Однако вскоре выяснилось, что Сталина больше не устраивает несговорчивый народный комиссар ВМФ. На одном из докладов он сказал Н.Г. Кузнецову: «Почему ты все время ругаешься со мной? Ведь органы уже давно просят у меня разрешения тобой заняться».
В конце 1946 г. по результатам проверки Главного штаба ВМФ военной инспекцией Министерства обороны Н.Г. Кузнецов был понижен в должности и переведен на новую должность начальника Управления Военно-морских учебных заведений в Ленинград. Позднее было состряпано дело, именно состряпано, на основе письма недобросовестного человека. Тут уже постарались бесчестные доносчики, которым, видимо, не давали покоя заслуги Кузнецова, его большой авторитет в народе, те, кому претили его честность, бескомпромиссность и прямота.
Была создана экспертная комиссия из специалистов Военно-Морского Флота, которая отвергла выдвинутые обвинения против Н.Г. Кузнецова и его ближайших помощников адмиралов Л.М. Галлера, В.А. Алафузова, Г.А. Степанова как необоснованные. Однако Сталин в правильности заключения экспертизы усомнился и дал указание привлечь Кузнецова, Галлера, Алафузова и Степанова к суду чести. Суд состоялся 12–15 января 1948 г. в клубе Главного штаба ВМФ под председательством Маршала Советского Союза Л.А. Говорова. Мне довелось при этом присутствовать. Я служил тогда помощником начальника Главного оперативного управления Генерального штаба. По существу, была разыграна гнусная комедия.
Ко времени, когда состоялось это судилище, я уже служил в Генеральном штабе. Вице-адмирал Н.М. Харламов, заместитель начальника Генштаба по ВМФ, был моим непосредственным начальником. Суд происходил в клубе Главного штаба ВМФ под председательством Маршала Советского Союза Л.А. Говорова. В составе комиссии были В.А. Захаров, Ф.Н. Голиков, Г.И. Левченко, П.С. Абанькин, Н.М. Харламов, Н.М. Кулаков. Четверо последних были моряки, знали Николая Герасимовича лично многие годы и видели от него только хорошее. Трудно было поверить в такой поворот событий, что Н.М. Харламов, пройдя всю войну, зная деятельность Н.Г. Кузнецова по повышению боеготовности ВМФ, теперь зачитает обвинительное заключение; что Н.М. Кулаков, которого в свое время Николай Герасимович уберег от ответственности за просчеты и ошибки в самые тяжелые времена, будет не только верным «цепным псом» обвинения, но и постарается как можно больше унизить личное достоинство обвиняемых. Один за другим свидетели защиты отказывались от своих показаний и показывали в пользу обвинения. Наконец зачитали заключение «суда чести»: передать суду Военной коллегии Верховного Суда Союза ССР. А дальше «знаменитый» Ульрих со своими помощниками решал уже «технические вопросы», кому и сколько…
Однако вина привлеченных так и не была доказана. Создалось неловкое положение, и суд завершился ничем. Маршал Л.А. Говоров отбыл для доклада в ВКП(б). Позднее нам объявили, что продолжения суда не будет.
Заслуживает восхищения поведение на суде Николая Герасимовича Кузнецова, который держался спокойно, очень уверенно и с достоинством. Старался, насколько это было возможно, защитить своих подчиненных. И как низко и подло поступили те, кто пытался очернить заслуженных адмиралов, отдавших все службе в Военно-Морском Флоте. Решением Сталина дело адмиралов было передано в Военную коллегию Верховного Суда СССР.
В личных записях Н.Г. Кузнецова читаем: «Следующим этапом был вызов всех нас в военную прокуратуру и своеобразный допрос с предложением обязательно подписать то, что нравится следователю. Мне также было предложено подписать показания, совсем не согласованные с фактами. Только решительное заявление, что не буду подписывать этот вымысел, заставило следователя считаться с моим мнением».
Надуманность обвинения не смутила следователей, прокуроров, судей, ведь они имели указание Сталина.
3 февраля 1948 г. адмиралы В.А. Алафузов и ГА. Степанов были осуждены на десять лет тюрьмы, а Л.М. Галлер на четыре года. Н.Г. Кузнецов был разжалован в контрадмиралы. В 1953 г., после смерти И.В. Сталина, все адмиралы были реабилитированы (Л.М. Галлер посмертно).
Мы, моряки, к тому времени уже политически значительно выросли, за плечами была война, и понимали эти события как проявление страшной системы подавления людей, но никто не знал и не мог знать, что необходимо делать. Руководство ВМС не ходатайствовало об облегчении участи адмиралов, и система продолжала свою страшную деятельность. Были арестованы и преданы суду еще и другие адмиралы и офицеры. Так было разгромлено руководство ВМФ, которое провело всю войну и очень многое сделало, чтобы заложить основы нового флота.
Сложная судьба и другие испытания ждали Николая Герасимовича. Некоторое время я был начальником его штаба — первым заместителем командующего Тихоокеанским флотом. Он практически никогда не вспоминал и мало рассказывал об этом периоде, но в отношении тех, кто слишком «активно» участвовал в суде, был суров. В полной мере старался принять участие в судьбе тех, кто пострадал в то страшное время. Вот об этом он рассказывал. С июня 1948 г. Николай Герасимович — заместитель главнокомандующего войсками Дальнего Востока по военно-морским силам. С февраля 1950 г. — второй раз назначен командующим Тихоокеанским флотом. Я в эти годы был начальником штаба Тихоокеанского флота. Опять судьба свела нас вместе. Я горжусь тем, что мне довелось служить под непосредственным руководством такого выдающегося флотоводца, как Н.Г. Кузнецов, быть его помощником. И сегодня с глубоким волнением вспоминаю нашу совместную службу. Я многому у него научился. Уважаю его как высококультурного профессионального военного моряка, как видного руководителя Военно-Морского Флота в очень тяжелое время и в трудных условиях. Кузнецов достойно держался в любой обстановке, даже в трагической. Следует отметить и его по-настоящему энциклопедические знания, прекрасную память. Поражали огромное трудолюбие адмирала, стремление и даже страсть к самообразованию, постоянному расширению кругозора, самосовершенствованию. Порядочный, высоконравственный человек, он был замечательным семьянином.
Работать с Николаем Герасимовичем было очень интересно, ведь его заботило прежде всего дело. Он никогда не подавлял своим авторитетом инициативу подчиненных, но его доверие нельзя было не оправдать. Чуткий и доброжелательный к людям, он был в то же время и требователен к ним. В июне 1951 года Н.Г. Кузнецов вторично назначается Военно-Морским Министром СССР, его восстанавливают в звании. В 1953 году после реорганизации Министерства Вооруженных Сил и Военно-Морского Министерства в Министерство обороны СССР Николая Герасимовича назначают Первым заместителем министра обороны и главнокомандующим Военно-Морскими Силами СССР. Это период перевооружения Советских Вооруженных Сил. ВМФ в эти послевоенные годы качественно изменялся.