Хотя Голицын и не решился в условиях наступившего знойного лета переходить за Перекоп, вины Мазепы в этом не было. Он сделал для успеха похода все, что мог. Именно так это и было оценено в Москве, тем более, что правительница Софья встречала князя в столице, как настоящего триумфатора.
В обоих азовских походах 1695–1696 годов юного царя Петра, малороссийские казаки и сам Мазепа проявили мужество и отвагу, что царь Петр никогда не забывал. Молодой царь вообще относился очень хорошо к тем, кто сражался вместе с ним под Азовом, даже прощая им довольно серьезные прегрешения.
Несмотря на попытки польского правительства войти в контакты с малороссийским гетманом, Мазепа, не дал повода заподозрить его в сношении с Речью Посполитой, задерживая посланцев короля и отправляя их в Москву. Также он решительно пресекал попытки своих недоброжелателей интриговать против него. Руками Москвы он расправился с бывшим гадячским полковником Самойловичем, с зятем своего предшественника князем Юрием Четвертинским, с переяславским полковником Леонтием Полуботком. По его настоянию был сослан в Сибирь и Дмитрий Райча, интриговавший почти против всех предыдущих гетманов. Был приговорен к смерти, но помилован затем самим гетманом упоминавшийся выше Данило Забелла, попытавшийся при поддержке Бориса Петровича Шереметева интриговать против него. Мазепе удалось практически бескровно одержать верх в трехлетнем противостоянии с Петриком, бывшим канцеляристом, который убежал на Сечь и оттуда рассылал универсалы, в которых гетман представлялся как угнетатель народных масс. Петрик требовал отмены аренды, которая была введена еще Брюховецким на содержание войска. Однако Мазепа добился, чтобы в 1694 году на полной раде с участием не только черни, но и мещан, было решено ее сохранить.
Более серьезным соперником гетмана принято считать фастовского полковника Семена Гурко (Палея), но об этом, а также о событиях на Правобережье, будет сказано ниже.
Выше уже отмечалось, что царь Петр питал слабость к Мазепе и полностью доверял ему. Во время взятия Азова Мазепа охранял тылы русских войск, а 15 — тысячный казачий корпус полковника Лизогуба доблестно сражался при осаде крепости. За свои заслуги в 1700 году Мазепа стал кавалером учрежденного ордена Андрея Первозванного, которым сам царь был награжден много позже. Спустя три года он был пожалован Крупицкой волостью в Севском уезде.
В 1707 году генеральный судья Василий Леонтьевич Кочубей направил Петру Первому ряд доносов на Мазепу, в которых тот обвинялся в измене. Однако доказательств в доносах не приводилось и Петр им не поверил. Кочубей и его свояк, бывший полтавский полковник Искра, 14 июля 1708 года были казнены в Киеве, а положение Мазепы еще более укрепилось.
В Северной войне казаки принимали деятельное участие, но сам Мазепа оставался в своей резиденции в местечке Батурине, что вблизи Конотопа. Правда, в 1705 и 1706 годах он возглавил походы в Польшу против Лещинского, но каких-либо крупных успехов там не добился. Мазепа неоднократно предлагал царю отобрать у поляков западный берег Днепра и присоединить эту территорию к Малороссии, как было во времена Богдана Хмельницкого. Но Петр из дипломатических соображений не соглашался с этими предложениями.
Ранее уже сообщалось о том, что после падения Дорошенко казачество на правой стороне Днепра пришло в упадок. В начале 80-х годов после турецких походов Юрия Хмельницкого население этих территорий от Бара до Черкасс эмигрировало на Левобережье или в Слободскую Украину. По выражению Н.И. Костомарова наступила «разруха» казачества. Согласно договора между Польшей и Россией правая сторона Днепра должна была оставаться безлюдной и пустой, как бы ничьей — ни польской, ни московской. Власть назначенного королем гетмана Остапа Гоголя, ограничивалась Полесьем, да и то формально. У турецких ставленников Юрия Хмельницкого и Иоанна Дуки также оставалось немного казаков, да и сами они фактически во всем подчинялись турецкому паше, который находился в Каменце.
Но, как известно, природа не терпит пустоты. Вступив в 1683 году в войну с Турцией, Ян Собесский решил восстановить на правом берегу казачество, создав себе тем самым союзников для борьбы с турками. Вместо погибшего при осаде Вены Остапа Гоголя король назначил нового гетмана — шляхтича Иоакима Куницкого. Ему удалось собрать под свои знамена уже довольно внушительное число казаков — около восьми тысяч, с которыми он в 1684 году по приказу короля выступил в поход в Бессарабию против белгородских татар, готовившихся к нападению на Венгрию. Поход этот не достиг поставленных задач, так как татар оказалось значительно больше, чем предполагалось. Как сообщает «История руссов», Куницкий малодушно бросил свое войско на произвол судьбы и с малым числом приближенных убежал назад. Казаки избрали вместо него гетманом брацлавского полковника Дмитрия Могилу. Новый гетман, построив свое войско в каре, сумел пробиться через татарские полчища и возвратиться к границам Речи Посполитой. Там казаки обнаружили и Куницкого, которого предали смерти, забив тупыми концами своих копий. В сложившейся ситуации королю ничего другого не оставалось, как утвердить новоизбранного гетмана.
Однако гетманство Могилы оказалось непродолжительным. В это время много правобережных казаков перешли к Самойловичу и у него осталось их не более 2-х тысяч. Верный своим союзническим обязательствам, Ян Собесский отправил этот небольшой казацкий корпус на помощь австрийцам и в ходе одного из сражений с турками Могила погиб. После него некоторое время гетманом уже никто не назначался, хотя королю удалось провести в сейме закон о восстановлении казацкого сословия. Некоторым панам это решение пришлось по душе, и они стали сами формировать казацкие отряды, другие жаловались на производимые казаками буйства и разорения. Вместо одного гетмана появились десятки полковников (порой самозваных), как из шляхты, так и из простого народа. Из числа этих казацких вождей конца ХУ11 века на Правобережье наиболее яркий след в народной памяти оставил Семен Гурко, более известный как Палей, то есть «Поджигатель». Он родился, по-видимому, не ранее 1640 года в местечке Борзна на левом берегу Днепра в семье простого казака Филиппа Гурко. Еще в юношеском возрасте, вероятно, не позднее 1660 года он оставил отчий дом и ушел на Запорожье, где в походах и боях провел около двадцати лет. За лихость и ненависть к туркам и татарам он получил прозвище Палей. Около 1685 года, прельстившись намерением короля восстановить казачество на Правобережье, Палей с отрядом запорожцев и присоединившихся к ним правобережных казаков переходит на королевскую службу и получает в управление разоренный Фастов, небольшое местечко в 60 км от Киева. Со своей стороны он обязуется защищать границы Польши от татар и турок.
Свою деятельность Палей начал с того, что укрепил Фастов, превратив его в довольно мощную крепость. В то время на Левобережье было относительно спокойно, поэтому наиболее отчаянные и свободолюбивые казаки стекались к нему не только с правого, но и с левого берега Днепра, где уже началось отмечаться недовольство гетманом Мазепой. Фастовский полковник принимал к себе на службу всех, кто изъявлял такое желание и вскоре у него образовался довольно сильный казацкий отряд.
Первые три года Палей верно служил польской Короне. Он неоднократно отражал татарские набеги от границ Польши, захватив как-то в плен самого крымского хана Осман Гирея и нескольких его калг. Затем он совершил набег на Очаков, предав город огню и разорению. Его грозное имя наводило ужас на турок и татар, а популярность среди казаков достигла небывалых высот.
После смерти Яна Собесского, когда его преемник Август 11 принял решение распустить казацкую милицию, Семен Палей стал вынашивать планы воссоединения Правобережья с Малороссией. Он неоднократно посредством Мазепы обращался в Москву с просьбой принять контролируемые им территории под царскую руку, но это его предложение ни правительством царевны Софьи, ни позднее царя Петра принято не было. Москве было выгоднее сохранять мир с Польшей, чем ввязываться с ней в ссору из-за опустошенного войнами Правобережья. Самому Палею предлагалось уйти на Запорожье, которое формально находилось вне русской и польской юрисдикции, а оттуда уже перейти в московское подданство и переселиться на московскую территорию. Однако Палея это предложение не устраивало — не этого он хотел и не к этому стремился. Фастовский полковник мечтал о передаче под власть царя всего Правобережья.
Все тайное рано или поздно становится явным. Об инициативах Палея стало известно польскому правительству, он был схвачен и помещен под стражу в Немиров. «История руссов» приводит свою версию случившегося, сообщая, что он был заключен в Мариенбурге, откуда якобы его освободили казаки, совершившие дерзкий рейд через всю Польшу. Как бы то ни было, но Палей вскоре оказался на свободе и возвратился в Фастов. Узнав, что в его отсутствие киевский католический епископ захватил это местечко, наводнив его своими ксендзами, Палей перебил их всех и, таким образом, примирение его с поляками стало невозможным. В освобожденный Фастов стали стекаться все недовольные поляками казаки и посполитые, поэтому спустя непродолжительное время он превратился в оплот антипольских выступлений.
