Своенравному и строптивому гасконцу пришлось вернуться в родные края. Отец встретил непутевого сына неприветливо и отказался содержать его. Пришлось бывшему солдату-кавалеристу «его королевского величества» искать себе работу. Он нашел ее в бакалейной лавке. Но мечта о военной службе не покидала его. После долгих и настойчивых хлопот Мюрату удалось поступить во вновь сформированную Конституционную гвардию короля (осень 1791 года). Но здесь служба у пылкого гасконца не заладилась. Только в течение одного месяца он участвует в 6 дуэлях и получает кучу взысканий за нарушения дисциплины. В результате его увольняют из королевской гвардии и переводят в 13-й конно-егерский полк. И тут как раз начинается война революционной Франции против 1-й коалиции европейских монархических государств (апрель 1792 года). 13-й конно-егерский полк входит в состав Северной армии, а бывшему гвардейцу короля присваивают звание сержанта. Но еще до изгнания из гвардии Мюрат, состоявший тогда в секции монтаньяров (якобинцев), вновь проявляет свой бунтарский дух. Как «истинный патриот» он выступает в своей секции с резкими обвинениями против существующих в гвардии порядков. Его «разоблачения» сыграли не последнюю роль в расформировании Конституционной гвардии (июнь 1792 года), а сам он за преданность делу Революции быт произведен в вахмистры.
10 августа 1792 года в Париже произошло народное восстание, завершившееся свержением короля. 22 сентября 1792 года во Франции была провозглашена Республика. Сражаясь против интервентов в рядах Северной армии, Мюрат проявил выдающуюся храбрость и незаурядные командирские способности, что не осталось незамеченным командованием. Тем более, к этому времени французская революционная армия начала испытывать острую нехватку в командный, кадрах (из-за массовой эмиграции офицеров-дворян). Чтобы восполнить потери в офицерском корпусе, на должности младшего офицерского состава в массовом порядке начали выдвигать сержантов и даже рядовых солдат, обладающих необходимыми данными. Среди таковых оказался и вахмистр Мюрат. В октябре 1792 года он был произведен в офицеры (сублейтенант) и уже через полмесяца получает следующий офицерский чин — лейтенанта. В мае 1793 года за боевые отличия при защите Родины и Революции (La Patrie et la Revolution) Мюрата производят в капитаны и назначают командиром эскадрона. В период якобинской диктатуры (июнь 1793 года — июль 1794 года) он слыл ярым якобинцем.
После гибели главного идеолога якобинского движения «Друга народа» (Ж. Марата), павшего 13 июля 1793 года от руки роялистки Шарлотты Корде, Мюрат даже хотел было поменять свою фамилию на более звучную, как ему представлялось, «Марат», но в последний момент его что-то остановило.
После государственного переворота 9 термидора (27 июля 1794 года), положившего конец якобинской диктатуре, он как активный якобинец попал в списки неблагонадежных и был снят с должности. Над пламенным революционером вновь сгустились тучи. Но в конце концов фортуна улыбнулась ему, и Мюрат в целом отделался довольно легко. Через несколько недель он был восстановлен в должности.
В годы Революционных войн (1792—1794 годы) Мюрат, несмотря на неоднократно проявленные им доблесть и мужество, никакими особо выдающимися подвигами себя не проявил и ничем не выделялся из основной массы офицеров. Да и его военная карьера в этот период была не особенно впечатляющей — всего лишь капитан и командир эскадрона. Его звезда начала восходить только после знакомства с генералом Наполеоном Бонапартом. Произошло это в Париже в дни роялистского мятежа 35 октября 1795 года, известного в истории как 13 вандемьера IV года Республики (5 октября 1795 года). Капитан Мюрат был в то время командиром эскадрона 21-го конно-егерского полка и сыграл важную роль в подавлении Бонапартом этого мятежа. Проявив смелость, инициативу и решительность, он во главе конного отряда (200 человек) сумел доставить в распоряжение командующего войсками Конвента генерала Бонапарта пушки Саблонского лагеря. При этом прорываться к центру Парижа ему пришлось сквозь густые толпы мятежников. Получив в свое распоряжение артиллерию, Бонапарт хладнокровно расстрелял мятежников картечью и быстро подавил мятеж. Опальный (за связь с якобинцами) генерал Бонапарт получил тогда блестящий шанс доказать свою верность Республике и виртуозно реализовал его. Одним из ближайших его помощников в подавлении мятежа роялистов был Мюрат. Бонапарт сразу же оценил военные способности отважного кавалериста и взял его к себе адъютантом. С этого момента карьера Мюрата стремительно пошла вверх. В феврале 1796 года он был произведен в полковники. Участник Итальянского похода Бонапарта 1796—1797 годов. Командуя кавалерийской бригадой, отличился в боях при Монтенотте (12 апреля 1796 года), Миллезимо (13 апреля 1796 года), Дего (14—15 апреля 1796 года) и Мондови (22 апреля 1796 года).
Безумная храбрость и самоотверженность, готовность жертвовать собой ради спасения товарищей принесли Мюрату заслуженную боевую славу и сделали его кумиром подчиненных. В те первые славные дни Итальянского похода он неоднократно доказал свою преданность Бонапарту и заслужил его полное доверие. Признанием выдающихся боевых заслуг Мюрата явилось то, что именно на него пал выбор главнокомандующего армией, поручившего ему первым из представителей Итальянской армии выполнить почетную миссию — доставить в Париж свыше 20 трофейных австрийских и сардинских знамен и доложить Директории о первых победах французской армии в Италии. Это поручение Мюрат выполнил успешно и вернулся в армию в чине бригадного генерала (10 мая 1796 года). Затем во главе кавалерии отличился в бою при Роверето (4 сентября 1796 года). Осенью 1796 года в одном из боев (при Сан-Джорджио) был ранен. В кампании 1797 года Мюрат сражался при Риволи (13—15 января 1797 года), Тальяменто (16 марта 1797 года) и Градиске (19 марта 1797 года).
Отправляясь в Египет, Бонапарт взял Мюрата с собой (апрель 1798 года). Командуя во время Египетской экспедиции Бонапарта 1798—1799 годов кавалерийской бригадой, Мюрат участвовал во взятии Александрии (2 июля 1798 года), в сражении при Пирамидах (21 июля 1798 года) и в бою при Салахии. Своей блистательной храбростью, неоднократно проявленной в боях с мамлюками, он приобрел такую известность, что даже знаменитый руководитель мамлюков Мурад-бей находил для себя лестным сходство с ним. Во время Сирийского похода (февраль — июнь 1799 года) Мюрат отличился в бою у замка Лаффель и разбил турок в сражении у горы Маунт-Табор (16 апреля 1799 года), отважно сражался под стенами крепости Сен-Жан д’Акр (март — май 1799 года). При штурме этой крепости его кавалерия в бою не участвовала, но сам он решил принять в нем участие. Возглавив первый же попавший ему под руку гренадерский батальон, он лично повел его на штурм. Взять крепость, как известно, французам тогда не удалось.
