Два с половиной года пробыл Михаил Федорович в Скиту. Осенью того же, 1890 года, 13 октября, старец Амвросий послал двух скитян в Петербург – монаха, заведовавшего рыбной ловлей на реке Жиздре, и с ним послушника Михаила, как знакомого и с городом, и с обычаями в свете и при Дворе. Дело это происходило следующим образом. «В предшествовавшее этой осени лето, – писал архимандрит Агапит (Беловидов) в своем Жизнеописании старца Амвросия, – на Оптинской монастырской даче такой был удачный лов стерлядей в реке Жиздре, какого никто из старожилов не помнил. Поймано было их не один десяток, величиной около полутора аршина (то есть около 1,8 м. – Сост.). По желанию старца несколько самых хороших отборных стерлядей послано было ко Двору Его Величества, покойного Государя Императора, к 17 октября, памяти избавления от смертной опасности его и всего его Августейшего Семейства (при крушении царского поезда близ станции Борки. – Сост.). Благостнейший Государь так был внимателен к сему оптинскому приношению, что лично изволил принять двух оптинских монахов, посланных по сему случаю, подал им для целования свою царственную руку и сказал им несколько приветливых слов. Когда же монахи сказали Государю, что оптинские старец и настоятель кланяются его Величеству и сами поклонились ему в ноги, тогда и Государь, по глубочайшему своему христианскому смирению, изволил слегка поклониться в ответ на оптинское приветствие и отпустил монахов с миром восвояси». Эта встреча происходила в Гатчине.
Отсюда оптинцы поехали в Кронштадт, к о. Иоанну, день Ангела которого должен был быть через два дня. Ему в подарок посланники старца Амвросия и настоятеля монастыря архимандрита Исаакия повезли также двух огромных жиздринских стерлядей. Вот и Андреевский собор. Когда оптинцы пришли сюда, начиналась Литургия. «Придя в алтарь, – рассказывал впоследствии владыка, – я просил благословения у о. Иоанна, но он отошел от меня, не благословив и не сказав ни слова. Также, когда я вторично подошел к нему, он опять не захотел благословить меня. Только уже на третий раз он спросил меня: "Как ты здесь?" После моего ответа: "За послушание" – не только благословил, но и не мог подобрать слов, чтобы выразить свою радость. Дело в том, что у батюшки многие кронштадтские жители брали благословение идти в монастырь, а потом, когда их одевали в монашескую одежду, возвращались в Кронштадт, где и жили, называя себя монахами. Этого батюшка весьма не любил и, увидев меня и думая, что и я ушел из монастыря самовольно, весьма огорчился».
Старец Амвросий с лета 1890 года находился в Шамординском монастыре. В связи с нездоровьем и сырой погодой он никак не мог выехать оттуда, вернуться в Оптину и оставался там в ожидании перемены к лучшему, в особенности погоды. В Шамордине его навещали оптинцы и все, кому было необходимо его видеть. Он принимал людей, часто и при крайнем изнеможении сил. Навещал его, видимо, и послушник Михаил, может быть, и не раз, так как известно, что о. Амвросий благословил его на поступление вольнослушателем в Московскую Духовную Академию. Благословил на это его и о. Иоанн. В октябре 1891 года старец Амвросий скончался в Шамордине, тело его было крестным ходом перенесено в Оптину Пустынь, и тут состоялись похороны. Послушник Михаил нелегко перенес, как и весьма многие, эту утрату. Еще некоторое время он оставался в Скиту. Здесь пострижен был в рясофор с оставлением прежнего имени.
На Рождество Христово 1891 года прибыл в Скит послушником (его благословил еще при своей жизни на это старец Амвросий) полковник Павел Иванович Плиханков, будущий старец Варсонофий. Возраст и воспитание послушников Павла и Михаила были примерно одинаковы, оба дворяне, военные в больших уже чинах, весьма (в мирском смысле) образованны. И оба устремлены к уничтожению в себе мирского человека, к жизни во Христе, готовы на всякие ради этого лишения. Можно думать, что между ними в Скиту были беседы, не говоря о молитвенном общении. Послушник Павел вел записи (вначале келейные записки, а потом и Летопись Скита). Вот запись его от 1892 года: «Сентября 4-го утром в 4 часа отбыл из Скита для поступления в Московскую Духовную Академию рясофорный монах Михаил Федорович Алексеев, в миру – капитан 1-го ранга Балтийского флота».
10 октября архимандрит Антоний (Храповицкий), ректор Академии, постриг Михаила Федоровича в мантию с именем в честь преподобного Михея, ученика св. Сергия Радонежского. Спустя неделю о. Михей был рукоположен во иеродиакона, а 16 мая 1893 года во иеромонаха. Не только о. Михею, но и большинству студентов нравился ректор своей бескомпромиссной приверженностью к истовому Православию и к традиционному для него аскетизму. К тому же он был одним из самых деятельных монархистов и патриотов России. Его влияние на учащихся было огромно, так как он при глубине своих знаний блестяще владел устной речью. Кроме учебных лекций, он устраивал у себя келейные собеседования, которые очень много полезного дали учащимся. О. Михей не пропустил тогда ни одного такого собеседования. Он во всем сходился во взглядах с архимандритом Антонием.
В 1896 году о. Михей окончил Духовную Академию и был выпущен со званием кандидата богословия. В ближайшие годы он пережил несколько назначений, не дававших нигде в полную силу развернуться. Сразу после выпуска – смотритель Жировицкого духовного училища при одноименном монастыре в Западной Белоруссии. Через полгода, с 4 декабря, синодальный ризничий в Москве и одновременно настоятель храма Двунадесяти Апостолов. Месяца не прошло – настоятель Иосифо-Волоколамского монастыря с возведением в сан игумена, а через два года – в сан архимандрита.
В 1900 году он послан был сопровождать санитарный отряд, который перевозил раненых русских воинов из Китая во Владивосток во время «боксерского» восстания. Пароход «Царица» вышел из Одессы, на пути посетил Цейлон и через Индийский океан достиг Китая. Миссия была выполнена блестяще. Архимандрит Михей получил благодарность Императрицы Марии Феодоровны, покровительницы русского Общества Красного Креста. 2 июня 1901 года новое назначение – настоятелем в херсонский Свято-Владимирский монастырь, основанный знаменитым проповедником и духовным писателем архиепископом Херсонским и Таврическим Иннокентием. Наконец, 2 апреля 1902 года архимандрит Михей наречен был во епископа Сарапульского, второго викария Вятской епархии. Хиротония состоялась в вятском кафедральном соборе св. благоверного князя Александра Невского 19 мая того же года. Так начался славный архиерейский путь владыки Михея, бережно сохранявшего на высоких кафедрах оптинское аскетическое устроение.
В любви к ближнему мало было ему равных среди иерархов; среди множества епархиальных забот он всегда находил время для сбора средств в пользу нуждающихся крестьян, особенно детей. Многие детские приюты получали собранную им помощь. В связи с этими делами у него были встречи и переписка с Великой Княгиней Елисаветой Феодоровной, впоследствии преподобномученицей. Она часто благодарила владыку Михея за помощь не только бедным, но и паломникам в Святую землю и Русской Православной Миссии в Иерусалиме. Позднее они встретились и в Оптиной Пустыни.
В августе 1906 года владыка был перемещен в Волынский край первым викарием к бывшему ректору Московской Духовной Академии, а теперь архиепископу Антонию. Они вместе повели борьбу с унией и вообще католическим влиянием на русских крестьян. Через два года последовало назначение на Архангельскую кафедру. Сбылось предсказание о. Иоанна владыке Михею: «Будешь на родине моей архиереем». В 1909 году владыка приезжал в Петербург на похороны о. Иоанна, а потом, вернувшись в Архангельск, отправился в Суру, на родину великого кронштадтского пастыря, где молился в храме заложенного о. Иоанном женского монастыря. Епархия была огромной – владыка Михей изъездил ее всю, побывал на Соловках и в Печенгской обители, где монахи подвизались в суровых условиях Заполярья.
17 апреля 1912 года состоялось последнее его назначение – епископом Уфимским и Мензелинским. Когда-то подвизался здесь архиепископ Филарет (Амфитеатров), по последней кафедре митрополит Киевский и Галицкий. Им заложены были здесь крепкие основы церковной православной жизни, но край населен был преимущественно «инородцами» – башкирами, татарами, черемисами, среди которых издавна действовали шаманы и отчасти мусульмане. Миссионерство требовало огромных трудов. Владыка Михей немедленно принялся за труды. Он основал Березовско-Богородицкий женский монастырь на Каме, куда Великая Княгиня Елисавета Феодоровна прислала написанный ею образ Христа Спасителя. Уфимское духовное училище также было всесторонне укреплено. Совершались частые миссионерские поездки.
Но здоровье владыки к этому времени пришло в большое расстройство, так что он вынужден был проситься на покой. Синод уволил его на покой в Почаевскую Лавру, но владыка через малое время, в январе 1914 года, добился перемещения, также на покой, в родную Оптину Пустынь. Здесь его приняли с любовью. Наместник отвел ему отдельный корпус, куда владыка перевез свои необходимые вещи и большую библиотеку, которую в начале 1917 года пожертвовал в библиотеку монастыря. «Покой» его заключался, несмотря на слабое здоровье, не в отдыхе и праздности, а в постоянном служении в храме и в собеседовании с братией о духовном. К нему за разрешением многих вопросов постоянно обращались и благочинный, и настоятель, которым тогда был архимандрит Ксенофонт (он скончался 30 августа 1914 года, и настоятелем стал игумен, потом архимандрит Исаакий, будущий священномученик).
