Муравьев обратил внимание на то, что, улучшая нравственный и материальный быт крестьян и горожан, польская шляхта и ксендзы по-прежнему оказывают влияние на подвластных ему людей.
Поддерживая повсюду православие, русские школы, привлекая и евреев, дотоле чуждых русскому делу и русской грамоте, Муравьев заметил, что три польских общества действуют против его постановлений, по-прежнему в форме благотворительности внушают населению проповеди католического духовенства, распространяют влияние латинской пропаганды. Общество трезвости, Общество винцентинок во главе с фанатичной Бучинской и общество госпожи Домбровской, действовавшие под видом благотворительных обществ, на самом деле собирали средства для Польского восстания. Все эти три общества были распущены, дома взяты в казну, главные организаторы были высланы во внутренние губернии России.
«В Северо-Западном крае, благодаря крутым мерам, принятым М.Н. Муравьевым, – вспоминал Д.А. Милютин, – не было уже и помина о мятеже, о каких-либо шайках или революционных попытках. Всякие польские затеи были подавлены; все присмирело. Также было тихо и в Августовской губернии, временно перешедшей под железную руку Михаила Николаевича и не менее энергического исполнителя его распоряжений генерала Бакланова.
Генерал Муравьев, строго карая деятельных участников бывшего мятежа, высылал из края тех поляков, которые за неимением явных улик не могли быть подвергнуты уголовному преследованию. Очистив край, сколько было можно, от таких вредных личностей, он вместе с тем обуздывал остававшихся на местах польских панов тяжелыми контрибуциями и штрафами. В то же время искоренялось все польское и принимались меры к восстановлению русской народности. В этом отношении он нашел деятельную помощь в преосвященном архиепископе Литовском и Виленском Иосифе, который старался вывести в среде православного населения (большей частью бывшего униатского) следы католического влияния, как, например, молитвенники на польском языке; внушал, чтобы носили на себе православные кресты и т. п. Генерал Муравьев обратил также внимание на народные школы и между прочим заводил русские школы для еврейских детей» (С. 427). Но это было лишь начало тех преобразованй, которые наметил Муравьев.
Он попросил аудиенции у императора и вскоре был принят. Муравьев подробно изложил положение в Северо-Западном крае, мятеж задушен, восставших нет в крае, но возникло очень много проблем, которые можно решить только по императорскому волеизъявлению. Затишье кажется лишь временным; католические князья весьма сожалеют о восстании и готовы поднести всеподданнейший адрес императору, а втайне плетут интриги против императорской власти; помещики вроде бы соглашаются с работой проверочной комиссии, которая отделяет крестьян от помещиков в разделе земли, но это только одна видимость, интриги и клеветнические доносы так и сыплются в сторону членов комиссии, называют их революционерами, социалистами. А в Петербурге этим нелепым слухам и клеветническим доносам только и верят, порождая совершенно нелепые слухи о Северо-Западе. Тем более что Муравьев слишком откровенно выселял подозрительных поляков из края, разрешал покупать освободившуюся землю русским землевладельцам, но в Петербурге всячески мешали проводить такие реформы. Министр внутренних дел Валуев, шеф жандармов князь Долгоруков и князь Суворов всеми способами противодействовали предложениям Муравьева. В марте 1864 года Александр Второй издал указ, по которому можно было получить ссуду на покупку казенной или конфискованной земли в Северо-Западном крае, но это лишь чуть-чуть решило проблему. Противодействие высших руководителей царского правительства порой вызывало ярость Муравьева за это явное полонофильство. Муравьев заметил, что императора уже обработали его недруги, император был любезен, но принял его доклад сдержанно, даже сухо. Муравьев, увидев эту сдержанность, объявил, что если не будут приняты правительством его предложения, то он слишком уже стар, болен, нужно отдохнуть и полечиться за границей, если не будут утверждены его предложения по искоренению влияния поляков в его крае. Император поручил ему представить Записку о положении в крае и дать свои предложения. Вскоре Муравьев представил Записку о некоторых вопросах по устройству Северо-Западного края, в которой Муравьев предлагал усилить образование «в духе православия и русской народности», умерить влияние католического и увеличить влияние православного духовенства, устроить быт крестьян, привлечь русских чиновников на высшие административные должности в крае. (Русский архив. 1885. № 6. С. 186–197).
Эту Записку Муравьев написал для того, чтобы обозначить новый этап своей деятельности; правительственные круги, особенно антимуравьевская партия, вздохнули с облегчением, Петербургу не угрожает французский 30-тысячный десант, о котором так явственно еще недавно говорили, теперь опять можно поговорить о quasi-гуманности, о сердобольности к несчастным полякам, которые безжалостно вырезали и застрелили сотни, тысячи русских верноподданных.
Одного за другим Муравьев выхватывал вождей восстания, Калиновский скрывался под псевдонимом Витольд Витоженец и некоторое время был недоступен для ареста, второстепенные участники были пойманы и сидели в тюрьме, дожидаясь суда; в Ковенской губернии, населенной фанатическими католиками, Муравьев обратился к епископу Волончевскому, чтобы он склонил поляков сложить оружие, он обратился к населению, мятеж уменьшился, но оставался неуловимым ксендз Мацкевич, ловкий, деятельный, умный фанатик, его отряды то и дело разбивали, но он снова собирал отряды, а после их разгрома неожиданно исчезал, но снова собирал отряды… Только в конце ноября 1863 года он, исчерпав свои возможности, решил скрыться за границей, но был схвачен под самым Неманом со своим адъютантом и казначеем, состоялся военный суд и по приговору суда был в Ковне повешен. Вскоре в Минске был обнаружен новый центр восстания, где арестовали главного распорядителя восстания в Литве Константина Калиновского, после приговора военного суда был казнен в Вильно.
На приеме у императора Михаил Николаевич Муравьев подробно рассказал о главных направлениях своей деятельности:
– Ваше величество, я знаю о том, что некоторые наши министры ужасаются оттого, что я вдохнул нравственные силы в крестьянскую душу, я уменьшил древние права польской аристократии, у которых нет настоящего патриотизма, а есть лишь влечение к своеволию и угнетению низших классов. Я обложил помещиков 10 процентами от сбора за поддержку восстания и укрывательство мятежников в своих мызах. У вас, в Петербурге, поднялась целая волна протестов, а ведь крестьянам грозило полное обезземеливание, почему-то это не вызывало никаких протестов. Очень хорошую работу проводит группа Николая Милютина, крестьяне вздохнут свободнее, хотя я и сам крепостник, но там я отчетливее понял душу крестьянскую…