Третьей серией Ван Вогта стала дилогия «Империя атома» (журнальный вариант — 1946–1947, книга — 1954) и «Волшебник из Лина» (журнальный вариант — 1950, книга — 1962). Очень высоко оцененная Джеймсом Блишем, эта дилогия тем не менее является более утонченным вариантом «Слэна», где Ван Вогт выразил те из своих идей, которые по тем или иным причинам не нашли отражения в «Слэне». Кроме того, дилогия об Империи Атома (Линне) — во многом история будущего, где словно по мановению волшебной палочки возникают и исчезают империи, происходят переселения народов, восходят на престол и теряют власть правящие династии. После атомного холокоста Земля ввергнута в странный вариант варварства: люди могут строить космические корабли, но при этом, чтобы послать сообщения из одного города в другой, используют дымовые сигналы. И если в первой книге дилогии герой борется за выживание, то во второй главному правителю Земли приходится бороться не только с инопланетными захватчиками, но и против тайной организации, готовой в борьбе за «свободу» уничтожить правителя и залить кровью планету.
«... B Линне космические корабли существовали в культуре стрелы и лука. С другой стороны — передовая система перемещения и телепатия были общепринятой реальностью в простой землевладельческой цивилизации. Но чудеса науки были частью обычной, банальной жизни. Какой-либо прием, если его запоминали и передавали из поколения в поколение — в этом не было ничего удивительного. Удивительным был сам способ. Однако такой образ жизни воспитывал предубеждения против всего нового. Из-за этого граждане Линна деградировали...»
Супруга Ван Вогта, писательница Мэни Хилл, всегда оставалась лишь едва заметной тенью своего мужа. В отличии от Эдмонда Гамильтона и Ли Брекетт, Генри Каттнера и Кэтрин Мур, Ван Вогт и Мэни Хилл не стали звездной парой. Первоначально оказав очень большое влияние на своего мужа (к тому моменту, как Мэни Хилл вышла замуж, она уже была довольно известной писательницей), творчество супруги Альфреда постепенно отошло на задний план. Всего ими были выпущено три совместно написанные книги: два сборника рассказов: «Из неизвестности» (1948, «Морская тварь и другие рассказы», 1970), «Планеты на продажу» (1954, в 1967 этот сборник вышел без разбиения на отдельные рассказы, со сквозной нумерацией глав) и роман «Крылатый человек» (1956). В первоначальной версии это была небольшая повесть, но со временем Ван Вогт доработал ее, убрав логические несоответствия, и в 1970 году роман вышел в полном варианте. Сюжет «Крылатого человека» довольно замысловатый.
Неожиданно над американской подводной лодкой, совершающей боевой поход в 1943 году, появляется крылатый человек. С помощью машины времени он переносит подводную лодку в далекое будущее, в те времена, когда поверхность Земли превратилась в единый океан и на планете осталось только две цивилизации: цивилизация крылатых людей и цивилизация людей-рыб. Они ведут войну, и крылатые люди стали проигрывать, их летающий город едва ли не спущен с небес на Землю. В ответ крылатые люди вытащили из разных эпох различные суда с командами, которым предложили вступить в борьбу с рыбо-людьми. Однако в результате расследования, предпринятого капитаном субмарины, выясняется, что настоящие враги всех обитателей Земли — инопланетяне, которые хотят завоевать планету. В финале объединенные силы Земли уничтожают гнусных амфибий...
В целом же соавторство Мэни Хилл и Ван Вогта не сложилось, так как его супруга большей частью тяготела к «темной фэнтези» и была автором журналов, наподобие «Сверхъестественных историй». Например, супруги долго спорили относительно концовки рассказа «Не только мертвые». Это история о китобоях, которые во время Второй мировой войны столкнулись с инопланетянами, чей корабль первоначально был принят на гигантского кита. После ряда недоразумений китобои попытались уничтожить чужаков, но им это не удалось. Вместо этого инопланетяне, в свою очередь, втянули китобоев в охоту на гигантское космическое чудовище, волею судеб попавшее на Землю. Но вот в результате совместной борьбы чудовище повержено. Союзники должны расстаться, однако в начале рассказа Ван Вогт упомянул о галактическом законе, гласящем, что ни один из недоразвитых туземных народов не должен знать о Галактическом Союзе. Как же быть?.. Супруга предложила Ван Вогту избавиться от своих героев. Они помогли межзвездному патрульному кораблю, теперь они не нужны. Можно их уничтожить. Но Ван Вогт не согласился. В финале инопланетяне из гуманных соображений усыпили китобоев и перенесли их на другую планету, снабдив всем необходимым...
После неудач совместного творчества каждый из супругов стал творить в одиночестве. Заметим, что ныне творчество Хилл оказалось полностью забыто, хотя она пыталась работать в соавторстве и с другими авторами. Тем не менее это никак не сказалось на их личных отношениях.
Все романы Ван Вогта можно разделить на два типа: склеенные (то есть собранные из различных частично переделанных рассказов) и цельные (то есть написанные по единому первоначальному замыслу). Первым из цельных романов стала «Книга Пта» (в 1943 году он в сокращенном варианте был напечатан в журнале «Неизвестное», в 1947 году вышла полная версия под названием «200000000 г. н.э.», а чуть позже, в том же году роман получил название «Пта»). «Книга Пта» — эпическая история далекого будущего, она повествует о возрождении (появлении в новой инкарнации) Бога и о том, как Бог вернул себе власть. Написанную в стиле «жесткого научно-фантастического сна», «Книгу Пта» можно рассматривать как предвестницу «Новой волны фантастики шестидесятых». Во многом этот роман послужил прообразом «Восставшей из Пепла» (1975) Танит Ли, которая позаимствовала не только интонации Вогта, но и некоторые сюжетные ходы. Но если героиня Ли мечущаяся, неуверенная в себе женщина, пытающаяся найти себя в варварском мире будущего, то герой Вогта, как и свойственно героям фантастики того времени, самоуверен, он — супермен (или мутант, или бог), лишившийся памяти властелин, который победоносно шествует по Земле, верша праведный суд.
«Он был Пта.
Не он сам придумал это имя. Оно существовало в нем, было частью его, как тело и руки, как ноги и земля, по которой они ходили. Нет, последнее неверно. Земля не была часть его. Несомненно, имелась некая связь, однако весьма неясная и запутанная. Он был Пта, и он шел по земле, направляясь в Пта, возвращаясь в столицу Пта, в столицу его империи, после долгого отсутствия».
