Однако избыток административной работы сильно тяготил музыканта. «Несмотря на то, что она (директорская должность. — Л. М.) мне приносит доход, дает положение в свете, во многих отношениях интерес сует и проч., я не могу заглушить в себе внутреннего стремления к такому устройству своей жизни, которое давало бы возможность самому мне распоряжаться своим временем, не быть в постоянной зависимости от условий, отрывающих меня от моего дела, занимающих мой ум разным вздором, до искусства не относящимся, принуждающих меня к деятельности, во многом противоречащей моим вкусам, наклонностям и привычкам», — писал музыкант Чайковскому в мае 1889 года, предупреждая его о том что уходит с поста директора.
Теперь он может полностью отдать себя творчеству и науке. Эти две области тесно связаны у композитора, отличающегося особенным отношением к композиторскому труду. В отличие от многих других, работавших быстро, иногда сочинявших словно бы «на ходу», почти без черновиков, у Танеева сложился свой собственный, ни на кого не похожий метод. Он считал, что художник должен творить не просто из внутренней потребности, а четко осознавать задачи, перед ним поставленные. А понять их можно, лишь изучив пути развития искусства. И он погружается в партитуры старинных мастеров, изучает их, сам пишет в их стиле. В этой напряженной длительной работе выковывается удивительная композиторская техника, о которой Римский-Корсаков, сам крупный мастер, сказал: «Перед таким мастерством чувствуешь себя совершенным учеником!» Он же описывает приемы Танеева: «Раньше чем приняться за действительное изложение какого-либо сочинения, Танеев предпосылал ему множество эскизов и этюдов: писал фуги, каноны и различные контрапунктические сплетения на отдельные темы, фразы и мотивы будущего сочинения, и только вполне набив руку над его составными частями, приступал к общему плану сочинения и к выполнению этого плана, твердо зная, какого рода материал он имел в своем распоряжении и что можно выстроить из этого материала».
Композитор проделывал всю эту работу потому, что считал: «Задача каждого русского музыканта заключается в том, чтобы способствовать созданию национальной музыки. История западной музыки отвечает нам на вопрос, что для этого нужно сделать: приложить к русской песне ту работу мысли, которая была приложена к песне западных народов, и у нас будет своя национальная музыка». И он действительно прикладывал колоссальную работу мысли, помимо вдохновения и мастерства, к своим произведениям.
Его метод можно назвать научно-аналитическим. Некоторым друзьям композитора, даже Чайковскому, казалось, что чрезмерная «ученая» работа может засушить непосредственный замысел, и музыка получится формальной, холодной. Однако Танеев создал таким способом произведения удивительной красоты и вдохновения, непреходящей ценности. Правда, поскольку работа всегда была поистине колоссальной (после окончания Первого квартета он признавался: «Чтобы его написать в том виде, в каком он теперь находится, я исписал 240 страниц — целую книгу»), им создано не так уж много музыки — четыре симфонии, шесть квартетов, два струнных квинтета и один фортепианный квинтет, три трио для различных инструментов, 38 романсов, 31 хор. Главные его сочинения — кантаты «Я памятник себе воздвиг нерукотворный», «Иоанн Дамаскин» и «По прочтении псалма» (две последние принадлежат к самым возвышенным и этически прекрасным произведениям русской музыки) и музыкальная трилогия «Орестея» на сюжет Эсхила. Это обращение к античной трагедии характерно для художника, отличающегося мудростью, взвешенностью, возвышенностью чувств.
Танеев был предельно требователен к своему творчеству. На это указывает не только описанный выше процесс работы, но и то, что из четырех написанных им симфоний достойной концертной жизни, а не единичного исполнения, он счел лишь одну — симфонию до минор.
Сразу после ухода с директорского поста активизируется собственно научный труд — начинается систематическая работа над книгой «Подвижной контрапункт строгого письма», которая продолжалась много лет и завершилась выходом книги в свет в 1909 году. Не чуждается музыкант и общественной деятельности. В том же 1889 году его избирают действительным членом Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии, в работе которого Танеев принимает большое участие. Еще в 1885 году, до начала деятельности на поприще директора консерватории, Танеев совершил совершенно необычное по тем временам путешествие — не по городам России или за рубеж, а в Сванетию — местность, расположенную высоко в горах Кавказа. Путешествие было очень трудным, временами даже опасным, но композитор привез из него замечательные записи песен и танцевальных мелодий горных сванов, зарисовал и подробно описал их музыкальные инструменты. Все это было затем обобщено в музыкальном разделе обширной статьи, написанной совместно участниками экспедиции.
Личная жизнь композитора не сложилась. В начале 80-х годов, бывая в Петербурге, он познакомился с талантливой пианисткой, ученицей прославленного фортепианного педагога Т. Лешетицкого, профессором Петербургской консерватории М. К. Бенуа, женой художника-акварелиста Альберта Бенуа. Танеев серьезно увлекся ею. Возник роман, они думали о браке. Бенуа был согласен на развод, но с условием, что четверо их детей останутся с ним. Сохранилось единственное письмо — свидетельство глубоких переживаний композитора. Он писал о своей огромной любви, но и о том, что мечтает о настоящем, счастливом семейном очаге, а ему кажется невозможным счастье его избранницы, если она будет лишена своих детей. Кроме того, его беспокоила невозможность обеспечить материально ту жизнь, к которой привыкла любимая — широкую, с известной роскошью, с большими расходами, на которые у него не было и не могло быть средств. Это тоже помешало бы ее счастью. И в 1886 году он решительно порвал отношения с М. К. Бенуа. Он надеялся, что пройдет несколько лет, сердечная рана затянется, и он еще найдет свое счастье, будет иметь семью и детей. Однако этому не суждено было случиться. Продолжалась одинокая жизнь, которую скрашивала старая няня, до конца своих дней бывшая композитору и экономкой, и советчицей в житейских делах, и преданным другом. Никто из знакомых Танеева не знал о его переживаниях — он был очень замкнут в личных делах. И только это письмо, обнаруженное через много лет после того, как и Танеева и его единственной возлюбленной не стало, пролило свет на его личную драму.
В середине 90-х годов Танеев оказывается в центре интеллектуальной жизни России. Среди его знакомых — не только музыканты, как московские, так и петербургские, но и литераторы, и ученые такого ранга, как А. Г. Столетов, К. А. Тимирязев, И. М. Сеченов, А. П. Чехов, М. Е. Салтыков-Щедрин.
Особую страницу его жизни составляет близкое знакомство с Львом Толстым, в имении которого, знаменитой Ясной Поляне, композитор провел летние месяцы 1895 и 1896 годов. Там он много музицировал, знакомил писателя с новыми произведениями, полемизировал с ним, так как взгляды Толстого на музыку были достаточно оригинальны. Общение с Толстым продолжалось и зимой, когда писатель жил в Москве. В одном из писем С. А. Толстой композитор писал: «За многое я ему (Толстому. — Л М.) благодарен из того, что вычитал в его сочинениях и вынес из личного с ним общения. Нет надобности быть последователем Льва Николаевича (Танеев имеет в виду „толстовство“ — учение о непротивлении злу насилием и возвращении к естественной жизни на земле, довольно широко в те годы распространившееся. — Л. М.) для того, чтобы испытывать на себе влияние его ясных, простых и живучих мыслей, которые, раз запав вам в душу, очень упорно в ней пребывают, иногда причиняя человеку большое беспокойство тем, что ставят ему требования, превышающие его силы».
Преподавательская деятельность Танеева в консерватории продолжалась вплоть до 1905 года. В стране начались волнения, в том числе и студенческие, которые вылились в революцию. Передовая профессура поддержала студентов. Танеев предложил проект реформы образования, а, получив резкую отповедь директора консерватории В. И. Сафонова, позволил себе резко критиковать его единовластные поступки, хотя вовсе не был сторонником радикализма и революционных действий. Сафонов в ответ обвинил Танеева в желании свести личные счеты, и тем самым сделал невозможным их дальнейшее сотрудничество. Композитор подал заявление об отставке. Несмотря на то, что художественный совет консерватории обратился к нему с официальной просьбой вернуться, решение его осталось непреклонным.
Поскольку тогда же, в связи с поддержкой студенческих волнений, Петербургскую консерваторию также покинули самые видные ее профессора, один из них — Глазунов — послал Танееву телеграмму, в которой говорилось: «Выражая свое сердечное соболезнование Московской консерватории, лишившейся в лице С. И. Танеева ее великого учителя, я в то же время горжусь, что наш список профессоров, протестовавших своим выходом против существующего управления в консерваториях, украсится столь достойным именем». Откликнулся на это событие и Н. А. Римский-Корсаков, также вышедший из состава профессоров: «Дорогой Сергей Иванович! — писал он в открытом письме, опубликованном в нескольких газетах. — По случаю вынужденного ухода Вашего из Московской консерватории не могу не выразить Вам своего глубокого сочувствия как чудесному музыканту, превосходному профессору, непримиримому врагу произвола и неутомимому борцу за правду».