Овладев Феррарой и превратив ее в поле деятельности инквизиции, папство почувствовало свою силу и стало преследовать чисто «материальные» цели, хотя после Тридентского собора оно демонстративно подчеркивало «духовный» характер своей миссии. Сикст V, так часто говоривший о символическом значении микеланджеловского купола, устремлявшегося к небу и не покидавшего землю, сам представлял эту двойственную политику папской власти. Естественно, что успех в отношении Феррары толкал курию продолжать политику в том же направлении, и город Ченеда, находившийся по соседству с Венецианской республикой, стал очередной жертвой Рима.
Расширение папских владений по р. По привело к столкновению с Венецией, отстаивавшей свободу плавания по этой реке и считавшей рыболовство по ней своей монополией. Вскоре эти недоразумения осложнились другими: в Венеции владели огромным имуществом различные ордена и монастыри, они, ссылаясь на папские льготы, не платили налогов и претендовали на ряд привилегий. Не желало подвергаться налоговому прессу и венецианское духовенство, общий доход которого равнялся, по определению венецианских властей, 11 млн. дукатов. После энергичных требований светских властей духовенство согласилось внести лишь 12 тыс. дукатов. Венеция не желала удовлетвориться такой ничтожной суммой.
Были и другие поводы к столкновениям: Венеция славилась тогда своими типографиями и снабжала почти всю Европу печатными произведениями, в огромном большинстве случаев теологического характера. Чрезвычайные запреты папской цензуры, уничтожавшей лютеранские книги, а затем все, что содержало даже малейшие нападки на нравы духовенства, на чрезмерные претензии папства, на его лицемерную, изуверскую и полную противоречий политику, наносили удар одной из тех отраслей производства, которые обогащали Венецию.
Уничтожались сочинения не только таких авторов, которые либо были на подозрении у папства, либо содержали отступление от обязательной линии Рима, но и ортодоксальные произведения, проникнутые чисто католическим духом, не вызывавшие сомнений, также стали постепенно изыматься. Все более и более типографское и книжное дело превращалось в монополию Рима, где участниками книжного дела состояли члены курии, в частности лица, имевшие непосредственную связь с конгрегацией «Индекса». Они материально были заинтересованы в том, чтобы, запретив одни книги, другие разрешить и отменить данное разрешение и внезапно изъять уже поступившую в продажу книгу.
Обострению отношений между Венецией и курией способствовало и то, что республика запретила отчуждать в пользу духовенства какие бы то ни было земли и строить церкви и другие культовые учреждения в пределах Венецианской республики без разрешения светской власти. Вскоре конфликт принял острый характер: апелляция к папе была Венецией запрещена, сторонники Рима (папалисты) устранялись с различных служб и на духовенство накладывались разные повинности. Отправление денежных сумм в Рим контролировалось, равно как собрания духовенства и опубликование булл. То было, по выражению иезуита Беллармина, «языческой тиранией»: «стадо вздумало судить пастуха». Когда монах Паоло Сарпи, поступивший на государственную службу и защищавший интересы Венеции, заявил, что княжеская, светская власть столь же божественного происхождения, как и папская, и что Рим не имеет права отменять государственных законов, поскольку «всякая власть от бога», папа Павел V (1605–1621) отлучил от церкви все высшие органы Венецианской республики, в частности государственных консультантов, одним из которых и был монах Сарпи. Было объявлено, что через неделю в Венеции должно прекратиться, согласно папской булле 17 апреля 1606 г., всякое богослужение: церкви должны быть закрыты, покойников запрещалось хоронить по христианским обрядам и так далее На республику налагался интердикт.
Венецианская республика, где господствующим классом рано стало крупное купечество, вела своеобразную религиозную политику. Пока существовала надежда вытеснить из Византийской империи мусульман, Венеция была настроена «по-христиански» и энергично требовала направлять крестовые походы против «врагов христовой веры», так как, будучи торговой посредницей между Европой и Азией, она особенно страдала от турок, которые одно время не давали возможности вести торговлю по Средиземному морю. Но как только выяснилось, что турки прочно засели в Константинополе и что нет надежды на их изгнание из Малой Азии, Венеция пошла по пути соглашения с «врагом христианского мира» и вступила с Турцией в тесные торговые сношения. С этого момента воинствующее католическое рвение республики испарилось. В 1531 г. сенат постановил, что священник, который дерзнет в церкви произнести проповедь против турок, подлежит немедленному аресту, а несколько позднее сенат торжественно объявил, что во избежание подозрений со стороны турок он никогда не подпишет международного договора, даже косвенно направленного против турок. Эта щепетильная «веротерпимость», вызывавшаяся коммерческими соображениями, не применялась, однако, к православному населению Далмации. Далматинцев Венеция энергично оттесняла от морского берега, который все больше и больше заселялся предприимчивыми торговцами Венецианской республики. Такая же двойственная религиозная политика проводилась и внутри Венеции: иностранцы-торговцы, в особенности немцы, могли открыто исповедовать протестантскую религию и вообще проявлять недружелюбное отношение к Риму. От своих же подданных республика требовала строгого соблюдения религиозных предписаний. Республиканские власти Венеции выдали Джордано Бруно инквизиционному суду, и с полного благословения республики папа покрыл Венецию сетью инквизиционных трибуналов. Подданные республики шли на костер, в то время как проживавшие рядом с ними иностранцы открыто поносили римский фанатизм и порядки римской курии.
Нередко папы жаловались на слишком мягкое отношение венецианцев к проживавшим в республике иностранцам-лютеранам. Но Венеция не только не шла на уступки в этом отношении, но даже переходила зачастую в наступление, указывая, что причина религиозных неполадок лежит в самом Риме, который практикует назначение иностранцев на должности епископов, причем такие епископы обычно не проживают даже в своих епархиях. Сама республика требовала от прелатов, чтобы они прежде всего были патриотами, чтобы интересы Венеции стояли у них на первом плане. «Иностранцы» не должны были назначаться на какие-либо духовные посты в республике. Епископ по требованию республики не только должен был быть венецианцем, но и непременно принадлежать к господствующему классу, к той верхушке крупной буржуазии, которая занимала все высшие места в республике. Семейства Гримани, Пизани, Контарини, Квирини поставляли своих людей как на светскую, так и на духовную службу. В течение почти целого столетия патриархами Аквилеи были члены семьи Гримани, и нередко сенат при освобождении доходного епископского места направлял туда одного из своих деятелей. Разумеется, прелат-патриот должен был прислушиваться больше к Венеции, чем к Риму. На этой почве между республикой и курией происходили резкие пререкания. Венеция требовала, чтобы Рим не слишком «привязывал» к себе венецианцев, и направлявшемуся в столицу мира дипломату республика угрожала суровым наказанием, если он получит из рук папы какой-либо бенефиций. В свое время был дипломат, который во время поездки в Рим получил там кардинальскую шляпу. С ужасом республика говорила тогда о тяжком ударе, нанесенном свободе этим страшным скандалом. Все доходы кардинала были конфискованы; его брату заявили, что если кардинал в течение 20 дней не откажется от своего звания, то он и вся его семья навеки будут изгнаны из Венеции. Кардинал, однако, упорствовал, — через пять лет он стал… папой Павлом II (1464–1471).
На почве обложения духовенства также происходили постоянные трения между Римом и Венецией. В правление Пия V (1566–1572) эти трения приняли особенно острый характер в связи с настойчивыми протестами республики против постоянного вмешательства курии в деятельность судебных органов Венеции. А когда Пий V потребовал в 1567 г. обязательного чтения в церквах в «великий четверг» пресловутой буллы «На вечери господней», то венецианская буржуазия не только запротестовала именем «свободы и власти, данных милостью господа бога», но сумела привлечь к своему протесту и местное духовенство. Пий V, «самый упорный из всех пап», должен был уступить. Его попытка борьбы против государственной церкви, то есть находящейся под контролем государственной власти, на толкнулась на противодействие не только небольших итальянских республик, но и Испании, короли которой были заинтересованы в сохранении надзора за интригами папских агентов на территории Испании.