Уложение о единогласии в отправлении церковных служб встретило в Москве упорное сопротивление со стороны некоторых священников. Чрез несколько дней по издании этого уложения гавриловский поп Иван доносил царю (13 февраля 1651 г.), что никольский поп Прокофий, где ни сойдется с ним, говорит: «Заводите-де вы, ханжи, ересь новую, единогласное пение... беса-де имате в себе, все ханжи... и протопоп благовещенский (Вонифатьев) такой же ханжа». А 11 февраля в тиунской избе патриарха, куда обыкновенно сходилось много попов, происходил большой шум: лукинский поп Савва с товарищами кричал: «Мне-де к выбору, который выбор о единогласии, руки не прикладывать, наперед бы-де велели руки прикладывать о единогласии бояром и околничим, любо ли-де им будет единогласие». И когда поп гавриловский Иван заметил Савве и его товарищам, что они презирают устав святых отец, повеление государево и святительское благословение, то они отвечали: «Нам-де хотя умереть, а к выбору о единогласии рук не прикладывать; ты-де, ханжа, еще молодой, уж-де ты был у патриарха в смиренье, а ныне у патриарха в смиренье будешь же». Непокорные, очевидно, рассчитывали на сочувствие им патриарха. Поп же Саввы Стратилата Андрей от лица своих товарищей сказал, «чтоб им с казанским протопопом (Нероновым, ревновавшим о единогласии) в единогласном пении дали жеребей, и будет ево вера права, и они-де и все учнут петь и говорить (единогласно)». Царь приказал произвесть расспрос этим непокорным священникам, и они на расспросе принесли повинную.
В начале 1652 г. пришла государю Алексею Михайловичу благочестивая мысль или, быть может, она подана ему, как думают, хотя неизвестно, на каком основании, митрополитом Никоном, который действительно находился тогда в Москве, – мысль перенести в московский Успенский собор мощи трех Московских святителей, много пострадавших от светских властей за правду и приверженность к вере и отечеству: митрополита Филиппа из Соловецкого монастыря, патриарха Иова из Старицы и патриарха Гермогена из Чудова монастыря. Об осуществлении этой мысли государь совещался 11 марта с патриархом и со всем освященным Собором и в тот же день послал за мощами Иова в Старицу Ростовского митрополита Варлаама с архимандритами, игуменами и другими духовными лицами и своего боярина Михаила Михайловича Салтыкова с стольниками, стряпчими и дворянами, а за мощами святителя Филиппа в Соловки – Новгородского митрополита Никона с разными духовными лицами и своего боярина князя Ивана Никитича Хованского с светскою свитою. Никон повез к святителю Филиппу молебную грамоту от государя, который писал в ней: «Ничто столько не печалит души моей, пресвятой владыко, как то, что ты не находишься в нашем богохранимом царствующем граде Москве, во св. соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы вместе с бывшими до тебя и по тебе святителями, чтобы ради ваших совокупных молитв всегда неподвижною пребывала св. соборная и апостольская Церковь и вера Христова, которою спасаемся. Молю тебя, приди сюда и разреши согрешение прадеда нашего царя и великого князя Иоанна, совершенное против тебя нерассудно, завистию и несдержанною яростию. Хотя я и неповинен в досаждении тебе, но гроб прадеда приводит меня в жалость, что ты со времени изгнания твоего и доселе пребываешь вдали от твоей святительской паствы. Преклоняю пред тобою сан мой царский за согрешившего против тебя, да отпустишь ему согрешение его своим к нам пришествием и да упразднится поношение, которое лежит на нем за изгнание тебя. Молю тебя о сем, о священная глава, и преклоняю честь моего царства пред твоими честными мощами, повергаю на умоление тебя всю мою власть...» Между тем, пока Никон совершал свое путешествие в Соловки за мощами митрополита Филиппа, в Москву принесены были из Старицы мощи патриарха Иова 5 апреля. Здесь встречали их за Тверскими воротами при бесчисленном стечении народа сам царь и патриарх и шли потом за ними до Успенского собора. Патриарх почти всю дорогу плакал и говорил царю: «Вот-де смотри, государь, каково хорошо за правду стоять, – и по смерти слава». А когда мощи Иова принесли в церковь и поставили, патриарх спросил царя: «Кому в ногах у него лежать?» Царь отвечал: «Тут Гермогена положим» (который, значит, еще не был перенесен в Успенский собор). На это Иосиф патриарх молвил: «Пожалуй-де, государь, меня тут, грешного, погребите». И с того самого дня заболел сильною лихорадкою, а чрез десять дней, 15 апреля, в Великий Четверг, скончался в страшных муках, как извещал о том чрез несколько времени со всею подробностию Алексей Михайлович своего любимца Никона, находившегося уже на возвратном пути из Соловецкой обители с мощами святого Филиппа. Мощи эти принесены в Москву спустя почти три месяца по смерти патриарха Иосифа, 9 июля. Здесь встречены были с величайшею торжественностию самим царем, всем освященным Собором и несметными толпами народа и сначала поставлены были на Лобном месте, потом перенесены в Успенский собор, где десять дней стояли посреди церкви, наконец переложены в новую серебряную раку и поставлены на десной стране Успенского собора у придела великомученика Димитрия Солунского.
Патриарх Иосиф, подобно своему предместнику Иоасафу, титуловался только «великим господином», а не «государем» В какой мере уважал его царь Михаил Федорович – сведений не сохранилось. Но молодой государь Алексей Михайлович, которого, еще шестнадцатилетнего юношу, Иосиф венчал на царство и которому едва исполнилось 23 года пред кончиною Иосифа, питал глубокое уважение к старцу первосвятителю. Всего яснее это выразилось в тех письмах, в которых царь (вписывал Никону последние дни и кончину патриарха. Здесь Алексей Михайлович с полною искренностию величал его своим великим отцом и пастырем, великим святителем и государем и рассказывал, как, посетив его, уже больного, целый час дожидался его, государя, в Крестовой, пока его вывели, как целовал его руку, кланялся ему в землю, целовал его в ногу; как по смерти патриарха оплакивал его самыми горькими слезами и «надселся, плачучи»; как после погребения его полторы недели ежедневно ходил в его палаты и сам описывал оставшееся после него имущество, чтобы другие не раскрали всего. В последние свои годы патриарх Иосиф не мог, однако ж, не видеть и не чувствовать, как видели и все в Москве, что благочестивый государь явно предпочитает ему Новгородского митрополита Никона и что по советам этого своего «собинного друга» делает все иногда прямо наперекор воле патриарха, как поступил, например, при введении единогласия в церквах. Скорбь и подозрения запали в душу старца, и под конец своей жизни он постоянно твердил своим приближенным: «Переменить меня, скинуть меня хотят, а будет-де и не отставят, я-де и сам за сором об отставке стану бить челом», – хотя царь Алексей Михайлович, когда Иосиф уже скончался, передавая эти слова его Никону, писал: «А у меня и отца моего духовного, ей, ни на уме того не бывало, и помыслить страшно на такое дело. Прости, владыко святой, хотя бы и еретичества держался (патриарх), и тут мне как одному отставить его без вашего Собору? Чаю, аще и в дальнем ты расстоянии с нами, грешными, едино то ж речеши, что отнюдь того не бывало, чтобы его, света, отставить или ссадить с бесчестием, ты сему помышлению нашему свидетель». Как правитель Церкви Иосиф не оставил о себе доброй памяти. Мы уже замечали, что в самом важном совершавшемся тогда у нас церковном деле – в исправлении и печатании богослужебных книг – он, по свидетельству одного современника, совершенно положился на протопопов – советников Вонифатьева, Неронова и других, и сам нимало о том не заботился. А вот что писали о нем спустя шесть лет после его кончины представители московского духовенства в своей челобитной к государю: «Патриаршая область огромная; иные места верст на 800 от Москвы, и прежде тамошние попы ставились у ближних архиереев – патриарх Иосиф это запретил, желая собрать себе имение, и теперь так остается. Иосиф же попам перехожих грамот давать не велел по городам с десятильнических дворов, а велел давать на Москве из Казенного приказа, хотя обогатить дьяка своего Ивана Кокошилова да подьячих. Перехожая становилась иному беззаступному попу рублей по 6, 7, 10 и 15, кроме своего харчу; волочились недель по 20 и по 30, а иной, бедный, поживет в Москве недель десять и больше, да проест рублей пять-шесть и больше, и уедет без перехожей; многие по два и по три раза для перехожих в Москву приезжали, а без них попадьи и дети их скитались меж дворов». Пристрастие Иосифа к стяжательности обнаружилось пред всеми после его смерти. Одной келейной, т. е. его собственной, казны осталось 13400 рублей с лишком и множество серебряных сосудов, блюд, сковород, кубков весьма ценных да домовой патриаршей казны 15000 рублей. Сам царь, описывавший все это имущество, при всем своем уважении к почившему не скрывал, однако ж, что «он, государь, копил деньги», намереваясь купить себе на них вотчину, что все дары царские, святительские, камки, атласы и всякие приносные он «отдавал в домовую казну, да деньги по оценке за всякий аршин имал в свою келью» и что все служившие при нем и на его патриаршем дворе были «вконец бедны», потому что «он, свет, у них жалованья гораздо много убавил». Никакого завещания о своих деньгах и прочем имуществе патриарх Иосиф не оставил, и царь по своему усмотрению раздал их: на милостыню и выкуп пленных – более трех тысяч, родственникам почившего 800 рублей, в московские монастыри 800 рублей, патриаршего двора всяких чинов людям две тысячи рублей, патриаршим посольским старцам и служилым боярским детям 1200 рублей, Казанскому митрополиту на окуп церковных мест две тысячи, на монастырские и церковные строенья, также в Володимир и в украйные города на сорокоусты и на милостыню более двух тысяч, и пр. «Ни по котором патриархе, – писал царь, – такой милостыни не бывало».