30 мая они ворвались в Кремль. Царица Наталья Кирилловна вывела на крыльцо дворца царя Петра и царевича Ивана и показала их стрельцам живых и невредимых. Сам Иван успокаивал мятежников, говоря, что его никто не изводит и что ему не на кого жаловаться. Однако стрельцы не успокоились. «Кремлевский дворец, – по определению историка В. О. Ключевского, – превратился в большой сарай, по которому бегали и шарили одурелые стрельцы, отыскивая Нарышкиных, а потом буйствовали по всей Москве, пропивая добычу, взятую из богатых боярских и купеческих домов». Стрельцы предъявили правительству ультиматум: выдать на расправу Матвеева, восемь Нарышкиных и неугодных военных командиров. Царица-регентша Наталья Кирилловна и ее помощники растерялись, а восставшие стрельцы учинили погромы и расправу над начальниками. Погибли Матвеев, князья Михаил и Юрий Долгорукие, Афанасий и Иван Нарышкины, Ромодановский, фаворит царя Федора Иван Языков, начальник Посольского приказа Ларион Иванов и еще несколько начальников стрелецких полков. В Судном и Холопьем приказах бушевавшая толпа уничтожила все кабальные акты. Стрельцы призывали холопов поддержать их, обещая дать волю и «уставить правду». Но холопы не поддержали стрельцов, а говорили: «Лежать вашим головам на площади; до чего вы добунтуетесь? Русская земля велика, вам с ней не совладать». Современники отмечают, что 10-летний Петр достаточно спокойно наблюдал за происходящим в Кремле. Он не плакал, не прятался, а просто крепко держался за руку матери, возможно, думая о будущей мести стрельцам. (Но вот что удивительно: холопов в столице было больше, однако бояре не решились призвать их на борьбу со стрельцами.)
По желанию стрельцов первым царем объявили Ивана Алексеевича, Петра – вторым царем, а Софья, их сестра, вскоре стала регентшей при них. Таким образом, движение стрельцов, начавшись как солдатский протест против условий службы, превратилось в организованное выступление в пользу одной из боровшихся за власть дворцовых группировок. Наступило двоецарствие и началось правление Милославских во главе с Софьей. Все недруги и противники Милославских были убиты или сосланы далеко от столицы. Во главе стрелецкого войска встал сторонник Милославских Иван Андреевич Хованский.
В литературе образ Софьи выведен неоднозначным, противоречивым. По одной версии, она была обязана своим возвышением ходу событий, сумев разумными уступками успокоить мятежных стрельцов, и власть как бы сама далась ей в руки в награду за это. По другой версии, которая исходит из лагеря противников, Софья является коварной интриганкой, одаренной необузданным властолюбием и не останавливающейся перед злодейством. При помощи своих агентов она разжигала стрелецкое движение и руководила им с целью погубить группу Нарышкиных и проложить себе дорогу к власти. Конечно, обе версии страдают односторонностью и требуют своего дальнейшего подробного изучения.
Софья отличалась властолюбием; ее влекло к крупной политической роли, к господству. Все семь лет правления она чувствовала себя полновластной хозяйкой и хотела даже венчаться на царство. Софья – «принцесса великого ума и великой политики». Она получила блестящее для своего времени образование. Софья хорошо знала современную церковную литературу на русском и польском языках и считалась ценительницей и покровительницей киевской богословской школы. Француз Невилль говорил: «Насколько ее стан широк, короток и груб, настолько ее ум тонок, остер и политичен, и хотя она никогда не читала Макиавелли, она самостоятельно усвоила все его правила».
Софья возглавила придворную партию Милославских и их сторонников, пришедших к власти. Она направляла действия правительства, которое возглавил князь В. В. Голицын. По мнению авторов «Выбирая свою историю…», «Первый министр царевны князь Василий Голицын много потрудился для создания коалиции европейских стран для борьбы с Османской империей. По сообщениям дипломатов, князь готовился создать регулярную армию, ликвидировать государственные монополии и даже отменить крепостное право. Голицын стал и первым из плеяды официальных фаворитов при “дамских персонах”».
Благодаря В. Голицыну Софья умело и последовательно овладела положением в столице; с помощью дворянского войска, собранного вокруг Москвы, заставила капитулировать восставших. Стрельцам выплатили долги. От них принимали челобитья на своих командиров и наказывали последних. В 1683 г. последовал указ возвращать бывшим владельцам беглых холопов и бить их кнутом.
Немного успокоив низы, правительство не смогло разрешить противоречий в социальных верхах. Нарышкиных хотя и отстранили от дел, но не уничтожили. Уцелели и боярские круги, враждебно относящиеся к Милославским. Назначение начальником Посольского приказа, а фактически – руководителем правительства Василия Васильевича Голицына вызывало в кругах аристократии нескрываемое недовольство. Не мог симпатизировать правительству и патриарх Иоаким: Софья и Голицын не поддержали его в спорах с Сильвестром Медведевым, который активно выступал в защиту киевской богословской школы. (Киевские богословы, в отличие от Москвы, лояльно относились к католикам). У знати вызывало недовольство и поведение царевен. По Москве распространялись слухи, что «царевна Софья – блудница и живет блудно с боярами, да и другая царевна, сестра ее, и бояре ходят к ним, и ребят те царевны носят и душат, а иных на дому кормят». Масла в огонь подливали слухи о желании Софьи венчаться на царство. Все это, как снежный ком, летящий с горы, обрастало новыми и новыми слухами и в конечном счете должно было привести к падению правительства Софьи. И это произойдет через некоторое время. А сейчас пора возвратиться к Петру.
После подавления выступления стрельцов царевна Софья с братом Иваном возвратились в Кремль. Наталья Кирилловна с детьми поселяются во дворце в царском селе Преображенском. Живут они на средства, выделяемые царевной Софьей. Тайком Наталья Кирилловна получала помощь от патриарха, Ростовского митрополита и Троицкого монастыря. Конечно, этих средств не хватало для царской жизни. Во дворце царила тягостная тишина. Придворные, отстраненные от трона, ходили с печальными лицами, высказывали горькие, злобные речи в адрес правительницы и ее сторонников. В такой обстановке, конечно же, мало кто мог думать о продолжении обучения мальчика. Между тем, начальные знания Петра необходимо было закрепить и развить. Мы уже говорили, что он хорошо усвоил азы грамотности: чтение и письмо. Предстояло продолжать, как это делали его старшие сестры и братья, изучать новые предметы: грамматику, пиитику, риторику, диалектику и философию, латинскую и греческую грамоту и, вероятно, польский язык. Но события 1682 года все перевернули в жизни Петра. Киевские ученые-монахи, которые жили в Москве и могли дать ему знания по этим предметам, состояли в дружбе с царевной Софьей, поэтому царица Наталья не допускала их к Петру и не учила его. Сестра Софья, в свою очередь, не имела желания заботиться об образовании нелюбимого брата. Десятилетний Петр практически был предоставлен сам себе. Скука, которую испытывал любознательный мальчик в Преображенском дворце, вывела его на просторы села Преображенского. По определению историка В. О. Ключевского, «никем не руководимый, он начал здесь продолжительную игру; какую сам себе устроил и которая стала для него школой самообразования, а играл он в то, во что играют все наблюдательные дети в мире, в то, о чем думают и говорят взрослые. (О военном деле.)»