетманом, всем будет разрешено записываться в казацкий реестр. Среди населения Брюховецкий представлялся борцом за права простого народа, врагом «значных» и старшины. Вся эта агитация, конечно, находила отклик у широких народных масс.
Занятые междоусобной борьбой за гетманскую булаву Яким Сомко и Василий Золотаренко, вначале не принимали в расчет Брюховецкого, а когда тот, заручившись поддержкой Ромодановского и епископа Мефодия, выдвинулся в лидеры, помешать ему уже не смогли. Примирившись, оба бывших соперника попытались действовать совместно, но получилось только хуже. Дело в том, что запоздало выполняя царский наказ, Сомко в сентябре 1662 года послал в Чигирин миргородского полковника Лизогуба с предложением к Хмельницкому перейти на сторону Москвы. Но то ли сам Хмельницкий, то ли Тетеря приказали Лизогуба расстрелять. Этот факт использовал Брюховецкий в апреле 1663 года, обвинив Сомко перед князем Ромодановским в том, что тот вошел в сношения с Тетерей и татарами. Хотя Сомко и оправдывался царским поручением, но в Москве, наконец, поняли, что настала пора положить конец этим распрямь и сделать окончательный выбор в чью-либо пользу. С этой миссией в Нежин был направлен князь Великогагин с царским повелением провести генеральную или «черную» раду для избрания на ней гетмана.
Однако, царское правительство, к сожалению, не разобралось в реальной ситуации сложившейся на Левобережье. В Москве полагали, что между Сомко, Золотаренко и Брюховецким происходит борьба за обладание гетманской булавой, в то время, как на самом деле, эта борьба происходила не просто между тремя претендентами на гетманский пост, а отражала усиливающееся противостояние Запорожья, казацкой черни и голытьбы против значных казаков и старшины. Причины этого противостояния заключались в самом изменившемся характере социальной общности людей, охваченных общим понятием Запорожская Сечь. Трансформация Сечи происходила постепенно и Запорожье конца 16 века, уже было совершенно не похожим на Сечь начала 60-х годов 17 века.
Та, прежняя Запорожская Сечь, являлась приютом вольных людей, в основном объединенных совместной борьбой с татарами, и их нередко возглавляли даже представители княжеских родов. На Сечь под их начало, наряду с русскими людьми, стекалась шляхта со всей Польши. Морские походы запорожцев, их сражения с турками и татарами, придавали запорожцам в глазах южнорусского народа рыцарственный облик. Здесь были крепки традиции, которые развивали и укрепляли новые поколения запорожцев. Совместные походы с поляками против Москвы и турок укрепляли общее боевое братство поляков и казаков, многие шляхтичи даже в 30-х годах 17 века считали за честь быть принятыми в запорожцы. И что наиболее важно, между сечевиками и реестровиками не было противоречий, тем более, что и реестровики в большинстве своем были выходцы из того же Запорожья.
Ситуация стала меняться в конце 50-х годов, когда среди городового казачества стало происходить расслоение, выделилась прослойка значных казаков, к которым относилась не только действующая старшина, но и войсковые товарищи, то есть те, кто занимал ранее старшинские должности. В руках этой прослойки, может и не очень значительной, сосредоточились крупные земельные наделы. Значные владели собственными винокурнями, броварнями, мельницами, на которых за мизерную плату работала голытьба и даже люмпен-казаки из черни. Некоторые полковники и сотники вообще стали заставлять работать на себя бесплатно подчиненных городовых казаков. Спасаясь от начавшихся притеснений, крестьянская голытьба и даже часть казацкой черни убегали на Запорожье. К тому времени настоящих потомственных запорожцев там практически не осталось. Скопление на Сечи огромной массы недовольных значными казаками грозило перерасти в открытый бунт. Брюховецкий, используя эти настроения, рассылал (как уже отмечалось) по всей Малой Руси универсалы, обещая, что, если станет гетманом, то будет принимать в казаки и голытьбу. Таким образом, его авторитет рос не только в Запорожье, но и по всей Малороссии. Поэтому к приезду князя Великогагина на Левобережье уже все было готово для выступления против значных. Брюховецкий встретил Великогагина и его товарища Хлопова еще в Батурине и сумел к себе их расположить. Вместе они прибыли на раду в Нежин, где она должна была состояться, с толпой решительно настроенных запорожцев, сопровождавших своего гетмана. Другие же запорожцы разъехались по всему Левобережью, агитируя за Брюховецкого и призывая казаков съезжаться в Нежин на раду.
18 июня рада была открыта, однако Великогагин еще не успел дочитать царский указ об гетманском избрании, как в толпе произошла свалка. Одни кричали за Сомко, другие за Брюховецкого. Запорожцы взялись за сабли, несколько человек было убито, Сомко скрылся в шатре царского воеводы, а самого Великогагина столкнули с того места, где он стоял. Хотя большинство проголосовало за Брюховецкого, Великогагин по настоянию Сомко, не утвердил его избрание, назначив новую раду. Но тут уже, как водится в подобных случаях, даже приверженцы наказного гетмана перешли на сторону Брюховецкого и сомнений в его победе ни у кого не осталось. Великогагин передал ему булаву, и почти сразу началась вакханалия. Победившая сторона в течение трех дней расправлялась по всему Левобережью со всеми «значными» и неугодной Брюховецкому старшиной. Наконец, новый гетман прекратил беспорядки и, поддержанный епископом Мефодием, обвинил перед Москвой Сомко и Золотаренко в измене. Основным обвинением являлось утверждение о том, что у Сомко имеются статьи гадячского трактата и, в случае избрания его гетманом, он планировал перейти на сторону Польши. Похожее обвинение было выдвинуто и в отношении Золотаренко. Оба они были переданы на войсковой суд и приговорены к смертной казни, которая состоялась в Борзне 18 сентября 1663 года. На ней присутствовали обозный Иван Цесарский, киевский полковник Василий Дворецкий и прилуцкий Данила Песоцкий. Там же были казнены Афанасий Щуровский, черниговский полковник Аникий Силыч, Степан Шамрицкий, Павел Киндей, Ананка Семенов, Кирилл Ширяй Десять человек в оковах были увезены в Москву, а затем сосланы в Сибирь. Это были первые малороссияне, в отношении которых применялось такое наказание. Поддержавшие Брюховецкого запорожские атаманы стали казацкими полковниками и получили другие должности (как упоминавшийся выше Дворецкий и произведенный в нежинские полковники запорожский атаман Матвей Гвинтивка). Таким образом, в масштабах Левобережья произошла своеобразная революция, в результате которой на командных постах в Войске Запорожском оказались представители голоты и казацкой черни, люди не имеющие каких-либо заслуг перед казачеством, не отличающиеся ни государственным умом, ни доблестью, какими были отмечены те же Сомко и Золотаренко. То есть, по сути, восторжествовало дело Мартына Пушкаря, только в гораздо худшем варианте.
