Наиболее здравомыслящие царские воеводы к происходящему отнеслись с явным неодобрением. Переяславский воевода князь Василий Волконский, узнав об избрании Брюховецкого, заявил прибывшим к нему с этим известием посланцам нового гетмана: «…худые де вы люди, свиньи учинились в начальстве и обрали в гетманы такую же свинью, худого человека, а лутших людей, Самка с таварищи, от начальства отлучили»
Избрание Брюховецкого гетманом Войска Запорожского произошло не потому, что на его стороне оказалось больше сторонников, а скорее, наоборот, если бы состоялись честные выборы, мог бы победить и Сомко. Однако Брюховецкий использовал в качестве ударной силы «новых» запорожцев и морально был готов к насильственному захвату власти, на что ни Сомко, ни Золотаренко не отважились.
Казнь Сомко и «Рыцаря Войска Запорожского» Золотаренко, бывших шуринами самого Богдана Хмельницкого, заслуженных полковников, потомственных запорожских казаков, вызвала возмущение в казацкой среде, так как было понятно, что ни в какой измене их вины нет. Оба они верно служили государю Алексею Михайлович и ни для кого не являлось секретом, что новый гетман просто неприкрыто и цинично расправился со своими политическими противниками. Однако, недовольство казаков было вскоре подавлено верными Брюховецкому полковниками, назначенными им исключительно из запорожских атаманов. В то же время, остальная масса запорожцев, пришедших с ним из Сечи, больше гетману не была нужна, оставлять ее отдельным воинским формированием было опасно, поэтому он принял решение разделить запорожцев по полкам. Рассредоточенные небольшими группами в казацких полках, они уже не могли представлять опасности для его гетманской власти. Поскольку у них не было своего места жительства, запорожцы были поставлены на постой в городах к мещанам, что вызвало недовольство последних. С этого времени у народных масс к запорожцам стало резко меняться отношение в худшую сторону. Если раньше в них видели борцов за народное дело, своеобразных украинских рыцарей, то, столкнувшись с чинимыми ими бесчинствами, простой народ отшатнулся от Запорожья. Именно на такую реакцию и рассчитывал Брюховецкий, так как понимал, что запорожцы возвели его в гетманы и они же легко могут сместить его с этого поста. Поэтому для него было важно сделать все для того, чтобы Запорожье утратило свой прежний имидж у народных масс. Этому способствовало и то обстоятельство, что новый кошевой атаман Запорожской Сечи Иван Серко не имел большого желания вмешиваться в дела Войска Запорожского, проводя свою политику, направленную исключительно на борьбу с татарами и турками. Он действовал в союзе с московскими ратными людьми против крымцев, но в отношении приднепровских казаков в целом сохранял нейтралитет. Так, когда их наказной гетман Петр Дорошенко захватил Кременчуг, Серко попыток выбить его оттуда не предпринимал. Тетеря посылал своих людей на Сечь и они призывали запорожцев перейти на сторону короля, что у многих нашло отклик, так что даже Серко стал опасаться за себя.
Тем не менее, вторая половина 1663 года прошла достаточно спокойно. Царский подъячий Косагов, один из командиров в войске Ромодановского, вместе с Иваном Серко ходил на Перекоп, но неудачно. Гетман Брюховецкий и воевода Хлопов изгнали из Кременчуга Дорошенко, на левой стороне Днепра военных действий не было.
Однако уже в ноябре король Ян Казимир подошел к Белой Церкви, создав угрозу для Киева, отстоявшего от нее на полсотни верст. Гетман Брюховецкий тут же использовал этот факт, чтобы «отблагодарить» епископа Мефодия, кстати, к тому времени уже своего свата, за оказанную ему поддержку при избрании гетманом. «Надобно думать, — говорил он царскому воеводе Хлопову —, что у епископа есть прозябь большая и неверность в раденье великому государю: об этом заключаю из того, что киевские монахи взяли себе на поруки нежинского атамана Шлютовича, который ушел, отпустили его монахи нарочно и велели ему, собрав козаков и татар, приходить на государевы черкаские города. Я за этими монахами посылал прилуцкого полковника Песоцкого, но епископ их ко мне не прислал, а взял с них золотые червонные. Боюсь, чтоб епископ злым своим умыслом не сдал Киева королю…» Этот разговор Хлопов дословно передал в своем донесении царю Алексею Михайловичу.
Но дела у Мефодия и без гетманских доносов шли не важно. Незадолго до этого в Чигирине, где была ставка гетмана правой стороны Днепра, умер Дионисий Балабан. На его место с благословения константинопольского патриарха был избран Иосиф Нелюбович-Тукальский, епископ могилевский. Царское правительство не признало его и хлопотало перед патриархом константинопольским о назначении киевским митрополитом Мефодия, но безуспешно. Таким образом, вместе с разделением Войска, разделилась и церковь.
В ноябре 1663 года по настоянию царских властей вновь были изменены условия Переяславского договора 1654 года, а именно его вторая и шестая статьи относительно сбора денег в царскую казну и раздачи жалованья казакам и старшине. Эти изменения были направлены на ограничение гетманской власти, что вызвало недовольство старшины. Но царские представители в этом вопросе занимали твердую позицию и 19 ноября новые статьи договора, существенно ограничивающие и без того уже куцее гетманское самоуправление, были подписаны.
Положение самого Брюховецкого оставалось довольно сложным. Он жаловался воеводе Хлопову, что казаки ему не подчиняются и при нем почти не осталось войска. В случае перехода короля через Днепр, многие малороссийские города могут сдаться полякам. Об этом же он говорил и царскому дьяку Дементию Башмакову, настаивая на необходимости подкрепления его сил государевыми ратными людьми.
Опасения гетмана имели под собой реальную почву. Действительно, в начале января 1664 года король перешел на восточную сторону Днепра. С целью привлечь на свою сторону местных жителей его людям было запрещено брать силой что-либо у малороссиян, он даже выкупил часть русских пленников у татар и отпустил их домой. По его приказу были казнены три шляхтича, допустившие бесчинство по отношению к мирному населению. Этими мерами Ян Казимир хотел произвести благоприятное впечатление на жителей Заднепровья, чтобы склонить их на свою сторону. Такая политика объяснялась просто — у короля не было достаточно сил, чтобы завоевать такую обширную территорию, как Левобережье Малороссии, если ему будет оказано сопротивление. Под его рукой находилось только три конных казацких полка, состоявших из 25 хоругвей, в каждую из которых входило 50–60 человек (то есть, как минимум, в пять-десять раз меньше, чем обычно) — всего не более 2000 всадников. Пехоты при нем было не более 300 человек. Гетман Потоцкий располагал тремя казацкими конными полками, 4000 пехотинцев и двумя ротами гусар. С воеводой русским коронным обозным Стефаном Чарнецким шло три хоругви гусар, три казацких полка, насчитывавших до 2500 всадников, да 400 драгун. К королевским войскам примкнуло около 5000 татар, а еще 14 тысяч литовского войска во главе с Полубинским и Сапегой оставались у Яна Казимира в тылу в резерве.
Король, который был в курсе сложной политической обстановки, сложившейся в Заднепровье с избранием гетмана Брюховецкого, не рассчитывал на имевшуюся у него военную силу, но возлагал надежды на то, что ему не будет оказано серьезного сопротивления.
Поначалу надежды эти оправдались: малороссийские города и местечки сдавались без боя. Но при подходе к Салтыковой Девице поляки столкнулись с ожесточенным сопротивлением. Местечко оборонялось отчаянно и почти все его жители погибли или были истреблены при вступлении в него поляков. Лохвицу также удалось взять лишь штурмом, при котором погибло много осаждавших. Гадяч, обороной которого командовал лично Брюховецкий, попытался взять Тетеря, но, узнав, что на помощь осажденным спешит князь Григорий Ромодановский, вынужден был снять осаду и отступить. Крупные города типа Нежина, поляки обходили, не решаясь приступать к их осаде. Сам король уже в течение четырех недель осаждал Глухов, оборонявшийся казаками Стародубского, Нежинского и Черниговского полков, но город не сдавался. По-видимому, часть казаков, бывших при короле, вышла из его повиновения, так как тогда же в польском лагере по подозрению в измене был расстрелян храбрейший из храбрых сподвижников Богдана Хмельницкого знаменитый полковник Иван Богун.
Иван Федорович (?) Богун, часто упоминающийся в южнорусских и польских летописях, один из немногих, кто на протяжении пятнадцати лет подряд (?) сохранил полковничий пернач, верный соратник Хмельницкого, любимец казацкой черни и всего украинского народа, перешедший под конец жизни на службу к Яну-Казимиру, остается на протяжении более трех с половиной веков одним из самых загадочных и таинственных героев Освободительной войны. Образ этого человека складывается будто из нескольких личностей, порой совершенно не похожих друг на друга. Иногда создается впечатление, что это собирательный образ казака-рыцаря, человека беззаветно преданного своему Отечеству, посвятившего всего себя без остатка служению своему народу.
