На устроенном в его честь приеме эрцгерцог похвалил общество за «религиозную и патриотическую работу». Наиболее значительные протесты вспыхнули в Венгрии, где протестанты составляли значительную часть населения. Франц Иосиф был в ярости. В письме, адресованном племяннику, он писал, что такой поступок создал угрозу для внутреннего спокойствия империи, считая такую позицию «чрезвычайно неблагоразумной». Император был в таком бешенстве, что отдал распоряжение, запрещающее кому-либо из членов императорской семьи брать на себя какое-либо покровительство без его предварительного согласия.
Люди утверждали, что виновницей всего являлась София, которая надеялась использовать поддержку церкви для обретения собственной власти. Однако опасения, что эрцгерцог был лишь пешкой в руках католической церкви, не подтвердились. Франц Фердинанд однажды сказал: «Я не пошел бы на разрыв отношений со Святым Отцом даже в том случае, если бы он попытался использовать свои церковные полномочия против моих убеждений».
Большинство общественно-политических альянсов Франца Фердинанда также могло рассматриваться как достаточно спорные. Он восхищался Карлом Люгером, популярным венским бургомистром, чьи призывы к национализму и явному антисемитизму снискали ему популярность среди большой части горожан, в том числе у молодого Адольфа Гитлера. Люгер был достаточно противоречивым человеком, выражающим антисемитские взгляды, чтобы завоевать голоса избирателей, а в дальнейшем было несколько друзей-евреев. Франц Фердинанд был подвержен определенным антисемитским взглядам; для него они в меньшей степени были связаны с вопросом религии, эрцгерцог восхищался преданностью евреев своим ортодоксальным убеждениям, но предполагал, что за их внешней лояльностью скрываются заговоры, националистические, консервативные и антикатолические стремления. Но прежде всего он любил Люгера не за его антисемитизм, а потому, что мэр проповедовал близкие ему антивенгерские взгляды и обличал венгерский экстремизм.
Большую часть своей политической энергии Франц Фердинанд сосредоточил на своем секретариате, знаменитом Militärkanzlerei, или Военной канцелярии, в которой создавались и обсуждались политические планы, призванные быть реализованными в ближайшем будущем. Военная канцелярия располагалась в Нижнем Бельведере в Вене и со временем стала высокоэффективным учреждением, созданным для того, чтобы предоставлять эрцгерцогу необходимые консультации по военным и политическим вопросам, когда он вступит на престол. В сущности, это открывало для Франца Фердинанда путь к окончанию его образования и давало возможность познакомиться с идеями и тенденциями вне официальных источников. Его беспокоило то, что очень часто министры правительства представляли «только односторонний и ненадежный взгляд на реальное положение дел». Собирая различные мнения и знакомясь с аналитическими отчетами лучших умов страны, он рассчитывал выработать собственное мнение, «независимое от точки зрения правительства Франца Иосифа».
Майор Александр Брош фон Аренау родился в 1870 г. и был отпрыском аристократического рода. Он стоял во главе канцелярии и действовал как главный адъютант эрцгерцога. Будучи интеллигентным и тактичным, майор как доверенное лицо эрцгерцога обладал доступом ко всем официальным документам и бумагам. Ранее император пытался держать племянника в некоторой изоляции и отказывался предоставлять правительственные документы. Но Брош настаивал на том, что канцелярия должна получать все бумаги, а не только те, которые Франц Иосиф считал целесообразными для информирования эрцгерцога. Франц Фердинад ценил Броша и уважал его мнение и советы.
Брош как человек, хорошо знавший Франца Фердинанда, дал окончательный набросок его характера:
«Эрцгерцог был открыт для разных мнений. Ему легко было доказать правильную точку зрения, при условии, что вы должны были понимать, что он не доверяет своему собеседнику и вы знаете, как это правильно сделать. Эрцгерцог не терпел прямого противоречия. С другой стороны, он был готов согласиться с большим, чем подавляющая часть других людей, — и это правда, как она есть, без прикрас. И именно такой честности он и ждал от других. Поэтому нужно было знать, как выйти на откровенный разговор с эрцгерцогом: если не противоречить ему явным образом, можно было добиться практически всего. Конечно, это требовало тонкости, большого чувства такта и выбора подходящего момента; другими словами, было достаточно непростым делом… Эрцгерцог являлся высокоодаренным человеком, обладавшим невероятной скоростью восприятия, особенно в условиях войны. При этом он не владел детальным знанием военного дела и не отличался достаточной выносливостью. И все же тех основ, которые ему дали его учителя, было вполне достаточно, чтобы быстро оценивать и принимать эффективные решения, правильные в тактическом и оперативном смыслах… Такие решения эрцгерцог принимал зачастую чисто интуитивно, и они оказывались в итоге верными… К тем, кто работал вместе с ним, эрцгерцог проявлял буквально волшебную доброжелательность; в течение тех шести лет, что я работал под его началом, я никогда не стал свидетелем какого-либо недружелюбного жеста и не услышал ни единого грубого слова. Стоило только однажды завоевать его доверие, что само собой занимало достаточно много времени, и его расположение и доверие к вам не будут уже иметь никаких ограничений».
В 1911 г. Брош оставил канцелярию и вернулся в регулярную армию, но эрцгерцог не прекращал с ним общения, спрашивал его совета и заверял в вечной дружбе. После того как он признался в том, что оставил пост, чтобы проводить больше времени со своей больной невестой, Франц Фердинанд написал ему:
«Мои самые теплые пожелания, и спасибо вам за ваше длинное и подробное письмо. Ваше поведение удивило меня до чрезвычайности, и я должен был бы отругать вас за то, что вы так долго не делились со мной заботами своего сердца. Это печалит меня. Как невообразимо долго вы носили в себе свое горе, пока служили мне самым преданнейшим образом! Та величайшая жертва, которую вы принесли мне, ничего не рассказывая о своих тревогах, наполняет мое сердце глубочайшим уважением к вам теперь, когда я знаю ваши благородные намерения и то, что пришлось вам пережить! Если бы я только знал о тех заботах, с которыми вы столкнулись в связи с тяжелой болезнью вашей невесты осенью, я бы, конечно, дал вам отпуск. И сейчас я искренне жалею, что не знал того, что вас так беспокоило. Вот почему, испытывая потребность в ваших услугах, я послал вам вызов! Дорогой Брош, я благословляю вас и вашу невесту от всего сердца и желаю вам всего наилучшего и удачи… И еще раз, я посылаю вам самые теплые искренние пожелания счастья от лица моей супруги и детей. Пожалуйста, дайте мне знать, когда состоится ваша свадьба, так как нам очень хотелось бы разделить с вами этот радостный день, в который вы найдете свое счастье и покой, и выразить вам лично наши самые теплые пожелания».