Когда началась война, молодые люди, чьи действия ускорили наступление катастрофы, сидели за решеткой, ожидая суда. Боснийский закон даровал им жизнь за жизни, которые они взяли у Франца Фердинанда и Софии: они были несовершеннолетними и согласно законам страны не могли быть подвергнуты смертной казни даже за убийство. Понимание этого позволило Принципу и его товарищам вести себя с некоторой долей презрения во время судебного слушания, которое наконец состоялось в 1914 г. в импровизированном зале суда, устроенном в казармах Филипповича в Сараево.
Трибунал из трех судей выносил решение об их виновности или невиновности. Заговорщики признались в совершенном, но отрицали, что чиновники Белграда знали о готовящемся заговоре и способствовали его организации. «Я не чувствую себя преступником, — заявлял Принцип, — но человеком, который уничтожил зло». Он утверждал, что гибель Софии была несчастным случаем. Все это звучало не очень убедительно. Принцип совершил свои роковые выстрелы в течение нескольких секунд; он стоял менее чем в пяти футах от автомобиля, со стороны, где сидела София, и не мог ее не видеть. И действительно, он даже признался, что немного помедлил после того, как встретил взгляд Софии.
Грабеч также признал свою вину, но настаивал на том, что убийство «было одним из величайших событий в истории». Чабринович сначала высказывался в духе своих друзей: «Мы знали, что Франц Фердинанд был величайшим врагом всех славян». Но потом он дрогнул: «Для всех нас это было очень печально, потому что мы не знали, что Франц Фердинанд был и отцом. Мы все были очень тронуты, когда услышали о последних словах, что он сказал своей жене. — Затем, понизив голос, он добавил: — Я в смирении приношу свои извинения детям наследника и прошу их простить нас». Но для Принципа это было уже слишком, он вскочил со своего места и выкрикнул, что Чабринович не говорил с ним об этом. «Мне нечего сказать в свою защиту», — добавил Принцип вызывающе.
Трибунал вынес свое решение. Принцип, Чабринович и Грабеч были приговорены к двадцати годам заключения. Данило Илич и Чубрилович как совершеннолетние были приговорены к смертной казни через повешение; Попович получил 13 лет.
Трое молодых людей, которые так неосторожно изменили мир, провели свои последние годы в тюрьме Терезиенштадта, в Богемии, в очень суровых условиях, что, несомненно, усилило туберкулез, от которого они страдали. Грабеч умер от болезни в октябре 1916 г. Принцип прожил дольше, несмотря на свою попытку повеситься с помощью полотенца. Он до последнего настаивал на том, что его поступок был великой войной и не имел ничего общего с убийством: врач, который бывал у Принципа, отмечал, что он «не чувствует себя ответственным за произошедшую катастрофу». Туберкулез нанес сокрушительный удар по здоровью в последние годы его жизни: к моменту его смерти 28 апреля 1918 г. его левая рука была ампутирована, а его вес составлял меньше девяноста фунтов.
Неделько Чабринович умер первым из троих, но прежде в тюремной камере разыгралась примечательная сцена. София, Макс и Эрнст не были в сараевском суде, но слышали об извинениях, которые принес Чабринович. В порыве великодушия, которое было расценено ледяным Императорским двором как позор, София и Макс написали молодому убийце письмо; только Эрнст отказался подписывать его. Иезуит отец Антон Пунтигам, который принимал участие в совершении последнего обряда над Францем Фердинандом и Софией, отнес письмо в тюрьму Терезиенштадта и передал его Чабриновичу. София и Макс писали о том, что узнали, что молодой заговорщик выразил сожаление о своем поступке и принес свои извинения. Его совесть могла быть спокойна: они полностью простили ему его участие в заговоре и его часть вины в смерти их родителей.
В здании суда. Гаврило Принцип сидит в центре в первом ряду
23 января 1916 г. София, Макс и Эрнст получили известие о том, что Чабринович умер. В их поступке просматривалась глубокая вера в Бога и тот оптимистический настрой, в котором старались воспитывать их родители. Они всегда знали, что их жизнь будет нелегкой. Как морганатическим потомкам предполагаемого будущего императора Австрии, Софии, Максу и Эрнсту было уготовано существование в тени. Пропасть общественного признания отделяла их вместе с матерью от сверкающей вселенной их отца. Франц Фердинанд и София вооружили их прагматическим оптимизмом, который должен был помочь им выжить в мире, в котором они никогда не были признаны как Габсбурги.
В том, что они заслужили сочувствие, не сомневался никто. Племянница Софии Элизабет де Байллет-Латур изливала свое горе по «этим бедным, нежным детям» в письме королеве Марии. София, Макс и Эрнст, писала она, были «воспитаны в постоянном контакте со своими родителями и даже со слишком большим вниманием! Они никогда не знали боли, всегда были окружены прекрасным, любовью, заботой и нежностью. Их дом был именно таким, как часто описывается в книгах. И вот сейчас они оказались в полном одиночестве, а их реальность разбита. Маленькие жизни до случившегося были наполнены только одним: любовью и нежной заботой отца и матери. Они даже не знают, кто они есть теперь, и никто не понимает их, таких чувствительных, ранимых и сострадательных маленьких детей».
Две пули того рокового воскресенья лишили почти тринадцатилетнюю Софию, двенадцатилетнего Макса и десятилетнего Эрнста юношеской наивности. Теперь они оказались лицом к лицу с неизвестностью. Они прибыли на похороны своих родителей в Артштеттен, но потом вернулись в Хлумец. 4 июля 1914 г. поездом они прибыли в Вену. В Шёрнбрунне они второй и последний раз в своей жизни встретились с императором для краткой и формальной беседы. «Франц Иосиф, — комментировала правнучка Франца Фердинанда принцесса София, — был не очень отзывчивым человеком, поэтому встреча получилась достаточно прохладной». Приняв от него соболезнования, трое сирот никогда больше его не видели.
Новая вселенная скоро дала о себе знать. Распространялись слухи о жадности Франца Фердинанда и ходили преувеличенные рассказы о том, что он умер в долгах. Но он не был разорившимся: его поместье было достаточно богатым, но и реальных денег, после оплаты задолженостей по предыдущим кредитам банка, почти не осталось. По соглашениям 1907 г. наследство Эсте, а также различное наследство Модены в Вене и Италии переходили к эрцгерцогу Карлу. Надеясь обеспечить детей, юрист Франца Фердинанда выставил на продажу в Вене его имперскую коллекцию, состоявшую из экспонатов народных промыслов и художественных ценностей. Это принесло около 500 000 крон (около $2,5 млн. в цифрах 2014 г.), которые Ярослав Тун, назначенный душеприказчиком своего покойного зятя, оперативно оформил на троих детей-сирот. Большая часть недвижимости, в том числе Конопишт, Артштеттен, Лёллинг и некоторое имущество в Вене, наследовал Макс. Эрнст получил Хлумец и, так же как и София, некоторые финансовые активы. Как и раньше, отсутствие денежных средств означало постоянные проблемы: расходы на содержание поместий, выплата заработной платы и пенсий быстро истощала имеющиеся средства. В конце концов Франц Иосиф назначил им ежегодную стипендию в размере 400 000 крон ($ 2 млн. на 2014 г.).