17 апреля 1912 года состоялось последнее его назначение – епископом Уфимским и Мензелинским. Когда-то подвизался здесь архиепископ Филарет (Амфитеатров), по последней кафедре митрополит Киевский и Галицкий. Им заложены были здесь крепкие основы церковной православной жизни, но край населен был преимущественно «инородцами» – башкирами, татарами, черемисами, среди которых издавна действовали шаманы и отчасти мусульмане. Миссионерство требовало огромных трудов. Владыка Михей немедленно принялся за труды. Он основал Березовско-Богородицкий женский монастырь на Каме, куда Великая Княгиня Елисавета Феодоровна прислала написанный ею образ Христа Спасителя. Уфимское духовное училище также было всесторонне укреплено. Совершались частые миссионерские поездки.
Но здоровье владыки к этому времени пришло в большое расстройство, так что он вынужден был проситься на покой. Синод уволил его на покой в Почаевскую Лавру, но владыка через малое время, в январе 1914 года, добился перемещения, также на покой, в родную Оптину Пустынь. Здесь его приняли с любовью. Наместник отвел ему отдельный корпус, куда владыка перевез свои необходимые вещи и большую библиотеку, которую в начале 1917 года пожертвовал в библиотеку монастыря. «Покой» его заключался, несмотря на слабое здоровье, не в отдыхе и праздности, а в постоянном служении в храме и в собеседовании с братией о духовном. К нему за разрешением многих вопросов постоянно обращались и благочинный, и настоятель, которым тогда был архимандрит Ксенофонт (он скончался 30 августа 1914 года, и настоятелем стал игумен, потом архимандрит Исаакий, будущий священномученик).
В Летописи Скита Оптиной Пустыни (не опубликованной до сего времени) отмечалось:
«17 января (1914 года). Скит посетил преосвященный Михей, епископ Уфимский. Начало монашества он полагал в сем Скиту. В настоящее время владыка приехал в Оптину на покой».
«26 января. Литургию в монастыре служил преосвященный Михей».
«Февраль 2. Сретение Господне. Литургию в монастыре служил преосвященный Михей. Вечером владыка посетил старца о. Нектария».
«25 (февраля). Литургию в монастыре служил преосвященный Михей».
«Апрель 6. Светлое Христово Воскресение. Литургию в Казанском соборе служил преосвященный Михей, а в больничной церкви архимандрит Ксенофонт. В Скиту в 7 часов было отслужено бдение, на котором присутствовал владыка».
«7 (апреля). Литургию в Скиту в новом храме служил преосвященный Михей. Пели два хора: монастырский и скитский. После обедни владыка сказал речь, в которой благодарил скитян за оказанную ему любовь».
«25 (мая). День Св. Троицы. Литургию в монастыре служил преосвященный Михей; перед Литургией был царский молебен. В 7 часов в Скиту началось бдение, на котором присутствовал преосвященный Евфимий».
«Май 27. Сегодня в начале 10 часа утра прибыла в Оптину Пустынь Ее Императорское Высочество Великая Княгиня Елисавета Феодоровна. Преосвященный Михей, встретив Ее Высочество во Введенском соборе, сказал краткое приветственное слово».
29 мая владыка Михей с настоятелем и старшей братией после Литургии, на которой Великая Княгиня причастилась Св. Христовых Тайн, посетил вместе с нею Скит, там, в храме Иоанна Предтечи, владыка отслужил краткий молебен о здравии высокой паломницы. Потом она осматривала Скит – библиотеку, трапезную, соборную келью, братское кладбище. Посетила кельи монаха Иова и старца Нектария. 30 мая после вечерни и напутственного молебна владыка Михей сказал Великой Княгине прощальное слово и закончил его земным поклоном. «Момент был в высшей степени трогательный, – писал корреспондент журнала "Русский паломник" (№ 29 за 1914 год). – Великая Княгиня Елисавета Феодоровна также поклонилась до земли. А затем в сопровождении братии и всего народа направилась к парому, где приготовлены были экипажи. Весь путь от собора до парома усыпан был зеленью и цветами. Ее Императорское Высочество Великая Княгиня взошла на паром. Взошли и преосвященный Михей и другие начальствующие лица. Паром тронулся. А братский хор чудно запел величественный догматик пятого гласа: "В Чермнем мори…" Затем возглашено было многолетие. И Великая княгиня, попрощавшись с братией, причем поклонившись в землю настоятелю о. Ксенофонту милостиво раскланиваясь, села в экипаж и изволила отбыть на станцию Козельск».
В Летописи и далее столь же часто отмечаются служения епископа Михея. 16 июня он служил молебен о даровании дождя, и во время крестного хода к Амвросиевскому колодцу разразилась сильная гроза с громом и ливнем. В июле 1914 года началась мировая война. По объявлении мобилизации из Оптинского братства было призвано в армию около 50 человек. Их провожали с любовью. 20 июля в Летописи записано: «По случаю отъезда братии, призванных по мобилизации, преосвященный Михей служил напутственный молебен».
К сожалению, в 1915 году скитская Летопись прервалась: ведший ее в 1914 году рясофорный инок Александр Аваев, офицер запаса, отбыл на действительную службу. С 1 января 1916 года записи продолжил иеродиакон Кирилл (Зленко), будущий исповедник веры. Он отметил, что 7 января владыка Михей уехал в Петроград, а 2 февраля, на праздник Сретения Господня, возвратился и продолжил свои служения. Так, он возглавил торжественное богослужение на Благовещение (25 марта), совершавшееся в монастыре. В Неделю ваий Литургию также совершал он. На Страстной седмице, в Пяток, в Казанском соборе владыка служил великую вечерню и вынос Плащаницы. 10 апреля – «все три службы: утреню, Литургию и великую вечерню совершал преосвященнейший епископ Михей» (за этой Литургией он рукоположил во иеродиакона будущего преподобного – о. Никона).
Владыка Михей с братией встречал в Оптиной в 1916 году будущих мучеников за Христа. Это были Великий Князь Константин Константинович Романов, офицер, приехавший с фронта в краткий отпуск. Сначала он жил в Оптиной инкогнито, но его узнали и подивились его смирению. После его отъезда в Оптину прибыл Великий Князь Димитрий Константинович, дядя предыдущего, – он приехал с племянницей, Великой Княгиней Татьяной Константиновной, муж которой погиб на фронте (она была сестрой Князей-мучеников Константиновичей). Она вскоре примет монашество и будет настоятельницей женского монастыря на Елеонской горе в Иерусалиме.
6 мая запись в Летописи: «Царский день и тезоименитство преосвященного епископа Михея. Служба в монастыре. Литургию совершал сам владыка… Служащие и старшая братия приносили высокому имениннику почтительные поздравления с поднесением просфор. Маститый владыка отвечал всем поздравителям святительским благословением, отечески милостиво благодарил за приветствия. За Литургией следовал торжественный молебен с провозглашением многолетий Государю Императору и всему Царствующему Дому, а также и преосвященнейшему владыке-имениннику Достойно примечания, что празднование преподобному Михею в календарях отмечено 5 мая, тогда как служба преподобному положена на 6-е и отправляется на месте, идеже лежат его мощи, то есть в Троице-Сергиевой Лавре, 6 числа. Согласно сему, и преосвященный Михей празднует день своего Ангела тоже 6 мая».
8 сентября 1917 года владыка Михей произнес в храме слово, в котором, как отметил летописец, «обличал современное шатание умов и пороки, выяснял, какое грозное и страшное время мы переживаем, и призывал к молитве и покаянию во избежание конечного гнева Божия и гибели нашей». В октябре он говорил о том же: «Одна надежда – на Бога и на Преблагословенную Владычицу мира, всегдашнюю покровительницу Земли нашей… Если Господь Бог и Пречистая Богоматерь смилуются над нами, то все благоустроится и изменится на лучшее, но что для этого нужно каяться». 25 декабря, на праздничной Литургии по случаю Рождества Христова, владыка, как сообщает летописец, «по обычаю, обратился к молящимся со словом назидания и утешения ввиду продолжающихся общественных бедствий: призывал к терпению, к покаянию в уповании на милосердие Божие, указал на милость Божию, выразившуюся в восстановлении в Русской Церкви Патриаршества, обратил внимание богомольцев на утешительное нововведение в чин архиерейской службы (в так называемой «выкличке» старейшего диакона после освящения Св. Даров – возносится теперь моление и о предстоящих, "поминающих кийждо о своих си согрешениях"), привел примеры терпения и богоугодной жизни из теперешнего времени и лично ему, владыке, известные и призывал к подражанию им всех присутствующих».
В навечерие праздника Богоявления, в январе 1918 года, в Оптиной служил архимандрит Исаакий, а освящение воды совершал епископ Михей. Иеромонахи обходили в монастыре все здания, кропя их святой водой. 6-го же января, в самый праздник, Литургию служил епископ Михей с отцами Исаакием и Феодосией. 10/23 января этого года безбожная власть обнародовала декрет «Об отделении Церкви от государства и школы от Церкви», который сопровождался рядом инструкций. Местная власть не сразу окрепла, поэтому в обители все шло по-прежнему. Но пришлось для прикрытия создать монашескую сельхозартель, что было не так трудно, так как Оптина имела большое и хорошо налаженное хозяйство. Царская Семья еще в 1917 году Временным правительством была отправлена в ссылку. Владыке Михею весьма горько было сознавать, что среди предателей, нарушивших присягу Царю, причастных к аресту Государя, был одним из активнейших его родной племянник – генерал Михаил Васильевич Алексеев. В июле пришло потрясающее известие о злодейском убиении всех членов Царской Семьи в Екатеринбурге. Царские предатели, пытавшиеся бороться с красными, терпели поражения. Генерал Алексеев со своими белогвардейцами, сражавшимися не за монархию, а за Учредительное собрание, был разгромлен. Сам он в том же 1818 году умер от тифа на Кубани. Божье возмездие настигло его во благовремении.
