Стена Китай-города отделила Зарядье от реки Москвы. Выход к ней мог теперь осуществляться только через Водяные ворота, напротив бывшего Москворецкого моста, и Козмодемьянские — в квадратной башне внизу Китайгородского проезда. Это показывает, что былой торговой связи с рекой у населения Зарядья в то время уже не существовало. В 1647 году были, однако, в южной стене Китай-города двое небольших, заложенных деревом ворот. Вероятно, это «водяные», или «портомойные», ворота, наскоро заложенные деревом в 1618 году, при наступлении на Москву польского королевича Владислава.
В XVI и XVII веках Зарядье было населено большей частью мелким приказным людом, торговцами и ремесленниками; приказные имели связь с Кремлем, его приказами и различными царскими хозяйственными службами, а торговцы и ремесленники — с Гостиным двором и рядами, лежавшими к северу и западу от Зарядья.
В соответствии с этим главные переулки Зарядья потянулись от Мокринского переулка в гору, к Варварке. Их было три: Зарядьевский переулок, Псковский и Кривой (позже появился Максимовский).
Кроме мелких жилых дворов в Зарядье стояло несколько казенных учреждений и один монастырь. На углу Мокринского переулка и Москворецкой улицы стоял «Мытный двор» — городская таможня, в которой взимался таможенный сбор — «мыт» — со всякой пригоняемой в Москву «животины»: коров, овец, свиней и даже с кур и гусей. Тут же на «животинной площадке» скот и продавался. Кроме того, здесь продавались также мясо, куры, колеса, сани, зола, лыко и пр. От помета животных как на Мытном дворе, так и вокруг него была «великая нечистота», а воздух был заражен смрадом.
Рядом находились Хлебный, Калачный, Масляный, Соляной, Селедный и другие ряды.
На противоположной стороне Зарядья, в Кривом переулке, стояла царская тюрьма, а посреди, между Псковским и Зарядьевским переулками, — Знаменский монастырь, возле которого находился «Осадный патриарший двор».
Зарядье принимало самое живое участие во всех народных волнениях XVII века. Среди его забитых нуждой ремесленников и мелких приказных всегда царило недовольство. Поэтому в Зарядье находили себе приют укрывавшиеся от правительства и преследуемые им люди. При подавлении «бунтов» участники их первым делом прятались в Зарядье, где были такие места, в которых правительство никогда никого не могло найти.
В начале XVIII века два важных события сказались на жизни Зарядья: первое — перевод столицы в Петербург, лишивший подьячих и прочих мелких служащих царского двора должностей и превративший Зарядье всецело в мир ремесленников и торговцев, и второе — окружение Петром I Китай-города земляными бастионами и рвом, которые на целое столетие закрыли стоки в реку, вследствие чего вся грязь и нечистоты с Варварки стекали в Зарядье и превращали его в буквальном смысле слова в непроходимую трясину.
Антисанитария, соединенная с бедностью и переуплотнением жилищ, сделала Зарядье в XVIII веке очагом эпидемий. Чума 1771 года нашла себе здесь обильную жатву. В 1796–1800 годах вдоль китайгородской стены у Москвы-реки устроили набережную, для чего берег реки значительно подсыпали, и стены Китай-города оказались наполовину засыпанными. Для выхода на берег в 1782 году были устроены напротив Псковского переулка Проломные ворота. Но с внутренней стороны Зарядья стена Китай-города «была более других ветха по низменности места и потому, что больше других была заложена пристройками от домов, лавками и амбарами, так что одни только зубцы ее были видны. К этой-то стене больше всего стекала нечистота, застаивалась и производила смрад» (Гастев М. Материалы для полной и сравнительной статистики Москвы. Ч. I. М., 1841).
Указами Петра I 1704 года и Екатерины II 1775 года в Китай-городе и Зарядье запрещено было строить деревянные дома. Поэтому, когда в пожар 1812 года Зарядье сгорело, старые мелкие собственники не могли построить каменных домов и почти поголовно продали свои дворы. Их скупили крупные московские домовладельцы и застроили Зарядье двух- и трехэтажными каменными домами. Нижние этажи были отведены главным образом под лавки и склады, а верхние — под мелкие квартиры и мастерские, сдававшиеся ремесленникам за весьма высокую цену. Ремесленники ценили здесь не столько удобства квартир, сколько близость свою к «рядам» — месту, где они сбывали свои изделия, так как при отсутствии в прежней Москве дешевых средств передвижения они не могли жить на окраинах. Чтобы увеличить площадь квартир, домовладельцы делали во дворах перед окнами вторых этажей галереи, затемнявшие в квартирах свет, на которых ремесленники и работали большую часть года.
Писатель И. А. Белоусов, выросший в Зарядье, дает интересную картину его в 1870-х годах: «Вся эта местность была заселена мастеровым людом; тут были портные, сапожники, картузники, токари, колодочники, шапочники, скорняки, кошелевщики, пуговичники, печатники (печатавшие сусальным золотом на тульях шапок и картузов фирмы заведений). Некоторые переулки представляли собой, в буквальном смысле, базары, ничем не отличавшиеся от базаров захолустных местечек на юге — в „черте оседлости“».
Писатель Леонов в романе «Барсуки» так описал жизнь Зарядья перед войной 1914–1918 годов: «Жизнь здесь течет крутая и суровая. В безвыходных каменных щелях домов в обрез набилось разного народа всех видов и ремесел, копеечное бессловесное племя, мелкая муравьиная родня… Городские шумы и трески не заходят сюда — зарядцы уважают чистоту тишины… Только голубей семейственная воркотня, только повизгивающий плач шарманки, только вечерний благовест… Осенью в низине Зарядья стоит и со всех окружающих высот бежит сюда жидкая осенняя грязь».
В «Путеводителе по Москве» 1915 года Зарядье характеризовалось как «задний двор богатого Китай-города», и оно действительно было таковым.
С Лубянской площади открывается прекрасный вид на идущий к югу широкий Китайгородский проезд. Однако только левая, восточная, его сторона носит такое название. Правая же, западная, от Лубянской площади до улицы Ильинки называется Новой площадью, а дальше до улицы Варварки — Старой площадью.
Такое необычайное название Китайгородского проезда объясняется тем, что до 1934 года посреди него проходила древняя стена Китай-города, отделявшая проезд от Новой и Старой площадей. Фактически уже тогда это были не площади, а улицы шириной около 17–21 метров. После того как в 1934 году в связи с работами по строительству метрополитена была снесена стена Китай-города от Лубянской площади до Варварки, проезд и эти «площади» составили одну широкую улицу, но остались при старых своих названиях.
В XIV–XV веках на месте Старой и Новой площадей шумел густой лес, предохранявший Кремль и посад от нападения врагов с востока. Память об этом лесе до последнего времени сохранялась в названии церкви, в здании которой сейчас находится Музей истории и реконструкции Москвы: «Иоанн Богослов, что под Вязом». Церковь впервые упоминается в 1493 году.
В конце XIV века посад еще не охватывал этой местности: проводившийся для его охраны ров проходил с востока по нынешним Большому Черкасскому и Никольскому переулкам. Но при постройке в 1534–1538 годах крепостной стены Китай-города территория современных Старой и Новой площадей вошла в состав Китай-города. В стене, в конце шедших к ней перпендикулярно улиц Китай-города, были устроены на востоке башни-ворота: Никольские, Ильинские и Варварские (названия XVII века); за стеной шел ров, через который от ворот были перекинуты деревянные мосты.
В 1611 году Китай-город захватили овладевшие Москвой интервенты; отсюда они обстреливали «острожек» (баррикаду) на современной улице Большой Лубянке, угол Фуркасовского переулка, где был тяжело ранен князь Д. М. Пожарский. В 1612 году стены и башни Китай-города были местом упорных боев отрядов князя Д. М. Пожарского с интервентами, закончившихся отступлением последних в Кремль, где они вскоре сложили оружие. При этом пожар истребил значительную часть Китай-города.
Население улиц Китай-города в XVII веке было довольно культурным. Об этом свидетельствует дошедшая до нас от 1667 года челобитная к царю Алексею Михайловичу прихожан церкви Иоанна Богослова о разрешении устроить им при церкви школу по образцу украинских братских училищ для обучения «грамматической хитрости, языкам словенскому, греческому и латинскому и прочим свободным учениям». Правительство разрешило открыть «гимназион, да трудолюбивые скудеи (студенты) радуются о свободе взыскания и свободных учений мудрости». Однако дальнейшая судьба этого начинания, на пятнадцать лет опередившего учреждение в Москве Славяно-греко-латинской академии, неизвестна.