На третий день своего пребывания в Царицыне 9 июня Сталин послал Ленину телеграмму, в которой просил выделить 75 миллионов рублей и товары «миллионов на 35» для закупки продовольствия у крестьян, подробнейшим образом перечислив товары, которые им необходимы. Меры, принятые Сталиным, быстро принесли плоды. 24 июня он телеграфировал в Наркомпрод: «Вы знаете из телеграммы № 11, что послано водой полмиллиона (пудов) хлеба, 400 голов скота, 190 тысяч жмыхов на Саратов для Компрода. Сообщаю, что сегодня отправлено на Север из Царицына по железной дороге четыре маршрутных поезда… Сто вагонов хлеба, 200 голов скота. Больше не могу отправить в день за недостатком паровозов и паровозных бригад».
Сталин принимал меры для обеспечения продовольствием не только населения голодающих городов центра России, но и других регионов Советской страны. 17 июня он телеграфировал Ленину: «Несколько десятков тысяч (пудов) хлеба уделили Туркестану (и) Баку». Сознавая значение Баку для Советской республики, Ленин телеграфировал Сталину 7 июля: «Относительно Баку самое важное, чтобы вы были непрерывно в сношениях с Шаумяном». Сталин ответил через два часа: «Сегодня же отправляю в Баку нарочного с письмом. Все будет сделано». Эти и другие документы опровергают лживые утверждения о том, что Сталин якобы не помогал Баку из-за своих старых стычек с Шаумяном. Напротив, Сталин постоянно поддерживал контакт с Баку, в котором оставались его товарищи по подпольной работе. 8 июля он направил письмо председателю Совнаркома Бакинской коммуны С.Г. Шаумяну, в котором изложил суть политики Советского правительства в Закавказье, и заключил его теплым приветствием: «Ну, жму руку. Привет друзьям. И. Сталин».
Однако вскоре положение Бакинской коммуны резко ухудшилось. В своей телеграмме от 20 июля из Царицына Сталин предупреждал Баку: «По последним сведениям народнические фракции Бакинского Совдепа добиваются призвания варягов – англичан, якобы на помощь против турецких захватчиков. Принимая во внимание опыт такой помощи со стороны англо-французов на Мурмане и Дальнем Востоке, можно с уверенностью сказать, что народнические фракции, сами того не сознавая, подготавливают почву для оккупации Баку и его районов… Именем Всероссийского ЦИК и Совета Народных Комиссаров я требую от всего Бакинского Совета, от армии и флота полного подчинения воле рабочих и крестьян всей России… Я требую от Бакинского Совнаркома безоговорочного проведения в жизнь независимой международной политики и решительной борьбы с агентами иноземного капитала, вплоть до ареста членов соответствующих комиссий».
Опасения Сталина сбылись. 25 июля на заседании Бакинского Совета эсеры, дашнаки и меньшевики провели решение о приглашении в Баку английского отряда. В обстановке, когда к Баку с двух сторон подходили отряды турок и англичан, 31 июля Бакинский Совнарком сложил с себя полномочия. Позже Сталин осуждал это решение, заметив, что «бакинские большевики, во главе с Шаумяном и Джапаридзе, оставшись в меньшинстве, сняли с себя полномочия и очистили поле для политических противников». Власть перешла в руки так называемой Диктатуры Центрокаспия – выборного органа Каспийской военной флотилии. «Диктатура» распустила Бакинский Совет, запретила большевистские газеты. 4 августа к пристаням Бакинского порта подошли корабли с английскими войсками. Советские отряды и руководство Совнаркома попытались эвакуироваться в Астрахань, но по пути их пароходы были перехвачены кораблями «Диктатуры Центрокаспия», войска были разоружены, а члены Бакинского Совнаркома арестованы. В середине сентября во время бегства англичан из Баку под натиском турецкого наступления народные комиссары Баку и сопровождавшие их лица были освобождены и снова предприняли попытку прорваться на пароходе в Астрахань, но команда парохода взяла курс на Красноводск, находившийся в руках англичан и местного правительства эсеров.
Очевидно, что судьба бывших соратников очень беспокоила Сталина. Его тревогу разделяли и члены Советского правительства, знавшие лично многих «бакинцев» еще со времен подполья. Впоследствии Сталин писал: «Российское Советское правительство несколько раз обращалось после этого к английскому командованию, требуя освобождения бакинских товарищей и их семей в обмен на пленных англичан, но английское командование каждый раз отмалчивалось». Позже стало известно, что 26 арестованных, среди которых были руководители Советской власти в Баку С. Шаумян, М. Азизбеков, П. Джапаридзе, И. Фиолетов, М. Везиров и многие другие товарищи Сталина по Бакинскому комитету большевиков, были 20 сентября 1918 года расстреляны под Красноводском.
Хотя расстрел был осуществлен солдатами, находившимися в подчинении «Диктатуры Центрокаспия» во главе с правым эсером Фунтиковым, загадкой остается, кто был главным инициатором казни «бакинцев». Сам Фунтиков и расследовавший дело «26 бакинских комиссаров» представитель партии эсеров В. Чайкин упорно доказывали, что решение о расстреле было принято под давлением английских интервентов во главе с генералом У. Маллесоном и начальником штаба английских экспедиционных сил генералом Р. Тиг-Джонсом. Англичане, в том числе потомки генералов экспедиционного корпуса, до сих пор отрицают причастность британских генералов к казни «26 бакинских комиссаров». Если это так, то расстрел «бакинцев» во главе с С. Шаумяном мог быть следствием давнего стремления влиятельных международных сил уничтожить членов Бакинской коммуны. Среди них были владельцы иностранных компаний, сделавшие капиталовложения в Баку и его окрестности, например сэр Генри Детердинг, хозяин «Роял Датч Шелл».
Расправа над 26 бакинскими комиссарами лишила Сталина многих политических соратников, вместе с которыми он вел борьбу за возрождение партии. О том, насколько «бакинцы» много значили для Сталина, свидетельствовали не только особые почести, которые в сталинскую эпоху воздавали погибшим, но и стремление Сталина в дальнейшем активно опираться в своей государственной деятельности на бывших членов БК (прежде всего Г.Е. Орджоникидзе), на уцелевших комиссаров Бакинской коммуны (таким был А.И. Микоян) и других «бакинцев».
Те, кто утверждает, что Сталин мог, но не захотел спасать Баку, не учитывают, что еще до того, как судьба его товарищей оказалась под угрозой, на Царицын началось наступление белых и Сталин физически не имел возможности выделить вооруженные силы для спасения Бакинской коммуны. 10 июля в письме Ленину Сталин писал, что «вопрос продовольственный естественно переплетается с вопросом военным». Он требовал от Ленина «аэропланов с летчиками, броневых машин, шестидюймовых орудий», предупреждая, что иначе «Царицынский фронт не устоит». Так уполномоченный по делам продовольствия Сталин оказался втянутым в военные действия Гражданской войны.
