Трудности войны усугублялись несоответствием реалий Гражданской войны навыкам ведения боевых действий, которые были приобретены военными в ходе позиционной мировой войны 1917—1918 годов и даже Русско-японской войны 1904—1905 годов. Немногочисленное и плохо вооруженное войско не могло прикрывать фронт. Вся белоказачья Донская армия генерала П.Н. Краснова насчитывала 27 тысяч штыков,30 тысяч сабель, 175 орудий, но почти половина этой армии действовала на Поворинско-Воронежском направлении (здесь общая длина фронта достигала 300 км). Белым силам на Царицынском фронте длиной примерно 170 км противостояли части Красной Армии, насчитывавшие 35 тысяч штыков, 3 тысячи сабель, около 100 орудий. Последние представляли собой разрозненные отряды, лишенные централизованного командования. (Для сравнения: в ходе Ляоянского сражения 1905 года на фронте в 60 км 152 тысячам русских противостояло 130 тысяч японцев; у русских было 606 орудий, у японцев – 508.)
Вследствие того, что позиционная война стала невозможной, военные действия приобрели маневренный характер. Об этом впоследствии писал С.М. Буденный: «Это была война на широких просторах с весьма условной линией фронта, бои велись за наиболее важные города, железнодорожные узлы, села; всегда существовала возможность обхода, охвата, удара по флангам и тылам». Поэтому история Гражданской войны изобилует рассказами о том, как белые или красные неожиданно врывались в города, села и на железнодорожные станции, где, и не подозревая о такой возможности, захватывали врасплох многочисленные части противника. Порой то белые, то красные солдаты и даже командиры внезапно появлялись с гранатой или револьвером в руках в штабном вагоне противника и принуждали растерявшихся врагов к сдаче.
Гражданская война требовала сочетания современного военного искусства с традиционными приемами партизанской борьбы. Поэтому на протяжении значительного периода войны не прекращались конфликты между сторонниками «партизанщины» и военными специалистами, служившими в частях Красной Армии. Не имевший никакого военного образования и никогда не служивший в армии, но написавший немало обзоров о ходе военных действий во время Балканских войн 1912—1913 годов и Первой мировой войны, председатель Реввоенсовета республики Троцкий всячески старался привлекать в Красную Армию военных специалистов. Как и Троцкий, Сталин никогда не служил в армии, он имел лишь опыт подготовки вооруженных восстаний, поэтому ему пришлось с азов осваивать военное искусство. Однако Сталин не только сам учился, но и призывал других командиров учиться у военспецов. В то же время, в отличие от Троцкого, он понимал существенное отличие Гражданской войны от боевых операций в ходе международных конфликтов, а потому прислушивался к мнениям командиров красных отрядов, уже повоевавших с белыми. Различия в отношении к военспецам и красным командирам стали причиной нового конфликта между Сталиным и Троцким.
Сталин активно выступал против людей, которых направлял Троцкий на Царицынский фронт. Он писал Ленину: «Если Троцкий будет не задумываясь раздавать направо и налево мандаты Трифонову (Донская область), Автономову (Кубанская область), Коппе (Ставрополь), членам французской миссии (заслуживающим ареста) и т. д., то можно с уверенностью сказать, что через месяц у нас все развалится на Северном Кавказе и этот край окончательно потеряем… Вдолбите ему в голову, что без ведома местных людей назначений делать не следует, что иначе получается скандал для Советской власти». Не дожидаясь соответствующих разрешений Ленина, Сталин сообщал, что будет «сам, без формальностей свергать тех командиров и комиссаров, которые губят дело», несмотря на то, что такие действия были прерогативой председателя Реввоенсовета Л.Д. Троцкого. Он предупреждал, что будет действовать так, как «мне подсказывают интересы дела, и, конечно, отсутствие бумажки от Троцкого меня не остановит».
Правомерность недовольства Сталина военными специалистами, командированными Троцким, во многом подтвердилась после измены бывшего полковника Носовича, присланного в Царицын с мандатом Троцкого. Являясь начальником штаба округа, Носович стал организатором разветвленного заговора с целью захвата Царицына белыми. Носовича арестовали вместе с другими заговорщиками, но он был освобожден по распоряжению Троцкого, и ему удалось вскоре сбежать к белым.
Уже находясь у белых, Носович признавал огромную роль Сталина в обеспечении обороны Царицына. Он писал: «Надо отдать справедливость ему, что его энергии может позавидовать любой из администраторов, а способности применяться к делу и обстоятельствам следовало бы поучиться многим. Постепенно… Сталин стал входить во все отделы управления городом, а главным образом в широкие задачи обороны Царицына, в частности, и всего кавказского, так называемого революционного фронта вообще».
Судя о деятельности Сталина в Царицыне лишь по его телеграммам и письмам, направленным Ленину, Волкогонов утверждал, что «для большинства телеграмм Сталина характерно отсутствие глубоких обобщений, политических оценок, прогнозов. Они… сугубо эмпиричны». (Трудно себе представить, как можно давать «глубокие обобщения, политические оценки и прогнозы» телеграфным стилем.) Ф. Раскольников, который, в отличие от Д. Волкогонова, был очевидцем деятельности Сталина в Царицыне, в своих воспоминаниях подчеркивал, что Сталин блестяще и глубоко разбирался в сложной обстановке не только вокруг Царицына, но и на всем Северном Кавказе: «Я был поражен, когда оказалось, что Сталин знает все: и перипетии новороссийской борьбы между сторонниками и противниками потопления флота, и сопротивление руководителей Черноморско-Кубанской Республики, и категорические приказы московского центра». По словам Раскольникова, «Сталин был в Царицыне всем: уполномоченным ЦК, членом Реввоенсовета, руководителем партийной и советской работы». В то же время, как подчеркивал Раскольников, «все вопросы он, как всегда, решал коллегиально, в тесном контакте с местными учреждениями, что импонировало им и еще больше усиливало его непререкаемый авторитет».
В борьбе против Троцкого Сталин опирался на местных руководителей Царицына во главе с С.К. Мининым. В то же время Сталину пришлось проявлять немалую гибкость для того, чтобы обеспечить взаимодействие между Мининым и другими царицынскими руководителями, с одной стороны, и остатками 5-й Украинской армии, пробившимися в начале июля из Донбасса к Волге, – с другой. По словам Буденного, Минин «недружелюбно относился ко всем пришлым, нецарицынским». Это привело к тому, что, зная о тяжелом положении частей Ворошилова, Минин «не выступил на помощь им и даже не организовал надежную охрану моста через Дон, что уже граничило с преступлением». Сталин знал Ворошилова с Объединительного съезда партии 1906 года и мог рассчитывать на его поддержку, особенно в вопросе о военспецах, так как Ворошилов активно выступал против предоставления военспецам командных должностей. В то же время Сталину было нужно обеспечить сотрудничество Ворошилова и других красных командиров с квалифицированными военными специалистами, которых возглавлял бывший генерал-лейтенант царской армии А.Е. Снесарев.
