В ожидании суда и неминуемой казни Гош провел в якобинском застенке более 4 месяцев, но до него очередь так и не дошла. Государственный переворот 9 термидора (27—28 июля 1794 года), положивший конец кровавой якобинской диктатуре, принес ему свободу (август 1794 года). Робеспьер и его сподвижники, обрекшие на смерть многие тысячи своих явных и мнимых врагов, сами завершили свой земной путь на эшафоте.
Находясь в тюрьме, Гош, как и подобало солдату, не раз смотревшему в лицо смерти, проявил завидное хладнокровие. Почти все время он посвящал изучению военно-научных и военно-исторических трудов, совершенствуя свои военные знания. Тюрьма умерила его заносчивость и научила быть более осторожным, терпеливее относиться к людям.
В сентябре 1794 года Гош был назначен командующим одной из группировок войск, действовавших против мятежников (шуанов) в Вандее, Нормандии и Бретани. На этом посту он проявил себя с новой стороны. До сего времени ему приходилось действовать лишь в роли военачальника, сражавшегося с внешним врагом, теперь же он должен был действовать против врага внутреннего, в условиях гражданской войны. И Гош справился с новой для себя задачей превосходно. Прежде всего он заявил о себе как осторожный политик и умный военный администратор. Решительно преследуя отряды мятежников, роялистов и английских агентов, он в то же время прилагал максимум усилий, чтобы, не применяя массовых карательных акций, усмирить возбужденную ими основную массу народа, проявлял благоразумие, великодушие и гуманность в сочетании с необходимой осмотрительностью. Свои войска он разделил на несколько отдельных отрядов (т. н. «подвижные колонны»), которые, действуя быстро и решительно с разных направлений, рассекали силы противника и громили его по частям. Одновременно в охваченных восстанием районах проводилось разоружение населения и принимались меры к изоляции этих районов от внешнего мира (Англии и эмигрантов).
27 июня 1795 года 5-тысячный десант эмигрантов-роялистов, высаженный с английских кораблей, занял полуостров Киберон (Бретань) и приступил к закреплению на нем. На соединение с ним направились отряды шуанов общей численностью 10 тыс. (по другим данным 16 тыс.) человек, возглавляемые своими предводителями. Обстановка в западных районах Франции резко осложнилась. Но Гош действовал смело и решительно. Он быстро выдвинул все свои оказавшиеся под рукой силы (до 6 тыс. человек) к полуострову Киберон и блокировал закрепившийся там вражеский десант, силы которого после соединения с шуанами возросли почти до 20 тыс. человек. В бурную ночь 20 июля войска Гоша штурмом овладели фортом Пентьевр, находившимся на перешейке и закрывавшим вход на полуостров. 21 июля весь полуостров был очищен от противника. Большая часть вражеского десанта, получившего в ходе операции подкрепление (1,5 тыс. эмигрантов), была уничтожена. Основная масса шуанов разбежалась. Около 2 тысяч роялистов сумели спастись на английских кораблях, но свыше 700 человек во главе с графом Сомбрелем, окруженные республиканскими войсками, были вынуждены сложить оружие. По приказу Директории все взятые в плен роялисты были расстреляны. Эта акция произошла, несмотря на резкий протест Гоша, обещавшего от имени Республики при заключении капитуляции сохранить роялистам жизнь. Вскоре на острове Дье, вблизи побережья Франции, высадился новый десант роялистов, возглавляемый графом д’Артуа (брат казненного короля Людовика XVI). Ободренные этим шуаны снова взялись за оружие. К этому времени все три группировки республиканских войск (Шербурская, Брестская и Западная), действовавшие на западе Франции, были объединены в одну армию под командованием Гоша. Переправившись на левый берег Луары и выдержав там ряд жестоких боев с вандейцами, он быстро разгромил их основные силы и подавил восстание в самом начале, не дав ему распространиться на другие провинции. Граф д’Артуа, узнав об этом, так и не решился высадиться на материк и возвратился в Англию. Руководители восстания Ф. Шарет и Стофле были взяты в плен и расстреляны. Лишившись своих предводителей и поддержки извне, Вандея смирилась.
После этого, желая отомстить Англии за ее вмешательство в гражданскую войну во Франции, Гош предложил Директории организовать военную экспедицию в Ирландию, где началось восстание против англичан. План высадки французского экспедиционного корпуса в Ирландии Директорией был одобрен. Возглавить ее было поручено Гошу. Кстати, идея высадки десанта на Британские острова давно вынашивалась главным стратегом республики Карно — это была его заветная мечта. Поэтому в его лице Гош нашел своего верного союзника. Преодолев большие организационные и разного рода другие трудности, 14 декабря 1796 года Гош во главе 18-тысячного десантного корпуса вышел из Бреста в открытое море. Но начавшаяся вскоре сильная буря рассеяла его эскадру. Тем не менее основная ее часть все же через несколько дней достигла берегов Ирландии. Однако командующий эскадрой адмирал Бувэ не решился без Гоша произвести высадку и возвратился во Францию. Прибывшему через некоторое время в залив Бэнтри на фрегате «Fraternite» Гошу ничего не оставалось, как последовать за своей эскадрой. При возвращении назад он едва избежал гибели или плена, лишь чудом сумев ускользнуть от преследовавших его английских крейсеров. Прибыв в Брест, Гош был вынужден доложить Директории о том, что в результате неблагоприятного стечения обстоятельств Ирландская экспедиция закончилась провалом.
В начале 1797 года Гош был назначен командующим Самбро-Мааской армией (70 тыс. человек). К моменту вступления Гоша в командование этой армией она располагалась на Рейне, в районе Дюссельдорфа, Кобленца. Боеспособность ее находилась на крайне низком уровне, дисциплина как таковая почти полностью отсутствовала. По определению самого Гоша, армия представляла собой «сборище разбойников». Энергичными усилиями он за 2 месяца изменил ее до неузнаваемости и 17 апреля 1797 года перешел в наступление. Переправившись через Рейн севернее Кобленца, Гош нанес австрийцам поражение при Нойвиде, затем под Альтенкирхеном и стремительно двинулся на Франкфурт-на-Майне. Однако его успешное наступление было остановлено на реке Лан известием о заключении генералом Наполеоном Бонапартом Леобенского перемирия (18 апреля 1797 года).
В июле 1797 года Директория предложила Гошу пост военного министра, но он отверг это предложение, сославшись на чисто формальные обстоятельства — недостижение им установленного для министров 30-летнего возраста. На самом же деле причина заключалась в ином: Гош чувствовал растущее недоверие к себе Директории (результат интриг его старого врага и завистника Пишегрю, возглавлявшего теперь нижнюю палату французского парламента, — Совет пятисот) и предвидел непрочность своего положения на новом посту.
