Известно, что эрцгерцог не проходил специального обучения как наследник престола. Восполняя этот пробел своего образования, он изучал все что можно — газеты, книги, официальные бумаги и меморандумы и привлекал в Военную канцелярию способных людей с новыми идеями. «Некоторые из ведущих государственных деятелей монархии были очень высокого мнения о его способностях, — сообщал британский дипломат, — в то время как близко с ним знакомые люди отзывались чрезвычайно лестно о его вежливости и обаянии. Тем не менее из-за своего замкнутого характера и тех трудных обстоятельств, в которых он оказался как наследник престола, эрцгерцог тщательно охранял от посторонних свой внутренний мир, и для общества он оставался во многом величиной неизвестной». Бывший премьер-министр Кёрбер полагал, что Франц Фердинанд, оказавшись на престоле, откроет дорогу либеральным тенденциям, а военный министр считал, что он «за двадцать четыре часа сделает больше уступок, чем Франц Иосиф за двадцать четыре года». Даже Маргутти, не относящийся к числу поклонников эрцгерцога, говорил, что Франц Фердинанд «с помощью своей супруги и своего интеллекта обладает потенциалом по безошибочной оценке политической ситуации, не прибегая к изучению множества бумаг», и что эрцгерцог способен решить практически невыполнимую задачу, которую он себе поставил, по превращению старой империи в современное государство.
То, что многое нужно было менять, эрцгерцог был убежден. Будучи по сути консервативным в своих взглядах, он опасался, что растущие национализм и технический прогресс неизбежно разрушат старую империю. Эрцгерцог сосредоточил свое внимание на возможном будущем и том, как можно было бы сохранить суверенитет Габсбургов, не прибегая к радикальным реформам. Он рассматривал Венгрию как надоедливое бельмо на лице Австрии, никогда не забывая, как венгерские офицеры отказались использовать немецкий язык, отдавая команды; как газеты Будапешта с радостью сообщали о его болезни и скорой смерти; как все возносили хвалу революционерам 1848 г., собравшимся порвать с Габсбургами. «Так называемых порядочных венгров, — жаловался он однажды, — просто не существует. Каждый венгр, будь он министром, князем, кардиналом, мещанином, крестьянином или конюшенным, является революционером или ослом (кардинал, конечно, не осел, но он республиканец)».
На момент вступления на престол у эрцгерцога было не меньше планов по работе с «венгерскими предателями», чем и по полной реорганизации империи. Он планировал ликвидировать старую Австро-Венгерскую монархию на карте и добавить новое, третье королевство южных славян, словенов и хорватов к короне. Это позволило бы снизить венгерское влияние и выровнять взаимоотношения внутри империи. Франц Иосиф, рассказывал Маргутти, рассматривал эту идею как святотатство против существующего порядка.
В конце концов эрцгерцог отбросил эти мысли как нежизнеспособные. На их место пришла идея, рожденная во время его визита в Америку: трансформация империи в содружество автономных федеративных штатов, объединенных под центральной властью венского правительства. «Это единственное спасение для монархии», — объявил он в 1912 г. Румынский профессор Аурел Попович в своей книге, вышедшей в 1906 г., «Соединенные штаты Великой Австрии», предлагал новую политическую карту страны: пятнадцать независимых государств, каждое со своим преобладающим этническим составом и языком, объединенные под властью реформированного венского парламента, занимающегося финансовыми, международными и военными вопросами. Согласно этому плану венгры потеряли бы контроль над Веной, в то время как славяне и другие национальные меньшинства получили бы равные права и свои представительства. Когда Маргутти указал, как трудно было бы законодательно трансформировать монархию в империю федеративных государств, Франц Фердинанд настаивал на том, что это можно было бы сделать «силой».
Что касается внешней политики империи, Франц Фердинанд высказывал удивительно умеренные и миролюбивые взгляды. В 1882 г. был создан Тройственный союз с непростыми отношениями, объединивший Австро-Венгрию, Германию и Италию. Пруссия со своим открытым милитаризмом всегда пугала эрцгерцога; несколько раз он высказывал опасения, что бряцание Берлина оружием приведет однажды к европейской войне. Италию Франц Фердинанд не считал достаточно надежным союзником. Он помнил, что пятьдесят лет она объединяла свою территорию за счет нескольких провинций Гасбургов и постоянно угрожала разорвать их союз и объединиться с Францией; он даже отказался присоединить к своим титулам итальянское имя Эсте. В отличие от своего дяди Франц Фердинанд уже воспринимал как свершившийся факт потерю Габсбургами этих провинций и объединение Италии. Он мог высказывать свое разочарование положением дел в стране и позволять себе едкие замечания, как и ратовать о развитии нарождающегося военно-морского флота, чтобы держать итальянцев в узде, но эрцгерцог никогда не рассматривал возможность возвращения Австрией своих потерянных территорий.
Больше всего эрцгерцогу хотелось возродить то, что было потеряно: союз между Австрией, Германией и Россией. Три империи уже объединялись в прошлом. Первый раз — в Священном союзе 1815 г., а позднее в «Союзе трех императоров» в 1873 г. Но эти союзы пали жертвой политических и дипломатических интриг. Франц Фердинанд чувствовал, что если их альянс удастся каким-то образом восстановить, то мир в Европе будет обеспечен. Проблема была в России, которая с 1890-х гг. была в союзе с республиканской Францией. Эрцгерцог был исполнен энтузиазма относительно молодого царя Николая II, который взошел на престол в 1894 г., и верил, что смог бы наладить с ним хорошие отношения, которые станут залогом стабильности. Посол Австрии в Санкт-Петербурге, настаивал Франц Фердинанд, должен «работать, прикладывая все свои силы, чтобы наши отношения с Россией стали настолько хорошими, насколько возможно. Создание «Союза трех императоров», поддержание мира и укрепление монархических принципов — это цель моей жизни, к которой я всегда буду преисполнен энтузиазма и посвящу все мои силы». Даже когда обе империи перестали союзничать, эрцгерцог не отказывался от своей мечты о союзе между Габсбургами, Гогенцоллернами и Романовыми. Если бы Францу Фердинанду удалось преуспеть в своих стремлениях, может быть, история двадцатого века стала бы совершенно другой.
Тайна всегда окружала планы эрцгерцога, даже после его возможного восшествия на престол. Люди открыто сомневались в том, будет ли он верен своим клятвам; многие историки и сегодня продолжают настаивать на том, что, если бы Франц Фердинанд оказался на троне, он бы забыл свои обещания. Венгры постоянно высказывали опасения в том, что в один прекрасный день эрцгерцог откажется от статуса своего брака как морганатического и тем самым расчистит Софии дорогу к статусу королевы, а ее сыну Максу — к роли короля. Партия независимости в Будапеште даже распространила заявление о том, что не верит в то, что эрцгерцог будет всегда связан своей клятвой. «Как только мы возложим на него корону, мы возложим корону и на его жену. Венгрия не может быть без королевы».